/dports/biology/seqan-apps/seqan-seqan-v2.4.0/tests/store/ |
H A D | ex1.sam | 3 …AATGTGTGGTTTAACTCG <<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 4 …AATGTGTGGTTTAACTCGT <<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6): MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 5 …TGTGTGGTTTAACTCGTCC <<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 6 …GTTTTAACTCTTCTCT (-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*, MF:i:130 Aq:i:63 NM:i:5 UQ:i:38 H0:i:0 H1:i:0 7 …TGGTTTAACTCGTCCATGG <<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5% MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 8 …TTAACTCGTCCCTGGCCCA <<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666 MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 10 …AACTCGTCCATTGCCCAGC <<<<<<<<<7<<;<<<<;<<<7;;<<<*,;;572< MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:1 UQ:i:9 H0:i:0 H1:i:1 11 …CTCGTCCATGGCCCAGCATT ==;=:;:;;:====;=;===:=======;==;=== MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 12 …CCATGGCCCAGCATTTGGG <<<<<<<<<<<<<<:<<<9<6;9;;&697;7&<55 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 14 …GGCCCAGCATTAGGGAGC <<<<<<<<<<<<<<<<<<:;<<<4<<+<<14991;4 MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
H A D | ex1_a2.sam | 1 …CACATGGTTTAGGG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<:7262 MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 2 …CATACACACACATGGTTTA 2749'979<9<<<6;<<<0<;<<<<<3<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 3 …CATACACACACATGGTTTA <<<<<<<<<<<<<<<<<9<;<<<<<<<<<<3<<<; MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 4 …CATACACACACATGGTTTA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<+<<<<<<<9<<<+;;; MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 5 …ATACACACACATGGTTTAG ;;<26;;;<;<7;<<<<<99<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 6 …ATACACACACATGGTTTAG 88989;<;97;9<<;<;;;;9<98<<<<<<<;<<< MF:i:18 Aq:i:67 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 7 …CACACATGGTTTAGGGGTA 1:<83<<9;;9<<9;;<<;<<;;;;<;;<<<<<<; MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 8 …CATGGTTTAGGGGTATA 0<4<<<02.<99+<+&!<<<<+<<<<<<<<<<<<3< MF:i:18 Aq:i:24 NM:i:2 UQ:i:13 H0:i:0 H1:i:0 9 …ACACATGGTTTAGGGGTAT 2<82<;66<:<;<:<;<;<8<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 10 …CACATGGTTTAGGGGTATA <<<<<<71<<<<<<<<<<899<:5<<<96858<<. MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
H A D | ex1_a1.sam | 2 …AATGTGTGGTTTAACTCG <<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 3 …AATGTGTGGTTTAACTCGT <<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6): MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 4 …TGTGTGGTTTAACTCGTCC <<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 5 …GTTTTAACTCTTCTCT (-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*, MF:i:130 Aq:i:63 NM:i:5 UQ:i:38 H0:i:0 H1:i:0 6 …TGGTTTAACTCGTCCATGG <<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5% MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 7 …TTAACTCGTCCCTGGCCCA <<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666 MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 9 …AACTCGTCCATTGCCCAGC <<<<<<<<<7<<;<<<<;<<<7;;<<<*,;;572< MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:1 UQ:i:9 H0:i:0 H1:i:1 10 …CTCGTCCATGGCCCAGCATT ==;=:;:;;:====;=;===:=======;==;=== MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 11 …CCATGGCCCAGCATTTGGG <<<<<<<<<<<<<<:<<<9<6;9;;&697;7&<55 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 13 …GGCCCAGCATTAGGGAGC <<<<<<<<<<<<<<<<<<:;<<<4<<+<<14991;4 MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
