/dports/biology/sra-tools/sra-tools-2.11.0/ncbi-vdb/libs/sra/ |
H A D | built-in.vschema | 98 table NCBI:SRA:_454_:legacy #1 = NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #1, 100 NCBI:SRA:tbl:skeyname #1, NCBI:SRA:_454_:common #1 148 table NCBI:SRA:_454_:tbl:v0 #1 = NCBI:SRA:_454_:legacy #1 246 table NCBI:SRA:_454_:tbl:v1 #1 = NCBI:SRA:_454_:legacy #1, NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nophys #1 301 table NCBI:SRA:Illumina:legacy #1 = NCBI:SRA:tbl:sra #1, 345 table NCBI:SRA:Illumina:tbl:v0 #1 = NCBI:SRA:Illumina:legacy #1, NCBI:SRA:tbl:skeyname #1 415 table NCBI:SRA:Illumina:tbl:v0a #1 = NCBI:SRA:Illumina:tbl:v0 #1, NCBI:SRA:Illumina:qual4_nocol #1 510 alias NCBI:SRA:encoded_qual4 NCBI:SRA:comp_qual4; 515 table NCBI:SRA:Illumina:tbl:v1a #1 = NCBI:SRA:Illumina:tbl:v1 #1, NCBI:SRA:Illumina:qual4_nocol #1 539 table NCBI:SRA:ABI:legacy #1 = NCBI:SRA:tbl:sra #1, [all …]
|
/dports/biology/ncbi-vdb/ncbi-vdb-2.11.0/libs/sra/ |
H A D | built-in.vschema | 98 table NCBI:SRA:_454_:legacy #1 = NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #1, 100 NCBI:SRA:tbl:skeyname #1, NCBI:SRA:_454_:common #1 148 table NCBI:SRA:_454_:tbl:v0 #1 = NCBI:SRA:_454_:legacy #1 246 table NCBI:SRA:_454_:tbl:v1 #1 = NCBI:SRA:_454_:legacy #1, NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nophys #1 301 table NCBI:SRA:Illumina:legacy #1 = NCBI:SRA:tbl:sra #1, 345 table NCBI:SRA:Illumina:tbl:v0 #1 = NCBI:SRA:Illumina:legacy #1, NCBI:SRA:tbl:skeyname #1 415 table NCBI:SRA:Illumina:tbl:v0a #1 = NCBI:SRA:Illumina:tbl:v0 #1, NCBI:SRA:Illumina:qual4_nocol #1 510 alias NCBI:SRA:encoded_qual4 NCBI:SRA:comp_qual4; 515 table NCBI:SRA:Illumina:tbl:v1a #1 = NCBI:SRA:Illumina:tbl:v1 #1, NCBI:SRA:Illumina:qual4_nocol #1 539 table NCBI:SRA:ABI:legacy #1 = NCBI:SRA:tbl:sra #1, [all …]
|
/dports/biology/sra-tools/sra-tools-2.11.0/ncbi-vdb/interfaces/sra/ |
H A D | generic-fastq.vschema | 44 * NCBI:SRA:GenericFastq:sequence 45 * Generic Fastq SRA Platform 52 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 55 , NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2 105 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 108 , NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2 142 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 145 , NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2 187 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 220 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 [all …]
|
H A D | illumina.vschema | 41 typedef NCBI:qual4 NCBI:SRA:rotated_qual4, NCBI:SRA:swapped_qual4; 57 * NCBI:SRA:Illumina:qual4 132 NCBI:SRA:swapped_qual4 NCBI:SRA:qual4_decode #1 ( NCBI:SRA:encoded_qual4 in ); 136 NCBI:SRA:encoded_qual4 NCBI:SRA:qual4_encode #1 ( NCBI:SRA:swapped_qual4 in ); 139 physical NCBI:SRA:swapped_qual4 NCBI:SRA:qual4_encoding #1 144 NCBI:SRA:encoded_qual4 encoded = NCBI:SRA:qual4_encode ( @ ); 163 table NCBI:SRA:Illumina:qual4 #1.0.1 = NCBI:SRA:Illumina:qual4_nocol #1.0.1 210 * NCBI:SRA:Illumina 224 table NCBI:SRA:Illumina:common #1.0.4 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4 260 physical NCBI:SRA:swapped_fsamp4 NCBI:SRA:Illumina:encoding:SIGNAL #2 [all …]
|
