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/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/subsys/
H A Dcolvar_types.F679 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
758 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
760 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
762 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
764 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
867 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
877 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
879 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
1063 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
1067 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
[all …]
/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/subsys/
H A Dcolvar_types.F679 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
758 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
760 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
762 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
764 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
867 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
877 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
879 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
1063 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
1067 colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
[all …]
/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/
H A Dcolvar_methods.F795 NULLIFY (colvar%rmsd_param%i_rmsd, colvar%rmsd_param%r_ref, colvar%rmsd_param%weights)
922 ALLOCATE (colvar%HBP%ids(colvar%HBP%nPoints, 3))
923 ALLOCATE (colvar%HBP%ewc(colvar%HBP%nPoints))
1754 colvar => subsys%colvar_p(icolvar)%colvar
1949 colvar%dsdr(:, i) = colvar%dsdr(:, i) + fi
2800 colvar%ss = r12 + colvar%dfunct_param%coeff*r34
3549 colvar%dsdr(1:3, jj) = colvar%dsdr(1:3, jj) &
3724 colvar%dsdr(1:3, ii) = colvar%dsdr(1:3, ii) &
3730 colvar%dsdr(1:3, ii) = colvar%dsdr(1:3, ii) &
3739 colvar%dsdr(1:3, kk) = colvar%dsdr(1:3, kk) &
[all …]
H A Dcolvar_utils.F587 IF (colvar%coord_param%use_kinds_from .OR. colvar%coord_param%use_kinds_to) THEN
598 colvar%coord_param%n_atoms_from = colvar%coord_param%n_atoms_from + 1
599 colvar%coord_param%i_at_from(colvar%coord_param%n_atoms_from) = i
616 colvar%coord_param%n_atoms_to = colvar%coord_param%n_atoms_to + 1
617 colvar%coord_param%i_at_to(colvar%coord_param%n_atoms_to) = i
634 colvar%coord_param%n_atoms_to_b = colvar%coord_param%n_atoms_to_b + 1
635 colvar%coord_param%i_at_to_b(colvar%coord_param%n_atoms_to_b) = i
679 colvar%mindist_param%i_coord_to(colvar%mindist_param%n_coord_to) = i
749 colvar%gyration_param%n_atoms = colvar%gyration_param%n_atoms + 1
750 colvar%gyration_param%i_at(colvar%gyration_param%n_atoms) = i
[all …]
/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/
H A Dcolvar_methods.F795 NULLIFY (colvar%rmsd_param%i_rmsd, colvar%rmsd_param%r_ref, colvar%rmsd_param%weights)
922 ALLOCATE (colvar%HBP%ids(colvar%HBP%nPoints, 3))
923 ALLOCATE (colvar%HBP%ewc(colvar%HBP%nPoints))
1754 colvar => subsys%colvar_p(icolvar)%colvar
1949 colvar%dsdr(:, i) = colvar%dsdr(:, i) + fi
2800 colvar%ss = r12 + colvar%dfunct_param%coeff*r34
3549 colvar%dsdr(1:3, jj) = colvar%dsdr(1:3, jj) &
3724 colvar%dsdr(1:3, ii) = colvar%dsdr(1:3, ii) &
3730 colvar%dsdr(1:3, ii) = colvar%dsdr(1:3, ii) &
3739 colvar%dsdr(1:3, kk) = colvar%dsdr(1:3, kk) &
[all …]
H A Dcolvar_utils.F587 IF (colvar%coord_param%use_kinds_from .OR. colvar%coord_param%use_kinds_to) THEN
598 colvar%coord_param%n_atoms_from = colvar%coord_param%n_atoms_from + 1
599 colvar%coord_param%i_at_from(colvar%coord_param%n_atoms_from) = i
616 colvar%coord_param%n_atoms_to = colvar%coord_param%n_atoms_to + 1
617 colvar%coord_param%i_at_to(colvar%coord_param%n_atoms_to) = i