H A D | ex1_a3.sam | 1 …AAGAACAGCTTAGGTATCA <<;<<<<<<9<9<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 2 …AGAACAGCTTAGGTATCAA <;<;8<<;7<<<<<;<<-<<<<<<;<<<;<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 3 …GAACAGCTTAGGTATCAAT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<;<<;6;< MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 4 …ACAGCTTAGGTATCAATTT 6;-;7<<(<<<<<8<18<7<<<<<<<<<;<<<<<< MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:1 UQ:i:7 H0:i:0 H1:i:1 5 …CAGCTTAGGTATCAATTTG (;3+<&3<</7<<<<<<;<<<<<<<<<<<<</<2< MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 6 …CAGCTTAGGTATCAATTTG ;;;;3;<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 8 …CTTAGGTATCAATTTGGTG 474*;<<9<;<<<;<<:<<<<<<;<<<<<<;<<;< MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 10 …TAGGTATCAATTTGGTGTT ;9;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 12 …TAGGTATCAATTTGGTGTT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<0<:<< MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 20 …ATCAATTTGGTGTTCTGTG ;<<:<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
H A D | ex1_b.sam | 2 …ATTGAAAAATTCATTTAA <<<<<<<<;<<<<<<<<;<<<<<;<;:<<<<<<<;; MF:i:18 Aq:i:77 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 3 …TAATTGAAAAATTCATTTA <<<<<<;<<<<<<:<<;<<<<;<<<;<<<:;<<<5 MF:i:18 Aq:i:41 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 4 …GTAATTGAAAAATTCATTTA +37<=<.;<<7.;77<5<<0<<<;<<<27<<<<<< MF:i:32 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 5 …AATTGAAAAATTCATTTAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 6 …TGAAAAATTCATTTAAGAA <;<9<<<<<;<<;<<<<<<<<<<<,<98;<;;&92 MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 7 …GAAAAATTCATTTAAGAAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;;;; MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 8 …TGAAAAATTCATTTAAGAAA <<<<<<<<<<;<<:<<52<<:;;<6<<;<:<2:9/ MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 9 …GAAAAATTCATTTAAGAAA <<<;;<;7<<<<4<<<<762;6<<<<<<<;6;618 MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 10 …AAATTCATTTAAGAAATT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<7;7;<; MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 11 …AAAAATTCATTTAAGAAAT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<2<8<< MF:i:18 Aq:i:30 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
H A D | ex1.copy.sam | 5 …GTTTAACTCG <<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7 NM:i:0 MD:Z:36 MF:i:18 Aq:i:73 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 6 …GTTTAACTCGT <<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6): NM:i:0 MD:Z:35 MF:i:18 Aq:i:66 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 7 …TTAACTCGTCC <<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5 NM:i:0 MD:Z:35 MF:i:18 Aq:i:66 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 9 …CTCGTCCATGG <<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5% NM:i:0 MD:Z:35 MF:i:18 Aq:i:72 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 10 …CCTGGCCCA <<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666 NM:i:1 MD:Z:27A7 MF:i:18 Aq:i:39 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 12 …TTGCCCAGC <<<<<<<<<7<<;<<<<;<<<7;;<<<*,;;572< NM:i:1 MD:Z:27G7 MF:i:18 Aq:i:43 UQ:i:9 H0:i:0 H1:i:1 13 …TGGCCCAGCATT ==;=:;:;;:====;=;===:=======;==;=== NM:i:0 MD:Z:35 MF:i:64 Aq:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 14 …GCATTTGGG <<<<<<<<<<<<<<:<<<9<6;9;;&697;7&<55 NM:i:1 MD:Z:31A3 MF:i:18 Aq:i:66 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 16 …ATTAGGGAGC <<<<<<<<<<<<<<<<<<:;<<<4<<+<<14991;4 NM:i:0 MD:Z:36 MF:i:18 Aq:i:71 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 18 …AGGGAGCTGTG <<<<<<<<<<<<<6=<<<;<<5<<<+<15:'<;;4 NM:i:0 MD:Z:35 MF:i:18 Aq:i:69 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
