/dports/biology/bowtie2/bowtie2-2.4.4/ |
H A D | filebuf.h | 346 for(size_t i = 0; i < len; i++) { in get() local
|
H A D | group_walk.h | 366 for(size_t i = 0; i < fmap.size(); i++) { in repOk() local 393 void setReported(size_t i) { in setReported() 403 bool reported(size_t i) const { in reported() 683 for(size_t i = ztop; i < oldbot; i++) { in init() local 792 size_t i, in off() 805 TIndexOffU map(size_t i) const { in map() 839 size_t i, in setOff() 899 for(int i = 0; i < 4; i++) { in advance() local 907 for(int i = 0; i < 4; i++) { in advance() local 1044 for(size_t i = 0; i < newsz; i++) { in initMap() local [all …]
|
H A D | ival_list.cpp | 56 for(size_t i = 5; i < 45; i++) { in main() local 61 for(size_t i = 5; i < 45; i++) { in main() local 70 for(size_t i = 0; i < 20; i++) { in main() local 73 for(size_t i = 0; i < 200; i++) { in main() local 84 for(int i = 19; i >= 0; i--) { in main() local 87 for(size_t i = 0; i < 200; i++) { in main() local 103 for(size_t i = 0; i < num_intervals; i++) { in main() local 115 for(uint32_t i = 0; i < max_width+1; i++) { in main() local 134 for(size_t i = 0; i < num_intervals; i++) { in main() local 148 for(uint32_t i = 0; i < max_width+1; i++) { in main() local
|
H A D | ival_list.h | 61 void add(const Interval& i) { in add() 76 for(size_t i = 0; i < unsorted_.size(); i++) { in flush() local 82 for(size_t i = 0; i < sorted_.size(); i++) { in flush() local 144 for(size_t i = 1; i < sorted_.size(); i++) { in merge() local 159 for(size_t i = 0; i < sorted_.size(); i++) { in merge() local 192 for(size_t i = 0; i < unsorted_.size(); i++) { in locusPresentUnsorted() local 224 for(size_t i = 0; i < (1 << NBIN); i++) { variable 232 void add(const Interval& i) { in add() 243 for(size_t i = 0; i < bins_.size(); i++) { in repOk() local 259 for(size_t i = 0; i < bins_.size(); i++) { in clear() local [all …]
|
H A D | ls.cpp | 37 for(size_t i = 0; i < strlen(t); i++) { in main() local 59 for(size_t i = 0; i < strlen(t); i++) { in main() local 87 for(size_t i = 0; i < strlen(t); i++) { in main() local 105 for(size_t i = 0; i < strlen(t); i++) { in main() local 123 for(size_t i = 0; i < strlen(t); i++) { in main() local
|
H A D | ls.h | 189 T *pi, i, c, d, g; in bucketsort() local 230 T b, c, d, e, i, j, m, s; in transform() local 289 T i, j, s, sl; in suffixsort() local
|
H A D | mask.h | 37 static inline int matchesEx(int i, int j) { in matchesEx() 48 static inline bool matches(int i, int j) { in matches() 68 for(int i = 0; i < 5; i++) { in randFromMask() local
|
H A D | multikey_qsort.h | 86 #define VECSWAP(s, i, j, n) { \ argument 94 #define VECSWAP2(s, s2, i, j, n) { \ argument 151 TPos i, in vecswap2() 262 for(size_t i = begin; i < end; i++) { in assertPartitionedSuf() local 301 for(size_t i = begin; i < end; i++) { in assertPartitionedSuf2() local 325 for(size_t i = 0; i < slen; i++) { in sanityCheckInputSufs() local 422 for(size_t i = begin; i < end; i++) { variable 684 for(size_t i = 0; i < diff; i++) { variable 780 for(size_t i = 0; i < diff; i++) { variable 1023 for(size_t i = 0; i < 4; i++) { variable [all …]
|
H A D | outq.cpp | 40 for(size_t i = oldsz; i < lines_.size(); i++) { in beginReadImpl() local 75 int i = 0; in finishReadImpl() local 106 size_t i = 0; in flushImpl() local 128 for(size_t i = 0; i < nflush; i++) { in flushImpl() local
|
H A D | outq.h | 72 size_t i = 0; in obuf_() local 83 for (size_t i = 0; i < nthreads_; i++) { in ~OutputQueue() local
|
H A D | pat.cpp | 57 for(size_t i = 0; i < qlen; i++) { in genRandSeed() local 65 for(size_t i = 0; i < qlen; i++) { in genRandSeed() local 74 for(size_t i = 0; i < namelen; i++) { in genRandSeed() local 340 for(size_t i = 0; i < m1.size(); i++) { in setupPatternComposer() local 582 for(size_t i = 0; i < seqslen; i++) { in VectorPatternSource() local 602 for(size_t i = 0; i < len; i++) { in VectorPatternSource() local 1001 for(size_t i = 0; i < len; i++) { in parse() local 1394 size_t i; in get_or_store_orhaned_mate() local 1489 for (int i = 0; i < l_seq; i++) { in parse() local 1716 for(size_t i = 0; i < len; i++) { in parse() local [all …]
|
