/dports/biology/bbmap/bbmap/current/aligner/ |
H A D | SingleStateAlignerPacBioAdapter.java | 282 final int bestRefStart=refStartLoc+col; 287 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow 288 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); 290 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; 292 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop};
|
H A D | SingleStateAlignerFlat.java | 395 final int bestRefStart=refStartLoc+col; 400 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow 401 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); 403 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; 405 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop};
|
H A D | SingleStateAlignerFlat2_1D.java | 378 final int bestRefStart=refStartLoc+col; in score() local 382 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow in score() 383 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); in score() 385 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; in score() 387 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop}; in score()
|
H A D | SingleStateAlignerFlat2.java | 398 final int bestRefStart=refStartLoc+col; in score() local 402 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow in score() 403 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); in score() 405 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; in score() 407 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop}; in score()
|
H A D | SingleStateAlignerFlat3.java | 396 final int bestRefStart=refStartLoc+col; in score() local 400 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow in score() 401 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); in score() 403 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; in score() 405 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop}; in score()
|
H A D | SingleStateAlignerFlat2Amino.java | 466 final int bestRefStart=refStartLoc+col; in score() local 470 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow in score() 471 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); in score() 473 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; in score() 475 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop}; in score()
|
H A D | SingleStateAlignerFlatFloat.java | 439 final int bestRefStart=refStartLoc+col; in score() local 443 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow in score() 444 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); in score() 446 rvec=new int[] {(int)score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; in score() 448 rvec=new int[] {(int)score, bestRefStart, bestRefStop}; in score()
|
H A D | MultiStateAligner9PacBioAdapter.java | 928 final int bestRefStart=refStartLoc+col; 932 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow 933 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); 935 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; 937 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop};
|
H A D | MultiStateAligner9PacBioAdapter2.java | 1107 final int bestRefStart=refStartLoc+col; 1111 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow 1112 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); 1114 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; 1116 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop};
|
H A D | MultiStateAligner9PacBioAdapter3.java | 934 final int bestRefStart=refStartLoc+col; in score() local 938 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow in score() 939 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); in score() 941 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; in score() 943 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop}; in score()
|
H A D | MultiStateAligner9PacBioAdapter_WithBarriers.java | 1309 final int bestRefStart=refStartLoc+col; 1313 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow 1314 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); 1316 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; 1318 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop};
|
/dports/biology/bbmap/bbmap/current/align2/ |
H A D | MultiStateAligner11tsJNI.java | 589 final int bestRefStart=refStartLoc+col; 594 System.err.println("bestRefStart="+bestRefStart+", refStartLoc="+refStartLoc); 600 if(bestRefStart<refStartLoc){ 601 padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); 602 }else if(bestRefStart==refStartLoc && state==MODE_INS){ 613 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight}; 615 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};
|
H A D | MultiStateAligner11ts.java | 1417 final int bestRefStart=refStartLoc+col; 1422 System.err.println("bestRefStart="+bestRefStart+", refStartLoc="+refStartLoc); 1428 if(bestRefStart<refStartLoc){ 1429 padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); 1430 }else if(bestRefStart==refStartLoc && state==MODE_INS){ 1441 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight}; 1443 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};
|
H A D | MultiStateAligner9XFlat.java | 1330 final int bestRefStart=refStartLoc+col; 1335 System.err.println("bestRefStart="+bestRefStart+", refStartLoc="+refStartLoc); 1341 if(bestRefStart<refStartLoc){ 1342 padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); 1343 }else if(bestRefStart==refStartLoc && state==MODE_INS){ 1354 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight}; 1356 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};
|
H A D | MultiStateAligner9Flat.java | 1346 final int bestRefStart=refStartLoc+col; 1351 System.err.println("bestRefStart="+bestRefStart+", refStartLoc="+refStartLoc); 1357 if(bestRefStart<refStartLoc){ 1358 padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); 1359 }else if(bestRefStart==refStartLoc && state==MODE_INS){ 1370 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight}; 1372 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};
|
H A D | MultiStateAligner9PacBio.java | 1346 final int bestRefStart=refStartLoc+col; 1351 System.err.println("bestRefStart="+bestRefStart+", refStartLoc="+refStartLoc); 1357 if(bestRefStart<refStartLoc){ 1358 padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); 1359 }else if(bestRefStart==refStartLoc && state==MODE_INS){ 1370 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight}; 1372 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};
|
H A D | MultiStateAligner9ts.java | 1323 final int bestRefStart=refStartLoc+col; 1327 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow 1328 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); 1330 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight}; 1332 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};
|
H A D | MultiStateAligner10ts.java | 2292 final int bestRefStart=refStartLoc+col; 2296 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow 2297 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); 2299 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight}; 2301 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};
|