Home
last modified time | relevance | path

Searched refs:SRA (Results 1 – 25 of 3048) sorted by relevance

12345678910>>...122

/dports/biology/sra-tools/sra-tools-2.11.0/ncbi-vdb/libs/sra/
H A Dbuilt-in.vschema98 table NCBI:SRA:_454_:legacy #1 = NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #1,
100 NCBI:SRA:tbl:skeyname #1, NCBI:SRA:_454_:common #1
148 table NCBI:SRA:_454_:tbl:v0 #1 = NCBI:SRA:_454_:legacy #1
246 table NCBI:SRA:_454_:tbl:v1 #1 = NCBI:SRA:_454_:legacy #1, NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nophys #1
301 table NCBI:SRA:Illumina:legacy #1 = NCBI:SRA:tbl:sra #1,
345 table NCBI:SRA:Illumina:tbl:v0 #1 = NCBI:SRA:Illumina:legacy #1, NCBI:SRA:tbl:skeyname #1
415 table NCBI:SRA:Illumina:tbl:v0a #1 = NCBI:SRA:Illumina:tbl:v0 #1, NCBI:SRA:Illumina:qual4_nocol #1
510 alias NCBI:SRA:encoded_qual4 NCBI:SRA:comp_qual4;
515 table NCBI:SRA:Illumina:tbl:v1a #1 = NCBI:SRA:Illumina:tbl:v1 #1, NCBI:SRA:Illumina:qual4_nocol #1
539 table NCBI:SRA:ABI:legacy #1 = NCBI:SRA:tbl:sra #1,
[all …]
/dports/biology/ncbi-vdb/ncbi-vdb-2.11.0/libs/sra/
H A Dbuilt-in.vschema98 table NCBI:SRA:_454_:legacy #1 = NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #1,
100 NCBI:SRA:tbl:skeyname #1, NCBI:SRA:_454_:common #1
148 table NCBI:SRA:_454_:tbl:v0 #1 = NCBI:SRA:_454_:legacy #1
246 table NCBI:SRA:_454_:tbl:v1 #1 = NCBI:SRA:_454_:legacy #1, NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nophys #1
301 table NCBI:SRA:Illumina:legacy #1 = NCBI:SRA:tbl:sra #1,
345 table NCBI:SRA:Illumina:tbl:v0 #1 = NCBI:SRA:Illumina:legacy #1, NCBI:SRA:tbl:skeyname #1
415 table NCBI:SRA:Illumina:tbl:v0a #1 = NCBI:SRA:Illumina:tbl:v0 #1, NCBI:SRA:Illumina:qual4_nocol #1
510 alias NCBI:SRA:encoded_qual4 NCBI:SRA:comp_qual4;
515 table NCBI:SRA:Illumina:tbl:v1a #1 = NCBI:SRA:Illumina:tbl:v1 #1, NCBI:SRA:Illumina:qual4_nocol #1
539 table NCBI:SRA:ABI:legacy #1 = NCBI:SRA:tbl:sra #1,
[all …]
/dports/biology/sra-tools/sra-tools-2.11.0/ncbi-vdb/interfaces/sra/
H A Dgeneric-fastq.vschema44 * NCBI:SRA:GenericFastq:sequence
45 * Generic Fastq SRA Platform
52 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
55 , NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2
105 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
108 , NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2
142 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
145 , NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2
187 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
220 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
[all …]
H A Dillumina.vschema41 typedef NCBI:qual4 NCBI:SRA:rotated_qual4, NCBI:SRA:swapped_qual4;
57 * NCBI:SRA:Illumina:qual4
132 NCBI:SRA:swapped_qual4 NCBI:SRA:qual4_decode #1 ( NCBI:SRA:encoded_qual4 in );
136 NCBI:SRA:encoded_qual4 NCBI:SRA:qual4_encode #1 ( NCBI:SRA:swapped_qual4 in );
139 physical NCBI:SRA:swapped_qual4 NCBI:SRA:qual4_encoding #1
144 NCBI:SRA:encoded_qual4 encoded = NCBI:SRA:qual4_encode ( @ );
163 table NCBI:SRA:Illumina:qual4 #1.0.1 = NCBI:SRA:Illumina:qual4_nocol #1.0.1
210 * NCBI:SRA:Illumina
224 table NCBI:SRA:Illumina:common #1.0.4 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4
260 physical NCBI:SRA:swapped_fsamp4 NCBI:SRA:Illumina:encoding:SIGNAL #2
