/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/subsys/ |
H A D | colvar_types.F | 679 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 758 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 760 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 762 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 764 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 867 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 877 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 879 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 1063 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 1067 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) [all …]
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/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/subsys/ |
H A D | colvar_types.F | 679 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 758 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 760 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 762 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 764 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 867 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 877 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 879 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 1063 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) 1067 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i) [all …]
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/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/ |
H A D | colvar_methods.F | 795 NULLIFY (colvar%rmsd_param%i_rmsd, colvar%rmsd_param%r_ref, colvar%rmsd_param%weights) 922 ALLOCATE (colvar%HBP%ids(colvar%HBP%nPoints, 3)) 923 ALLOCATE (colvar%HBP%ewc(colvar%HBP%nPoints)) 1754 colvar => subsys%colvar_p(icolvar)%colvar 1949 colvar%dsdr(:, i) = colvar%dsdr(:, i) + fi 2800 colvar%ss = r12 + colvar%dfunct_param%coeff*r34 3549 colvar%dsdr(1:3, jj) = colvar%dsdr(1:3, jj) & 3724 colvar%dsdr(1:3, ii) = colvar%dsdr(1:3, ii) & 3730 colvar%dsdr(1:3, ii) = colvar%dsdr(1:3, ii) & 3739 colvar%dsdr(1:3, kk) = colvar%dsdr(1:3, kk) & [all …]
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H A D | colvar_utils.F | 587 IF (colvar%coord_param%use_kinds_from .OR. colvar%coord_param%use_kinds_to) THEN 598 colvar%coord_param%n_atoms_from = colvar%coord_param%n_atoms_from + 1 599 colvar%coord_param%i_at_from(colvar%coord_param%n_atoms_from) = i 616 colvar%coord_param%n_atoms_to = colvar%coord_param%n_atoms_to + 1 617 colvar%coord_param%i_at_to(colvar%coord_param%n_atoms_to) = i 634 colvar%coord_param%n_atoms_to_b = colvar%coord_param%n_atoms_to_b + 1 635 colvar%coord_param%i_at_to_b(colvar%coord_param%n_atoms_to_b) = i 679 colvar%mindist_param%i_coord_to(colvar%mindist_param%n_coord_to) = i 749 colvar%gyration_param%n_atoms = colvar%gyration_param%n_atoms + 1 750 colvar%gyration_param%i_at(colvar%gyration_param%n_atoms) = i [all …]
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/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/ |
H A D | colvar_methods.F | 795 NULLIFY (colvar%rmsd_param%i_rmsd, colvar%rmsd_param%r_ref, colvar%rmsd_param%weights) 922 ALLOCATE (colvar%HBP%ids(colvar%HBP%nPoints, 3)) 923 ALLOCATE (colvar%HBP%ewc(colvar%HBP%nPoints)) 1754 colvar => subsys%colvar_p(icolvar)%colvar 1949 colvar%dsdr(:, i) = colvar%dsdr(:, i) + fi 2800 colvar%ss = r12 + colvar%dfunct_param%coeff*r34 3549 colvar%dsdr(1:3, jj) = colvar%dsdr(1:3, jj) & 3724 colvar%dsdr(1:3, ii) = colvar%dsdr(1:3, ii) & 3730 colvar%dsdr(1:3, ii) = colvar%dsdr(1:3, ii) & 3739 colvar%dsdr(1:3, kk) = colvar%dsdr(1:3, kk) & [all …]
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H A D | colvar_utils.F | 587 IF (colvar%coord_param%use_kinds_from .OR. colvar%coord_param%use_kinds_to) THEN 598 colvar%coord_param%n_atoms_from = colvar%coord_param%n_atoms_from + 1 599 colvar%coord_param%i_at_from(colvar%coord_param%n_atoms_from) = i 616 colvar%coord_param%n_atoms_to = colvar%coord_param%n_atoms_to + 1 617 colvar%coord_param%i_at_to(colvar%coord_param%n_atoms_to) = i 634 colvar%coord_param%n_atoms_to_b = colvar%coord_param%n_atoms_to_b + 1 635 colvar%coord_param%i_at_to_b(colvar%coord_param%n_atoms_to_b) = i 679 colvar%mindist_param%i_coord_to(colvar%mindist_param%n_coord_to) = i 749 colvar%gyration_param%n_atoms = colvar%gyration_param%n_atoms + 1 750 colvar%gyration_param%i_at(colvar%gyration_param%n_atoms) = i [all …]
