| /dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/funcotator/ |
| H A D | badDataOneAlleleDepthValue_hg38.vcf | 23 ##contig=<ID=chr1,length=248956422>
24 ##contig=<ID=chr2,length=242193529>
25 ##contig=<ID=chr3,length=198295559>
26 ##contig=<ID=chr4,length=190214555>
27 ##contig=<ID=chr5,length=181538259>
28 ##contig=<ID=chr6,length=170805979>
29 ##contig=<ID=chr7,length=159345973>
30 ##contig=<ID=chr8,length=145138636>
31 ##contig=<ID=chr9,length=138394717>
46 ##contig=<ID=chrY,length=57227415>
[all …]
|
| H A D | spanning_del.vcf | 52 ##contig=<ID=chr1,length=248956422>
53 ##contig=<ID=chr2,length=242193529>
54 ##contig=<ID=chr3,length=198295559>
55 ##contig=<ID=chr4,length=190214555>
56 ##contig=<ID=chr5,length=181538259>
57 ##contig=<ID=chr6,length=170805979>
58 ##contig=<ID=chr7,length=159345973>
59 ##contig=<ID=chr8,length=145138636>
60 ##contig=<ID=chr9,length=138394717>
75 ##contig=<ID=chrY,length=57227415>
[all …]
|
| H A D | triple_allele.vcf | 52 ##contig=<ID=chr1,length=248956422,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
53 ##contig=<ID=chr2,length=242193529,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
54 ##contig=<ID=chr3,length=198295559,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
55 ##contig=<ID=chr4,length=190214555,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
56 ##contig=<ID=chr5,length=181538259,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
57 ##contig=<ID=chr6,length=170805979,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
58 ##contig=<ID=chr7,length=159345973,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
59 ##contig=<ID=chr8,length=145138636,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
60 ##contig=<ID=chr9,length=138394717,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
75 ##contig=<ID=chrY,length=57227415,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
[all …]
|
| H A D | hg38_trio.pik3ca.vcf | 49 ##contig=<ID=chr1,length=248956422,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
50 ##contig=<ID=chr2,length=242193529,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
51 ##contig=<ID=chr3,length=198295559,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
52 ##contig=<ID=chr4,length=190214555,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
53 ##contig=<ID=chr5,length=181538259,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
54 ##contig=<ID=chr6,length=170805979,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
55 ##contig=<ID=chr7,length=159345973,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
56 ##contig=<ID=chr8,length=145138636,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
57 ##contig=<ID=chr9,length=138394717,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
72 ##contig=<ID=chrY,length=57227415,assembly=Homo_sapiens_assembly38.fasta>
[all …]
|
| /dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/issue3845_revertSoftClip_bug/ |
| H A D | expected_testCompletelyClippedReadNearStartOfContig_revertSoftClipped_gatk4.vcf | 27 ##contig=<ID=chr1,length=248956422>
28 ##contig=<ID=chr2,length=242193529>
29 ##contig=<ID=chr3,length=198295559>
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[all …]
|
| /dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenotypeGVCFs/ |
| H A D | chr21.bad.pl.g.vcf | 31 ##contig=<ID=chr1,length=248956422>
32 ##contig=<ID=chr2,length=242193529>
33 ##contig=<ID=chr3,length=198295559>
34 ##contig=<ID=chr4,length=190214555>
35 ##contig=<ID=chr5,length=181538259>
36 ##contig=<ID=chr6,length=170805979>
37 ##contig=<ID=chr7,length=159345973>
38 ##contig=<ID=chr8,length=145138636>
39 ##contig=<ID=chr9,length=138394717>
54 ##contig=<ID=chrY,length=57227415>
[all …]
|
| H A D | chr21.bad.pl.gatk3.7_30_ga4f720357.expected.vcf | 36 ##contig=<ID=chr1,length=248956422>
37 ##contig=<ID=chr2,length=242193529>
38 ##contig=<ID=chr3,length=198295559>
39 ##contig=<ID=chr4,length=190214555>
40 ##contig=<ID=chr5,length=181538259>
41 ##contig=<ID=chr6,length=170805979>
42 ##contig=<ID=chr7,length=159345973>
43 ##contig=<ID=chr8,length=145138636>
44 ##contig=<ID=chr9,length=138394717>
