MPOS (reference) in projects: dports - OpenGrok search results

Project(s)

Full Search
Definition
Symbol
File Path
History
Type

Searched refs:MPOS (Results 1 – 25 of 86) sorted by relevance

12 3 4

/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/mutect/filtering/
H A D	NA12878.vcf	22 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 129 1 324592 . G A . . DP=64;ECNT=1;FWD=60,2;MBQ=33,32;MFRL=254,234;MMQ=40,40;MPOS=13;NALOD=1.49;NLOD=8… 167 1 32200893 . G A . . DP=44;ECNT=1;FWD=42,2;MBQ=32,30;MFRL=281,238;MMQ=60,60;MPOS=28;NALOD=1.34;NLOD… 217 1 145299738 . C T . . DP=41;ECNT=3;FWD=29,3;MBQ=31,31;MFRL=198,145;MMQ=25,20;MPOS=2;NALOD=1.22;NLOD… 225 1 148011027 . C T . . DP=34;ECNT=1;FWD=28,4;MBQ=32,31;MFRL=285,166;MMQ=34,24;MPOS=29;NALOD=1.03;NLO… 341 2 89160080 . G C . . DP=101;ECNT=1;FWD=97,3;MBQ=30,30;MFRL=170,102;MMQ=60,60;MPOS=5;NALOD=1.61;NLOD… 1248 10 135490921 . C G . . DP=39;ECNT=2;FWD=34,4;MBQ=32,33;MFRL=208,187;MMQ=40,40;MPOS=25;NALOD=1.15;NL… 1249 10 135490925 . T C . . DP=34;ECNT=2;FWD=32,2;MBQ=31,33;MFRL=198,200;MMQ=40,40;MPOS=35;NALOD=1.08;NL… 1946 17 19216563 . C A . . DP=64;ECNT=1;FWD=54,3;MBQ=29,32;MFRL=185,0;MMQ=60,60;MPOS=29;NALOD=1.38;NLOD=… 2293 20 62493155 . C A . . DP=37;ECNT=1;FWD=34,2;MBQ=33,30;MFRL=126,187;MMQ=60,60;MPOS=35;NALOD=1.28;NLO… [all …]
/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/validation/basicshortmutpileup/
H A D	IS3.snv.indel.sv-vs-G15512.prenormal.sorted.vcf	12 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=A,Type=Float,Description="median distance from end of read"> 38 ….000e-03;P_GERMLINE=-6.281e+00;TLOD=32.89 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 40 ….000e-03;P_GERMLINE=-3.920e+00;TLOD=15.59 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 48 ….000e-03;P_GERMLINE=-5.121e+00;TLOD=24.89 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 50 ….000e-03;P_GERMLINE=-5.724e+00;TLOD=14.26 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 67 …1.000e-03;P_GERMLINE=-2.410e-01;TLOD=6.34 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 75 ….000e-03;P_GERMLINE=-2.716e+00;TLOD=12.73 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 77 …1.000e-03;P_GERMLINE=-4.600e+00;TLOD=3.82 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 86 ….000e-03;P_GERMLINE=-6.233e+00;TLOD=16.03 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 94 …1.000e-03;P_GERMLINE=-3.823e+00;TLOD=3.90 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… [all …]
/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/mutect/dream/vcfs/
H A D	sample_4.false_positives.vcf	45 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 152 1 113813 . A T . PASS DP=25;ECNT=1;MBQ=37,36;MFRL=174,129;MMQ=43,42;MPOS=42;NALOD=1.11;NLOD=3.61;PO… 207 1 890617 . C T . PASS DP=33;ECNT=1;MBQ=35,34;MFRL=211,321;MMQ=60,60;MPOS=18;NALOD=1.25;NLOD=5.07;PO… 208 1 1083641 . C T . PASS DP=33;ECNT=1;MBQ=35,34;MFRL=186,131;MMQ=60,60;MPOS=5;NALOD=1.26;NLOD=5.12;PO… 214 1 1789467 . G T . PASS