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/dports/science/lammps/lammps-stable_29Sep2021/lib/colvars/ |
H A D | colvarcomp.h | 75 class colvar::cvc 340 class colvar::distance 661 class colvar::inertia 749 class colvar::angle 1052 class colvar::h_bond 1296 class colvar::tilt 1423 class colvar::rmsd 1545 class colvar::gspath 1566 class colvar::gzpath 1715 class colvar::gspath [all …]
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H A D | colvarcomp_rotations.cpp | 94 colvar::orientation::orientation() in orientation() 103 void colvar::orientation::calc_value() in calc_value() 294 void colvar::tilt::calc_value() in calc_value() 304 void colvar::tilt::calc_gradients() in calc_gradients() 359 colvar::spin_angle::spin_angle() in spin_angle() 370 void colvar::spin_angle::calc_value() in calc_value() 459 colvar::euler_phi::euler_phi() in euler_phi() 478 void colvar::euler_phi::calc_value() in calc_value() 578 colvar::euler_psi::euler_psi() in euler_psi() 597 void colvar::euler_psi::calc_value() in calc_value() [all …]
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H A D | colvarcomp_distances.cpp | 37 colvar::distance::distance() in distance() 49 void colvar::distance::calc_value() in calc_value() 61 void colvar::distance::calc_gradients() in calc_gradients() 111 colvar::distance_vec::distance_vec() in distance_vec() 121 void colvar::distance_vec::calc_value() in calc_value() 220 colvar::distance_z::distance_z() in distance_z() 230 void colvar::distance_z::calc_value() in calc_value() 380 colvar::distance_xy::distance_xy() in distance_xy() 820 void colvar::gyration::calc_value() in calc_value() 877 void colvar::inertia::calc_value() in calc_value() [all …]
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H A D | colvarcomp_angles.cpp | 15 colvar::angle::angle(std::string const &conf) in angle() 33 colvar::angle::angle(cvm::atom const &a1, in angle() 53 void colvar::angle::calc_value() in calc_value() 74 void colvar::angle::calc_gradients() in calc_gradients() 171 colvar::dipole_angle::dipole_angle() in dipole_angle() 179 void colvar::dipole_angle::calc_value() in calc_value() 305 colvar::dihedral::dihedral() in dihedral() 316 void colvar::dihedral::calc_value() in calc_value() 528 colvar::polar_theta::polar_theta() in polar_theta() 581 colvar::polar_phi::polar_phi() in polar_phi() [all …]
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H A D | colvarcomp.cpp | 19 colvar::cvc::cvc() in cvc() 32 colvar::cvc::cvc(std::string const &conf) in cvc() 187 int colvar::cvc::init_dependencies() { in init_dependencies() 289 int colvar::cvc::setup() in setup() 296 colvar::cvc::~cvc() in ~cvc() 306 void colvar::cvc::init_as_distance() in init_as_distance() 316 void colvar::cvc::init_as_angle() in init_as_angle() 377 void colvar::cvc::read_data() in read_data() 459 void colvar::cvc::calc_force_invgrads() in calc_force_invgrads() 475 void colvar::cvc::calc_fit_gradients() in calc_fit_gradients() [all …]
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H A D | colvarcomp_coordnums.cpp | 184 colvar::coordnum::~coordnum() in ~coordnum() 268 void colvar::coordnum::calc_value() in calc_value() 279 void colvar::coordnum::calc_gradients() in calc_gradients() 301 colvar::h_bond::h_bond(std::string const &conf) in simple_scalar_dist_functions() 362 void colvar::h_bond::calc_value() in calc_value() 374 void colvar::h_bond::calc_gradients() in calc_gradients() 439 colvar::selfcoordnum::~selfcoordnum() in ~selfcoordnum() 509 void colvar::selfcoordnum::calc_value() in calc_value() 520 void colvar::selfcoordnum::calc_gradients() in calc_gradients() 592 void colvar::groupcoordnum::calc_value() in calc_value() [all …]
