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/dports/biology/ncbi-cxx-toolkit/ncbi_cxx--25_2_0/src/objtools/blast/seqdb_reader/
H A Dseqdbalias.hpp482 string GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const;
507 Int8 GetNumSeqs(const CSeqDBVolSet & volset) const;
534 Int8 GetNumOIDs(const CSeqDBVolSet & volset) const;
594 int GetMembBit(const CSeqDBVolSet & volset) const;
627 const CSeqDBVolSet & volset) const;
649 const CSeqDBVolSet & volset) const;
663 void SetMasks(CSeqDBVolSet & volset);
1045 string GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const;
1070 Int8 GetNumSeqs(const CSeqDBVolSet & volset) const;
1097 Int8 GetNumOIDs(const CSeqDBVolSet & volset) const;
[all …]
H A Dseqdbvolset.cpp37 CSeqDBVolSet::CSeqDBVolSet(CSeqDBAtlas & atlas, in CSeqDBVolSet() function in CSeqDBVolSet
89 CSeqDBVolSet::CSeqDBVolSet() in CSeqDBVolSet() function in CSeqDBVolSet
94 CSeqDBVolSet::~CSeqDBVolSet() in ~CSeqDBVolSet()
101 void CSeqDBVolSet::x_AddVolume(CSeqDBAtlas & atlas, in x_AddVolume()
H A Dseqdbvolset.hpp157 class CSeqDBVolSet { class
176 CSeqDBVolSet(CSeqDBAtlas & atlas,
186 CSeqDBVolSet();
193 ~CSeqDBVolSet();
550 CSeqDBVolSet(const CSeqDBVolSet &);
553 CSeqDBVolSet & operator=(const CSeqDBVolSet &);
H A Dseqdbalias.cpp1514 const CSeqDBVolSet & volset) const in WalkNodes()
1538 const CSeqDBVolSet & volset) const in WalkNodes()
1560 string CSeqDBAliasNode::GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const in GetTitle()
1568 Int4 CSeqDBAliasNode::GetMinLength(const CSeqDBVolSet & vols) const in GetMinLength()
1576 Int8 CSeqDBAliasNode::GetNumSeqs(const CSeqDBVolSet & vols) const in GetNumSeqs()
1592 Int8 CSeqDBAliasNode::GetNumOIDs(const CSeqDBVolSet & vols) const in GetNumOIDs()
1625 int CSeqDBAliasNode::GetMembBit(const CSeqDBVolSet & volset) const in GetMembBit()
1644 CompleteAliasFileValues(const CSeqDBVolSet & volset) in CompleteAliasFileValues()
1719 int CSeqDBAliasFile::GetMembBit(const CSeqDBVolSet & volset) const in GetMembBit()
1730 string CSeqDBAliasFile::GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const in GetTitle()
[all …]
H A Dseqdbgilistset.hpp92 const CSeqDBVolSet & vol_set,
160 const CSeqDBVolSet & volset,
166 const CSeqDBVolSet & volset,
H A Dseqdboidlist.hpp94 const CSeqDBVolSet & volumes,
189 void x_Setup(const CSeqDBVolSet & volset,
277 bool x_ComputeFilters(const CSeqDBVolSet & volset,
H A Dseqdboidlist.cpp44 const CSeqDBVolSet & volset, in CSeqDBOIDList()
65 void CSeqDBOIDList::x_Setup(const CSeqDBVolSet & volset, in x_Setup()
501 s_GetFilteredOidRange(const CSeqDBVolSet & volset, const vector<string> & vol_basenames, in s_GetFilteredOidRange()
564 const CSeqDBVolSet & volset, in s_ProcessSeqIdFilters()
637 const CSeqDBVolSet & volset, in s_ProcessTaxIdFilters()
701 CSeqDBOIDList::x_ComputeFilters(const CSeqDBVolSet & volset, in x_ComputeFilters()
H A Dseqdbgilistset.cpp206 bool s_VerifySeqidlist(const SBlastSeqIdListInfo & list_info, const CSeqDBVolSet & volset, const CS… in s_VerifySeqidlist()
230 const CSeqDBVolSet & volset, in x_ResolvePositiveList()
308 const CSeqDBVolSet & volset, in x_ResolveNegativeList()
380 const CSeqDBVolSet & volset, in CSeqDBGiListSet()
H A Dseqdblmdbset.hpp151 CSeqDBLMDBSet( const CSeqDBVolSet & m_VolSet);
H A Dseqdbimpl.hpp1276 CSeqDBVolSet m_VolSet;
H A Dseqdblmdbset.cpp212 CSeqDBLMDBSet::CSeqDBLMDBSet( const CSeqDBVolSet & volSet) in CSeqDBLMDBSet()
