velvet_1.2.10/src/passageMarker.h

25 	PassageMarkerI marker;  member
34 PassageMarkerList *newPassageMarkerList(PassageMarkerI marker,
52 void destroyPassageMarker(PassageMarkerI marker);
60 Node *getNode(PassageMarkerI marker);
63 void extractPassageMarker(PassageMarkerI marker);
66 void transposePassageMarker(PassageMarkerI marker, Node * destination);
72 void exportMarker(FILE * outfile, PassageMarkerI marker,
76 char *readPassageMarker(PassageMarkerI marker);
79 IDnum getPassageMarkerSequenceID(PassageMarkerI marker);
80 IDnum getAbsolutePassMarkerSeqID(PassageMarkerI marker);
81 int passageMarkerDirection(PassageMarkerI marker);
84 Coordinate getPassageMarkerStart(PassageMarkerI marker);
85 void setPassageMarkerStart(PassageMarkerI marker, Coordinate start);
86 Coordinate getPassageMarkerFinish(PassageMarkerI marker);
87 void setPassageMarkerFinish(PassageMarkerI marker, Coordinate finish);
88 Coordinate getPassageMarkerLength(PassageMarkerI marker);
91 Coordinate getStartOffset(PassageMarkerI marker);
92 void setStartOffset(PassageMarkerI marker, Coordinate offset);
93 void incrementStartOffset(PassageMarkerI marker, Coordinate offset);
94 Coordinate getFinishOffset(PassageMarkerI marker);
95 void setFinishOffset(PassageMarkerI marker, Coordinate offset);
96 void incrementFinishOffset(PassageMarkerI marker, Coordinate offset);
99 void setPassageMarkerStatus(PassageMarkerI marker, boolean status);
100 boolean getPassageMarkerStatus(PassageMarkerI marker);
107 PassageMarkerI getTwinMarker(PassageMarkerI marker);
110 PassageMarkerI getNextInNode(PassageMarkerI marker);
111 void setNextInNode(PassageMarkerI marker, PassageMarkerI next);
112 void setTopOfTheNode(PassageMarkerI marker);
115 PassageMarkerI getNextInSequence(PassageMarkerI marker);
117 PassageMarkerI getPreviousInSequence(PassageMarkerI marker);
123 boolean isTerminal(PassageMarkerI marker);
124 boolean isInitial(PassageMarkerI marker);
127 boolean isDestinationToMarker(PassageMarkerI marker, Node * node);
130 void disconnectNextPassageMarker(PassageMarkerI marker, Graph * graph);
131 void deleteNextPassageMarker(PassageMarkerI marker, Graph * graph);
134 void concatenatePassageMarkers(PassageMarkerI marker,