634 colvar%coord_param%n_atoms_to_b = colvar%coord_param%n_atoms_to_b + 1
635 colvar%coord_param%i_at_to_b(colvar%coord_param%n_atoms_to_b) = i
679 colvar%mindist_param%i_coord_to(colvar%mindist_param%n_coord_to) = i
749 colvar%gyration_param%n_atoms = colvar%gyration_param%n_atoms + 1
750 colvar%gyration_param%i_at(colvar%gyration_param%n_atoms) = i
[all …]
/dports/science/lammps/lammps-stable_29Sep2021/lib/colvars/
H A Dcolvarcomp.h75 class colvar::cvc
340 class colvar::distance
661 class colvar::inertia
749 class colvar::angle
1052 class colvar::h_bond
1296 class colvar::tilt
1423 class colvar::rmsd
1545 class colvar::gspath
1566 class colvar::gzpath
1715 class colvar::gspath
[all …]
H A Dcolvarcomp_rotations.cpp94 colvar::orientation::orientation() in orientation()
103 void colvar::orientation::calc_value() in calc_value()
294 void colvar::tilt::calc_value() in calc_value()
304 void colvar::tilt::calc_gradients() in calc_gradients()
359 colvar::spin_angle::spin_angle() in spin_angle()
370 void colvar::spin_angle::calc_value() in calc_value()
459 colvar::euler_phi::euler_phi() in euler_phi()
478 void colvar::euler_phi::calc_value() in calc_value()
578 colvar::euler_psi::euler_psi() in euler_psi()
597 void colvar::euler_psi::calc_value() in calc_value()
[all …]
H A Dcolvarcomp_distances.cpp37 colvar::distance::distance() in distance()
49 void colvar::distance::calc_value() in calc_value()
61 void colvar::distance::calc_gradients() in calc_gradients()
111 colvar::distance_vec::distance_vec() in distance_vec()
121 void colvar::distance_vec::calc_value() in calc_value()
220 colvar::distance_z::distance_z() in distance_z()
230 void colvar::distance_z::calc_value() in calc_value()
380 colvar::distance_xy::distance_xy() in distance_xy()
820 void colvar::gyration::calc_value() in calc_value()
877 void colvar::inertia::calc_value() in calc_value()
[all …]
H A Dcolvarcomp_angles.cpp15 colvar::angle::angle(std::string const &conf) in angle()
33 colvar::angle::angle(cvm::atom const &a1, in angle()
53 void colvar::angle::calc_value() in calc_value()
74 void colvar::angle::calc_gradients() in calc_gradients()
171 colvar::dipole_angle::dipole_angle() in dipole_angle()
179 void colvar::dipole_angle::calc_value() in calc_value()
305 colvar::dihedral::dihedral() in dihedral()
316 void colvar::dihedral::calc_value() in calc_value()
528 colvar::polar_theta::polar_theta() in polar_theta()
581 colvar::polar_phi::polar_phi() in polar_phi()
[all …]
H A Dcolvarcomp.cpp19 colvar::cvc::cvc() in cvc()
32 colvar::cvc::cvc(std::string const &conf) in cvc()
187 int colvar::cvc::init_dependencies() { in init_dependencies()
289 int colvar::cvc::setup() in setup()
296 colvar::cvc::~cvc() in ~cvc()
306 void colvar::cvc::init_as_distance() in init_as_distance()
316 void colvar::cvc::init_as_angle() in init_as_angle()
377 void colvar::cvc::read_data() in read_data()
459 void colvar::cvc::calc_force_invgrads() in calc_force_invgrads()
475 void colvar::cvc::calc_fit_gradients() in calc_fit_gradients()
[all …]
H A Dcolvarcomp_coordnums.cpp184 colvar::coordnum::~coordnum() in ~coordnum()
268 void colvar::coordnum::calc_value() in calc_value()
279 void colvar::coordnum::calc_gradients() in calc_gradients()
301 colvar::h_bond::h_bond(std::string const &conf) in simple_scalar_dist_functions()
362 void colvar::h_bond::calc_value() in calc_value()
374 void colvar::h_bond::calc_gradients() in calc_gradients()
439 colvar::selfcoordnum::~selfcoordnum() in ~selfcoordnum()
509 void colvar::selfcoordnum::calc_value() in calc_value()
520 void colvar::selfcoordnum::calc_gradients() in calc_gradients()
592 void colvar::groupcoordnum::calc_value() in calc_value()
[all …]
H A Dcolvarcomp_gpath.cpp22 bool compareColvarComponent(colvar::cvc *i, colvar::cvc *j) in compareColvarComponent()