DP=43;ECNT=1;MBQ=37,36;MFRL=195,129;MMQ=60,60;MPOS=36;NALOD=1.51;NLOD=9.33;P… 217 1 2246134 . C T . PASS DP=12;ECNT=1;MBQ=36,35;MFRL=237,126;MMQ=60,60;MPOS=8;NALOD=1.04;NLOD=2.96;PO… 218 1 2327720 . G T . PASS DP=29;ECNT=1;MBQ=36,33;MFRL=217,236;MMQ=60,60;MPOS=32;NALOD=1.02;NLOD=2.71;P… 253 1 2606653 . T C . PASS DP=15;ECNT=1;MBQ=36,38;MFRL=280,142;MMQ=40,34;MPOS=35;NALOD=1.04;NLOD=3.01;P… 408 1 2692010 . A G . PASS DP=26;ECNT=5;MBQ=34,37;MFRL=181,100;MMQ=50,23;MPOS=16;NALOD=1.23;NLOD=4.82;P… 489 1 8572253 . C T . PASS DP=12;ECNT=1;MBQ=34,38;MFRL=226,182;MMQ=40,40;MPOS=6;NALOD=0.954;NLOD=2.41;P… [all …]
/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/mutect/createpon/
H A D	sample1-copy.vcf	42 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 64 20 577114 . G A . PASS CONTQ=93;DP=13;ECNT=2;GERMQ=13;MBQ=23,31;MFRL=350,329;MMQ=60,60;MPOS=13;POPA… 87 20 11000515 . G A . PASS CONTQ=93;DP=10;ECNT=1;GERMQ=40;MBQ=0,30;MFRL=0,343;MMQ=0,42;MPOS=25;POPAF=… 88 20 11000608 . C T . PASS CONTQ=93;DP=7;ECNT=1;GERMQ=10;MBQ=23,31;MFRL=329,331;MMQ=55,60;MPOS=45;POP… 92 20 14282794 . G A . PASS CONTQ=93;DP=22;ECNT=2;GERMQ=75;MBQ=0,30;MFRL=0,330;MMQ=0,60;MPOS=24;POPAF=… 98 20 16178988 . C T . PASS CONTQ=93;DP=26;ECNT=1;GERMQ=82;MBQ=0,30;MFRL=0,338;MMQ=0,60;MPOS=26;POPAF=… 130 20 30424632 . T C . PASS CONTQ=93;DP=23;ECNT=1;GERMQ=67;MBQ=0,23;MFRL=0,326;MMQ=0,60;MPOS=19;POPAF=… 131 20 30733473 . A G . PASS CONTQ=93;DP=13;ECNT=1;GERMQ=46;MBQ=0,23;MFRL=0,336;MMQ=0,60;MPOS=29;POPAF=… 146 20 38244592 . T C . PASS CONTQ=93;DP=12;ECNT=2;GERMQ=46;MBQ=0,31;MFRL=0,343;MMQ=0,60;MPOS=23;POPAF=… 169 20 43578485 . C T . PASS CONTQ=93;DP=17;ECNT=2;GERMQ=58;MBQ=0,31;MFRL=0,262;MMQ=0,60;MPOS=12;POPAF=… [all …]
H A D	sample1.vcf	42 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 64 20 577114 . G A . PASS CONTQ=93;DP=13;ECNT=2;GERMQ=13;MBQ=23,31;MFRL=350,329;MMQ=60,60;MPOS=13;POPA… 87 20 11000515 . G A . PASS CONTQ=93;DP=10;ECNT=1;GERMQ=40;MBQ=0,30;MFRL=0,343;MMQ=0,42;MPOS=25;POPAF=… 88 20 11000608 . C T . PASS CONTQ=93;DP=7;ECNT=1;GERMQ=10;MBQ=23,31;MFRL=329,331;MMQ=55,60;MPOS=45;POP… 92 20 14282794 . G A . PASS CONTQ=93;DP=22;ECNT=2;GERMQ=75;MBQ=0,30;MFRL=0,330;MMQ=0,60;MPOS=24;POPAF=… 98 20 16178988 . C T . PASS CONTQ=93;DP=26;ECNT=1;GERMQ=82;MBQ=0,30;MFRL=0,338;MMQ=0,60;MPOS=26;POPAF=… 130 20 30424632 . T C . PASS CONTQ=93;DP=23;ECNT=1;GERMQ=67;MBQ=0,23;MFRL=0,326;MMQ=0,60;MPOS=19;POPAF=… 131 20 30733473 . A G . PASS CONTQ=93;DP=13;ECNT=1;GERMQ=46;MBQ=0,23;MFRL=0,336;MMQ=0,60;MPOS=29;POPAF=… 146 20 38244592 . T C . PASS CONTQ=93;DP=12;ECNT=2;GERMQ=46;MBQ=0,31;MFRL=0,343;MMQ=0,60;MPOS=23;POPAF=… 169 20 43578485 . C T . PASS CONTQ=93;DP=17;ECNT=2;GERMQ=58;MBQ=0,31;MFRL=0,262;MMQ=0,60;MPOS=12;POPAF=… [all …]
/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/mutect/cfdna/
