Home
last modified time | relevance | path

Searched defs:i (Results 48101 – 48125 of 1772407) sorted by path

1...<<1921192219231924192519261927192819291930>>...70897

/dports/biology/bowtie2/bowtie2-2.4.4/
H A Dfilebuf.h346 for(size_t i = 0; i < len; i++) { in get() local
H A Dgroup_walk.h366 for(size_t i = 0; i < fmap.size(); i++) { in repOk() local
393 void setReported(size_t i) { in setReported()
403 bool reported(size_t i) const { in reported()
683 for(size_t i = ztop; i < oldbot; i++) { in init() local
792 size_t i, in off()
805 TIndexOffU map(size_t i) const { in map()
839 size_t i, in setOff()
899 for(int i = 0; i < 4; i++) { in advance() local
907 for(int i = 0; i < 4; i++) { in advance() local
1044 for(size_t i = 0; i < newsz; i++) { in initMap() local
[all …]
H A Dival_list.cpp56 for(size_t i = 5; i < 45; i++) { in main() local
61 for(size_t i = 5; i < 45; i++) { in main() local
70 for(size_t i = 0; i < 20; i++) { in main() local
73 for(size_t i = 0; i < 200; i++) { in main() local
84 for(int i = 19; i >= 0; i--) { in main() local
87 for(size_t i = 0; i < 200; i++) { in main() local
103 for(size_t i = 0; i < num_intervals; i++) { in main() local
115 for(uint32_t i = 0; i < max_width+1; i++) { in main() local
134 for(size_t i = 0; i < num_intervals; i++) { in main() local
148 for(uint32_t i = 0; i < max_width+1; i++) { in main() local
H A Dival_list.h61 void add(const Interval& i) { in add()
76 for(size_t i = 0; i < unsorted_.size(); i++) { in flush() local
82 for(size_t i = 0; i < sorted_.size(); i++) { in flush() local
144 for(size_t i = 1; i < sorted_.size(); i++) { in merge() local
159 for(size_t i = 0; i < sorted_.size(); i++) { in merge() local
192 for(size_t i = 0; i < unsorted_.size(); i++) { in locusPresentUnsorted() local
224 for(size_t i = 0; i < (1 << NBIN); i++) { variable
232 void add(const Interval& i) { in add()
243 for(size_t i = 0; i < bins_.size(); i++) { in repOk() local
259 for(size_t i = 0; i < bins_.size(); i++) { in clear() local
[all …]
H A Dls.cpp37 for(size_t i = 0; i < strlen(t); i++) { in main() local
59 for(size_t i = 0; i < strlen(t); i++) { in main() local
87 for(size_t i = 0; i < strlen(t); i++) { in main() local
105 for(size_t i = 0; i < strlen(t); i++) { in main() local
123 for(size_t i = 0; i < strlen(t); i++) { in main() local
H A Dls.h189 T *pi, i, c, d, g; in bucketsort() local
230 T b, c, d, e, i, j, m, s; in transform() local
289 T i, j, s, sl; in suffixsort() local
H A Dmask.h37 static inline int matchesEx(int i, int j) { in matchesEx()
48 static inline bool matches(int i, int j) { in matches()
68 for(int i = 0; i < 5; i++) { in randFromMask() local
H A Dmultikey_qsort.h86 #define VECSWAP(s, i, j, n) { \ argument
94 #define VECSWAP2(s, s2, i, j, n) { \ argument
151 TPos i, in vecswap2()
262 for(size_t i = begin; i < end; i++) { in assertPartitionedSuf() local
301 for(size_t i = begin; i < end; i++) { in assertPartitionedSuf2() local
325 for(size_t i = 0; i < slen; i++) { in sanityCheckInputSufs() local
422 for(size_t i = begin; i < end; i++) { variable
684 for(size_t i = 0; i < diff; i++) { variable
780 for(size_t i = 0; i < diff; i++) { variable
1023 for(size_t i = 0; i < 4; i++) { variable
[all …]
H A Doutq.cpp40 for(size_t i = oldsz; i < lines_.size(); i++) { in beginReadImpl() local
75 int i = 0; in finishReadImpl() local
106 size_t i = 0; in flushImpl() local
128 for(size_t i = 0; i < nflush; i++) { in flushImpl() local
H A Doutq.h72 size_t i = 0; in obuf_() local
83 for (size_t i = 0; i < nthreads_; i++) { in ~OutputQueue() local
H A Dpat.cpp57 for(size_t i = 0; i < qlen; i++) { in genRandSeed() local
65 for(size_t i = 0; i < qlen; i++) { in genRandSeed() local
74 for(size_t i = 0; i < namelen; i++) { in genRandSeed() local
340 for(size_t i = 0; i < m1.size(); i++) { in setupPatternComposer() local
582 for(size_t i = 0; i < seqslen; i++) { in VectorPatternSource() local
602 for(size_t i = 0; i < len; i++) { in VectorPatternSource() local
1001 for(size_t i = 0; i < len; i++) { in parse() local
1394 size_t i; in get_or_store_orhaned_mate() local
1489 for (int i = 0; i < l_seq; i++) { in parse() local
1716 for(size_t i = 0; i < len; i++) { in parse() local
[all …]
H A Dpat.h165 for(size_t i = 0; i < max_buf_; i++) { in reset() local
881 for (size_t i = 0; i < bam_batches_.size(); ++i) { in BAMPatternSource() local
897 for (size_t i = 0; i < orphan_mates.size(); i++) { in ~BAMPatternSource() local