[all …]
H A Dabi.vschema37 * NCBI:SRA:ABI
38 * ABI SRA Platform
49 /* NCBI:SRA:ABI:common
58 table NCBI:SRA:ABI:common #1.0.4 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4
83 < NCBI:SRA:swapped_fsamp4 > NCBI:SRA:swap ( out_signal_swapped, out_x2cs_bin );
145 /* NCBI:SRA:ABI:tbl:v2 #1
155 physical NCBI:SRA:swapped_fsamp4 NCBI:SRA:ABI:encoding:SIGNAL #2
161 table NCBI:SRA:ABI:tbl:v2 #1.0.5
162 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
165 , NCBI:SRA:ABI:common #1.0.4
[all …]
H A D454.vschema60 ( NCBI:SRA:_454_:drdparam_set spot, NCBI:SRA:_454_:drdparam_set key
77 * NCBI:SRA:_454_:common
78 * Roche 454 SRA Platform
87 table NCBI:SRA:_454_:common #1.0.5 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4, NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2
175 /* NCBI:SRA:_454_:common productions
189 * NCBI:SRA:_454_:tbl:v2
190 * Roche 454 SRA Platform
233 table NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 #2
234 = NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #2.1.4
237 , NCBI:SRA:_454_:common #1.0.5
[all …]
H A Dpacbio.vschema37 * NCBI:SRA:PacBio
38 * Pacific Biotech SRA Platform
45 table NCBI:SRA:PacBio:common #1.0.4 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
55 table NCBI:SRA:PacBio:smrt:fastq #2
56 = NCBI:SRA:PacBio:common #1.0.4
80 * NCBI:SRA:PacBio:smrt:db
81 * Pacific Biotech SRA Platform
116 = INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1
171 , NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #2.1.4
223 table NCBI:SRA:PacBio:smrt:cons #2
[all …]
H A Dnanopore.vschema37 * NCBI:SRA:Nanopore:consensus
38 * Oxford Nanopore SRA Platform
44 table NCBI:SRA:Nanopore:consensus #2
45 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
58 INSDC:SRA:platform_id out_platform
64 * NCBI:SRA:Nanopore:sequence
65 * Oxford Nanopore SRA Platform
71 table NCBI:SRA:Nanopore:sequence #2
72 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
83 INSDC:SRA:platform_id out_platform
[all …]
/dports/biology/ncbi-vdb/ncbi-vdb-2.11.0/interfaces/sra/
H A Dgeneric-fastq.vschema44 * NCBI:SRA:GenericFastq:sequence
45 * Generic Fastq SRA Platform
52 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
55 , NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2
105 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
108 , NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2
142 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
145 , NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2
187 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
220 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
[all …]
H A Dillumina.vschema41 typedef NCBI:qual4 NCBI:SRA:rotated_qual4, NCBI:SRA:swapped_qual4;
57 * NCBI:SRA:Illumina:qual4
132 NCBI:SRA:swapped_qual4 NCBI:SRA:qual4_decode #1 ( NCBI:SRA:encoded_qual4 in );
136 NCBI:SRA:encoded_qual4 NCBI:SRA:qual4_encode #1 ( NCBI:SRA:swapped_qual4 in );
139 physical NCBI:SRA:swapped_qual4 NCBI:SRA:qual4_encoding #1
144 NCBI:SRA:encoded_qual4 encoded = NCBI:SRA:qual4_encode ( @ );
163 table NCBI:SRA:Illumina:qual4 #1.0.1 = NCBI:SRA:Illumina:qual4_nocol #1.0.1
210 * NCBI:SRA:Illumina
224 table NCBI:SRA:Illumina:common #1.0.4 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4
