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/dports/science/rdkit/rdkit-Release_2021_03_5/Docs/Book/source/
H A Drdkit.Chem.rst1 rdkit.Chem package
9 rdkit.Chem.AtomPairs
10 rdkit.Chem.ChemUtils
11 rdkit.Chem.Draw
12 rdkit.Chem.EState
17 rdkit.Chem.MolDb
18 rdkit.Chem.MolKey
25 rdkit.Chem.fmcs
33 rdkit.Chem.BRICS
54 rdkit.Chem.MCS
[all …]
H A Drdkit.rst1 rdkit package
9 rdkit.Avalon
10 rdkit.Chem
11 rdkit.DataManip
13 rdkit.Dbase
17 rdkit.ML
20 rdkit.VLib
21 rdkit.utils
28 rdkit.rdBase
31 rdkit.RDPaths
[all …]
H A Drdkit.ML.rst1 rdkit.ML package
9 rdkit.ML.Cluster
10 rdkit.ML.Composite
11 rdkit.ML.Data
12 rdkit.ML.DecTree
15 rdkit.ML.KNN
16 rdkit.ML.MLUtils
19 rdkit.ML.Neural
20 rdkit.ML.SLT
33 rdkit.ML.MatOps
[all …]
H A Drdkit.ML.DecTree.rst1 rdkit.ML.DecTree package
10 rdkit.ML.DecTree.BuildSigTree
12 rdkit.ML.DecTree.DecTree
13 rdkit.ML.DecTree.Forest
14 rdkit.ML.DecTree.ID3
15 rdkit.ML.DecTree.PruneTree
16 rdkit.ML.DecTree.QuantTree
17 rdkit.ML.DecTree.SigTree
18 rdkit.ML.DecTree.Tree
19 rdkit.ML.DecTree.TreeUtils
[all …]
H A Drdkit.Chem.Draw.rst1 rdkit.Chem.Draw package
9 rdkit.Chem.Draw.IPythonConsole
10 rdkit.Chem.Draw.MolDrawing
11 rdkit.Chem.Draw.SimilarityMaps
12 rdkit.Chem.Draw.rdMolDraw2D
13 rdkit.Chem.Draw.aggCanvas
14 rdkit.Chem.Draw.cairoCanvas
15 rdkit.Chem.Draw.canvasbase
16 rdkit.Chem.Draw.mplCanvas
17 rdkit.Chem.Draw.qtCanvas
[all …]
H A Drdkit.VLib.NodeLib.rst1 rdkit.VLib.NodeLib package
9 rdkit.VLib.NodeLib.DbMolSupply
10 rdkit.VLib.NodeLib.DbPickleSupplier
11 rdkit.VLib.NodeLib.SDSupply
12 rdkit.VLib.NodeLib.SmartsMolFilter
13 rdkit.VLib.NodeLib.SmartsRemover
14 rdkit.VLib.NodeLib.SmilesDupeFilter
15 rdkit.VLib.NodeLib.SmilesOutput
16 rdkit.VLib.NodeLib.SmilesSupply
17 rdkit.VLib.NodeLib.demo
[all …]
H A Drdkit.utils.rst1 rdkit.utils package
9 rdkit.utils.cactvs
10 rdkit.utils.chemdraw
11 rdkit.utils.chemdraw_qax
12 rdkit.utils.chemutils
13 rdkit.utils.comhack
14 rdkit.utils.fileutils
15 rdkit.utils.listutils
16 rdkit.utils.spiral
21 .. automodule:: rdkit.utils
H A Drdkit.DataStructs.rst1 rdkit.DataStructs package
9 rdkit.DataStructs.BitEnsemble
10 rdkit.DataStructs.BitEnsembleDb
11 rdkit.DataStructs.BitUtils
12 rdkit.DataStructs.HierarchyVis
13 rdkit.DataStructs.LazySignature
14 rdkit.DataStructs.TopNContainer
15 rdkit.DataStructs.VectCollection
16 rdkit.DataStructs.cDataStructs
21 .. automodule:: rdkit.DataStructs
H A Drdkit.ML.Cluster.rst1 rdkit.ML.Cluster package
9 rdkit.ML.Cluster.Butina
10 rdkit.ML.Cluster.ClusterUtils
11 rdkit.ML.Cluster.ClusterVis
12 rdkit.ML.Cluster.Clusters
13 rdkit.ML.Cluster.Murtagh
14 rdkit.ML.Cluster.Resemblance
15 rdkit.ML.Cluster.Standardize
16 rdkit.ML.Cluster.Clustering
21 .. automodule:: rdkit.ML.Cluster
H A Drdkit.Dbase.rst1 rdkit.Dbase package
9 rdkit.Dbase.DbConnection
10 rdkit.Dbase.DbInfo
11 rdkit.Dbase.DbModule
12 rdkit.Dbase.DbReport
13 rdkit.Dbase.DbResultSet
14 rdkit.Dbase.DbUtils
15 rdkit.Dbase.StorageUtils
20 .. automodule:: rdkit.Dbase
H A Drdkit.ML.Data.rst1 rdkit.ML.Data package
9 rdkit.ML.Data.DataUtils
10 rdkit.ML.Data.FindQuantBounds
11 rdkit.ML.Data.MLData
12 rdkit.ML.Data.Quantize
13 rdkit.ML.Data.SplitData
14 rdkit.ML.Data.Stats
15 rdkit.ML.Data.Transforms
20 .. automodule:: rdkit.ML.Data
H A Drdkit.VLib.rst1 rdkit.VLib package
9 rdkit.VLib.NodeLib
16 rdkit.VLib.Filter
17 rdkit.VLib.Node
18 rdkit.VLib.Output
19 rdkit.VLib.Supply
20 rdkit.VLib.Transform
25 .. automodule:: rdkit.VLib