59 ##contig=<ID=chrY,length=57227415>
[all …]
|
| H A D | leadingDeletion.g.vcf | 15 ##contig=<ID=1,length=249250621>
16 ##contig=<ID=2,length=243199373>
17 ##contig=<ID=3,length=198022430>
18 ##contig=<ID=4,length=191154276>
19 ##contig=<ID=5,length=180915260>
20 ##contig=<ID=6,length=171115067>
21 ##contig=<ID=7,length=159138663>
22 ##contig=<ID=8,length=146364022>
23 ##contig=<ID=9,length=141213431>
38 ##contig=<ID=Y,length=59373566>
[all …]
|
| /dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/variantutils/ReblockGVCF/ |
| H A D | alreadyReblocked.chr22snippet.vcf | 55 ##contig=<ID=chr1,length=248956422>
56 ##contig=<ID=chr2,length=242193529>
57 ##contig=<ID=chr3,length=198295559>
58 ##contig=<ID=chr4,length=190214555>
59 ##contig=<ID=chr5,length=181538259>
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61 ##contig=<ID=chr7,length=159345973>
62 ##contig=<ID=chr8,length=145138636>
63 ##contig=<ID=chr9,length=138394717>
78 ##contig=<ID=chrY,length=57227415>
[all …]
|
| H A D | justHeader.g.vcf | 97 ##contig=<ID=chr1,length=248956422>
98 ##contig=<ID=chr2,length=242193529>
99 ##contig=<ID=chr3,length=198295559>
100 ##contig=<ID=chr4,length=190214555>
101 ##contig=<ID=chr5,length=181538259>
102 ##contig=<ID=chr6,length=170805979>
103 ##contig=<ID=chr7,length=159345973>
104 ##contig=<ID=chr8,length=145138636>
105 ##contig=<ID=chr9,length=138394717>
120 ##contig=<ID=chrY,length=57227415>
[all …]
|
| /dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/funcotator/validationTestData/ |
| H A D | regressionTestVariantSetHG38.vcf | 52 ##contig=<ID=chr1,length=248956422>
53 ##contig=<ID=chr2,length=242193529>
54 ##contig=<ID=chr3,length=198295559>
55 ##contig=<ID=chr4,length=190214555>
56 ##contig=<ID=chr5,length=181538259>
57 ##contig=<ID=chr6,length=170805979>
58 ##contig=<ID=chr7,length=159345973>
59 ##contig=<ID=chr8,length=145138636>
60 ##contig=<ID=chr9,length=138394717>
75 ##contig=<ID=chrY,length=57227415>
[all …]
|
| H A D | regressionTestVariantSetHG38_expected.vcf | 55 ##contig=<ID=chr1,length=248956422>
56 ##contig=<ID=chr2,length=242193529>
57 ##contig=<ID=chr3,length=198295559>
58 ##contig=<ID=chr4,length=190214555>
59 ##contig=<ID=chr5,length=181538259>
60 ##contig=<ID=chr6,length=170805979>
61 ##contig=<ID=chr7,length=159345973>
62 ##contig=<ID=chr8,length=145138636>
78 ##contig=<ID=chrY,length=57227415>
79 ##contig=<ID=chrM,length=16569>
[all …]
|
| H A D | regressionTestVariantSetHG38_expected.maf | 54 ## contig=<ID=chr1,length=248956422>
55 ## contig=<ID=chr2,length=242193529>
56 ## contig=<ID=chr3,length=198295559>
57 ## contig=<ID=chr4,length=190214555>
58 ## contig=<ID=chr5,length=181538259>
59 ## contig=<ID=chr6,length=170805979>
60 ## contig=<ID=chr7,length=159345973>
61 ## contig=<ID=chr8,length=145138636>
62 ## contig=<ID=chr9,length=138394717>
77 ## contig=<ID=chrY,length=57227415>
[all …]
|
| H A D | hashSetOrderingIssue.vcf | 4 ##contig=<ID=1,length=249250621,assembly=b37>
5 ##contig=<ID=2,length=243199373,assembly=b37>
6 ##contig=<ID=3,length=198022430,assembly=b37>
7 ##contig=<ID=4,length=191154276,assembly=b37>
8 ##contig=<ID=5,length=180915260,assembly=b37>
9 ##contig=<ID=6,length=171115067,assembly=b37>
10 ##contig=<ID=7,length=159138663,assembly=b37>
11 ##contig=<ID=8,length=146364022,assembly=b37>
12 ##contig=<ID=9,length=141213431,assembly=b37>
13 ##contig=<ID=10,length=135534747,assembly=b37>
[all …]
|
| /dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyper/ |
| H A D | noGTCount.expected.chr20snippet.vcf | 38 ##contig=<ID=chr1,length=248956422>
39 ##contig=<ID=chr2,length=242193529>
40 ##contig=<ID=chr3,length=198295559>
41 ##contig=<ID=chr4,length=190214555>
42 ##contig=<ID=chr5,length=181538259>
43 ##contig=<ID=chr6,length=170805979>
44 ##contig=<ID=chr7,length=159345973>
45 ##contig=<ID=chr8,length=145138636>
46 ##contig=<ID=chr9,length=138394717>
61 ##contig=<ID=chrY,length=57227415>
[all …]
|
| /dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/variantutils/UpdateVCFSequenceDictionary/ |
| H A D | variantsWithDictBadContigLength.vcf | 2 ##contig=<ID=1>
3 ##contig=<ID=10>
4 ##contig=<ID=11>
