molecule_kind (reference) in projects: dports

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H A D	molecule_kind_types.F	632 IF (ASSOCIATED(molecule_kind)) THEN 664 …IF (PRESENT(nconstraint)) nconstraint = (molecule_kind%ncolv%ntot - molecule_kind%ncolv%nrestraint… 665 … 3(molecule_kind%ng3x3 - molecule_kind%ng3x3_restraint) + & 666 … 6(molecule_kind%ng4x6 - molecule_kind%ng4x6_restraint) + & 667 … 3*(molecule_kind%nvsite - molecule_kind%nvsite_restraint) 774 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 930 IF (ASSOCIATED(molecule_kind)) THEN 934 molecule_kind%natom = n 980 molecule_kind%nmolecule = n 1012 IF (ASSOCIATED(molecule_kind)) THEN [all …]
H A D	molecule_types.F	102 TYPE(molecule_kind_type), POINTER :: molecule_kind ! pointer to molecule kind information component 207 NULLIFY (molecule_set(imolecule)%molecule_kind) 293 SUBROUTINE get_molecule(molecule, molecule_kind, lmi, lci, lg3x3, lg4x6, lcolv, & argument 297 TYPE(molecule_kind_type), OPTIONAL, POINTER :: molecule_kind local 318 IF (PRESENT(molecule_kind)) molecule_kind => molecule%molecule_kind 364 SUBROUTINE set_molecule(molecule, molecule_kind, lmi, lci, lcolv, lg3x3, lg4x6) argument 366 TYPE(molecule_kind_type), OPTIONAL, POINTER :: molecule_kind local 381 IF (PRESENT(molecule_kind)) molecule%molecule_kind => molecule_kind 528 CALL get_molecule(molecule=molecule, molecule_kind=imol_kind, &
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H A D	qs_loc_molecules.F	`62 TYPE(molecule_kind_type), POINTER :: molecule_kind local 81 molecule_kind => molecule_set(i)%molecule_kind 82 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, natom=natom) 117 molecule_kind => molecule_set(i)%molecule_kind 119 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, natom=natom) 166 molecule_kind => molecule_set(imol_now)%molecule_kind 167 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, natom=natom)`
H A D	force_fields_util.F	448 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 540 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 568 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 602 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 628 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 656 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 683 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 711 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 793 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 877 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & [all …]
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H A D	colvar_utils.F	`102 molecule_kind => molecule_kind_set(ikind) 109 molecule_kind => molecule%molecule_kind 111 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, & 157 molecule_kind => molecule_kinds%els(ikind) 158 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, & 223 molecules, molecule_kind, molecule, & 253 molecule_kind => molecule%molecule_kind 255 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, & 352 molecule_kind => molecule%molecule_kind 353 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, & [all …]`
H A D	constraint.F	`145 molecule_kind => molecule%molecule_kind 146 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, ncolv=ncolv, & 271 molecule_kind => molecule%molecule_kind 404 molecule_kind => molecule%molecule_kind 552 molecule_kind => molecule%molecule_kind 654 molecule_kind => molecule_kind_set(ikind) 655 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, & 659 DO imol = 1, molecule_kind%nmolecule 660 i = molecule_kind%molecule_list(imol) 878 molecule_kind => molecule%molecule_kind [all …]`
H A D	restraint.F	123 molecule_kind => molecule_kind_set(ikind) 124 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, fixd_list=fixd_list) 161 molecule_kind => molecule_kind_set(ikind) 166 molecule_kind => molecule%molecule_kind 168 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, & 256 TYPE(molecule_kind_type), POINTER :: molecule_kind local 258 molecule_kind => molecule%molecule_kind 288 TYPE(molecule_kind_type), POINTER :: molecule_kind local 290 molecule_kind => molecule%molecule_kind 322 TYPE(molecule_kind_type), POINTER :: molecule_kind local [all …]
H A D	topology_connectivity_util.F	204 CALL set_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 242 CALL set_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 259 CALL set_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 271 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 330 molecule_kind => molecule_set(imol)%molecule_kind 331 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 451 CALL set_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 620 CALL set_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 766 CALL set_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 940 CALL set_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & [all …]
H A D	qmmm_topology_util.F	`125 TYPE(molecule_kind_type), POINTER :: molecule_kind local 128 NULLIFY (qm_atom_index, qm_molecule_index, molecule, molecule_kind) 140 CALL get_molecule(molecule, molecule_kind=molecule_kind, & 151 CALL get_molecule(molecule, molecule_kind=molecule_kind, &`
H A D	qs_subsys_methods.F	`178 TYPE(molecule_kind_type), POINTER :: molecule_kind local 191 molecule_kind => molecule_kind_set(imol) 192 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 201 atomic_kind => molecule_kind%atom_list(iatom)%atomic_kind 265 CALL set_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, &`
H A D	topology_constraint_util.F	230 name = molecule_kind%name 254 molecule_kind => molecule_kind_set(i) 256 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 313 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 403 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 470 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 524 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 577 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 616 CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, & 1333 NULLIFY (molecule_kind) [all …]
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