H A Drdkit.Chem.Pharm2D.rst1 rdkit.Chem.Pharm2D package
9 rdkit.Chem.Pharm2D.Generate
10 rdkit.Chem.Pharm2D.Gobbi_Pharm2D
11 rdkit.Chem.Pharm2D.LazyGenerator
12 rdkit.Chem.Pharm2D.Matcher
13 rdkit.Chem.Pharm2D.SigFactory
14 rdkit.Chem.Pharm2D.Utils
19 .. automodule:: rdkit.Chem.Pharm2D
H A Drdkit.Chem.ChemUtils.rst1 rdkit.Chem.ChemUtils package
9 rdkit.Chem.ChemUtils.AlignDepict
10 rdkit.Chem.ChemUtils.BulkTester
11 rdkit.Chem.ChemUtils.DescriptorUtilities
12 rdkit.Chem.ChemUtils.SDFToCSV
13 rdkit.Chem.ChemUtils.TemplateExpand
18 .. automodule:: rdkit.Chem.ChemUtils
H A Drdkit.ML.KNN.rst1 rdkit.ML.KNN package
9 rdkit.ML.KNN.CrossValidate
10 rdkit.ML.KNN.DistFunctions
11 rdkit.ML.KNN.KNNClassificationModel
12 rdkit.ML.KNN.KNNModel
13 rdkit.ML.KNN.KNNRegressionModel
18 .. automodule:: rdkit.ML.KNN
/dports/science/rdkit/rdkit-Release_2021_03_5/
H A DREADME.md2 …atus](https://dev.azure.com/rdkit-builds/RDKit/_apis/build/status/rdkit.rdkit?branchName=master)](…
3 …Documentation Status](https://readthedocs.org/projects/rdkit/badge/?version=latest)](http://rdkit.…
7 [RDKit](https://github.com/rdkit/rdkit) is a collection of cheminformatics and machine-learning sof…
9 …* [BSD license](https://github.com/rdkit/rdkit/blob/master/license.txt) - a business friendly lice…
22 * [GitHub discussions](https://github.com/rdkit/rdkit/discussions)
27 * [GitHub code](https://github.com/rdkit) and [bug tracker](https://github.com/rdkit/rdkit/issues)
31 * [RDKit web page](https://rdkit.org)
32 * [Blog](https://rdkit.blogspot.com)
49 and in the [Docs](https://github.com/rdkit/rdkit/tree/master/Docs) folder on GitHub
60 …* [homebrew](https://github.com/rdkit/homebrew-rdkit) formula for building on the Mac. Contributed…
[all …]
/dports/science/rdkit/rdkit-Release_2021_03_5/Docs/Book_jp/
H A DAn_overview_of_the_RDKit_jp.rst3 [`An overview of the RDKit <https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#an-overview-of-the-rdkit>`__]
26 - http://www.rdkit.org
31 - ホームページ： http://www.rdkit.org ドキュメンテーション、リンク
35 - チュートリアル (https://github.com/rdkit/rdkit-tutorials)
37 - KNIMEとの統合 (https://github.com/rdkit/knime-rdkit)
40 …ーカイブは\ `rdkit-discuss <https://www.mail-archive.com/rdkit-discuss@lists.sourceforge.net/>`__\ と\ `…
46 - Slack: https://rdkit.slack.com
70 - `Lucene <https://github.com/rdkit/org.rdkit.lucene>`__ :
93 - `CheTo <https://github.com/rdkit/CheTo>`__
113 - `shape-it-rdkit <https://github.com/jandom/shape-it-rdkit>`__ -
[all …]
H A DGetting_Started_with_RDKit_in_Python_jp.rst23 基本的な分子を取り扱う機能の多くは\ `rdkit.Chem <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.html#module-rdkit.Chem…
39 うまくいけばこれらの関数はすべて\ `rdkit.Chem.rdchem.Mol <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.rdchem.html#…
82 …rdkit.Chem.rdmolfiles.SDMolSupplier <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.rdmolfiles.html#…
163 分子が一つの場合、\ `rdkit.Chem <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.html#module-rdkit.Chem>`__\ モジ…
357 …rdkit.Chem.rdmolfiles.SmilesWriter <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.rdmolfiles.html#r…
1295 これらは標準的なビットベクトルなので、\ `rdkit.DataStructs <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.DataStructs.html#m…
1486 \ `rdkit.Chem.Draw.DrawRDKitBit() <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.Draw.html#rdkit.Che…
1882 RDKitの\ `rdkit.Chem.Recap <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.Recap.html#module-rdkit.Che…