H A D | abi.vschema | 37 * NCBI:SRA:ABI 38 * ABI SRA Platform 49 /* NCBI:SRA:ABI:common 58 table NCBI:SRA:ABI:common #1.0.4 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4 83 < NCBI:SRA:swapped_fsamp4 > NCBI:SRA:swap ( out_signal_swapped, out_x2cs_bin ); 145 /* NCBI:SRA:ABI:tbl:v2 #1 155 physical NCBI:SRA:swapped_fsamp4 NCBI:SRA:ABI:encoding:SIGNAL #2 161 table NCBI:SRA:ABI:tbl:v2 #1.0.5 162 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 165 , NCBI:SRA:ABI:common #1.0.4 [all …]
|
H A D | 454.vschema | 60 ( NCBI:SRA:_454_:drdparam_set spot, NCBI:SRA:_454_:drdparam_set key 77 * NCBI:SRA:_454_:common 78 * Roche 454 SRA Platform 87 table NCBI:SRA:_454_:common #1.0.5 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4, NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2 175 /* NCBI:SRA:_454_:common productions 189 * NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 190 * Roche 454 SRA Platform 233 table NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 #2 234 = NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #2.1.4 237 , NCBI:SRA:_454_:common #1.0.5 [all …]
|
H A D | pacbio.vschema | 37 * NCBI:SRA:PacBio 38 * Pacific Biotech SRA Platform 45 table NCBI:SRA:PacBio:common #1.0.4 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 55 table NCBI:SRA:PacBio:smrt:fastq #2 56 = NCBI:SRA:PacBio:common #1.0.4 80 * NCBI:SRA:PacBio:smrt:db 81 * Pacific Biotech SRA Platform 116 = INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1 171 , NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #2.1.4 223 table NCBI:SRA:PacBio:smrt:cons #2 [all …]
|
H A D | nanopore.vschema | 37 * NCBI:SRA:Nanopore:consensus 38 * Oxford Nanopore SRA Platform 44 table NCBI:SRA:Nanopore:consensus #2 45 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 58 INSDC:SRA:platform_id out_platform 64 * NCBI:SRA:Nanopore:sequence 65 * Oxford Nanopore SRA Platform 71 table NCBI:SRA:Nanopore:sequence #2 72 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 83 INSDC:SRA:platform_id out_platform [all …]
|
/dports/biology/ncbi-vdb/ncbi-vdb-2.11.0/interfaces/sra/ |
H A D | generic-fastq.vschema | 44 * NCBI:SRA:GenericFastq:sequence 45 * Generic Fastq SRA Platform 52 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 55 , NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2 105 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 108 , NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2 142 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 145 , NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2 187 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 220 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 [all …]
|
H A D | illumina.vschema | 41 typedef NCBI:qual4 NCBI:SRA:rotated_qual4, NCBI:SRA:swapped_qual4; 57 * NCBI:SRA:Illumina:qual4 132 NCBI:SRA:swapped_qual4 NCBI:SRA:qual4_decode #1 ( NCBI:SRA:encoded_qual4 in ); 136 NCBI:SRA:encoded_qual4 NCBI:SRA:qual4_encode #1 ( NCBI:SRA:swapped_qual4 in ); 139 physical NCBI:SRA:swapped_qual4 NCBI:SRA:qual4_encoding #1 144 NCBI:SRA:encoded_qual4 encoded = NCBI:SRA:qual4_encode ( @ ); 163 table NCBI:SRA:Illumina:qual4 #1.0.1 = NCBI:SRA:Illumina:qual4_nocol #1.0.1 210 * NCBI:SRA:Illumina 224 table NCBI:SRA:Illumina:common #1.0.4 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4 260 physical NCBI:SRA:swapped_fsamp4 NCBI:SRA:Illumina:encoding:SIGNAL #2 [all …]