/dports/biology/ncbi-blast+/ncbi-blast-2.12.0+-src/c++/src/objtools/blast/seqdb_reader/
H A Dseqdbalias.hpp482 string GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const;
507 Int8 GetNumSeqs(const CSeqDBVolSet & volset) const;
534 Int8 GetNumOIDs(const CSeqDBVolSet & volset) const;
594 int GetMembBit(const CSeqDBVolSet & volset) const;
627 const CSeqDBVolSet & volset) const;
649 const CSeqDBVolSet & volset) const;
663 void SetMasks(CSeqDBVolSet & volset);
1045 string GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const;
1070 Int8 GetNumSeqs(const CSeqDBVolSet & volset) const;
1097 Int8 GetNumOIDs(const CSeqDBVolSet & volset) const;
[all …]
H A Dseqdbvolset.cpp37 CSeqDBVolSet::CSeqDBVolSet(CSeqDBAtlas & atlas, in CSeqDBVolSet() function in CSeqDBVolSet
89 CSeqDBVolSet::CSeqDBVolSet() in CSeqDBVolSet() function in CSeqDBVolSet
94 CSeqDBVolSet::~CSeqDBVolSet() in ~CSeqDBVolSet()
101 void CSeqDBVolSet::x_AddVolume(CSeqDBAtlas & atlas, in x_AddVolume()
H A Dseqdbvolset.hpp157 class CSeqDBVolSet { class
176 CSeqDBVolSet(CSeqDBAtlas & atlas,
186 CSeqDBVolSet();
193 ~CSeqDBVolSet();
550 CSeqDBVolSet(const CSeqDBVolSet &);
553 CSeqDBVolSet & operator=(const CSeqDBVolSet &);
H A Dseqdbalias.cpp1514 const CSeqDBVolSet & volset) const in WalkNodes()
1538 const CSeqDBVolSet & volset) const in WalkNodes()
1560 string CSeqDBAliasNode::GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const in GetTitle()
1568 Int4 CSeqDBAliasNode::GetMinLength(const CSeqDBVolSet & vols) const in GetMinLength()
1576 Int8 CSeqDBAliasNode::GetNumSeqs(const CSeqDBVolSet & vols) const in GetNumSeqs()
1592 Int8 CSeqDBAliasNode::GetNumOIDs(const CSeqDBVolSet & vols) const in GetNumOIDs()
1625 int CSeqDBAliasNode::GetMembBit(const CSeqDBVolSet & volset) const in GetMembBit()
1644 CompleteAliasFileValues(const CSeqDBVolSet & volset) in CompleteAliasFileValues()
1719 int CSeqDBAliasFile::GetMembBit(const CSeqDBVolSet & volset) const in GetMembBit()
1730 string CSeqDBAliasFile::GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const in GetTitle()
[all …]
H A Dseqdbgilistset.hpp92 const CSeqDBVolSet & vol_set,
160 const CSeqDBVolSet & volset,
166 const CSeqDBVolSet & volset,
H A Dseqdboidlist.hpp94 const CSeqDBVolSet & volumes,
189 void x_Setup(const CSeqDBVolSet & volset,
277 bool x_ComputeFilters(const CSeqDBVolSet & volset,
H A Dseqdboidlist.cpp44 const CSeqDBVolSet & volset, in CSeqDBOIDList()
65 void CSeqDBOIDList::x_Setup(const CSeqDBVolSet & volset, in x_Setup()
501 s_GetFilteredOidRange(const CSeqDBVolSet & volset, const vector<string> & vol_basenames, in s_GetFilteredOidRange()
564 const CSeqDBVolSet & volset, in s_ProcessSeqIdFilters()
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701 CSeqDBOIDList::x_ComputeFilters(const CSeqDBVolSet & volset, in x_ComputeFilters()
H A Dseqdbgilistset.cpp206 bool s_VerifySeqidlist(const SBlastSeqIdListInfo & list_info, const CSeqDBVolSet & volset, const CS… in s_VerifySeqidlist()
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308 const CSeqDBVolSet & volset, in x_ResolveNegativeList()
380 const CSeqDBVolSet & volset, in CSeqDBGiListSet()
H A Dseqdblmdbset.hpp151 CSeqDBLMDBSet( const CSeqDBVolSet & m_VolSet);
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H A Dseqdblmdbset.cpp212 CSeqDBLMDBSet::CSeqDBLMDBSet( const CSeqDBVolSet & volSet) in CSeqDBLMDBSet()