lib/tRNAscanSE/IntResultFile.pm

215     my @columns = split(/\t/, $line, -1);
217     $tRNA->seqname($columns[0]);
218     $tRNA->ordered_seqname($columns[1]);
219     $tRNA->id($columns[2]);
220     $tRNA->tRNAscan_id($columns[3]);
221     $tRNA->start($columns[4]);
222     $tRNA->end($columns[5]);
223     $tRNA->strand($columns[6]);
224     $tRNA->exon_start(2, $columns[7]);
225     $tRNA->exon_end(2, $columns[8]);
226     $tRNA->exon_strand(2, $columns[9]);
227     $tRNA->exon_start(3, $columns[10]);
228     $tRNA->exon_end(3, $columns[11]);
229     $tRNA->exon_strand(3, $columns[12]);
230     $tRNA->position($columns[13]);
231     $tRNA->isotype($columns[14]);
232     $tRNA->anticodon($columns[15]);
233     my @ar_ac_pos = split(/\;/, $columns[16]);
241     if ($columns[17] ne "")
243         my @ar_introns = split(/\;/, $columns[17]);
261     $tRNA->model($columns[18]);
262     $tRNA->score($columns[19]);
263     $tRNA->mat_score($columns[20]);
264     $tRNA->hmm_score($columns[21]);
265     $tRNA->ss_score($columns[22]);
266     if ($columns[23] ne "")
268         $tRNA->set_domain_model("cove", $columns[23]);
269         $tRNA->update_domain_model("cove", $columns[23], $columns[24], $columns[25], $columns[26])
271     if ($columns[27] ne "")
273         $tRNA->set_domain_model("infernal", $columns[27]);
274 …     $tRNA->update_domain_model("infernal", $columns[27], $columns[28], $columns[29], $columns[30])
276     $tRNA->pseudo($columns[31]);
277     $tRNA->trunc($columns[32]);
278     $tRNA->category($columns[33]);
279     $tRNA->hit_source($columns[34]);
280     $tRNA->src_seqid($columns[35]);
281     $tRNA->src_seqlen($columns[36]);
282     $tRNA->seq($columns[37]);
283     $tRNA->mat_seq($columns[38]);
284     $tRNA->ss($columns[39]);
285     $tRNA->mat_ss($columns[40]);
286     $tRNA->note($columns[41]);}
311     my @columns = ();
324             @columns = split(/\t/, $line);
326             push(@$record, $columns[3]);
333     @{$self->{indexes}} = sort {$a->[1] cmp $b->[1]} @indexes;
340     my @columns = ();
353             @columns = split(/\t/, $line);
355             push(@$record, $columns[6]); # strand
356             push(@$record, $columns[1]); # ordered_seqname
357             push(@$record, $columns[4]); # start
358             push(@$record, $columns[5]); # end
376     if ((($a->[1] eq $b->[1]) && ($a->[1] eq "+")) ||
377         ($a->[1] ne $b->[1]))
379         return ($a->[2] <=> $b->[2] ||
380                 $a->[1] cmp $b->[1] ||
381                 $a->[3] <=> $b->[3]);
383     if (($a->[1] eq $b->[1]) && ($a->[1] eq "-"))
385         return ($a->[2] <=> $b->[2] ||
386                 $b->[1] cmp $a->[1] ||
387                 $b->[4] <=> $a->[4]);
393     return ($a->[2] <=> $b->[2] ||
394             $a->[3] <=> $b->[3]);