/dports/biology/stacks/stacks-2.4/htslib/cram/ |
H A D | cram_codecs.c | 1446 r = c->byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode() 1451 r = c->byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode() 1452 c->byte_array_len.val_codec, in cram_byte_array_len_decode() 1466 if (c->byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 1467 c->byte_array_len.len_codec->free(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 1469 if (c->byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 1470 c->byte_array_len.val_codec->free(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 1476 c->byte_array_len.len_codec->reset(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_reset() 1477 c->byte_array_len.val_codec->reset(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_reset() 1502 if (c->byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init() [all …]
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H A D | cram_codecs.h | 131 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
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/dports/biology/kallisto/kallisto-0.46.1/ext/htslib/cram/ |
H A D | cram_codecs.c | 1438 r = c->byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode() 1443 r = c->byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode() 1444 c->byte_array_len.val_codec, in cram_byte_array_len_decode() 1458 if (c->byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 1459 c->byte_array_len.len_codec->free(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 1461 if (c->byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 1462 c->byte_array_len.val_codec->free(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 1468 c->byte_array_len.len_codec->reset(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_reset() 1469 c->byte_array_len.val_codec->reset(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_reset() 1494 if (c->byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init() [all …]
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H A D | cram_codecs.h | 131 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
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/dports/biology/vt/vt-0.57721/lib/htslib/cram/ |
H A D | cram_codecs.c | 1421 r = c->byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode() 1425 if (!r && c->byte_array_len.val_codec && len >= 0) { in cram_byte_array_len_decode() 1426 r = c->byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode() 1441 if (c->byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 1442 c->byte_array_len.len_codec->free(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 1444 if (c->byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 1445 c->byte_array_len.val_codec->free(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 1472 if (c->byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init() 1483 if (c->byte_array_len.val_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init() 1887 bnum1 = cram_codec_to_id(c->byte_array_len.len_codec, NULL); in cram_codec_to_id() [all …]
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H A D | cram_codecs.h | 131 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
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/dports/biology/bedtools/bedtools2-2.30.0/src/utils/htslib/cram/ |
H A D | cram_codecs.c | 1421 r = c->byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode() 1425 if (!r && c->byte_array_len.val_codec && len >= 0) { in cram_byte_array_len_decode() 1426 r = c->byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode() 1441 if (c->byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 1442 c->byte_array_len.len_codec->free(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 1444 if (c->byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 1445 c->byte_array_len.val_codec->free(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 1472 if (c->byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init() 1483 if (c->byte_array_len.val_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init() 1887 bnum1 = cram_codec_to_id(c->byte_array_len.len_codec, NULL); in cram_codec_to_id() [all …]
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H A D | cram_codecs.h | 131 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
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/dports/biology/freebayes/freebayes-1.3.5/contrib/htslib/cram/ |
H A D | cram_codecs.c | 1632 r = c->u.byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->u.byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode() 1636 if (!r && c->u.byte_array_len.val_codec && len >= 0) { in cram_byte_array_len_decode() 1637 r = c->u.byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode() 1652 if (c->u.byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 1653 c->u.byte_array_len.len_codec->free(c->u.byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 1655 if (c->u.byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 1656 c->u.byte_array_len.val_codec->free(c->u.byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 1676 c->u.byte_array_len.len_codec = NULL; in cram_byte_array_len_decode_init() 1677 c->u.byte_array_len.val_codec = NULL; in cram_byte_array_len_decode_init() 1685 if (c->u.byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init() [all …]
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H A D | cram_codecs.h | 129 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
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/dports/biology/iolib/io_lib-io_lib-1-14-10/io_lib/ |
H A D | cram_codecs.c | 1581 r = c->byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode() 1585 if (!r && c->byte_array_len.val_codec && len >= 0) { in cram_byte_array_len_decode() 1586 r = c->byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode() 1587 c->byte_array_len.val_codec, in cram_byte_array_len_decode() 1601 if (c->byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 1602 c->byte_array_len.len_codec->free(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 1604 if (c->byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 1605 c->byte_array_len.val_codec->free(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 1632 if (c->byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init() 1643 if (c->byte_array_len.val_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init() [all …]
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H A D | cram_codecs.h | 136 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
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/dports/biology/py-pysam/pysam-0.18.0/htslib/cram/ |
H A D | cram_codecs.c | 3267 r = c->u.byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->u.byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode() 3271 if (!r && c->u.byte_array_len.val_codec && len >= 0) { in cram_byte_array_len_decode() 3272 r = c->u.byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode() 3287 if (c->u.byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 3288 c->u.byte_array_len.len_codec->free(c->u.byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 3290 if (c->u.byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 3291 c->u.byte_array_len.val_codec->free(c->u.byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 3311 c->u.byte_array_len.len_codec = NULL; in cram_byte_array_len_decode_init() 3312 c->u.byte_array_len.val_codec = NULL; in cram_byte_array_len_decode_init() 3320 if (c->u.byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init() [all …]
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H A D | cram_codecs.h | 185 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
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/dports/biology/htslib/htslib-1.14/cram/ |
H A D | cram_codecs.c | 3267 r = c->u.byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->u.byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode() 3271 if (!r && c->u.byte_array_len.val_codec && len >= 0) { in cram_byte_array_len_decode() 3272 r = c->u.byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode() 3287 if (c->u.byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 3288 c->u.byte_array_len.len_codec->free(c->u.byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 3290 if (c->u.byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free() 3291 c->u.byte_array_len.val_codec->free(c->u.byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free() 3311 c->u.byte_array_len.len_codec = NULL; in cram_byte_array_len_decode_init() 3312 c->u.byte_array_len.val_codec = NULL; in cram_byte_array_len_decode_init() 3320 if (c->u.byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init() [all …]
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H A D | cram_codecs.h | 185 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
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