H A D	cfdna-unfiltered.vcf	21 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 129 1 12921386 . G A . . DP=3747;ECNT=1;MBQ=46,45;MFRL=146,145;MMQ=60,60;MPOS=58;NALOD=3.01;NLOD=300.11… 131 1 31770944 . T C . . DP=4908;ECNT=1;MBQ=45,25;MFRL=141,143;MMQ=60,60;MPOS=17;NALOD=3.23;NLOD=506.02… 137 2 25957536 . G T . . DP=4503;ECNT=1;MBQ=50,47;MFRL=146,144;MMQ=60,60;MPOS=29;NALOD=3.24;NLOD=510.23… 140 2 25959477 . C T . . DP=2490;ECNT=2;MBQ=49,46;MFRL=140,119;MMQ=60,60;MPOS=36;NALOD=3.05;NLOD=327.48… 145 2 25963056 . G T . . DP=4493;ECNT=1;MBQ=49,47;MFRL=143,133;MMQ=60,60;MPOS=55;NALOD=3.12;NLOD=390.12… 151 2 71633389 . C T . . DP=3840;ECNT=1;MBQ=49,47;MFRL=145,126;MMQ=60,60;MPOS=39;NALOD=3.23;NLOD=513.85… 196 12 49420976 . G A . . DP=1202;ECNT=1;MBQ=49,49;MFRL=136,121;MMQ=60,60;MPOS=16;NALOD=2.65;NLOD=128.5… 211 16 72830539 . C G . . DP=2969;ECNT=1;MBQ=53,50;MFRL=137,150;MMQ=60,60;MPOS=32;NALOD=3.05;NLOD=329.0… 236 X 44938458 . A G . . DP=2641;ECNT=2;MBQ=46,46;MFRL=141,147;MMQ=60,60;MPOS=44;NALOD=3.01;NLOD=306.72… [all …]
/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/validation/mc3/
H A D	M2.vcf	28 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 145 …6.965e-03;P_GERMLINE=-2.820e+01;TLOD=3.00 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:OBAM:OBAMRC:OBF:OBP… 163 …2.201e-04;P_GERMLINE=-1.626e+01;TLOD=3.40 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:OBAM:OBAMRC:OBF:OBP… 174 …E=-3.170e+01;RPA=11,12;RU=A;STR;TLOD=3.88 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:OBAM:OBAMRC:SA_MAP_… 177 …TAM=0.016;P_GERMLINE=-2.764e+01;TLOD=3.26 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:OBAM:OBAMRC:OBF:OBP… 193 …NE=-4.119e+01;RPA=10,9;RU=A;STR;TLOD=5.83 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:OBAM:OBAMRC:SA_MAP_… 199 ….462e-09;P_GERMLINE=-1.286e+01;TLOD=11.54 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:OBAM:OBAMRC:SA_MAP_… 234 …AM=0.00;P_GERMLINE=-3.275e+01;TLOD=231.93 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:OBAM:OBAMRC:OBF:OBP… 286 …5.901e-15;P_GERMLINE=-2.675e+01;TLOD=6.22 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:OBAM:OBAMRC:SA_MAP_… 323 …7.705e-06;P_GERMLINE=-2.105e+00;TLOD=3.60 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:OBAM:OBAMRC:OBF:OBP… [all …]
/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenotypeGVCFs/
H A D	threeSamples.MT.vcf	36 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 65 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 176 MT 73 . A G . PASS CONTQ=93.00;DP=9767 GT:AD:AF:DP:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:TLOD 0:3492,0:0.00:3492:.,.:.,… 193 MT 2259 . C T . PASS CONTQ=93.00;DP=21127 GT:AD:AF:DP:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:TLOD 1:23,6545:0.999:6568:6… 196 MT 2706 . A G . PASS CONTQ=93.00;DP=21343 GT:AD:AF:DP:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:TLOD 0:7260,0:0.00:7260:.,.… 200 MT 4745 . A G . PASS CONTQ=93.00;DP=802 GT:AD:AF:DP:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:TLOD 0/1:1,49:0.960:50:13,27:… 210 MT 8860 . A G . PASS CONTQ=93.00;DP=554 GT:AD:AF:DP:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:TLOD 0/1:3,29:0.917:32:9,25:3… 214 MT 10398 . A G . PASS CONTQ=93.00;DP=20992 GT:AD:AF:DP:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:TLOD 0:7079,0:0.00:7079:.,… 217 MT 11719 . G A . PASS CONTQ=93.00;DP=19802 GT:AD:AF:DP:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:TLOD 0:6983,0:0.00:6983:.,… 222 MT 13326 . T C . PASS CONTQ=93.00;DP=21087 GT:AD:AF:DP:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:TLOD 1:11,6649:0.999:6660:… [all …]