|
H A D | abi.vschema | 37 * NCBI:SRA:ABI 38 * ABI SRA Platform 49 /* NCBI:SRA:ABI:common 58 table NCBI:SRA:ABI:common #1.0.4 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4 83 < NCBI:SRA:swapped_fsamp4 > NCBI:SRA:swap ( out_signal_swapped, out_x2cs_bin ); 145 /* NCBI:SRA:ABI:tbl:v2 #1 155 physical NCBI:SRA:swapped_fsamp4 NCBI:SRA:ABI:encoding:SIGNAL #2 161 table NCBI:SRA:ABI:tbl:v2 #1.0.5 162 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 165 , NCBI:SRA:ABI:common #1.0.4 [all …]
|
H A D | 454.vschema | 60 ( NCBI:SRA:_454_:drdparam_set spot, NCBI:SRA:_454_:drdparam_set key 77 * NCBI:SRA:_454_:common 78 * Roche 454 SRA Platform 87 table NCBI:SRA:_454_:common #1.0.5 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4, NCBI:SRA:tbl:clip #1.0.2 175 /* NCBI:SRA:_454_:common productions 189 * NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 190 * Roche 454 SRA Platform 233 table NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 #2 234 = NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #2.1.4 237 , NCBI:SRA:_454_:common #1.0.5 [all …]
|
H A D | pacbio.vschema | 37 * NCBI:SRA:PacBio 38 * Pacific Biotech SRA Platform 45 table NCBI:SRA:PacBio:common #1.0.4 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 55 table NCBI:SRA:PacBio:smrt:fastq #2 56 = NCBI:SRA:PacBio:common #1.0.4 80 * NCBI:SRA:PacBio:smrt:db 81 * Pacific Biotech SRA Platform 116 = INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1 171 , NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #2.1.4 223 table NCBI:SRA:PacBio:smrt:cons #2 [all …]
|
H A D | nanopore.vschema | 37 * NCBI:SRA:Nanopore:consensus 38 * Oxford Nanopore SRA Platform 44 table NCBI:SRA:Nanopore:consensus #2 45 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 58 INSDC:SRA:platform_id out_platform 64 * NCBI:SRA:Nanopore:sequence 65 * Oxford Nanopore SRA Platform 71 table NCBI:SRA:Nanopore:sequence #2 72 = NCBI:SRA:tbl:sra #2.1.4 83 INSDC:SRA:platform_id out_platform [all …]
|
/dports/biology/sra-tools/sra-tools-2.11.0/tools/kar/ |
H A D | sra_delite.kfg | 12 translate NCBI:SRA:Helicos:tbl:v2 1.0.4 2 13 translate NCBI:SRA:Illumina:qual4 2.1.0 3 25 translate NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 1.0.7 2 26 translate NCBI:SRA:tbl:spotdesc 1.0.2 1.1 39 translate NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 1.0.6 2 43 translate NCBI:SRA:Helicos:tbl:v2 1.0.3 2 46 translate NCBI:SRA:GenericFastq:db 1 2 54 translate NCBI:SRA:Nanopore:db 1 2 55 translate NCBI:SRA:Nanopore:consensus 1 2 56 translate NCBI:SRA:Nanopore:sequence 1 2 [all …]
|
H A D | sra_delite.sh | 86 $ARCHIVE_TAG <path> - path to SRA archive 251 translate NCBI:SRA:Helicos:tbl:v2 1.0.4 2 252 translate NCBI:SRA:Illumina:qual4 2.1.0 3 264 translate NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 1.0.7 2 278 translate NCBI:SRA:_454_:tbl:v2 1.0.6 2 282 translate NCBI:SRA:Helicos:tbl:v2 1.0.3 2 285 translate NCBI:SRA:GenericFastq:db 1 2 293 translate NCBI:SRA:Nanopore:db 1 2 294 translate NCBI:SRA:Nanopore:consensus 1 2 295 translate NCBI:SRA:Nanopore:sequence 1 2 [all …]
|
/dports/biology/sra-tools/sra-tools-2.11.0/ncbi-vdb/interfaces/ncbi/ |