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H A D | colvarcomp_gpath.cpp | 22 bool compareColvarComponent(colvar::cvc *i, colvar::cvc *j) in compareColvarComponent() 159 void colvar::gspath::prepareVectors() { in prepareVectors() 241 void colvar::gspath::calc_value() { in calc_value() 246 void colvar::gspath::calc_gradients() { in calc_gradients() 306 void colvar::gzpath::prepareVectors() { in prepareVectors() 381 void colvar::gzpath::calc_value() { in calc_value() 624 colvar::CVBasedPath::~CVBasedPath() { in ~CVBasedPath() 664 colvar::gspathCV::~gspathCV() {} in ~gspathCV() 702 void colvar::gspathCV::calc_value() { in calc_value() 808 colvar::gzpathCV::~gzpathCV() { in ~gzpathCV() [all …]
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H A D | colvar.h | 54 class colvar : public colvarparse, public colvardeps { 250 colvar(); 285 ~colvar(); 687 inline cvm::real const & colvar::force_constant() const in force_constant() 693 inline colvarvalue const & colvar::value() const in value() 699 inline colvarvalue const & colvar::actual_value() const in actual_value() 705 inline colvarvalue const & colvar::run_ave() const in run_ave() 711 inline colvarvalue const & colvar::velocity() const in velocity() 717 inline colvarvalue const & colvar::total_force() const in total_force() 723 inline void colvar::add_bias_force(colvarvalue const &force) in add_bias_force() [all …]
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H A D | colvar.cpp | 25 colvar::colvar() in colvar() function in colvar 48 bool compare(colvar::cvc *i, colvar::cvc *j) in compare() 1187 void colvar::setup() in setup() 1227 colvar::~colvar() in ~colvar() 1292 int colvar::calc() in calc() 1341 int colvar::collect_cvc_data() in collect_cvc_data() 1864 int colvar::end_of_step() in end_of_step() 1993 int colvar::update_cvc_flags() in update_cvc_flags() 2514 int colvar::analyze() in analyze() 2548 int colvar::calc_acf() in calc_acf() [all …]
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/dports/science/liggghts/LIGGGHTS-PUBLIC-3.8.0-26-g6e873439/lib/colvars/ |
H A D | colvarcomp.h | 61 class colvar::cvc 319 class colvar::distance 320 : public colvar::cvc 409 : public colvar::cvc 512 class colvar::gyration 541 class colvar::inertia 636 class colvar::angle 835 class colvar::h_bond 959 class colvar::dihedPC 1055 class colvar::tilt [all …]
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H A D | colvarcomp_distances.cpp | 36 colvar::distance::distance() in distance() 46 void colvar::distance::calc_value() in calc_value() 57 void colvar::distance::calc_gradients() in calc_gradients() 98 colvar::distance_vec::distance_vec() in distance_vec() 183 colvar::distance_z::distance_z() in distance_z() 279 colvar::distance_xy::distance_xy() in distance_xy() 532 colvar::gyration::gyration() in gyration() 602 colvar::inertia::inertia() in inertia() 609 void colvar::inertia::calc_value() in calc_value() 654 colvar::inertia_z::inertia_z() in inertia_z() [all …]
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H A D | colvarcomp_rotations.cpp | 78 colvar::orientation::orientation() in orientation() 86 void colvar::orientation::calc_value() in calc_value() 103 void colvar::orientation::calc_gradients() in calc_gradients() 143 void colvar::orientation_angle::calc_value() in calc_value() 183 colvar::tilt::tilt (std::string const &conf) in tilt() 199 colvar::tilt::tilt() in tilt() 207 void colvar::tilt::calc_value() in calc_value() 220 void colvar::tilt::calc_gradients() in calc_gradients() 267 colvar::spin_angle::spin_angle() in spin_angle() 277 void colvar::spin_angle::calc_value() in calc_value() [all …]
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H A D | colvarcomp_coordnums.cpp | 115 colvar::coordnum::coordnum() in coordnum() 123 void colvar::coordnum::calc_value() in calc_value() 158 void colvar::coordnum::calc_gradients() in calc_gradients() 218 colvar::h_bond::h_bond (std::string const &conf) in h_bond() 269 colvar::h_bond::h_bond() in h_bond() 277 colvar::h_bond::~h_bond() in ~h_bond() 285 void colvar::h_bond::calc_value() in calc_value() 291 void colvar::h_bond::calc_gradients() in calc_gradients() 330 colvar::selfcoordnum::selfcoordnum() in selfcoordnum() 337 void colvar::selfcoordnum::calc_value() in calc_value() [all …]