260 physical NCBI:SRA:swapped_fsamp4 NCBI:SRA:Illumina:encoding:SIGNAL #2
[all …]
H A Dabi.vschema37 * NCBI:SRA:ABI
38 * ABI SRA Platform
49 /* NCBI:SRA:ABI:common
58 table NCBI:SRA:ABI:common #1.0.4 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4
83 < NCBI:SRA:swapped_fsamp4 > NCBI:SRA:swap ( out_signal_swapped, out_x2cs_bin );
145 /* NCBI:SRA:ABI:tbl:v2 #1
155 physical NCBI:SRA:swapped_fsamp4 NCBI:SRA:ABI:encoding:SIGNAL #2
161 table NCBI:SRA:ABI:tbl:v2 #1.0.5
162 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
165 , NCBI:SRA:ABI:common #1.0.4
[all …]
H A D454.vschema60 ( NCBI:SRA:_454_:drdparam_set spot, NCBI:SRA:_454_:drdparam_set key
77 * NCBI:SRA:_454_:common
78 * Roche 454 SRA Platform
87 table NCBI:SRA:_454_:common #1.0.5 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4, NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2
175 /* NCBI:SRA:_454_:common productions
189 * NCBI:SRA:_454_:tbl:v2
190 * Roche 454 SRA Platform
233 table NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 #2
234 = NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #2.1.4
237 , NCBI:SRA:_454_:common #1.0.5
[all …]
H A Dpacbio.vschema37 * NCBI:SRA:PacBio
38 * Pacific Biotech SRA Platform
45 table NCBI:SRA:PacBio:common #1.0.4 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
55 table NCBI:SRA:PacBio:smrt:fastq #2
56 = NCBI:SRA:PacBio:common #1.0.4
80 * NCBI:SRA:PacBio:smrt:db
81 * Pacific Biotech SRA Platform
116 = INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1
171 , NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #2.1.4
223 table NCBI:SRA:PacBio:smrt:cons #2
[all …]
H A Dnanopore.vschema37 * NCBI:SRA:Nanopore:consensus
38 * Oxford Nanopore SRA Platform
44 table NCBI:SRA:Nanopore:consensus #2
45 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
58 INSDC:SRA:platform_id out_platform
64 * NCBI:SRA:Nanopore:sequence
65 * Oxford Nanopore SRA Platform
71 table NCBI:SRA:Nanopore:sequence #2
72 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4
83 INSDC:SRA:platform_id out_platform
[all …]
/dports/biology/sra-tools/sra-tools-2.11.0/tools/kar/
H A Dsra_delite.kfg12 translate NCBI:SRA:Helicos:tbl:v2 1.0.4 2
13 translate NCBI:SRA:Illumina:qual4 2.1.0 3
25 translate NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 1.0.7 2
26 translate NCBI:SRA:tbl:spotdesc 1.0.2 1.1
39 translate NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 1.0.6 2
43 translate NCBI:SRA:Helicos:tbl:v2 1.0.3 2
46 translate NCBI:SRA:GenericFastq:db 1 2
54 translate NCBI:SRA:Nanopore:db 1 2
55 translate NCBI:SRA:Nanopore:consensus 1 2
56 translate NCBI:SRA:Nanopore:sequence 1 2
[all …]
H A Dsra_delite.sh86 $ARCHIVE_TAG <path> - path to SRA archive
251 translate NCBI:SRA:Helicos:tbl:v2 1.0.4 2
252 translate NCBI:SRA:Illumina:qual4 2.1.0 3
264 translate NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 1.0.7 2
278 translate NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 1.0.6 2
282 translate NCBI:SRA:Helicos:tbl:v2 1.0.3 2
285 translate NCBI:SRA:GenericFastq:db 1 2
293 translate NCBI:SRA:Nanopore:db 1 2
294 translate NCBI:SRA:Nanopore:consensus 1 2
295 translate NCBI:SRA:Nanopore:sequence 1 2
[all …]
/dports/biology/sra-tools/sra-tools-2.11.0/ncbi-vdb/interfaces/ncbi/