H A D | ex1.splitmerge.sam | 5 …GTTTAACTCG <<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7 NM:i:0 MD:Z:36 MF:i:18 Aq:i:73 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 6 …GTTTAACTCGT <<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6): NM:i:0 MD:Z:35 MF:i:18 Aq:i:66 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 7 …TTAACTCGTCC <<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5 NM:i:0 MD:Z:35 MF:i:18 Aq:i:66 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 9 …CTCGTCCATGG <<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5% NM:i:0 MD:Z:35 MF:i:18 Aq:i:72 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 10 …CCTGGCCCA <<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666 NM:i:1 MD:Z:27A7 MF:i:18 Aq:i:39 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 12 …TTGCCCAGC <<<<<<<<<7<<;<<<<;<<<7;;<<<*,;;572< NM:i:1 MD:Z:27G7 MF:i:18 Aq:i:43 UQ:i:9 H0:i:0 H1:i:1 13 …TGGCCCAGCATT ==;=:;:;;:====;=;===:=======;==;=== NM:i:0 MD:Z:35 MF:i:64 Aq:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 14 …GCATTTGGG <<<<<<<<<<<<<<:<<<9<6;9;;&697;7&<55 NM:i:1 MD:Z:31A3 MF:i:18 Aq:i:66 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 16 …ATTAGGGAGC <<<<<<<<<<<<<<<<<<:;<<<4<<+<<14991;4 NM:i:0 MD:Z:36 MF:i:18 Aq:i:71 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 18 …AGGGAGCTGTG <<<<<<<<<<<<<6=<<<;<<5<<<+<15:'<;;4 NM:i:0 MD:Z:35 MF:i:18 Aq:i:69 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
/dports/biology/seqan-apps/seqan-seqan-v2.4.0/demos/tutorial/fragment_store/ |
H A D | example.sam | 3 …AATGTGTGGTTTAACTCG <<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 4 …AATGTGTGGTTTAACTCGT <<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6): MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 5 …TGTGTGGTTTAACTCGTCC <<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 6 …GTTTTAACTCTTCTCT (-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*, MF:i:130 Aq:i:63 NM:i:5 UQ:i:38 H0:i:0 H1:i:0 7 …TGGTTTAACTCGTCCATGG <<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5% MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 8 …TTAACTCGTCCCTGGCCCA <<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666 MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 10 …AACTCGTCCATTGCCCAGC <<<<<<<<<7<<;<<<<;<<<7;;<<<*,;;572< MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:1 UQ:i:9 H0:i:0 H1:i:1 11 …CTCGTCCATGGCCCAGCATT ==;=:;:;;:====;=;===:=======;==;=== MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 12 …CCATGGCCCAGCATTTGGG <<<<<<<<<<<<<<:<<<9<6;9;;&697;7&<55 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 14 …GGCCCAGCATTAGGGAGC <<<<<<<<<<<<<<<<<<:;<<<4<<+<<14991;4 MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
/dports/biology/py-biopython/biopython-1.79/Tests/SamBam/ |