H A D	threeSamples.2alts.vcf	36 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description=""> 63 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 174 MT 73 . A G . . CONTQ=93.00;DP=9767;MFRL=207;MPOS=35;POPAF=7.30;SAAF=0.990;SAPP=0.030 GT:AD:AF:DP:M… 176 MT 152 . T C . . CONTQ=93.00;DP=19244;MFRL=409;MPOS=23;POPAF=7.30;SAAF=0.990;SAPP=0.033 GT:AD:AF:DP… 191 MT 2259 . C T . . CONTQ=93.00;DP=21127;MFRL=341;MPOS=37;POPAF=7.30;SAAF=0.990;SAPP=0.089 GT:AD:AF:D… 194 MT 2706 . A G . . CONTQ=93.00;DP=21343;MFRL=309;MPOS=36;POPAF=7.30;SAAF=0.990;SAPP=0.027 GT:AD:AF:D… 198 MT 4745 . A G . . CONTQ=93.00;DP=802;MFRL=365;MPOS=36;POPAF=7.30;SAAF=0.980;SAPP=0.028 GT:AD:AF:DP:… 208 MT 8860 . A G . . CONTQ=93.00;DP=554;MFRL=362;MPOS=6;POPAF=7.30;SAAF=0.990;SAPP=0.042 GT:AD:AF:DP:M… 215 MT 11719 . G A . . CONTQ=93.00;DP=19802;MFRL=340;MPOS=25;POPAF=7.30;SAAF=0.990;SAPP=0.033 GT:AD:AF:… 220 MT 13326 . T C . . CONTQ=93.00;DP=21087;MFRL=300;MPOS=37;POPAF=7.30;SAAF=0.990;SAPP=0.037 GT:AD:AF:… [all …]
/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/variantutils/LeftAlignAndTrimVariants/
H A D	expected_split_with_AS_filters.vcf	54 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 78 …AS_SB_TABLE=5,1\|4689,4744;DP=9619;ECNT=1;MBQ=15,30;MFRL=394,396;MMQ=60,60;MPOS=40;OCM=0;POPAF=2.40… 79 …AS_SB_TABLE=0,6\|2124,4436;DP=6761;ECNT=4;MBQ=20,30;MFRL=411,395;MMQ=60,60;MPOS=33;OCM=0;POPAF=2.40… 90 …AS_SB_TABLE=2,8\|3987,4458;DP=8755;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=347,395;MMQ=60,60;MPOS=34;OCM=0;POPAF=2.40… 91 …S_SB_TABLE=5,4\|5187,5182;DP=10633;ECNT=3;MBQ=10,30;MFRL=407,398;MMQ=60,60;MPOS=37;OCM=0;POPAF=2.40… 93 …S_SB_TABLE=2,5\|5119,5160;DP=10567;ECNT=3;MBQ=20,30;MFRL=387,398;MMQ=60,60;MPOS=36;OCM=0;POPAF=2.40… 94 …S_SB_TABLE=0,4\|5322,5192;DP=10800;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=416,398;MMQ=60,60;MPOS=36;OCM=0;POPAF=2.40… 95 …S_SB_TABLE=2,1\|5027,5476;DP=10768;ECNT=1;MBQ=10,30;MFRL=406,397;MMQ=60,60;MPOS=36;OCM=0;POPAF=2.40… 135 …;AS_SB_TABLE=1,2\|596,2826;DP=3540;ECNT=8;MBQ=30,30;MFRL=414,397;MMQ=60,60;MPOS=25;OCM=0;POPAF=2.40… 137 …AS_SB_TABLE=2,2\|1114,3004;DP=4262;ECNT=8;MBQ=30,30;MFRL=414,398;MMQ=60,60;MPOS=23;OCM=0;POPAF=2.40… [all …]
