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88 20 6047892 . C CCT 100 PASS SOMATIC GT 0/1
97 20 6833665 . TCA T 100 PASS SOMATIC GT 0/1
99 20 7028619 . T TTA 100 PASS SOMATIC GT 0/1
116 20 8900228 . A AAC 100 PASS SOMATIC GT 0/1
119 20 8969462 . T TGG 100 PASS SOMATIC GT 0/1
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43 20 4362055 . CCAGG C 100 PASS SOMATIC GT 0/1
49 20 5073622 . ATAG A 100 PASS SOMATIC GT 0/1
73 20 8864816 . CA C 100 PASS SOMATIC GT 0/1
96 20 13761339 . AC A 100 PASS SOMATIC GT 0/1
118 20 16718778 . TA T 100 PASS SOMATIC GT 0/1
120 20 17326367 . GA G 100 PASS SOMATIC GT 0/1
150 20 23284525 . CT C 100 PASS SOMATIC GT 0/1
161 20 25620672 . GT G 100 PASS SOMATIC GT 0/1
177 20 31749255 . GT G 100 PASS SOMATIC GT 0/1
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1558 chr1 11526 . C . . . . GT:AD:DP ./.:0:0
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H A Dview.chrs.out8 Pf3D7_01_v3 1 . A T . . . GT . .
9 Pf3D7_01_v3 2 . A G . . . GT . .
10 Pf3D7_01_v3 33 . T A . . . GT . .
11 Pf3D7_01_v3 36 . A G . . . GT . .
12 Pf3D7_01_v3 57 . C T . . . GT . .
13 Pf3D7_01_v3 61 . A T . . . GT . .
15 Pf3D7_01_v3 73 . T A . . . GT . .
17 Pf3D7_01_v3 84 . C T . . . GT . .
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19 Pf3D7_01_v3 111 . T A . . . GT . .
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H A Dgvcfz.2.vcf1551 chr1 11519 . T . . . . GT:AD:DP ./.:0:0
1552 chr1 11520 . G . . . . GT:AD:DP ./.:0:0
1553 chr1 11521 . G . . . . GT:AD:DP ./.:0:0
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H A Dview.chrs.vcf7 Pf3D7_01_v3 1 . A T . . . GT . .
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H A Dview.chrs.out8 Pf3D7_01_v3 1 . A T . . . GT . .
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15 Pf3D7_01_v3 73 . T A . . . GT . .
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19 Pf3D7_01_v3 111 . T A . . . GT . .
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/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/ValidateVariants/
H A Dgvcf.basepairResolution.vcf7 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
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/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenomicsDBImport/
H A DnewMQcalc.combined.g.vcf7 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
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[all …]

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