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/dports/biology/emboss/EMBOSS-6.6.0/ajax/core/
H A Dajarr.h807 ajuint elem1, ajuint elem2, ajuint elem3,
829 ajuint elem1, ajuint elem2, ajuint elem3);
832 ajuint* len1, ajuint* len2, ajuint* len3);
836 ajuint elem1, ajuint elem2, ajuint elem3,
872 ajuint* len1, ajuint* len2, ajuint* len3);
896 ajuint elem1, ajuint elem2, ajuint elem3);
898 ajuint* len1, ajuint* len2, ajuint* len3);
903 ajuint elem1, ajuint elem2, ajuint elem3,
932 ajuint elem1, ajuint elem2, ajuint elem3,
960 ajuint* len1, ajuint* len2, ajuint* len3);
[all …]
H A Dajindex.h245 ajuint dbno;
246 ajuint dups;
267 ajuint dbno;
289 ajuint dbno;
958 ajuint order, ajuint fill, ajuint level,
959 ajuint sorder, ajuint sfill,
968 ajuint order, ajuint fill, ajuint level,
969 ajuint sorder, ajuint sfill,
979 ajuint order, ajuint fill, ajuint level,
989 ajuint order, ajuint fill, ajuint level,
[all …]
H A Dajrange.h78 ajuint *start;
79 ajuint *end;
81 ajuint n;
103 ajuint start, ajuint end);
109 ajuint imin, ajuint imax,
110 ajuint minsize, ajuint size);
114 ajuint minsize, ajuint size);
117 ajuint ajRangeCountOverlaps(const AjPRange thys, ajuint pos, ajuint length);
119 ajuint pos, ajuint length);
143 ajuint *start, ajuint *end);
[all …]
H A Dajsort.h66 void ajSortFloatDecI(const float *a, ajuint *p, ajuint n);
67 void ajSortIntDecI(const ajint *a, ajuint *p, ajuint n);
68 void ajSortUintDecI(const ajuint *a, ajuint *p, ajuint n);
69 void ajSortFloatIncI(const float *a, ajuint *p, ajuint n);
70 void ajSortIntIncI(const ajint *a, ajuint *p, ajuint n);
71 void ajSortUintIncI(const ajuint *a, ajuint *p, ajuint n);
74 void ajSortUintDec(ajuint *a, ajuint n);
77 void ajSortUintInc(ajuint *a, ajuint n);
78 void ajSorttwoIntIncI(ajint *a, ajuint *p, ajuint n);
79 void ajSorttwoUintIncI(ajuint *a, ajuint *p, ajuint n);
[all …]
H A Dajsort.c49 ajuint s; in ajSortFloatDecI()
50 ajuint i; in ajSortFloatDecI()
52 ajuint t; in ajSortFloatDecI()
83 void ajSortIntDecI(const ajint *a, ajuint *p, ajuint n) in ajSortIntDecI()
119 void ajSortUintDecI(const ajuint *a, ajuint *p, ajuint n) in ajSortUintDecI()
227 void ajSortUintIncI(const ajuint *a, ajuint *p, ajuint n) in ajSortUintIncI()
264 void ajSorttwoIntIncI(ajint *a, ajuint *p, ajuint n) in ajSorttwoIntIncI()
306 void ajSorttwoUintIncI(ajuint *a, ajuint *p, ajuint n) in ajSorttwoUintIncI()
416 void ajSortUintDec(ajuint *a, ajuint n) in ajSortUintDec()
521 void ajSortUintInc(ajuint *a, ajuint n) in ajSortUintInc()
[all …]
H A Dajrange.c195 ajuint k; in ajRangeNewFilenameLimits()
379 ajuint i; in ajRangeNewRange()
380 ajuint n; in ajRangeNewRange()
456 ajuint n; in ajRangeNewStringLimits()
457 ajuint e; in ajRangeNewStringLimits()
458 ajuint f; in ajRangeNewStringLimits()
459 ajuint t; in ajRangeNewStringLimits()
460 ajuint i; in ajRangeNewStringLimits()
882 ajuint start, ajuint end) in ajRangeElementSet()
1848 ajuint ajRangeCountOverlaps(const AjPRange thys, ajuint pos, ajuint length) in ajRangeCountOverlaps()
