1 #ifndef __PBAMSTRUCT_H
2 #define __PBAMSTRUCT_H
3 
4 #define CHR_MAX 1000
5 #define FIL_MAX 15
6 #define MOL_MAX 150
7 #define AT_MAX  50000
8 #define XYZRCWIDTH 5
9 
10 //
11 //  input
12 //
13 typedef struct _PBAMInput {
14 
15   double temp_;
16   double salt_;
17   double idiel_;
18   double sdiel_;
19   int nmol_;
20   char runType_[CHR_MAX];
21   char runName_[CHR_MAX];
22 
23   int setunits_;
24   char units_[CHR_MAX];
25   int randOrient_;
26   double boxLen_;
27   int pbcType_;
28 
29 
30   // Electrostatics
31   int gridPts_;
32   char map3D_[CHR_MAX];
33 
34   int grid2Dct_;
35   char grid2D_[FIL_MAX][CHR_MAX];
36   char grid2Dax_[FIL_MAX][CHR_MAX];
37   double grid2Dloc_[FIL_MAX];
38 
39   char dxname_[CHR_MAX];
40 
41   // Dynamics
42   int ntraj_;
43   char termCombine_[CHR_MAX];
44 
45   char moveType_[MOL_MAX][CHR_MAX];
46   double transDiff_[MOL_MAX];
47   double rotDiff_[MOL_MAX];
48 
49   int termct_;
50   int contct_;
51 
52   char termnam_[FIL_MAX][CHR_MAX];
53   int termnu_[FIL_MAX][1];
54   double termval_[FIL_MAX];
55   char confil_[FIL_MAX][CHR_MAX];
56 
57   char xyzfil_[MOL_MAX][FIL_MAX][CHR_MAX];
58   int xyzct_[MOL_MAX];
59 
60 
61  #ifdef __cplusplus
_PBAMInput_PBAMInput62  _PBAMInput() :
63    temp_(298.15),
64    salt_(0.01),
65    idiel_(1.5), // Solute dielectric
66    sdiel_(80.0),
67    nmol_(1),
68    randOrient_(0),
69    setunits_(0),
70    boxLen_(1.4e18),
71    pbcType_(0),
72    gridPts_(15),
73    grid2Dct_(0),
74    ntraj_(1),
75    termct_(1),
76    contct_(0)
77  	{ }
78  #endif
79 
80 } PBAMInput;
81 
82 //
83 //  output
84 //
85 typedef struct _PBAMOutput {
86 
87   double energies_[MOL_MAX];
88   double forces_[MOL_MAX][3];
89 
90 #ifdef __cplusplus
_PBAMOutput_PBAMOutput91    _PBAMOutput( int len, double forces[][3], double * energy)
92   {
93     int i;
94     for (i=0; i<len; i++)
95     {
96       forces_[i][0] = forces[i][0];
97       forces_[i][1] = forces[i][1];
98       forces_[i][2] = forces[i][2];
99       energies_[i] = energy[i];
100     }
101   }
102 #endif
103 
104 } PBAMOutput;
105 
106 #endif
107