H A Dspotname.vschema149 NCBI:SRA:extract_spot_name #1 ( ascii name, NCBI:SRA:spot_name_token tok );
178 NCBI:SRA:extract_name_fmt #1 < ascii idx > ( ascii name, NCBI:SRA:spot_name_token tok );
189 * "coord" [ CONST ] - either NCBI:SRA:name_token:X or NCBI:SRA:name_token:Y
203 function INSDC:SRA:spot_ids_found NCBI:SRA:lookup #1.0
211 table NCBI:SRA:tbl:spotcoord #1 = INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1
264 table NCBI:SRA:tbl:skeyname #1.0.2 = INSDC:SRA:tbl:spotname #1.1
292 table NCBI:SRA:tbl:skeyname_nocol #2.0.2 = INSDC:SRA:tbl:spotname #1.1
313 table NCBI:SRA:tbl:skeyname #2.0.2 = NCBI:SRA:tbl:skeyname_nocol #2.0.2
318 = NCBI:SRA:extract_name_coord < NCBI:SRA:name_token:X > ( NAME, in_spot_name_tok );
320 = NCBI:SRA:extract_name_coord < NCBI:SRA:name_token:Y > ( NAME, in_spot_name_tok );
[all …]
H A Dsra.vschema71 alias INSDC:SRA:platform_id NCBI:SRA:platform_id;
72 alias INSDC:SRA:read_type NCBI:SRA:read_type;
73 alias INSDC:SRA:read_filter NCBI:SRA:read_filter;
75 typedef NCBI:fsamp4 NCBI:SRA:rotated_fsamp4, NCBI:SRA:swapped_fsamp4;
164 extern function NCBI:SRA:ReadDesc NCBI:SRA:make_read_desc #1 ( U8 num_reads,
235 function NCBI:SRA:swapped_fsamp4 NCBI:SRA:fsamp4:decode #2 ( merged_fmt in )
348 table NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nophys #1.1 = NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nocol #1.1
407 table NCBI:SRA:tbl:spotdesc #1.1 = NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nophys #1.1
457 * the NCBI SRA table
466 table NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #1.0.4 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4, NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nocol #1.0.2
[all …]
H A Dstats.vschema38 typeset NCBI:SRA:stats:qual_type
53 extern function U8 NCBI:SRA:stats_trigger #1
63 U8 NCBI:SRA:cmp_stats_trigger #1 ( B8 cmp_read_bin, NCBI:SRA:stats:qual_type qual_bin,
67 U8 NCBI:SRA:cmpf_stats_trigger #1 ( B8 cmp_read_bin, U32 spot_len,
74 U8 NCBI:SRA:readlen_stats_trigger #1 ( U32 read_len, INSDC:SRA:xread_type read_type );
96 table NCBI:SRA:tbl:stats #1.2.1 = INSDC:SRA:tbl:stats #1.1, INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4
98 INSDC:SRA:spotid_t min_spot_id
101 INSDC:SRA:spotid_t max_spot_id
124 | NCBI:SRA:cmpb_stats_trigger ( in_cmp_stats_bin )
130 = NCBI:SRA:phred_stats_trigger #1 ( in_qual_phred );
[all …]
/dports/biology/ncbi-vdb/ncbi-vdb-2.11.0/interfaces/ncbi/
H A Dspotname.vschema149 NCBI:SRA:extract_spot_name #1 ( ascii name, NCBI:SRA:spot_name_token tok );
178 NCBI:SRA:extract_name_fmt #1 < ascii idx > ( ascii name, NCBI:SRA:spot_name_token tok );
189 * "coord" [ CONST ] - either NCBI:SRA:name_token:X or NCBI:SRA:name_token:Y
203 function INSDC:SRA:spot_ids_found NCBI:SRA:lookup #1.0
211 table NCBI:SRA:tbl:spotcoord #1 = INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1
264 table NCBI:SRA:tbl:skeyname #1.0.2 = INSDC:SRA:tbl:spotname #1.1
292 table NCBI:SRA:tbl:skeyname_nocol #2.0.2 = INSDC:SRA:tbl:spotname #1.1
313 table NCBI:SRA:tbl:skeyname #2.0.2 = NCBI:SRA:tbl:skeyname_nocol #2.0.2
318 = NCBI:SRA:extract_name_coord < NCBI:SRA:name_token:X > ( NAME, in_spot_name_tok );
320 = NCBI:SRA:extract_name_coord < NCBI:SRA:name_token:Y > ( NAME, in_spot_name_tok );
[all …]