[all …]
H A Dajarr.c3000 ajuint elem1, ajuint elem2, ajuint elem3, ajint v) in ajInt3dPut()
3701 ajuint elem1, ajuint elem2, ajuint elem3) in ajUint3dGet()
3742 ajuint elem1, ajuint elem2, ajuint elem3, ajuint v) in ajUint3dPut()
3859 ajuint* len1, ajuint* len2, ajuint* len3) in ajUint3dLen()
4398 ajuint elem1, ajuint elem2, ajuint elem3) in ajFloat3dGet()
4554 ajuint* len1, ajuint* len2, ajuint* len3) in ajFloat3dLen()
5252 ajuint* len1, ajuint* len2, ajuint* len3) in ajDouble3dLen()
5795 ajuint elem1, ajuint elem2, ajuint elem3) in ajShort3dGet()
5953 ajuint* len1, ajuint* len2, ajuint* len3) in ajShort3dLen()
6496 ajuint elem1, ajuint elem2, ajuint elem3) in ajLong3dGet()
[all …]
H A Dajsql.h87 ajuint Res;
88 ajuint Len;
140 ajuint Use;
177 ajuint Columns;
178 ajuint Use;
208 ajuint Columns;
209 ajuint Current;
324 AjPSqlrow ajSqlrowNew(ajuint columns);
360 ajuint column,
397 AjPVoid ajVoidNewRes(ajuint size);
[all …]
/dports/biology/emboss/EMBOSS-6.6.0/nucleus/
H A Dembpat.h183 ajuint slen, ajuint plen,
197 ajuint begin, ajuint plen,
205 ajuint slen, ajuint plen, ajuint mm,
226 ajuint plen, ajuint mismatch,
265 ajuint slen, ajuint plen,
287 ajuint pos, ajuint plen,
328 ajuint begin, ajuint plen, const ajuint *table,
333 ajuint m, ajuint k, ajuint plen);
337 ajuint k, ajuint begin,
343 ajuint **skipm, ajuint m, ajuint k);
[all …]
H A Dembdbi.h76 ajuint nid;
102 ajuint filenum;
103 ajuint rpos;
104 ajuint spos;
105 ajuint nfields;
161 ajuint nfields, ajuint nfiles,
162 ajuint idDone, ajuint idCount);
200 ajuint nfiles, ajuint nentries,
205 ajuint maxfilelen, ajuint nfiles,
214 ajuint rpos, ajuint spos, ajushort filenum);
[all …]
H A Dembiep.h75 void embIepCalcKend (double *K, double **pK, ajuint resn, ajuint resc);
79 void embIepCompC (const char *s, ajuint amino, ajuint carboxyl,
80 ajuint sscount, ajuint modlysine,
81 ajuint *c, ajuint *resn, ajuint *resc);
82 void embIepCompS (const AjPStr str, ajuint amino, ajuint carboxyl,
83 ajuint sscount, ajuint modlysine,
84 ajuint *c, ajuint *resn, ajuint *resc);
88 AjBool embIepIepC (const char *s, ajuint amino, ajuint carboxyl,
89 ajuint sscount, ajuint modlysine,
91 AjBool embIepIepS (const AjPStr str, ajuint amino, ajuint carboxyl,
[all …]
H A Dembindex.h128 ajuint nfiles;
130 ajuint refcount;
132 ajuint idlen;
139 ajuint idorder;
140 ajuint idfill;
205 ajuint order;
206 ajuint fill;
208 ajuint secfill;
210 ajuint len;
211 ajuint idlen;
[all …]
H A Dembmat.h93 ajuint n;
145 ajuint n;
146 ajuint len;
148 ajuint max;
151 ajuint end;
153 ajuint hpe;
154 ajuint hpm;
158 ajuint mm;
163 ajuint len1;
164 ajuint len2;
[all …]
H A Dembsig.h180 ajuint nres;
281 ajuint ns;
282 ajuint sn;
283 ajuint np;
284 ajuint pn;
286 ajuint maxgap;
490 EmbPSigdat embSigdatNew(ajuint nres, ajuint ngap);
516 ajuint nterm);
542 ajuint n);
584 ajuint n,
[all …]
H A Dembpat.c108 ajuint begin, ajuint len,
127 ajuint ppos, ajuint mm,