H A D	test_split_with_AS_filters.vcf	50 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 75 …AS_SB_TABLE=5,1\|4689,4744;DP=9619;ECNT=1;MBQ=15,30;MFRL=394,396;MMQ=60,60;MPOS=40;OCM=0;POPAF=2.40… 76 …AS_SB_TABLE=0,6\|2124,4436;DP=6761;ECNT=4;MBQ=20,30;MFRL=411,395;MMQ=60,60;MPOS=33;OCM=0;POPAF=2.40… 80 …AS_SB_TABLE=2,8\|3987,4458;DP=8755;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=347,395;MMQ=60,60;MPOS=34;OCM=0;POPAF=2.40… 81 …S_SB_TABLE=5,4\|5187,5182;DP=10633;ECNT=3;MBQ=10,30;MFRL=407,398;MMQ=60,60;MPOS=37;OCM=0;POPAF=2.40… 83 …S_SB_TABLE=2,5\|5119,5160;DP=10567;ECNT=3;MBQ=20,30;MFRL=387,398;MMQ=60,60;MPOS=36;OCM=0;POPAF=2.40… 84 …S_SB_TABLE=0,4\|5322,5192;DP=10800;ECNT=1;MBQ=20,30;MFRL=416,398;MMQ=60,60;MPOS=36;OCM=0;POPAF=2.40… 85 …S_SB_TABLE=2,1\|5027,5476;DP=10768;ECNT=1;MBQ=10,30;MFRL=406,397;MMQ=60,60;MPOS=36;OCM=0;POPAF=2.40… 91 …S_SB_TABLE=5,4\|5260,4910;DP=10474;ECNT=2;MBQ=20,30;MFRL=263,401;MMQ=60,60;MPOS=37;OCM=0;POPAF=2.40… 120 …AS_SB_TABLE=2,2\|1114,3004;DP=4262;ECNT=8;MBQ=30,30;MFRL=414,398;MMQ=60,60;MPOS=23;OCM=0;POPAF=2.40… [all …]
/dports/biology/bio-mocha/bcftools-1.14/test/
H A D	view64bit.2.vcf	`2 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="dummy"> 4 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=.,Type=Integer,Description="dummy"> 8 chr1 1 . G C . . MPOS=42949672950;XPOS=42949672950,42949672950,42949672950 MPOS:XPOS 42949672950:42…`
H A D	view64bit.4.vcf	`2 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="dummy"> 4 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=.,Type=Integer,Description="dummy"> 8 chr1 1 . G C . . MPOS=.;XPOS=.,.,. MPOS:XPOS .:.,.,.`
H A D	view64bit.3.vcf	`2 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="dummy"> 4 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=.,Type=Integer,Description="dummy"> 8 chr1 42949672950 . G C . . MPOS=42949672950;XPOS=42949672950,42949672950,42949672950 MPOS:XPOS 4294…`
H A D	view64bit.1.vcf	`2 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="dummy"> 9 chr1 1 . G C . . MPOS=-2147483641;XPOS=-2147483641,-2147483641,-2147483641;NALOD=-8.279e-01;NLOD=15… 10 chr1 2 . G C . . MPOS=-2147483648;XPOS=-2147483648,-2147483648,-2147483648;NALOD=-8.279e-01;NLOD=15…`
/dports/biology/bcftools/bcftools-1.14/test/
H A D	view64bit.2.vcf	`2 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="dummy"> 4 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=.,Type=Integer,Description="dummy"> 8 chr1 1 . G C . . MPOS=42949672950;XPOS=42949672950,42949672950,42949672950 MPOS:XPOS 42949672950:42…`
H A D	view64bit.3.vcf	`2 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="dummy"> 4 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=.,Type=Integer,Description="dummy"> 8 chr1 42949672950 . G C . . MPOS=42949672950;XPOS=42949672950,42949672950,42949672950 MPOS:XPOS 4294…`
H A D	view64bit.4.vcf	`2 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="dummy"> 4 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=.,Type=Integer,Description="dummy"> 8 chr1 1 . G C . . MPOS=.;XPOS=.,.,. MPOS:XPOS .:.,.,.`
H A D	view64bit.1.vcf	`2 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="dummy"> 9 chr1 1 . G C . . MPOS=-2147483641;XPOS=-2147483641,-2147483641,-2147483641;NALOD=-8.279e-01;NLOD=15… 10 chr1 2 . G C . . MPOS=-2147483648;XPOS=-2147483648,-2147483648,-2147483648;NALOD=-8.279e-01;NLOD=15…`
