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/dports/biology/stacks/stacks-2.4/htslib/cram/
H A Dcram_codecs.c1446 r = c->byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode()
1451 r = c->byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode()
1452 c->byte_array_len.val_codec, in cram_byte_array_len_decode()
1466 if (c->byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
1467 c->byte_array_len.len_codec->free(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
1469 if (c->byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
1470 c->byte_array_len.val_codec->free(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
1476 c->byte_array_len.len_codec->reset(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_reset()
1477 c->byte_array_len.val_codec->reset(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_reset()
1502 if (c->byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init()
[all …]
H A Dcram_codecs.h131 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
/dports/biology/kallisto/kallisto-0.46.1/ext/htslib/cram/
H A Dcram_codecs.c1438 r = c->byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode()
1443 r = c->byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode()
1444 c->byte_array_len.val_codec, in cram_byte_array_len_decode()
1458 if (c->byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
1459 c->byte_array_len.len_codec->free(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
1461 if (c->byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
1462 c->byte_array_len.val_codec->free(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
1468 c->byte_array_len.len_codec->reset(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_reset()
1469 c->byte_array_len.val_codec->reset(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_reset()
1494 if (c->byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init()
[all …]
H A Dcram_codecs.h131 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
/dports/biology/vt/vt-0.57721/lib/htslib/cram/
H A Dcram_codecs.c1421 r = c->byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode()
1425 if (!r && c->byte_array_len.val_codec && len >= 0) { in cram_byte_array_len_decode()
1426 r = c->byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode()
1441 if (c->byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
1442 c->byte_array_len.len_codec->free(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
1444 if (c->byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
1445 c->byte_array_len.val_codec->free(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
1472 if (c->byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init()
1483 if (c->byte_array_len.val_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init()
1887 bnum1 = cram_codec_to_id(c->byte_array_len.len_codec, NULL); in cram_codec_to_id()
[all …]
H A Dcram_codecs.h131 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
/dports/biology/bedtools/bedtools2-2.30.0/src/utils/htslib/cram/
H A Dcram_codecs.c1421 r = c->byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode()
1425 if (!r && c->byte_array_len.val_codec && len >= 0) { in cram_byte_array_len_decode()
1426 r = c->byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode()
1441 if (c->byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
1442 c->byte_array_len.len_codec->free(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
1444 if (c->byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
1445 c->byte_array_len.val_codec->free(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
1472 if (c->byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init()
1483 if (c->byte_array_len.val_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init()
1887 bnum1 = cram_codec_to_id(c->byte_array_len.len_codec, NULL); in cram_codec_to_id()
[all …]
H A Dcram_codecs.h131 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
/dports/biology/freebayes/freebayes-1.3.5/contrib/htslib/cram/
H A Dcram_codecs.c1632 r = c->u.byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->u.byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode()
1636 if (!r && c->u.byte_array_len.val_codec && len >= 0) { in cram_byte_array_len_decode()
1637 r = c->u.byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode()
1652 if (c->u.byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
1653 c->u.byte_array_len.len_codec->free(c->u.byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
1655 if (c->u.byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
1656 c->u.byte_array_len.val_codec->free(c->u.byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
1676 c->u.byte_array_len.len_codec = NULL; in cram_byte_array_len_decode_init()
1677 c->u.byte_array_len.val_codec = NULL; in cram_byte_array_len_decode_init()
1685 if (c->u.byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init()
[all …]
H A Dcram_codecs.h129 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
/dports/biology/iolib/io_lib-io_lib-1-14-10/io_lib/
H A Dcram_codecs.c1581 r = c->byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode()
1585 if (!r && c->byte_array_len.val_codec && len >= 0) { in cram_byte_array_len_decode()
1586 r = c->byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode()
1587 c->byte_array_len.val_codec, in cram_byte_array_len_decode()
1601 if (c->byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
1602 c->byte_array_len.len_codec->free(c->byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
1604 if (c->byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
1605 c->byte_array_len.val_codec->free(c->byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
1632 if (c->byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init()
1643 if (c->byte_array_len.val_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init()
[all …]
H A Dcram_codecs.h136 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
/dports/biology/py-pysam/pysam-0.18.0/htslib/cram/
H A Dcram_codecs.c3267 r = c->u.byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->u.byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode()
3271 if (!r && c->u.byte_array_len.val_codec && len >= 0) { in cram_byte_array_len_decode()
3272 r = c->u.byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode()
3287 if (c->u.byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
3288 c->u.byte_array_len.len_codec->free(c->u.byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
3290 if (c->u.byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
3291 c->u.byte_array_len.val_codec->free(c->u.byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
3311 c->u.byte_array_len.len_codec = NULL; in cram_byte_array_len_decode_init()
3312 c->u.byte_array_len.val_codec = NULL; in cram_byte_array_len_decode_init()
3320 if (c->u.byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init()
[all …]
H A Dcram_codecs.h185 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member
/dports/biology/htslib/htslib-1.14/cram/
H A Dcram_codecs.c3267 r = c->u.byte_array_len.len_codec->decode(slice, c->u.byte_array_len.len_codec, in cram_byte_array_len_decode()
3271 if (!r && c->u.byte_array_len.val_codec && len >= 0) { in cram_byte_array_len_decode()
3272 r = c->u.byte_array_len.val_codec->decode(slice, in cram_byte_array_len_decode()
3287 if (c->u.byte_array_len.len_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
3288 c->u.byte_array_len.len_codec->free(c->u.byte_array_len.len_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
3290 if (c->u.byte_array_len.val_codec) in cram_byte_array_len_decode_free()
3291 c->u.byte_array_len.val_codec->free(c->u.byte_array_len.val_codec); in cram_byte_array_len_decode_free()
3311 c->u.byte_array_len.len_codec = NULL; in cram_byte_array_len_decode_init()
3312 c->u.byte_array_len.val_codec = NULL; in cram_byte_array_len_decode_init()
3320 if (c->u.byte_array_len.len_codec == NULL) in cram_byte_array_len_decode_init()
[all …]
H A Dcram_codecs.h185 cram_byte_array_len_decoder byte_array_len; member