Home
last modified time | relevance | path

Searched refs:bestRefStart (Results 1 – 18 of 18) sorted by relevance

/dports/biology/bbmap/bbmap/current/aligner/
H A DSingleStateAlignerPacBioAdapter.java282 final int bestRefStart=refStartLoc+col;
287 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow
288 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart);
290 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight};
292 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop};
H A DSingleStateAlignerFlat.java395 final int bestRefStart=refStartLoc+col;
400 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow
401 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart);
403 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight};
405 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop};
H A DSingleStateAlignerFlat2_1D.java378 final int bestRefStart=refStartLoc+col; in score() local
382 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow in score()
383 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); in score()
385 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; in score()
387 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop}; in score()
H A DSingleStateAlignerFlat2.java398 final int bestRefStart=refStartLoc+col; in score() local
402 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow in score()
403 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); in score()
405 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; in score()
407 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop}; in score()
H A DSingleStateAlignerFlat3.java396 final int bestRefStart=refStartLoc+col; in score() local
400 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow in score()
401 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); in score()
403 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; in score()
405 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop}; in score()
H A DSingleStateAlignerFlat2Amino.java466 final int bestRefStart=refStartLoc+col; in score() local
470 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow in score()
471 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); in score()
473 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; in score()
475 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop}; in score()
H A DSingleStateAlignerFlatFloat.java439 final int bestRefStart=refStartLoc+col; in score() local
443 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow in score()
444 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); in score()
446 rvec=new int[] {(int)score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; in score()
448 rvec=new int[] {(int)score, bestRefStart, bestRefStop}; in score()
H A DMultiStateAligner9PacBioAdapter.java928 final int bestRefStart=refStartLoc+col;
932 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow
933 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart);
935 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight};
937 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop};
H A DMultiStateAligner9PacBioAdapter2.java1107 final int bestRefStart=refStartLoc+col;
1111 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow
1112 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart);
1114 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight};
1116 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop};
H A DMultiStateAligner9PacBioAdapter3.java934 final int bestRefStart=refStartLoc+col; in score() local
938 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow in score()
939 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart); in score()
941 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight}; in score()
943 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop}; in score()
H A DMultiStateAligner9PacBioAdapter_WithBarriers.java1309 final int bestRefStart=refStartLoc+col;
1313 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow
1314 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart);
1316 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, padLeft, padRight};
1318 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop};
/dports/biology/bbmap/bbmap/current/align2/
H A DMultiStateAligner11tsJNI.java589 final int bestRefStart=refStartLoc+col;
594 System.err.println("bestRefStart="+bestRefStart+", refStartLoc="+refStartLoc);
600 if(bestRefStart<refStartLoc){
601 padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart);
602 }else if(bestRefStart==refStartLoc && state==MODE_INS){
613 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight};
615 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};
H A DMultiStateAligner11ts.java1417 final int bestRefStart=refStartLoc+col;
1422 System.err.println("bestRefStart="+bestRefStart+", refStartLoc="+refStartLoc);
1428 if(bestRefStart<refStartLoc){
1429 padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart);
1430 }else if(bestRefStart==refStartLoc && state==MODE_INS){
1441 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight};
1443 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};
H A DMultiStateAligner9XFlat.java1330 final int bestRefStart=refStartLoc+col;
1335 System.err.println("bestRefStart="+bestRefStart+", refStartLoc="+refStartLoc);
1341 if(bestRefStart<refStartLoc){
1342 padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart);
1343 }else if(bestRefStart==refStartLoc && state==MODE_INS){
1354 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight};
1356 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};
H A DMultiStateAligner9Flat.java1346 final int bestRefStart=refStartLoc+col;
1351 System.err.println("bestRefStart="+bestRefStart+", refStartLoc="+refStartLoc);
1357 if(bestRefStart<refStartLoc){
1358 padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart);
1359 }else if(bestRefStart==refStartLoc && state==MODE_INS){
1370 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight};
1372 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};
H A DMultiStateAligner9PacBio.java1346 final int bestRefStart=refStartLoc+col;
1351 System.err.println("bestRefStart="+bestRefStart+", refStartLoc="+refStartLoc);
1357 if(bestRefStart<refStartLoc){
1358 padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart);
1359 }else if(bestRefStart==refStartLoc && state==MODE_INS){
1370 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight};
1372 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};
H A DMultiStateAligner9ts.java1323 final int bestRefStart=refStartLoc+col;
1327 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow
1328 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart);
1330 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight};
1332 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};
H A DMultiStateAligner10ts.java2292 final int bestRefStart=refStartLoc+col;
2296 …if(bestRefStart<refStartLoc || bestRefStop>refEndLoc){ //Suggest extra padding in cases of overflow
2297 int padLeft=Tools.max(0, refStartLoc-bestRefStart);
2299 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState, padLeft, padRight};
2301 rvec=new int[] {score, bestRefStart, bestRefStop, maxRow, maxCol, maxState};