H A Dsra.vschema71 alias INSDC:SRA:platform_id NCBI:SRA:platform_id;
72 alias INSDC:SRA:read_type NCBI:SRA:read_type;
73 alias INSDC:SRA:read_filter NCBI:SRA:read_filter;
75 typedef NCBI:fsamp4 NCBI:SRA:rotated_fsamp4, NCBI:SRA:swapped_fsamp4;
164 extern function NCBI:SRA:ReadDesc NCBI:SRA:make_read_desc #1 ( U8 num_reads,
235 function NCBI:SRA:swapped_fsamp4 NCBI:SRA:fsamp4:decode #2 ( merged_fmt in )
348 table NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nophys #1.1 = NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nocol #1.1
407 table NCBI:SRA:tbl:spotdesc #1.1 = NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nophys #1.1
457 * the NCBI SRA table
466 table NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #1.0.4 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4, NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nocol #1.0.2
[all …]
H A Dstats.vschema38 typeset NCBI:SRA:stats:qual_type
53 extern function U8 NCBI:SRA:stats_trigger #1
63 U8 NCBI:SRA:cmp_stats_trigger #1 ( B8 cmp_read_bin, NCBI:SRA:stats:qual_type qual_bin,
67 U8 NCBI:SRA:cmpf_stats_trigger #1 ( B8 cmp_read_bin, U32 spot_len,
74 U8 NCBI:SRA:readlen_stats_trigger #1 ( U32 read_len, INSDC:SRA:xread_type read_type );
96 table NCBI:SRA:tbl:stats #1.2.1 = INSDC:SRA:tbl:stats #1.1, INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4
98 INSDC:SRA:spotid_t min_spot_id
101 INSDC:SRA:spotid_t max_spot_id
124 | NCBI:SRA:cmpb_stats_trigger ( in_cmp_stats_bin )
130 = NCBI:SRA:phred_stats_trigger #1 ( in_qual_phred );
[all …]
/dports/biology/sra-tools/sra-tools-2.11.0/ncbi-vdb/interfaces/insdc/
H A Dsra.vschema42 typedef U32 INSDC:SRA:spotid_t;
88 function INSDC:SRA:read_filter
89 …INSDC:SRA:spot2read_filter #1 ( INSDC:SRA:spot_filter out_spot_filter, INSDC:SRA:xread_type out_re…
102 function INSDC:SRA:spot_filter
103 INSDC:SRA:read2spot_filter #1 ( INSDC:SRA:read_filter out_read_filter );
110 table INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1
146 table INSDC:SRA:tbl:spotname #1.1 = INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1
361 table INSDC:SRA:tbl:stats #1.1
394 * the INSDC SRA table
416 table INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4 =
[all …]
/dports/biology/ncbi-vdb/ncbi-vdb-2.11.0/interfaces/insdc/
H A Dsra.vschema42 typedef U32 INSDC:SRA:spotid_t;
88 function INSDC:SRA:read_filter
89 …INSDC:SRA:spot2read_filter #1 ( INSDC:SRA:spot_filter out_spot_filter, INSDC:SRA:xread_type out_re…
102 function INSDC:SRA:spot_filter
103 INSDC:SRA:read2spot_filter #1 ( INSDC:SRA:read_filter out_read_filter );
110 table INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1
146 table INSDC:SRA:tbl:spotname #1.1 = INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1
361 table INSDC:SRA:tbl:stats #1.1
394 * the INSDC SRA table
416 table INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4 =
[all …]
/dports/emulators/bsvc/bsvc-2.4.6/src/M68k/devices/
H A DM68681.cpp317 return SRA; in Peek()
319 SRA &= ~RxRDY; in Peek()
320 SRA &= ~FFULL; in Peek()
382 SRA &= 0x0f; in Poke()
388 SRA |= TxRDY; in Poke()
389 SRA |= TxEMT; in Poke()
413 SRA &= ~TxEMT; in Poke()
540 SRA |= TxRDY; in EventCallback()
541 SRA |= TxEMT; in EventCallback()
594 SRA |= RxRDY; in EventCallback()
[all …]

12345678910>>...122