H A D | spotname.vschema | 149 NCBI:SRA:extract_spot_name #1 ( ascii name, NCBI:SRA:spot_name_token tok ); 178 NCBI:SRA:extract_name_fmt #1 < ascii idx > ( ascii name, NCBI:SRA:spot_name_token tok ); 189 * "coord" [ CONST ] - either NCBI:SRA:name_token:X or NCBI:SRA:name_token:Y 203 function INSDC:SRA:spot_ids_found NCBI:SRA:lookup #1.0 211 table NCBI:SRA:tbl:spotcoord #1 = INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1 264 table NCBI:SRA:tbl:skeyname #1.0.2 = INSDC:SRA:tbl:spotname #1.1 292 table NCBI:SRA:tbl:skeyname_nocol #2.0.2 = INSDC:SRA:tbl:spotname #1.1 313 table NCBI:SRA:tbl:skeyname #2.0.2 = NCBI:SRA:tbl:skeyname_nocol #2.0.2 318 = NCBI:SRA:extract_name_coord < NCBI:SRA:name_token:X > ( NAME, in_spot_name_tok ); 320 = NCBI:SRA:extract_name_coord < NCBI:SRA:name_token:Y > ( NAME, in_spot_name_tok ); [all …]
|
H A D | sra.vschema | 71 alias INSDC:SRA:platform_id NCBI:SRA:platform_id; 72 alias INSDC:SRA:read_type NCBI:SRA:read_type; 73 alias INSDC:SRA:read_filter NCBI:SRA:read_filter; 75 typedef NCBI:fsamp4 NCBI:SRA:rotated_fsamp4, NCBI:SRA:swapped_fsamp4; 164 extern function NCBI:SRA:ReadDesc NCBI:SRA:make_read_desc #1 ( U8 num_reads, 235 function NCBI:SRA:swapped_fsamp4 NCBI:SRA:fsamp4:decode #2 ( merged_fmt in ) 348 table NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nophys #1.1 = NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nocol #1.1 407 table NCBI:SRA:tbl:spotdesc #1.1 = NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nophys #1.1 457 * the NCBI SRA table 466 table NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #1.0.4 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4, NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nocol #1.0.2 [all …]
|
H A D | stats.vschema | 38 typeset NCBI:SRA:stats:qual_type 53 extern function U8 NCBI:SRA:stats_trigger #1 63 U8 NCBI:SRA:cmp_stats_trigger #1 ( B8 cmp_read_bin, NCBI:SRA:stats:qual_type qual_bin, 67 U8 NCBI:SRA:cmpf_stats_trigger #1 ( B8 cmp_read_bin, U32 spot_len, 74 U8 NCBI:SRA:readlen_stats_trigger #1 ( U32 read_len, INSDC:SRA:xread_type read_type ); 96 table NCBI:SRA:tbl:stats #1.2.1 = INSDC:SRA:tbl:stats #1.1, INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4 98 INSDC:SRA:spotid_t min_spot_id 101 INSDC:SRA:spotid_t max_spot_id 124 | NCBI:SRA:cmpb_stats_trigger ( in_cmp_stats_bin ) 130 = NCBI:SRA:phred_stats_trigger #1 ( in_qual_phred ); [all …]
|
/dports/biology/ncbi-vdb/ncbi-vdb-2.11.0/interfaces/ncbi/ |
H A D | spotname.vschema | 149 NCBI:SRA:extract_spot_name #1 ( ascii name, NCBI:SRA:spot_name_token tok ); 178 NCBI:SRA:extract_name_fmt #1 < ascii idx > ( ascii name, NCBI:SRA:spot_name_token tok ); 189 * "coord" [ CONST ] - either NCBI:SRA:name_token:X or NCBI:SRA:name_token:Y 203 function INSDC:SRA:spot_ids_found NCBI:SRA:lookup #1.0 211 table NCBI:SRA:tbl:spotcoord #1 = INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1 264 table NCBI:SRA:tbl:skeyname #1.0.2 = INSDC:SRA:tbl:spotname #1.1 292 table NCBI:SRA:tbl:skeyname_nocol #2.0.2 = INSDC:SRA:tbl:spotname #1.1 313 table NCBI:SRA:tbl:skeyname #2.0.2 = NCBI:SRA:tbl:skeyname_nocol #2.0.2 318 = NCBI:SRA:extract_name_coord < NCBI:SRA:name_token:X > ( NAME, in_spot_name_tok ); 320 = NCBI:SRA:extract_name_coord < NCBI:SRA:name_token:Y > ( NAME, in_spot_name_tok ); [all …]