159 void colvar::gspath::prepareVectors() { in prepareVectors()
241 void colvar::gspath::calc_value() { in calc_value()
246 void colvar::gspath::calc_gradients() { in calc_gradients()
306 void colvar::gzpath::prepareVectors() { in prepareVectors()
381 void colvar::gzpath::calc_value() { in calc_value()
624 colvar::CVBasedPath::~CVBasedPath() { in ~CVBasedPath()
664 colvar::gspathCV::~gspathCV() {} in ~gspathCV()
702 void colvar::gspathCV::calc_value() { in calc_value()
808 colvar::gzpathCV::~gzpathCV() { in ~gzpathCV()
[all …]
H A Dcolvar.h54 class colvar : public colvarparse, public colvardeps {
250 colvar();
285 ~colvar();
687 inline cvm::real const & colvar::force_constant() const in force_constant()
693 inline colvarvalue const & colvar::value() const in value()
699 inline colvarvalue const & colvar::actual_value() const in actual_value()
705 inline colvarvalue const & colvar::run_ave() const in run_ave()
711 inline colvarvalue const & colvar::velocity() const in velocity()
717 inline colvarvalue const & colvar::total_force() const in total_force()
723 inline void colvar::add_bias_force(colvarvalue const &force) in add_bias_force()
[all …]
H A Dcolvar.cpp25 colvar::colvar() in colvar() function in colvar
48 bool compare(colvar::cvc *i, colvar::cvc *j) in compare()
1187 void colvar::setup() in setup()
1227 colvar::~colvar() in ~colvar()
1292 int colvar::calc() in calc()
1341 int colvar::collect_cvc_data() in collect_cvc_data()
1864 int colvar::end_of_step() in end_of_step()
1993 int colvar::update_cvc_flags() in update_cvc_flags()
2514 int colvar::analyze() in analyze()
2548 int colvar::calc_acf() in calc_acf()
[all …]
/dports/science/liggghts/LIGGGHTS-PUBLIC-3.8.0-26-g6e873439/lib/colvars/
H A Dcolvarcomp.h61 class colvar::cvc
319 class colvar::distance
320 : public colvar::cvc
409 : public colvar::cvc
512 class colvar::gyration
541 class colvar::inertia
636 class colvar::angle
835 class colvar::h_bond
959 class colvar::dihedPC
1055 class colvar::tilt
[all …]
H A Dcolvarcomp_distances.cpp36 colvar::distance::distance() in distance()
46 void colvar::distance::calc_value() in calc_value()
57 void colvar::distance::calc_gradients() in calc_gradients()
98 colvar::distance_vec::distance_vec() in distance_vec()
183 colvar::distance_z::distance_z() in distance_z()
279 colvar::distance_xy::distance_xy() in distance_xy()
532 colvar::gyration::gyration() in gyration()
602 colvar::inertia::inertia() in inertia()
609 void colvar::inertia::calc_value() in calc_value()
654 colvar::inertia_z::inertia_z() in inertia_z()
[all …]
H A Dcolvarcomp_rotations.cpp78 colvar::orientation::orientation() in orientation()
86 void colvar::orientation::calc_value() in calc_value()
103 void colvar::orientation::calc_gradients() in calc_gradients()
143 void colvar::orientation_angle::calc_value() in calc_value()
183 colvar::tilt::tilt (std::string const &conf) in tilt()
199 colvar::tilt::tilt() in tilt()
207 void colvar::tilt::calc_value() in calc_value()
220 void colvar::tilt::calc_gradients() in calc_gradients()
267 colvar::spin_angle::spin_angle() in spin_angle()
277 void colvar::spin_angle::calc_value() in calc_value()
[all …]
H A Dcolvarcomp_coordnums.cpp115 colvar::coordnum::coordnum() in coordnum()
123 void colvar::coordnum::calc_value() in calc_value()
158 void colvar::coordnum::calc_gradients() in calc_gradients()
218 colvar::h_bond::h_bond (std::string const &conf) in h_bond()
269 colvar::h_bond::h_bond() in h_bond()
277 colvar::h_bond::~h_bond() in ~h_bond()
285 void colvar::h_bond::calc_value() in calc_value()
291 void colvar::h_bond::calc_gradients() in calc_gradients()
330 colvar::selfcoordnum::selfcoordnum() in selfcoordnum()
337 void colvar::selfcoordnum::calc_value() in calc_value()
[all …]
H A DMakefile.fermi63 colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h