H A D | ex1.sam | 2 …AGTCACGGGGTTGCCAGCAC <<<<<<;<<<<<<<<<<;<<;<<<<;8<6;9;;2; MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 3 …ACGGGGTTGCCAGCACAGG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<::<<<844 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 4 …TGCCAGCACAGGGGCTTAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<<8;<<8+7;-7 MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 7 …CCAGCACAGGGGCTTAACCT ==;=======7====6=;==:;;====66=::27: MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 9 …CAGGGGCTTAACCTCTGGTG <<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<;<<<<;;88: MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 11 …GCTTAACCTCTGGTGACTG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<9<<;::388998 MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 12 …TAACCTCTGGTGACTGCCA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<5;<; MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 13 …ACCTCTGGTGACTGCCAGA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<;(5<< MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 15 …TCTGGTGACTGCCAGAGCT <<<<<<<<<<3<<<<<<<;;;7<;<<449<-:977 MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 18 …GGTGACTGCCAGAGCTGCTG <<<<;<<<<<<<<<<<<<:<<<<<:<<8<<<<:<: MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
H A D | ex1_header.sam | 5 …AGTCACGGGGTTGCCAGCAC <<<<<<;<<<<<<<<<<;<<;<<<<;8<6;9;;2; MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 6 …ACGGGGTTGCCAGCACAGG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<::<<<844 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 7 …TGCCAGCACAGGGGCTTAA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<:<<8;<<8+7;-7 MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 10 …CCAGCACAGGGGCTTAACCT ==;=======7====6=;==:;;====66=::27: MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 12 …CAGGGGCTTAACCTCTGGTG <<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<;<<<<;;88: MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 14 …GCTTAACCTCTGGTGACTG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<9<<;::388998 MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 15 …TAACCTCTGGTGACTGCCA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<5;<; MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 16 …ACCTCTGGTGACTGCCAGA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<;(5<< MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 18 …TCTGGTGACTGCCAGAGCT <<<<<<<<<<3<<<<<<<;;;7<;<<449<-:977 MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 21 …GGTGACTGCCAGAGCTGCTG <<<<;<<<<<<<<<<<<<:<<<<<:<<8<<<<:<: MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
/dports/biology/seqan-apps/seqan-seqan-v2.4.0/apps/samcat/tests/ |
H A D | ex1_merged.sam | 7 …AATGTGTGGTTTAACTCG <<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 8 …AATGTGTGGTTTAACTCGT <<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6): MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 9 …TGTGTGGTTTAACTCGTCC <<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 10 …GTTTTAACTCTTCTCT (-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*, MF:i:130 Aq:i:63 NM:i:5 UQ:i:38 H0:i:0 H1:i:0 11 …TGGTTTAACTCGTCCATGG <<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5% MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 12 …TTAACTCGTCCCTGGCCCA <<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666 MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 14 …AACTCGTCCATTGCCCAGC <<<<<<<<<7<<;<<<<;<<<7;;<<<*,;;572< MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:1 UQ:i:9 H0:i:0 H1:i:1 15 …CTCGTCCATGGCCCAGCATT ==;=:;:;;:====;=;===:=======;==;=== MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 16 …CCATGGCCCAGCATTTGGG <<<<<<<<<<<<<<:<<<9<6;9;;&697;7&<55 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 18 …GGCCCAGCATTAGGGAGC <<<<<<<<<<<<<<<<<<:;<<<4<<+<<14991;4 MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