|
H A D | sra.vschema | 71 alias INSDC:SRA:platform_id NCBI:SRA:platform_id; 72 alias INSDC:SRA:read_type NCBI:SRA:read_type; 73 alias INSDC:SRA:read_filter NCBI:SRA:read_filter; 75 typedef NCBI:fsamp4 NCBI:SRA:rotated_fsamp4, NCBI:SRA:swapped_fsamp4; 164 extern function NCBI:SRA:ReadDesc NCBI:SRA:make_read_desc #1 ( U8 num_reads, 235 function NCBI:SRA:swapped_fsamp4 NCBI:SRA:fsamp4:decode #2 ( merged_fmt in ) 348 table NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nophys #1.1 = NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nocol #1.1 407 table NCBI:SRA:tbl:spotdesc #1.1 = NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nophys #1.1 457 * the NCBI SRA table 466 table NCBI:SRA:tbl:sra_nopos #1.0.4 = INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4, NCBI:SRA:tbl:spotdesc_nocol #1.0.2 [all …]
|
H A D | stats.vschema | 38 typeset NCBI:SRA:stats:qual_type 53 extern function U8 NCBI:SRA:stats_trigger #1 63 U8 NCBI:SRA:cmp_stats_trigger #1 ( B8 cmp_read_bin, NCBI:SRA:stats:qual_type qual_bin, 67 U8 NCBI:SRA:cmpf_stats_trigger #1 ( B8 cmp_read_bin, U32 spot_len, 74 U8 NCBI:SRA:readlen_stats_trigger #1 ( U32 read_len, INSDC:SRA:xread_type read_type ); 96 table NCBI:SRA:tbl:stats #1.2.1 = INSDC:SRA:tbl:stats #1.1, INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4 98 INSDC:SRA:spotid_t min_spot_id 101 INSDC:SRA:spotid_t max_spot_id 124 | NCBI:SRA:cmpb_stats_trigger ( in_cmp_stats_bin ) 130 = NCBI:SRA:phred_stats_trigger #1 ( in_qual_phred ); [all …]
|
/dports/biology/sra-tools/sra-tools-2.11.0/ncbi-vdb/interfaces/insdc/ |
H A D | sra.vschema | 42 typedef U32 INSDC:SRA:spotid_t; 88 function INSDC:SRA:read_filter 89 …INSDC:SRA:spot2read_filter #1 ( INSDC:SRA:spot_filter out_spot_filter, INSDC:SRA:xread_type out_re… 102 function INSDC:SRA:spot_filter 103 INSDC:SRA:read2spot_filter #1 ( INSDC:SRA:read_filter out_read_filter ); 110 table INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1 146 table INSDC:SRA:tbl:spotname #1.1 = INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1 361 table INSDC:SRA:tbl:stats #1.1 394 * the INSDC SRA table 416 table INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4 = [all …]
|
/dports/biology/ncbi-vdb/ncbi-vdb-2.11.0/interfaces/insdc/ |
H A D | sra.vschema | 42 typedef U32 INSDC:SRA:spotid_t; 88 function INSDC:SRA:read_filter 89 …INSDC:SRA:spot2read_filter #1 ( INSDC:SRA:spot_filter out_spot_filter, INSDC:SRA:xread_type out_re… 102 function INSDC:SRA:spot_filter 103 INSDC:SRA:read2spot_filter #1 ( INSDC:SRA:read_filter out_read_filter ); 110 table INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1 146 table INSDC:SRA:tbl:spotname #1.1 = INSDC:SRA:tbl:spotcoord #1 361 table INSDC:SRA:tbl:stats #1.1 394 * the INSDC SRA table 416 table INSDC:SRA:tbl:sra #1.0.4 = [all …]
|
/dports/emulators/bsvc/bsvc-2.4.6/src/M68k/devices/ |
H A D | M68681.cpp | 317 return SRA; in Peek() 319 SRA &= ~RxRDY; in Peek() 320 SRA &= ~FFULL; in Peek() 382 SRA &= 0x0f; in Poke() 388 SRA |= TxRDY; in Poke() 389 SRA |= TxEMT; in Poke() 413 SRA &= ~TxEMT; in Poke() 540 SRA |= TxRDY; in EventCallback() 541 SRA |= TxEMT; in EventCallback() 594 SRA |= RxRDY; in EventCallback() [all …]
|