1056 for(size_t i = 0; i < src_->size(); i++) { in SoloPatternComposer() local
1071 for(size_t i = 0; i < src_->size(); i++) { in reset() local
1118 for(size_t i = 0; i < srca_->size(); i++) { in DualPatternComposer() local
1141 for(size_t i = 0; i < srca_->size(); i++) { in reset() local
1295 for(size_t i = 0; i < n; i++) { in create() local
1343 for (size_t i = 0; i < sra_its_.size(); i++) { in ~SRAPatternSource() local
H A Dpe.cpp491 for(int i = 0; i < 8; i++) { in main() local
547 for(int i = 0; i < 8; i++) { in main() local
784 for(int i = 0; i < 1; i++) { in main() local
821 for(int i = 0; i < 1; i++) { in main() local
858 for(int i = 0; i < 9; i++) { in main() local
888 for(int i = 0; i < 9; i++) { in main() local
H A Dqual.h194 for(int i = 0; i < alts; i++) { in penaltiesAt() local
223 for(int i = 0; i < alts; i++) { in loPenaltyAt() local
H A Drandom_source.cpp26 for(int i = 0; i < (n - m); ++i) { in gen_state() local
29 for(int i = n - m; i < (n - 1); ++i) { in gen_state() local
39 for(int i = 1; i < n; ++i) { in init() local
48 int i = 1, j = 0; in init() local
74 for(size_t i = 0; i < 32; i++) { in main() local
79 for(size_t i = 0; i < 10000; i++) { in main() local
81 for(size_t i = 0; i < 32; i++) { in main() local
88 for(size_t i = 0; i < 32; i++) { in main() local
97 for(size_t i = 0; i < 4; i++) { in main() local
104 for(size_t i = 0; i < 100; i++) { in main() local
[all …]
H A Drandom_source.h130 for(uint32_t i = 0; i < numWeights; i++) { in nextFromProbs() local
H A Drandom_util.h99 for(size_t i = 0; i < n_; i++) { in next() local
120 for(size_t i = 0; i < seenSz; i++) { in next() local
141 for(size_t i = 0; i <= seenSz; i++) { in next() local
H A Dread.h69 for(size_t i = 0; i < patFw.length(); i++) { in finalize() local
89 for(size_t i = 0; i < patFw.length(); i++) { in init() local
189 for(size_t i = 0; i < seq1.length(); i++) { in same() local
196 for(size_t i = 0; i < qual1.length(); i++) { in same() local
314 for(size_t i = 0; i < ops.size(); i++) { in print() local
H A Dref_read.cpp190 for(int i = (int)src.size()-1; i >= 0; i--) { in reverseRefRecords() local
201 for(int i = 0; i < (int)cur.size(); i++) { in reverseRefRecords() local
219 for(size_t i = 0; i < src.size(); i++) { in reverseRefRecords() local
224 for(size_t i = 0; i < dst.size(); i++) { in reverseRefRecords() local
234 for(size_t i = 0; i < src.size(); i++) { in reverseRefRecords() local
260 for(size_t i = 0; i < in.size(); i++) { in fastaRefReadSizes() local
H A Dreference.cpp89 for(off_t i = 0; i < sbuf.st_size; i += 1024) { in BitPairReference() local
130 for(TIndexOffU i = 0; i < sz; i++) { in BitPairReference() local
190 for(size_t i = 0; i < (cumsz >> 2); i++) { in BitPairReference() local
250 for(int i = 0; i < 256; i++) { in BitPairReference() local
278 for(size_t i = 0; i < infiles->size(); i++) { in BitPairReference() local
300 for(size_t i = 0; i < os->size(); i++) { in BitPairReference() local
337 for(uint64_t i = reci; i < recf; i++) { in getBase() local
381 for(uint64_t i = reci; i < recf; i++) { in getStretchNaive() local
455 for(uint64_t i = reci; i < recf; i++) { in getStretch() local
624 for(size_t i = 0; i < szs.size(); i++) { in szsFromFasta() local
[all …]
H A Dsam.cpp36 for(size_t i = 0; i < namelen; i++) { in printRefName() local
87 for(size_t i = 0; i < refnames_.size(); i++) { in printSqLines() local
188 for(size_t i = 0; i < res.ned().size(); i++) { in printAlignedOptFlags() local
895 int i = 0, len = rd.preservedOptFlags.length(); in printPreservedOptFlags() local
H A Dsam.h175 for(size_t i = 0; i < len; i++) { in printOptFieldEscapedZ() local
198 for(size_t i = 0; i < len; i++) { in printOptFieldNewlineEscapedZ() local
229 for(size_t i = 0; i < namelen; i++) { in printReadName() local
323 size_t i; in printComment() local
H A Dscoring.cpp108 for(size_t i = 0; i < rdlen; i++) { in nFilter() local
148 for(size_t i = 0; i < rdlen1; i++) { in nFilterPair() local
155 for(size_t i = 0; i < rdlen2; i++) { in nFilterPair() local
211 for(int i = 0; i < 30; i++) { in main() local
274 for(int i = 0; i < 256; i++) { in main() local
H A Dscoring.h110 for(int i = 0; i < 256; i++) { in initPens() local
116 for(int i = 0; i < 256; i++) { in initPens() local
126 for(int i = 0; i < 256; i++) { in initPens() local
/dports/biology/bowtie2/bowtie2-2.4.4/scripts/test/
H A Dlarge_idx.py104 i = curr_path.find(bw2_subdir) variable

1...<<1921192219231924192519261927192819291930>>...70897