H A D | ex1_a2.sam | 4 …CACATGGTTTAGGG <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<:7262 MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 5 …CATACACACACATGGTTTA 2749'979<9<<<6;<<<0<;<<<<<3<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 6 …CATACACACACATGGTTTA <<<<<<<<<<<<<<<<<9<;<<<<<<<<<<3<<<; MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 7 …CATACACACACATGGTTTA <<<<<<<<<<<<<<<<<<<+<<<<<<<9<<<+;;; MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 8 …ATACACACACATGGTTTAG ;;<26;;;<;<7;<<<<<99<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:69 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 9 …ATACACACACATGGTTTAG 88989;<;97;9<<;<;;;;9<98<<<<<<<;<<< MF:i:18 Aq:i:67 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 10 …CACACATGGTTTAGGGGTA 1:<83<<9;;9<<9;;<<;<<;;;;<;;<<<<<<; MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 11 …CATGGTTTAGGGGTATA 0<4<<<02.<99+<+&!<<<<+<<<<<<<<<<<<3< MF:i:18 Aq:i:24 NM:i:2 UQ:i:13 H0:i:0 H1:i:0 12 …ACACATGGTTTAGGGGTAT 2<82<;66<:<;<:<;<;<8<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 13 …CACATGGTTTAGGGGTATA <<<<<<71<<<<<<<<<<899<:5<<<96858<<. MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
H A D | ex1_a1.sam | 5 …AATGTGTGGTTTAACTCG <<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 6 …AATGTGTGGTTTAACTCGT <<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6): MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 7 …TGTGTGGTTTAACTCGTCC <<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 8 …GTTTTAACTCTTCTCT (-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*, MF:i:130 Aq:i:63 NM:i:5 UQ:i:38 H0:i:0 H1:i:0 9 …TGGTTTAACTCGTCCATGG <<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5% MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 10 …TTAACTCGTCCCTGGCCCA <<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666 MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1 12 …AACTCGTCCATTGCCCAGC <<<<<<<<<7<<;<<<<;<<<7;;<<<*,;;572< MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:1 UQ:i:9 H0:i:0 H1:i:1 13 …CTCGTCCATGGCCCAGCATT ==;=:;:;;:====;=;===:=======;==;=== MF:i:64 Aq:i:0 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 14 …CCATGGCCCAGCATTTGGG <<<<<<<<<<<<<<:<<<9<6;9;;&697;7&<55 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 16 …GGCCCAGCATTAGGGAGC <<<<<<<<<<<<<<<<<<:;<<<4<<+<<14991;4 MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
H A D | ex1_a3.sam | 5 …AAGAACAGCTTAGGTATCA <<;<<<<<<9<9<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:74 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 6 …AGAACAGCTTAGGTATCAA <;<;8<<;7<<<<<;<<-<<<<<<;<<<;<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 7 …GAACAGCTTAGGTATCAAT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<;<<;<<;6;< MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 8 …ACAGCTTAGGTATCAATTT 6;-;7<<(<<<<<8<18<7<<<<<<<<<;<<<<<< MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:1 UQ:i:7 H0:i:0 H1:i:1 9 …CAGCTTAGGTATCAATTTG (;3+<&3<</7<<<<<<;<<<<<<<<<<<<</<2< MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:1 H1:i:0 10 …CAGCTTAGGTATCAATTTG ;;;;3;<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:71 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 12 …CTTAGGTATCAATTTGGTG 474*;<<9<;<<<;<<:<<<<<<;<<<<<<;<<;< MF:i:18 Aq:i:65 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 14 …TAGGTATCAATTTGGTGTT ;9;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:75 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 16 …TAGGTATCAATTTGGTGTT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<0<:<< MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 24 …ATCAATTTGGTGTTCTGTG ;<<:<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0 [all …]
|
/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/RevertSamSpark/ |
H A D | missing-rg-info.sam | 4 …AJAJAJJJFJ<A<-AJFFFA<FFAF< MC:Z:124M27S MD:Z:151 PG:Z:MarkDuplicates NM:i:0 MQ:i:60 UQ:i:0 AS:i:151 5 …################ MC:Z:151M MD:Z:50C4A2G43A2C12C5 PG:Z:MarkDuplicates NM:i:6 MQ:i:48 UQ:i:82 AS:i:94 6 …JJFFFJFJ-JFFJ<JJF<F-F MC:Z:121M30S MD:Z:97T51A1 PG:Z:MarkDuplicates NM:i:2 MQ:i:60 UQ:i:44 AS:i:144 7 …######################### MC:Z:151M MD:Z:106G14 PG:Z:MarkDuplicates NM:i:1 MQ:i:60 UQ:i:12 AS:i:116 8 …FFJJFAJJFJFJAFJJFFFFF MC:Z:10M2I118M21S MD:Z:151 PG:Z:MarkDuplicates NM:i:0 MQ:i:60 UQ:i:0 AS:i:151 9 …F<A###################### MC:Z:151M MD:Z:117A10 PG:Z:MarkDuplicates NM:i:3 MQ:i:60 UQ:i:12 AS:i:115 10 …J7JFFAJAJJJJ<JAJAJJ7AJ MC:Z:21S130M MD:Z:21T129 PG:Z:MarkDuplicates NM:i:1 MQ:i:40 UQ:i:41 AS:i:146 14 …JFFJFFFJJAJJFAJFAFFFA- MC:Z:135M16S MD:Z:47T103 PG:Z:MarkDuplicates NM:i:1 MQ:i:60 UQ:i:41 AS:i:146 15 …AJ7FFFFAF7#J############## MC:Z:151M MD:Z:35T99 PG:Z:MarkDuplicates NM:i:1 MQ:i:60 UQ:i:41 AS:i:130 16 …JAFFFFJJFFJJJJJJFJJJFFFAFF MC:Z:135M16S MD:Z:151 PG:Z:MarkDuplicates NM:i:0 MQ:i:60 UQ:i:0 AS:i:151 [all …]
|
/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/LeftAlignIndels/ |
H A D | left-aligned.sam | 13 …EEEEAACCBFFFFHEEHJJJIHEEGHIIHIIHIGJJGGGGHIHECJGGIHGGJJJIGJIHIHJFHHHHFFFFFCCC UQ:i:0 AS:i:88 XT:i:88 14 …JGIJJJJJIJJIIIHIJ:DBDGBFGI@HEGHGIIJJIJIGHHGHFFFFFEEEBBDBDD@BDD<?BDDDDDDDDDBC UQ:i:0 AS:i:89 XT:i:88 15 …IEHIGIIIEEGACDGHIGDBBA;F@BHHGGII?AAGHIIIIIIHHE7?;;;?;ACDCCCBAADDD@BDDDBBDBB?.<ADDDB UQ:i:37 AS:i:94 20 …3AEFEGH+)2?EG@F@FG??:?B0B9?9?*8BF)(6=CF/=(===A??D?=A;==BDBBB?A<999AB8?<?<A?(28?(2<<A UQ:i:0 AS:i:83 21 …JJJJJJCGIJJJIGGIDHIJJJGICHIIJIJJJGHHIIIJJJHHHGFFFFDDDEDBDDBDDDDD?ADDDBDDDDDDBDDBBBBA UQ:i:0 AS:i:83 24 …<:C<CGE)?<*1:CB??@?0*00B2DD@C(B=8@=66@'9=?@@B<?##################################### UQ:i:0 AS:i:83 25 …FIIJJJJJGIJIJIIJJIJJIJJJJIIIEHGIJJJJJJGIJJGHHHEFD?ACDDDDCEC@CCDDDEEEEDDCDDDDCDCBDDDD UQ:i:0 AS:i:83 26 …GIIIIIIIIIGIIIIIIEIIIIBFHDGHEIIIEHI?EEAEEFDED);AEEECCDDCDC@CDDDDCB9<@DCCCDCACCCC??AB UQ:i:8 AS:i:89 27 …@@;FA=GEHBHD>;BBFH;?@DBFGBB@((6=;@D(6?CEH?=??>;?@3(6@DC>>>AC>59A?B<ACAA>>C>>@BC<9<?A UQ:i:0 AS:i:97 28 …JJJJJJJJJJFIJJJJJIJIJJIJJJJJJIFIIIIIGJJHEEFFFFFEDDEEDDDCCDCFDEDDDDDDDDD5?BDDDCDCDACD UQ:i:0 AS:i:89 [all …]
|
H A D | non-aligned.sam | 13 …EEEEAACCBFFFFHEEHJJJIHEEGHIIHIIHIGJJGGGGHIHECJGGIHGGJJJIGJIHIHJFHHHHFFFFFCCC UQ:i:0 AS:i:88 XT:i:88 14 …JGIJJJJJIJJIIIHIJ:DBDGBFGI@HEGHGIIJJIJIGHHGHFFFFFEEEBBDBDD@BDD<?BDDDDDDDDDBC UQ:i:0 AS:i:89 XT:i:88 15 …IEHIGIIIEEGACDGHIGDBBA;F@BHHGGII?AAGHIIIIIIHHE7?;;;?;ACDCCCBAADDD@BDDDBBDBB?.<ADDDB UQ:i:37 AS:i:94 20 …3AEFEGH+)2?EG@F@FG??:?B0B9?9?*8BF)(6=CF/=(===A??D?=A;==BDBBB?A<999AB8?<?<A?(28?(2<<A UQ:i:0 AS:i:83 21 …JJJJJJCGIJJJIGGIDHIJJJGICHIIJIJJJGHHIIIJJJHHHGFFFFDDDEDBDDBDDDDD?ADDDBDDDDDDBDDBBBBA UQ:i:0 AS:i:83 24 …<:C<CGE)?