/dports/biology/ncbi-cxx-toolkit/ncbi_cxx--25_2_0/src/objtools/blast/seqdb_reader/ |
H A D | seqdbalias.hpp | 482 string GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const; 507 Int8 GetNumSeqs(const CSeqDBVolSet & volset) const; 534 Int8 GetNumOIDs(const CSeqDBVolSet & volset) const; 594 int GetMembBit(const CSeqDBVolSet & volset) const; 627 const CSeqDBVolSet & volset) const; 649 const CSeqDBVolSet & volset) const; 663 void SetMasks(CSeqDBVolSet & volset); 1045 string GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const; 1070 Int8 GetNumSeqs(const CSeqDBVolSet & volset) const; 1097 Int8 GetNumOIDs(const CSeqDBVolSet & volset) const; [all …]
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H A D | seqdbvolset.cpp | 37 CSeqDBVolSet::CSeqDBVolSet(CSeqDBAtlas & atlas, in CSeqDBVolSet() function in CSeqDBVolSet 89 CSeqDBVolSet::CSeqDBVolSet() in CSeqDBVolSet() function in CSeqDBVolSet 94 CSeqDBVolSet::~CSeqDBVolSet() in ~CSeqDBVolSet() 101 void CSeqDBVolSet::x_AddVolume(CSeqDBAtlas & atlas, in x_AddVolume()
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H A D | seqdbvolset.hpp | 157 class CSeqDBVolSet { class 176 CSeqDBVolSet(CSeqDBAtlas & atlas, 186 CSeqDBVolSet(); 193 ~CSeqDBVolSet(); 550 CSeqDBVolSet(const CSeqDBVolSet &); 553 CSeqDBVolSet & operator=(const CSeqDBVolSet &);
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H A D | seqdbalias.cpp | 1514 const CSeqDBVolSet & volset) const in WalkNodes() 1538 const CSeqDBVolSet & volset) const in WalkNodes() 1560 string CSeqDBAliasNode::GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const in GetTitle() 1568 Int4 CSeqDBAliasNode::GetMinLength(const CSeqDBVolSet & vols) const in GetMinLength() 1576 Int8 CSeqDBAliasNode::GetNumSeqs(const CSeqDBVolSet & vols) const in GetNumSeqs() 1592 Int8 CSeqDBAliasNode::GetNumOIDs(const CSeqDBVolSet & vols) const in GetNumOIDs() 1625 int CSeqDBAliasNode::GetMembBit(const CSeqDBVolSet & volset) const in GetMembBit() 1644 CompleteAliasFileValues(const CSeqDBVolSet & volset) in CompleteAliasFileValues() 1719 int CSeqDBAliasFile::GetMembBit(const CSeqDBVolSet & volset) const in GetMembBit() 1730 string CSeqDBAliasFile::GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const in GetTitle() [all …]
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H A D | seqdbgilistset.hpp | 92 const CSeqDBVolSet & vol_set, 160 const CSeqDBVolSet & volset, 166 const CSeqDBVolSet & volset,
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H A D | seqdboidlist.hpp | 94 const CSeqDBVolSet & volumes, 189 void x_Setup(const CSeqDBVolSet & volset, 277 bool x_ComputeFilters(const CSeqDBVolSet & volset,
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H A D | seqdboidlist.cpp | 44 const CSeqDBVolSet & volset, in CSeqDBOIDList() 65 void CSeqDBOIDList::x_Setup(const CSeqDBVolSet & volset, in x_Setup() 501 s_GetFilteredOidRange(const CSeqDBVolSet & volset, const vector<string> & vol_basenames, in s_GetFilteredOidRange() 564 const CSeqDBVolSet & volset, in s_ProcessSeqIdFilters() 637 const CSeqDBVolSet & volset, in s_ProcessTaxIdFilters() 701 CSeqDBOIDList::x_ComputeFilters(const CSeqDBVolSet & volset, in x_ComputeFilters()
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H A D | seqdbgilistset.cpp | 206 bool s_VerifySeqidlist(const SBlastSeqIdListInfo & list_info, const CSeqDBVolSet & volset, const CS… in s_VerifySeqidlist() 230 const CSeqDBVolSet & volset, in x_ResolvePositiveList() 308 const CSeqDBVolSet & volset, in x_ResolveNegativeList() 380 const CSeqDBVolSet & volset, in CSeqDBGiListSet()
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H A D | seqdblmdbset.hpp | 151 CSeqDBLMDBSet( const CSeqDBVolSet & m_VolSet);
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H A D | seqdbimpl.hpp | 1276 CSeqDBVolSet m_VolSet;
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H A D | seqdblmdbset.cpp | 212 CSeqDBLMDBSet::CSeqDBLMDBSet( const CSeqDBVolSet & volSet) in CSeqDBLMDBSet()
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/dports/biology/ncbi-blast+/ncbi-blast-2.12.0+-src/c++/src/objtools/blast/seqdb_reader/ |
H A D | seqdbalias.hpp | 482 string GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const; 507 Int8 GetNumSeqs(const CSeqDBVolSet & volset) const; 534 Int8 GetNumOIDs(const CSeqDBVolSet & volset) const; 594 int GetMembBit(const CSeqDBVolSet & volset) const; 627 const CSeqDBVolSet & volset) const; 649 const CSeqDBVolSet & volset) const; 663 void SetMasks(CSeqDBVolSet & volset); 1045 string GetTitle(const CSeqDBVolSet & volset) const; 1070 Int8 GetNumSeqs(const CSeqDBVolSet & volset) const; 1097 Int8 GetNumOIDs(const CSeqDBVolSet & volset) const; [all …]
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H A D | seqdbvolset.hpp | 157 class CSeqDBVolSet { class 176 CSeqDBVolSet(CSeqDBAtlas & atlas, 186 CSeqDBVolSet(); 193 ~CSeqDBVolSet(); 550 CSeqDBVolSet(const CSeqDBVolSet &); 553 CSeqDBVolSet & operator=(const CSeqDBVolSet &);
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H A D | seqdbgilistset.cpp | 206 bool s_VerifySeqidlist(const SBlastSeqIdListInfo & list_info, const CSeqDBVolSet & volset, const CS… in s_VerifySeqidlist() 230 const CSeqDBVolSet & volset, in x_ResolvePositiveList() 308 const CSeqDBVolSet & volset, in x_ResolveNegativeList() 380 const CSeqDBVolSet & volset, in CSeqDBGiListSet()
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H A D | seqdbimpl.hpp | 1276 CSeqDBVolSet m_VolSet;
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