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H A D | Makefile.fermi | 63 colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h 64 colvarbias_meta.o: colvarbias_meta.cpp colvar.h colvarmodule.h \ 67 colvar.o: colvar.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \ 68 colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h 70 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarcomp.h \ 73 colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvarcomp.h colvaratoms.h 76 colvar.h colvarcomp.h 78 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \ 81 colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h \ 84 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \ [all …]
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H A D | Makefile.g++ | 64 colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h 65 colvarbias_meta.o: colvarbias_meta.cpp colvar.h colvarmodule.h \ 68 colvar.o: colvar.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \ 69 colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h 71 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarcomp.h \ 74 colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvarcomp.h colvaratoms.h 77 colvar.h colvarcomp.h 79 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \ 82 colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h \ 85 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \ [all …]
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H A D | Makefile.mingw32-cross | 69 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarbias_abf.h \ 72 colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h 76 $(DIR)colvar.o: colvar.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \ 77 colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h 79 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarcomp.h \ 82 colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvarcomp.h colvaratoms.h 85 colvar.h colvarcomp.h 87 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \ 90 colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h \ 93 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \ [all …]
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H A D | Makefile.mingw64-cross | 68 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarbias_abf.h \ 71 colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h 75 $(DIR)colvar.o: colvar.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \ 76 colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h 78 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarcomp.h \ 81 colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvarcomp.h colvaratoms.h 84 colvar.h colvarcomp.h 86 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \ 89 colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h \ 92 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \ [all …]
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H A D | colvar.h | 41 class colvar : public colvarparse { 283 colvar (std::string const &conf); 286 void enable (colvar::task const &t); 289 void disable (colvar::task const &t); 295 ~colvar(); 527 inline colvar * cvm::colvar_p (std::string const &name) in colvar_p() 540 inline colvarvalue::Type colvar::type() const in type() 546 inline colvarvalue const & colvar::value() const in value() 552 inline colvarvalue const & colvar::actual_value() const in actual_value() 558 inline colvarvalue const & colvar::velocity() const in velocity() [all …]
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H A D | colvarcomp_protein.cpp | 14 colvar::alpha_angles::alpha_angles (std::string const &conf) in alpha_angles() 100 colvar::alpha_angles::alpha_angles() in alpha_angles() 107 colvar::alpha_angles::~alpha_angles() in ~alpha_angles() 119 void colvar::alpha_angles::calc_value() in calc_value() 163 void colvar::alpha_angles::calc_gradients() in calc_gradients() 221 colvar::dihedPC::dihedPC (std::string const &conf) in dihedPC() 338 colvar::dihedPC::dihedPC() in dihedPC() 346 colvar::dihedPC::~dihedPC() in ~dihedPC() 355 void colvar::dihedPC::calc_value() in calc_value() 367 void colvar::dihedPC::calc_gradients() in calc_gradients() [all …]
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