Searched refs:CCSraAlignIterator (Results 1 – 4 of 4) sorted by relevance
| /dports/biology/ncbi-cxx-toolkit/ncbi_cxx--25_2_0/include/sra/readers/sra/ |
| H A D | csraread.hpp | 55 class CCSraAlignIterator;
151 friend class CCSraAlignIterator;
356 friend class CCSraAlignIterator;
375 CCSraAlignIterator(void);
383 CCSraAlignIterator(const CCSraDb& csra_db,
400 ~CCSraAlignIterator(void);
403 CCSraAlignIterator(const CCSraAlignIterator& iter);
404 CCSraAlignIterator& operator=(const CCSraAlignIterator& iter);
418 CCSraAlignIterator& operator++(void) { in operator ++()
698 CCSraAlignIterator GetAlignIter() const;
[all …]
|
| /dports/biology/ncbi-cxx-toolkit/ncbi_cxx--25_2_0/src/sra/readers/sra/ |
| H A D | csraread.cpp | 957 void CCSraAlignIterator::Reset(void) in Reset()
977 CCSraAlignIterator::CCSraAlignIterator(const CCSraAlignIterator& iter) in CCSraAlignIterator() function in CCSraAlignIterator
983 CCSraAlignIterator& CCSraAlignIterator::operator=(const CCSraAlignIterator& iter) in operator =()
1013 CCSraAlignIterator::CCSraAlignIterator(void) in CCSraAlignIterator() function in CCSraAlignIterator
1019 CCSraAlignIterator::CCSraAlignIterator(const CCSraDb& csra_db, in CCSraAlignIterator() function in CCSraAlignIterator
1035 CCSraAlignIterator::CCSraAlignIterator(const CCSraDb& csra_db, in CCSraAlignIterator() function in CCSraAlignIterator
1051 CCSraAlignIterator::CCSraAlignIterator(const CCSraDb& csra_db, in CCSraAlignIterator() function in CCSraAlignIterator
1066 CCSraAlignIterator::CCSraAlignIterator(const CCSraDb& csra_db, in CCSraAlignIterator() function in CCSraAlignIterator
1098 CCSraAlignIterator::~CCSraAlignIterator(void) in ~CCSraAlignIterator()
1458 CCSraAlignIterator::SCreateCache&
[all …]
|
| /dports/biology/ncbi-cxx-toolkit/ncbi_cxx--25_2_0/src/sra/readers/sra/test/ |
| H A D | vdb_test.cpp | 678 CCSraAlignIterator::ESearchMode mode = CCSraAlignIterator::eSearchByOverlap; in Run()
680 mode = CCSraAlignIterator::eSearchByStart; in Run()
809 …for ( CCSraAlignIterator it(csra_db, query_idh, 0, ref_len, CCSraAlignIterator::eSearchByStart); i… in Run()
925 for ( CCSraAlignIterator it(csra_db, query_idh, in Run()
1058 for ( CCSraAlignIterator it(csra_db, query_idh, in Run()
1227 for ( CCSraAlignIterator it(csra_db, query_idh, in Run()
|
| /dports/biology/ncbi-cxx-toolkit/ncbi_cxx--25_2_0/src/sra/data_loaders/csra/ |
| H A D | csraloader_impl.cpp | 1167 if ( CCSraAlignIterator ait = it.GetAlignIter() ) { in LoadReadsBlob()
1234 CCSraAlignIterator ait(csra_db, ref_id, ref_pos); in Collect()
1963 TSlot& Select(const CCSraAlignIterator& ait);
1986 SChunkAnnots::TSlot& SChunkAnnots::Select(const CCSraAlignIterator& ait) in Select()
2006 CCSraAlignIterator::MakeEmptyMatchAnnot(annot_name); in Create()
2010 CCSraAlignIterator::MakeSeq_annot(annot_name); in Create()
2035 CCSraAlignIterator ait(*m_File, GetRefSeqId(), pos, end-pos, in LoadAnnotAlignChunk()
2036 CCSraAlignIterator::eSearchByStart); in LoadAnnotAlignChunk()
2089 CCSraAlignIterator ait(*m_File, GetRefSeqId(), pos, len); in LoadAnnotPileupChunk()
|