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H A D | combine.single.sample.pipeline.1.vcf | 7 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> 120 20 10000000 . T <NON_REF> . . END=10002217 GT:DP:GQ:MIN_DP:PL 0/0:0:0:0:0,0,0 122 20 10002282 . A <NON_REF> . . END=10003080 GT:DP:GQ:MIN_DP:PL 0/0:0:0:0:0,0,0 124 20 10003127 . C <NON_REF> . . END=10003373 GT:DP:GQ:MIN_DP:PL 0/0:0:0:0:0,0,0 128 20 10003449 . C <NON_REF> . . END=10004669 GT:DP:GQ:MIN_DP:PL 0/0:0:0:0:0,0,0 130 20 10004735 . C <NON_REF> . . END=10005674 GT:DP:GQ:MIN_DP:PL 0/0:0:0:0:0,0,0 134 20 10005724 . A <NON_REF> . . END=10011773 GT:DP:GQ:MIN_DP:PL 0/0:0:0:0:0,0,0 136 20 10011832 . A <NON_REF> . . END=10012698 GT:DP:GQ:MIN_DP:PL 0/0:0:0:0:0,0,0 142 20 10012756 . T <NON_REF> . . END=10014362 GT:DP:GQ:MIN_DP:PL 0/0:0:0:0:0,0,0 144 20 10014422 . G <NON_REF> . . END=10015485 GT:DP:GQ:MIN_DP:PL 0/0:0:0:0:0,0,0 [all …]
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H A D | sample_4.vcf | 28 20 461243 . AT A 100 PASS SOMATIC GT 0/1 39 20 1488617 . GCC G 100 PASS SOMATIC GT 0/1 42 20 1730106 . AT A 100 PASS SOMATIC GT 0/1 70 20 4252640 . T TTA 100 PASS SOMATIC GT 0/1 84 20 5737052 . G GCA 100 PASS SOMATIC GT 0/1 88 20 6047892 . C CCT 100 PASS SOMATIC GT 0/1 97 20 6833665 . TCA T 100 PASS SOMATIC GT 0/1 99 20 7028619 . T TTA 100 PASS SOMATIC GT 0/1 116 20 8900228 . A AAC 100 PASS SOMATIC GT 0/1 119 20 8969462 . T TGG 100 PASS SOMATIC GT 0/1 [all …]
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H A D | sample_3.vcf | 29 20 2038732 . ACTAG A 100 PASS SOMATIC GT 0/1 43 20 4362055 . CCAGG C 100 PASS SOMATIC GT 0/1 49 20 5073622 . ATAG A 100 PASS SOMATIC GT 0/1 73 20 8864816 . CA C 100 PASS SOMATIC GT 0/1 96 20 13761339 . AC A 100 PASS SOMATIC GT 0/1 118 20 16718778 . TA T 100 PASS SOMATIC GT 0/1 120 20 17326367 . GA G 100 PASS SOMATIC GT 0/1 150 20 23284525 . CT C 100 PASS SOMATIC GT 0/1 161 20 25620672 . GT G 100 PASS SOMATIC GT 0/1 177 20 31749255 . GT G 100 PASS SOMATIC GT 0/1 [all …]
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/dports/biology/bio-mocha/bcftools-1.14/test/ |
H A D | gvcfz.2.vcf | 1551 chr1 11519 . T . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1552 chr1 11520 . G . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1553 chr1 11521 . G . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1554 chr1 11522 . G . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1555 chr1 11523 . A . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1556 chr1 11524 . T . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1557 chr1 11525 . T . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1558 chr1 11526 . C . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1559 chr1 11527 . C . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1560 chr1 11528 . T . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 [all …]
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H A D | view.chrs.vcf | 7 Pf3D7_01_v3 1 . A T . . . GT . . 8 Pf3D7_01_v3 2 . A G . . . GT . . 9 Pf3D7_01_v3 33 . T A . . . GT . . 10 Pf3D7_01_v3 36 . A G . . . GT . . 11 Pf3D7_01_v3 57 . C T . . . GT . . 12 Pf3D7_01_v3 61 . A T . . . GT . . 14 Pf3D7_01_v3 73 . T A . . . GT . . 16 Pf3D7_01_v3 84 . C T . . . GT . . 17 Pf3D7_01_v3 110 . T A . . . GT . . 35 Pf3D7_02_v3 1 . A T . . . GT . . [all …]
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H A D | view.chrs.out | 8 Pf3D7_01_v3 1 . A T . . . GT . . 9 Pf3D7_01_v3 2 . A G . . . GT . . 10 Pf3D7_01_v3 33 . T A . . . GT . . 11 Pf3D7_01_v3 36 . A G . . . GT . . 12 Pf3D7_01_v3 57 . C T . . . GT . . 13 Pf3D7_01_v3 61 . A T . . . GT . . 15 Pf3D7_01_v3 73 . T A . . . GT . . 17 Pf3D7_01_v3 84 . C T . . . GT . . 18 Pf3D7_01_v3 110 . T A . . . GT . . 19 Pf3D7_01_v3 111 . T A . . . GT . . [all …]
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/dports/biology/bcftools/bcftools-1.14/test/ |