/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/variantutils/SelectVariants/
H A D	many-allelic-somatic.vcf	42 ##INFO=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 88 …310,315,315,306,325,333,319,312,318,307;MMQ=60,60,60,60,60,60,60,60,60,60;MPOS=10,5,4,55,3,39,28,9… 89 …0;MFRL=168,156,171,177,172,172,169,175,167;MMQ=60,60,60,60,60,60,60,60,60;MPOS=36,33,44,40,49,45,4… 90 …,20,20,20,20,20;MFRL=174,174,174,175,170,174,164;MMQ=60,60,60,60,60,60,60;MPOS=34,36,41,45,44,22;P… 91 …P=576;ECNT=5;GERMQ=4;MBQ=23,25,24,25;MFRL=188,191,185,177;MMQ=60,60,46,46;MPOS=32,31,26;POPAF=7.30… 92 …,28,28,28,28,28;MFRL=182,224,303,320,306,312,312;MMQ=60,60,60,60,60,60,60;MPOS=32,27,15,20,4,4;POP… 94 …20,26,20;MFRL=173,314,171,176,172,167,173,167;MMQ=60,60,60,60,60,60,60,60;MPOS=32,22,31,31,22,16,2… 95 …20,20,20;MFRL=174,162,190,182,180,180,173,180;MMQ=60,60,60,60,60,60,60,60;MPOS=36,38,34,40,36,29,3… 97 …20,20,20;MFRL=172,173,188,168,176,179,177,167;MMQ=60,60,60,60,60,60,60,60;MPOS=38,55,42,46,31,44,3… 98 …0;MFRL=174,204,185,192,180,175,185,176,175;MMQ=60,60,60,60,60,60,60,60,60;MPOS=27,44,45,36,39,38,3… [all …]
/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/ValidateVariants/
H A D	badGVCF.outOfOrder.g.vcf	13 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 72 …e-08,5.000e-08;TLOD=2640.64,-2.624e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 74 …8,5.000e-08;TLOD=-1.789e+00,-2.609e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 80 …000e-08,5.000e-08;TLOD=3.62,-2.495e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 90 …8,5.000e-08;TLOD=-2.100e+00,-2.578e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 92 …8,5.000e-08;TLOD=-2.466e+00,-2.584e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 94 …8,5.000e-08;TLOD=-2.566e+00,-2.590e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 102 …00e-08,5.000e-08;TLOD=0.585,-2.613e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 104 …8,5.000e-08;TLOD=-2.004e+00,-2.630e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 109 …8,5.000e-08;TLOD=-2.660e+00,-2.760e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… [all …]
/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/CombineGVCFs/
H A D	sample1.MT.g.vcf	13 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 63 …e-08,5.000e-08;TLOD=2595.99,-2.617e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 65 …8,5.000e-08;TLOD=-1.778e+00,-2.603e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 71 …000e-08,5.000e-08;TLOD=3.74,-2.487e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 79 …8,5.000e-08;TLOD=-2.118e+00,-2.586e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 81 …8,5.000e-08;TLOD=-2.476e+00,-2.592e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 83 …8,5.000e-08;TLOD=-2.575e+00,-2.598e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 91 …00e-08,5.000e-08;TLOD=0.518,-2.620e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 93 …8,5.000e-08;TLOD=-2.020e+00,-2.637e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 100 …8,5.000e-08;TLOD=-2.552e+00,-2.743e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… [all …]
