Searched refs:limitSjdbInsertNsj (Results 1 – 7 of 7) sorted by relevance
53 if (mapGen.sjdbN>P.limitSjdbInsertNsj) in sjdbInsertJunctions()56 …limitSjdbInsertNsj<<"\n"; errOut << "Fatal LIMIT error: the number of junctions to … in sjdbInsertJunctions()
191 …GstrandBit = (char) (uint) floor(log(nGenome+P.limitSjdbInsertNsj*sjdbLength)/log(2))+1; //Gstrand… in genomeGenerate()193 … and SJs: total=genome+SJ="<<nGenome+P.limitSjdbInsertNsj*sjdbLength<<" = "<<nGenome<<" + "<<P.lim… in genomeGenerate()199 …( GstrandBit+1, nSA+2*sjdbLength*min((uint64)sjdbLoci.chr.size(),P.limitSjdbInsertNsj) );//TODO: t… in genomeGenerate()
261 nGenomePass1+=P.limitSjdbInsertNsj*sjdbLength; in genomeLoad()262 nSApass1+=2*P.limitSjdbInsertNsj*sjdbLength; in genomeLoad()268 nGenomePass2+=P.limitSjdbInsertNsj*sjdbLength; in genomeLoad()269 nSApass2+=2*P.limitSjdbInsertNsj*sjdbLength; in genomeLoad()
282 uint64 limitSjdbInsertNsj; variable
84 …ay.push_back(new ParameterInfoScalar <uint> (-1, -1, "limitSjdbInsertNsj", &limitSjdbInsertNsj)); in Parameters()
244 limitSjdbInsertNsj 1000000
245 \optName{limitSjdbInsertNsj}