H A D | gvcfz.2.vcf | 1551 chr1 11519 . T . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1552 chr1 11520 . G . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1553 chr1 11521 . G . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1554 chr1 11522 . G . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1555 chr1 11523 . A . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1556 chr1 11524 . T . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1557 chr1 11525 . T . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1558 chr1 11526 . C . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1559 chr1 11527 . C . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 1560 chr1 11528 . T . . . . GT:AD:DP ./.:0:0 [all …]
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H A D | view.chrs.vcf | 7 Pf3D7_01_v3 1 . A T . . . GT . . 8 Pf3D7_01_v3 2 . A G . . . GT . . 9 Pf3D7_01_v3 33 . T A . . . GT . . 10 Pf3D7_01_v3 36 . A G . . . GT . . 11 Pf3D7_01_v3 57 . C T . . . GT . . 12 Pf3D7_01_v3 61 . A T . . . GT . . 14 Pf3D7_01_v3 73 . T A . . . GT . . 16 Pf3D7_01_v3 84 . C T . . . GT . . 17 Pf3D7_01_v3 110 . T A . . . GT . . 35 Pf3D7_02_v3 1 . A T . . . GT . . [all …]
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H A D | view.chrs.out | 8 Pf3D7_01_v3 1 . A T . . . GT . . 9 Pf3D7_01_v3 2 . A G . . . GT . . 10 Pf3D7_01_v3 33 . T A . . . GT . . 11 Pf3D7_01_v3 36 . A G . . . GT . . 12 Pf3D7_01_v3 57 . C T . . . GT . . 13 Pf3D7_01_v3 61 . A T . . . GT . . 15 Pf3D7_01_v3 73 . T A . . . GT . . 17 Pf3D7_01_v3 84 . C T . . . GT . . 18 Pf3D7_01_v3 110 . T A . . . GT . . 19 Pf3D7_01_v3 111 . T A . . . GT . . [all …]
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/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/ValidateVariants/ |
H A D | gvcf.basepairResolution.vcf | 7 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> 108 20 10000000 . T <NON_REF> . . . GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:52,0:52:99:0,120,1800 109 20 10000001 . T <NON_REF> . . . GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:54,0:54:99:0,120,1800 110 20 10000002 . G <NON_REF> . . . GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:50,0:50:99:0,120,1800 111 20 10000003 . T <NON_REF> . . . GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:53,0:53:99:0,120,1800 112 20 10000004 . T <NON_REF> . . . GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:50,0:50:99:0,120,1800 113 20 10000005 . T <NON_REF> . . . GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:52,0:52:99:0,120,1800 149 20 10000041 . G <NON_REF> . . . GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:43,1:44:93:0,93,1465 150 20 10000042 . T <NON_REF> . . . GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:43,1:44:97:0,98,1488 151 20 10000043 . T <NON_REF> . . . GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:41,1:42:88:0,89,1446 [all …]
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/dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenomicsDBImport/ |
H A D | newMQcalc.combined.g.vcf | 7 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> 418 20 10001433 . T <NON_REF> . . . GT:DP:GQ:MIN_DP:PL ./.:56:0:56:0,0,1779 ./.:42:6:41:0,6,90 420 20 10001435 . A <NON_REF> . . . GT:DP:GQ:MIN_DP:PL ./.:55:0:55:0,0,1790 ./.:42:6:41:0,6,90 11202 20 10098311 . A <NON_REF> . . . GT:DP:GQ:MIN_DP:PL ./.:2:6:2:0,6,80 ./.:39:0:33:0,0,0 11209 20 10098344 . A <NON_REF> . . . GT:DP:GQ:MIN_DP:PL ./.:4:0:4:0,0,1 ./.:32:0:32:0,0,0 11217 20 10098357 . G <NON_REF> . . . GT:DP:GQ:MIN_DP:PL ./.:3:3:3:0,3,45 ./.:23:6:23:0,6,90 11239 20 10098613 . A <NON_REF> . . . GT:DP:GQ:MIN_DP:PL ./.:1:3:1:0,3,40 ./.:12:0:12:0,0,74 11243 20 10098617 . T <NON_REF> . . . GT:DP:GQ:MIN_DP:PL ./.:1:3:1:0,3,40 ./.:14:0:14:0,0,6 11252 20 10098638 . A <NON_REF> . . . GT:DP:GQ:MIN_DP:PL ./.:1:0:1:0,0,0 ./.:14:9:14:0,9,359 11257 20 10098647 . A <NON_REF> . . . GT:DP:GQ:MIN_DP:PL ./.:1:0:1:0,0,0 ./.:16:0:16:0,0,228 [all …]
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