H A D	sample1.expected.MT.g.vcf	13 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 63 …e-08,5.000e-08;TLOD=2595.99,-2.617e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 65 …8,5.000e-08;TLOD=-1.778e+00,-2.603e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 71 …000e-08,5.000e-08;TLOD=3.74,-2.487e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 79 …8,5.000e-08;TLOD=-2.118e+00,-2.586e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 81 …8,5.000e-08;TLOD=-2.476e+00,-2.592e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 83 …8,5.000e-08;TLOD=-2.575e+00,-2.598e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 91 …00e-08,5.000e-08;TLOD=0.518,-2.620e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 93 …8,5.000e-08;TLOD=-2.020e+00,-2.637e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 100 …8,5.000e-08;TLOD=-2.552e+00,-2.743e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… [all …]
H A D	sample2.MT.g.vcf	13 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 67 …e-08,5.000e-08;TLOD=2640.64,-2.624e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 69 …8,5.000e-08;TLOD=-1.789e+00,-2.609e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 73 …F=5.000e-08;TLOD=-7.777e-01,-2.359e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 75 …000e-08,5.000e-08;TLOD=3.62,-2.495e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 87 …8,5.000e-08;TLOD=-2.466e+00,-2.584e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 89 …8,5.000e-08;TLOD=-2.566e+00,-2.590e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 97 …00e-08,5.000e-08;TLOD=0.585,-2.613e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 99 …8,5.000e-08;TLOD=-2.004e+00,-2.630e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… 104 …8,5.000e-08;TLOD=-2.660e+00,-2.760e+00 GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_P… [all …]
/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/mutect/mito/
H A D	unfiltered.vcf	12 ##FORMAT=<ID=MPOS,Number=A,Type=Integer,Description="median distance from end of read"> 39 …ECNT=1;TLOD=5266.19;POPAF=5.000e-08;OCM=0 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:POTENTIAL_POLYMORPH… 40 …NT=4;TLOD=2641.72;POPAF=5.000e-08;OCM=800 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS 0/1:1,831:0.999:0,4… 41 …80;ECNT=4;TLOD=3.32;POPAF=5.000e-08;OCM=0 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS 0/1:579,53:0.084:24… 42 …POPAF=5.000e-08,5.000e-08,5.000e-08;OCM=0 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS 0/1/2/3:5,401,67,49… 43 …89;POPAF=5.000e-08;RPA=5,6;RU=C;STR;OCM=0 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS 0/1:0,658:1.00:0,27… 44 …POPAF=5.000e-08,5.000e-08,5.000e-08;OCM=0 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS 0/1/2/3:5,401,67,49… 45 …ECNT=1;TLOD=5097.90;POPAF=5.000e-08;OCM=0 GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:POTENTIAL_POLYMORPH…

12 3 4