64 colvarbias_meta.o: colvarbias_meta.cpp colvar.h colvarmodule.h \
67 colvar.o: colvar.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
68 colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h
70 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarcomp.h \
73 colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvarcomp.h colvaratoms.h
76 colvar.h colvarcomp.h
78 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \
81 colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h \
84 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \
[all …]
H A DMakefile.g++64 colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h
65 colvarbias_meta.o: colvarbias_meta.cpp colvar.h colvarmodule.h \
68 colvar.o: colvar.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
69 colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h
71 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarcomp.h \
74 colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvarcomp.h colvaratoms.h
77 colvar.h colvarcomp.h
79 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \
82 colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h \
85 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \
[all …]
H A DMakefile.mingw32-cross69 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarbias_abf.h \
72 colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h
76 $(DIR)colvar.o: colvar.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
77 colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h
79 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarcomp.h \
82 colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvarcomp.h colvaratoms.h
85 colvar.h colvarcomp.h
87 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \
90 colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h \
93 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \
[all …]
H A DMakefile.mingw64-cross68 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarbias_abf.h \
71 colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h
75 $(DIR)colvar.o: colvar.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
76 colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h
78 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarcomp.h \
81 colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvarcomp.h colvaratoms.h
84 colvar.h colvarcomp.h
86 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \
89 colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h \
92 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h \
[all …]
H A Dcolvar.h41 class colvar : public colvarparse {
283 colvar (std::string const &conf);
286 void enable (colvar::task const &t);
289 void disable (colvar::task const &t);
295 ~colvar();
527 inline colvar * cvm::colvar_p (std::string const &name) in colvar_p()
540 inline colvarvalue::Type colvar::type() const in type()
546 inline colvarvalue const & colvar::value() const in value()
552 inline colvarvalue const & colvar::actual_value() const in actual_value()
558 inline colvarvalue const & colvar::velocity() const in velocity()
[all …]
H A Dcolvarcomp_protein.cpp14 colvar::alpha_angles::alpha_angles (std::string const &conf) in alpha_angles()
100 colvar::alpha_angles::alpha_angles() in alpha_angles()
107 colvar::alpha_angles::~alpha_angles() in ~alpha_angles()
119 void colvar::alpha_angles::calc_value() in calc_value()
163 void colvar::alpha_angles::calc_gradients() in calc_gradients()
221 colvar::dihedPC::dihedPC (std::string const &conf) in dihedPC()
338 colvar::dihedPC::dihedPC() in dihedPC()
346 colvar::dihedPC::~dihedPC() in ~dihedPC()
355 void colvar::dihedPC::calc_value() in calc_value()
367 void colvar::dihedPC::calc_gradients() in calc_gradients()
[all …]

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