<*1:CB??@?0*00B2DD@C(B=8@=66@'9=?@@B<?##################################### UQ:i:0 AS:i:83 25 …FIIJJJJJGIJIJIIJJIJJIJJJJIIIEHGIJJJJJJGIJJGHHHEFD?ACDDDDCEC@CCDDDEEEEDDCDDDDCDCBDDDD UQ:i:0 AS:i:83 26 …GIIIIIIIIIGIIIIIIEIIIIBFHDGHEIIIEHI?EEAEEFDED);AEEECCDDCDC@CDDDDCB9<@DCCCDCACCCC??AB UQ:i:8 AS:i:89 27 …@@;FA=GEHBHD>;BBFH;?@DBFGBB@((6=;@D(6?CEH?=??>;?@3(6@DC>>>AC>59A?B<ACAA>>C>>@BC<9<?A UQ:i:0 AS:i:97 28 …JJJJJJJJJJFIJJJJJIJIJJIJJJJJJIFIIIIIGJJHEEFFFFFEDDEEDDDCCDCFDEDDDDDDDDD5?BDDDCDCDACD UQ:i:0 AS:i:89 [all …]
|
/dports/science/dakota/dakota-6.13.0-release-public.src-UI/docs/TopicMetadata/ |
H A D | topic-uncertainty_quantification | 4 At a high level, uncertainty quantification (UQ) or nondeterministic 16 UQ is related to sensitivity analysis in that the common goal is to 18 response functions of the engineering design problem. However, for UQ, 28 UQ methods are often distinguished by their ability to propagate 42 with both types of input uncertainty. These UQ methods have been 46 The aleatory UQ methods in Dakota include various sampling-based 59 with both types of input uncertainty. These UQ methods have been 63 The aleatory UQ methods in Dakota include various sampling-based 77 desired output accuracy. The recommendations for UQ methods are 115 Mixed UQ & some uncertainties are poorly characterized & [all …]
|
/dports/devel/llvm-devel/llvm-project-f05c95f10fc1d8171071735af8ad3a9e87633120/clang/test/Analysis/ |
H A D | designated-initializer.c | 5 union UQ { struct Q q; }; union 6 union UQ getUQ() { in getUQ() 7 union UQ u = { { 1, 2, 3 } }; in getUQ() 12 struct LUQ { union UQ uq; } var = { getUQ(), .uq.q.a = 100 }; in test()
|
/dports/devel/tinygo/tinygo-0.14.1/llvm-project/clang/test/Analysis/ |
H A D | designated-initializer.c | 5 union UQ { struct Q q; }; union 6 union UQ getUQ() { in getUQ() 7 union UQ u = { { 1, 2, 3 } }; in getUQ() 12 struct LUQ { union UQ uq; } var = { getUQ(), .uq.q.a = 100 }; in test()
|
/dports/www/chromium-legacy/chromium-88.0.4324.182/third_party/llvm/clang/test/Analysis/ |
H A D | designated-initializer.c | 5 union UQ { struct Q q; }; union 6 union UQ getUQ() { in getUQ() 7 union UQ u = { { 1, 2, 3 } }; in getUQ() 12 struct LUQ { union UQ uq; } var = { getUQ(), .uq.q.a = 100 }; in test()
|
/dports/devel/llvm12/llvm-project-12.0.1.src/clang/test/Analysis/ |
H A D | designated-initializer.c | 5 union UQ { struct Q q; }; union 6 union UQ getUQ() { in getUQ() 7 union UQ u = { { 1, 2, 3 } }; in getUQ() 12 struct LUQ { union UQ uq; } var = { getUQ(), .uq.q.a = 100 }; in test()
|
/dports/devel/llvm-cheri/llvm-project-37c49ff00e3eadce5d8703fdc4497f28458c64a8/clang/test/Analysis/ |
H A D | designated-initializer.c | 5 union UQ { struct Q q; }; union 6 union UQ getUQ() { in getUQ() 7 union UQ u = { { 1, 2, 3 } }; in getUQ() 12 struct LUQ { union UQ uq; } var = { getUQ(), .uq.q.a = 100 }; in test()
|
/dports/devel/wasi-libcxx/llvm-project-13.0.1.src/clang/test/Analysis/ |
H A D | designated-initializer.c | 5 union UQ { struct Q q; }; union 6 union UQ getUQ() { in getUQ() 7 union UQ u = { { 1, 2, 3 } }; in getUQ() 12 struct LUQ { union UQ uq; } var = { getUQ(), .uq.q.a = 100 }; in test()
|
/dports/devel/llvm90/llvm-9.0.1.src/tools/clang/test/Analysis/ |
H A D | designated-initializer.c | 5 union UQ { struct Q q; }; union 6 union UQ getUQ() { in getUQ() 7 union UQ u = { { 1, 2, 3 } }; in getUQ() 12 struct LUQ { union UQ uq; } var = { getUQ(), .uq.q.a = 100 }; in test()
|