H A D | pat.h | 165 for(size_t i = 0; i < max_buf_; i++) { in reset() local 881 for (size_t i = 0; i < bam_batches_.size(); ++i) { in BAMPatternSource() local 897 for (size_t i = 0; i < orphan_mates.size(); i++) { in ~BAMPatternSource() local 1056 for(size_t i = 0; i < src_->size(); i++) { in SoloPatternComposer() local 1071 for(size_t i = 0; i < src_->size(); i++) { in reset() local 1118 for(size_t i = 0; i < srca_->size(); i++) { in DualPatternComposer() local 1141 for(size_t i = 0; i < srca_->size(); i++) { in reset() local 1295 for(size_t i = 0; i < n; i++) { in create() local 1343 for (size_t i = 0; i < sra_its_.size(); i++) { in ~SRAPatternSource() local
|
H A D | pe.cpp | 491 for(int i = 0; i < 8; i++) { in main() local 547 for(int i = 0; i < 8; i++) { in main() local 784 for(int i = 0; i < 1; i++) { in main() local 821 for(int i = 0; i < 1; i++) { in main() local 858 for(int i = 0; i < 9; i++) { in main() local 888 for(int i = 0; i < 9; i++) { in main() local
|
H A D | qual.h | 194 for(int i = 0; i < alts; i++) { in penaltiesAt() local 223 for(int i = 0; i < alts; i++) { in loPenaltyAt() local
|
H A D | random_source.cpp | 26 for(int i = 0; i < (n - m); ++i) { in gen_state() local 29 for(int i = n - m; i < (n - 1); ++i) { in gen_state() local 39 for(int i = 1; i < n; ++i) { in init() local 48 int i = 1, j = 0; in init() local 74 for(size_t i = 0; i < 32; i++) { in main() local 79 for(size_t i = 0; i < 10000; i++) { in main() local 81 for(size_t i = 0; i < 32; i++) { in main() local 88 for(size_t i = 0; i < 32; i++) { in main() local 97 for(size_t i = 0; i < 4; i++) { in main() local 104 for(size_t i = 0; i < 100; i++) { in main() local [all …]
|
H A D | random_source.h | 130 for(uint32_t i = 0; i < numWeights; i++) { in nextFromProbs() local
|
H A D | random_util.h | 99 for(size_t i = 0; i < n_; i++) { in next() local 120 for(size_t i = 0; i < seenSz; i++) { in next() local 141 for(size_t i = 0; i <= seenSz; i++) { in next() local
|
H A D | read.h | 69 for(size_t i = 0; i < patFw.length(); i++) { in finalize() local 89 for(size_t i = 0; i < patFw.length(); i++) { in init() local 189 for(size_t i = 0; i < seq1.length(); i++) { in same() local 196 for(size_t i = 0; i < qual1.length(); i++) { in same() local 314 for(size_t i = 0; i < ops.size(); i++) { in print() local
|
H A D | ref_read.cpp | 190 for(int i = (int)src.size()-1; i >= 0; i--) { in reverseRefRecords() local 201 for(int i = 0; i < (int)cur.size(); i++) { in reverseRefRecords() local 219 for(size_t i = 0; i < src.size(); i++) { in reverseRefRecords() local 224 for(size_t i = 0; i < dst.size(); i++) { in reverseRefRecords() local 234 for(size_t i = 0; i < src.size(); i++) { in reverseRefRecords() local 260 for(size_t i = 0; i < in.size(); i++) { in fastaRefReadSizes() local
|
H A D | reference.cpp | 89 for(off_t i = 0; i < sbuf.st_size; i += 1024) { in BitPairReference() local 130 for(TIndexOffU i = 0; i < sz; i++) { in BitPairReference() local 190 for(size_t i = 0; i < (cumsz >> 2); i++) { in BitPairReference() local 250 for(int i = 0; i < 256; i++) { in BitPairReference() local 278 for(size_t i = 0; i < infiles->size(); i++) { in BitPairReference() local 300 for(size_t i = 0; i < os->size(); i++) { in BitPairReference() local 337 for(uint64_t i = reci; i < recf; i++) { in getBase() local 381 for(uint64_t i = reci; i < recf; i++) { in getStretchNaive() local 455 for(uint64_t i = reci; i < recf; i++) { in getStretch() local 624 for(size_t i = 0; i < szs.size(); i++) { in szsFromFasta() local [all …]
|
H A D | sam.cpp | 36 for(size_t i = 0; i < namelen; i++) { in printRefName() local 87 for(size_t i = 0; i < refnames_.size(); i++) { in printSqLines() local 188 for(size_t i = 0; i < res.ned().size(); i++) { in printAlignedOptFlags() local 895 int i = 0, len = rd.preservedOptFlags.length(); in printPreservedOptFlags() local
|
H A D | sam.h | 175 for(size_t i = 0; i < len; i++) { in printOptFieldEscapedZ() local 198 for(size_t i = 0; i < len; i++) { in printOptFieldNewlineEscapedZ() local 229 for(size_t i = 0; i < namelen; i++) { in printReadName() local 323 size_t i; in printComment() local
|
H A D | scoring.cpp | 108 for(size_t i = 0; i < rdlen; i++) { in nFilter() local 148 for(size_t i = 0; i < rdlen1; i++) { in nFilterPair() local 155 for(size_t i = 0; i < rdlen2; i++) { in nFilterPair() local 211 for(int i = 0; i < 30; i++) { in main() local 274 for(int i = 0; i < 256; i++) { in main() local
|
H A D | scoring.h | 110 for(int i = 0; i < 256; i++) { in initPens() local 116 for(int i = 0; i < 256; i++) { in initPens() local 126 for(int i = 0; i < 256; i++) { in initPens() local
|
/dports/biology/bowtie2/bowtie2-2.4.4/scripts/test/ |
H A D | large_idx.py | 104 i = curr_path.find(bw2_subdir) variable
|