149 ajuint **ptr = (ajuint **)x; in patStringFree()
1180 ajuint begin, ajuint len, in patRestrictPushHit()
2112 ajuint begin, ajuint mm) in embPatPushHit()
2160 ajuint begin, ajuint slen, in embPatBYPSearch()
2944 ajuint plen, const ajuint *table, ajuint limit, AjPList l, in embPatSOSearch()
3111 ajuint begin, ajuint plen, in embPatBYGSearch()
3817 ajuint ppos, ajuint mm, in patOUBrute()
3819 ajuint begin, ajuint *count, in patOUBrute()
[all …]
H A Dembiep.c60 ajuint i; in embIepPkNew()
110 ajuint i; in embIepPkDel()
246 ajuint ich; in embIepPkReadFile()
247 ajuint i; in embIepPkReadFile()
248 ajuint j; in embIepPkReadFile()
336 ajuint sscount, ajuint modlysine, in embIepCompC()
337 ajuint *c, ajuint *resn, ajuint *resc) in embIepCompC()
435 ajuint sscount, ajuint modlysine, in embIepCompS()
436 ajuint *c, ajuint *resn, ajuint *resc) in embIepCompS()
669 ajuint sscount, ajuint modlysine, in embIepIepC()
[all …]
/dports/biology/emboss/EMBOSS-6.6.0/ajax/ensembl/
H A Densvariation.h147 ajuint Use;
150 ajuint Start;
151 ajuint End;
152 ajuint Strand;
193 ajuint Use;
194 ajuint Identifier;
202 ajuint CodingEnd;
206 ajuint Padding;
290 ajuint identifier,
296 ajuint codingend,
[all …]
H A Densassemblyexception.h143 ajuint Use;
177 ajuint srid,
179 ajuint srend,
180 ajuint erid,
182 ajuint erend,
228 ajuint erend);
232 ajuint erid);
248 ajuint srend);
252 ajuint srid);
264 ajuint level);
[all …]
H A Densdata.h500 ajuint Use;
571 ajuint Use;
662 ajuint Use;
716 ajuint Use;
758 ajuint Use;
801 ajuint Use;
959 ajuint Use;
1057 ajuint Use;
1089 ajuint Use;
1127 ajuint Use;
[all …]
H A Densgvdata.h479 ajuint Use;
513 ajuint Use;
552 ajuint Use;
590 ajuint Use;
656 ajuint Use;
728 ajuint Use;
767 ajuint Use;
856 ajuint Use;
946 ajuint Use;
988 ajuint Use;
[all …]
H A Densassembly.h84 ajuint Use;
85 ajuint AssembledIdentifier;
86 ajuint AssembledStart;
87 ajuint AssembledEnd;
88 ajuint ComponentIdentifier;
89 ajuint ComponentStart;
90 ajuint ComponentEnd;
111 EnsPAssembly ensAssemblyNewIni(ajuint asmsrid,
113 ajuint asmend,
114 ajuint cmpsrid,
[all …]
H A Densqcalignment.h96 ajuint Use;
104 ajuint QueryEnd;
110 ajuint Coverage;
248 ajuint edge);
253 ajuint edge);
258 ajuint edge);
272 ajuint edge);
308 ajuint tstart,
309 ajuint tend,
339 ajuint lower,
[all …]
H A Densmapper.h115 ajuint Use;
150 ajuint Use;
151 ajuint Padding;
208 ajuint Rank;
209 ajuint Use;
238 ajuint Use;
271 ajuint Use;
318 ajuint Count;
319 ajuint Use;
535 ajuint oid);
[all …]
H A Densqcsequence.h109 ajuint Use;
110 ajuint Identifier;
117 ajuint Version;
118 ajuint Length;
119 ajuint CdsStart;
120 ajuint CdsEnd;
122 ajuint Polya;
147 ajuint version,
149 ajuint length,
151 ajuint cdsend,
[all …]
H A Densqcsubmission.h93 ajuint Use;
94 ajuint Identifier;
99 ajuint QueryStart;
100 ajuint QueryEnd;
102 ajuint TargetStart;
103 ajuint TargetEnd;
105 ajuint Analysisjobidentifier;
106 ajuint Padding;
245 ajuint tstart,
246 ajuint tend,
[all …]

12345678910>>...18