2480 より複雑な変換は\ `rdkit.Chem.rdchem.RWMol <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.rdchem.html#rdkit.…
2525 分子の読み込み・書き出し、部分構造検索、分子を綺麗に整える、など)は\ `rdkit.Chem <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.html#…
[all …]
H A DInstallation_jp.rst36 $ conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
55 C:\> activate my-rdkit-env
73 condaを使ってソースからビルドする方法の詳細は、\ `conda-rdkit repository <https://github.com/rdkit/conda-rdkit>`__\ を見てく…
143 git clone https://github.com/rdkit/rdkit.git
144 cd rdkit
165 conda install -c rdkit rdkit-postgresql
198 # create extension rdkit;
220 sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data
234 https://github.com/rdkit/homebrew-rdkit
294 wget https://github.com/rdkit/rdkit/archive/Release_XXXX_XX_X.tar.gz
[all …]
H A DRDKit_cookbook_jp.rst3 [`RDKit Cookbook <https://www.rdkit.org/docs/Cookbook.html#rdkit-cookbook>`__]
32 >>> from rdkit import Chem
79 from rdkit import Chem
80 from rdkit.Chem import AllChem
144 from rdkit import Chem
272 from rdkit import Chem
415 from rdkit import Chem
520 from rdkit import Chem
600 from rdkit import Chem
648 # rdkitをインポート
[all …]
/dports/science/py-oddt/oddt-0.7/docs/
H A Dconf.py363 rdkit = MagicMock() variable
370 'rdkit': rdkit,
371 'rdkit.Chem': rdkit.Chem,
372 'rdkit.DataStructs': rdkit.DataStructs,
373 'rdkit.Chem.MACCSkeys': rdkit.Chem.MACCSkeys,
374 'rdkit.Chem.AtomPairs': rdkit.Chem.AtomPairs,
375 'rdkit.Chem.AtomPairs.Pairs': rdkit.Chem.AtomPairs.Pairs,
376 'rdkit.Chem.AtomPairs.Torsions': rdkit.Chem.AtomPairs.Torsions,
377 'rdkit.Chem.Lipinski': rdkit.Chem.Lipinski,
378 'rdkit.Chem.AllChem': rdkit.Chem.AllChem,
[all …]
/dports/science/rdkit/rdkit-Release_2021_03_5/Code/PgSQL/rdkit/sql/
H A Dfps.sql19 SET rdkit.tanimoto_threshold = 0.4;
27 SET rdkit.tanimoto_threshold = 0.5;
28 SET rdkit.dice_threshold = 0.5;
45 set rdkit.rdkit_fp_size = 512;
47 set rdkit.rdkit_fp_size = 1024;
51 set rdkit.layered_fp_size = 512;
53 set rdkit.layered_fp_size = 1024;
57 set rdkit.morgan_fp_size = 512;
59 set rdkit.morgan_fp_size = 1024;
63 set rdkit.featmorgan_fp_size = 512;
[all …]
H A Dreaction.sql3 SET rdkit.ignore_reaction_agents=false;
4 SET rdkit.agent_FP_bit_ratio=0.2;
5 SET rdkit.difference_FP_weight_agents=1;
6 SET rdkit.difference_FP_weight_nonagents=10;
7 SET rdkit.move_unmmapped_reactants_to_agents=true;
8 SET rdkit.threshold_unmapped_reactant_atoms=0.2;
9 SET rdkit.init_reaction=true;
168 SET rdkit.agent_FP_bit_ratio=0.5;
169 SET rdkit.difference_FP_weight_agents=-3;
170 SET rdkit.difference_FP_weight_nonagents=7;
[all …]
/dports/science/rdkit/rdkit-Release_2021_03_5/rdkit/Chem/
H A DAllChem.py19 from rdkit import DataStructs
20 from rdkit import ForceField
21 from rdkit import RDConfig
22 from rdkit import rdBase
23 from rdkit.Chem import *
26 from rdkit.Chem.rdDepictor import *
27 from rdkit.Chem.rdDistGeom import *
29 from rdkit.Chem.rdMolAlign import *
35 from rdkit.Chem.rdqueries import *
37 from rdkit.Geometry import rdGeometry
[all …]
H A D__init__.py15 from rdkit import rdBase
16 from rdkit import RDConfig
18 from rdkit import DataStructs
19 from rdkit.Geometry import rdGeometry
20 from rdkit.Chem import rdchem
22 from rdkit.Chem.rdchem import *
23 from rdkit.Chem.rdmolfiles import *
24 from rdkit.Chem.rdmolops import *
25 from rdkit.Chem.rdCIPLabeler import *
26 from rdkit.Chem.inchi import *
[all …]

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