5 ##contig=<ID=12>
6 ##contig=<ID=13>
7 ##contig=<ID=14>
8 ##contig=<ID=15>
9 ##contig=<ID=16>
10 ##contig=<ID=17>
11 ##contig=<ID=18>
[all …]
|
| /dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/variantutils/SelectVariants/ |
| H A D | forHardLeftAlignVariantsTest.vcf | 4 ##contig=<ID=1,length=249250621>
5 ##contig=<ID=2,length=243199373>
6 ##contig=<ID=3,length=198022430>
7 ##contig=<ID=4,length=191154276>
8 ##contig=<ID=5,length=180915260>
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10 ##contig=<ID=7,length=159138663>
11 ##contig=<ID=8,length=146364022>
12 ##contig=<ID=9,length=141213431>
27 ##contig=<ID=Y,length=59373566>
[all …]
|
| /dports/biology/gatk/gatk-4.2.0.0/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/variantutils/SelectVariants/expected/ |
| H A D | testSelectVariants_MaxFractionFilteredGenotypesSelection.vcf | 10 ##contig=<ID=1,length=249250621>
11 ##contig=<ID=2,length=243199373>
12 ##contig=<ID=3,length=198022430>
13 ##contig=<ID=4,length=191154276>
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15 ##contig=<ID=6,length=171115067>
16 ##contig=<ID=7,length=159138663>
17 ##contig=<ID=8,length=146364022>
18 ##contig=<ID=9,length=141213431>
33 ##contig=<ID=Y,length=59373566>
[all …]
|
| H A D | testSelectVariants_MinFilteredGenotypesSelection.vcf | 10 ##contig=<ID=1,length=249250621>
11 ##contig=<ID=2,length=243199373>
12 ##contig=<ID=3,length=198022430>
13 ##contig=<ID=4,length=191154276>
14 ##contig=<ID=5,length=180915260>
15 ##contig=<ID=6,length=171115067>
16 ##contig=<ID=7,length=159138663>
17 ##contig=<ID=8,length=146364022>
18 ##contig=<ID=9,length=141213431>
33 ##contig=<ID=Y,length=59373566>
[all …]
|
| H A D | testSelectVariants_AlleleTrimming.vcf | 8 ##contig=<ID=1,length=249250621>
9 ##contig=<ID=2,length=243199373>
10 ##contig=<ID=3,length=198022430>
11 ##contig=<ID=4,length=191154276>
12 ##contig=<ID=5,length=180915260>
13 ##contig=<ID=6,length=171115067>
14 ##contig=<ID=7,length=159138663>
15 ##contig=<ID=8,length=146364022>
16 ##contig=<ID=9,length=141213431>
31 ##contig=<ID=Y,length=59373566>
[all …]
|
| H A D | testSelectVariants_SetFilteredGtoNocall.vcf | 10 ##contig=<ID=1,length=249250621>
11 ##contig=<ID=2,length=243199373>
12 ##contig=<ID=3,length=198022430>
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15 ##contig=<ID=6,length=171115067>
16 ##contig=<ID=7,length=159138663>
17 ##contig=<ID=8,length=146364022>
18 ##contig=<ID=9,length=141213431>
33 ##contig=<ID=Y,length=59373566>
[all …]
|
| H A D | testSelectVariants_UnusedAlleleHardLeft.vcf | 8 ##contig=<ID=1,length=249250621>
9 ##contig=<ID=2,length=243199373>
10 ##contig=<ID=3,length=198022430>
11 ##contig=<ID=4,length=191154276>
12 ##contig=<ID=5,length=180915260>
13 ##contig=<ID=6,length=171115067>
14 ##contig=<ID=7,length=159138663>
15 ##contig=<ID=8,length=146364022>
16 ##contig=<ID=9,length=141213431>
31 ##contig=<ID=Y,length=59373566>
[all …]
|
| H A D | testSelectVariants_UnusedAlleleHardLeftTrim.vcf | 8 ##contig=<ID=1,length=249250621>
9 ##contig=<ID=2,length=243199373>
10 ##contig=<ID=3,length=198022430>
11 ##contig=<ID=4,length=191154276>
12 ##contig=<ID=5,length=180915260>
13 ##contig=<ID=6,length=171115067>
14 ##contig=<ID=7,length=159138663>
15 ##contig=<ID=8,length=146364022>
16 ##contig=<ID=9,length=141213431>
31 ##contig=<ID=Y,length=59373566>
[all …]
|
| H A D | testSelectVariants_MaxFilteredGenotypesSelection.vcf | 10 ##contig=<ID=1,length=249250621>
11 ##contig=<ID=2,length=243199373>
12 ##contig=<ID=3,length=198022430>
13 ##contig=<ID=4,length=191154276>
14 ##contig=<ID=5,length=180915260>
15 ##contig=<ID=6,length=171115067>
16 ##contig=<ID=7,length=159138663>
17 ##contig=<ID=8,length=146364022>
18 ##contig=<ID=9,length=141213431>
33 ##contig=<ID=Y,length=59373566>
[all …]
|
| H A D | testSelectVariants_MinFractionFilteredGenotypesSelection.vcf | 10 ##contig=<ID=1,length=249250621>
11 ##contig=<ID=2,length=243199373>
12 ##contig=<ID=3,length=198022430>
13 ##contig=<ID=4,length=191154276>
14 ##contig=<ID=5,length=180915260>
15 ##contig=<ID=6,length=171115067>
16 ##contig=<ID=7,length=159138663>
17 ##contig=<ID=8,length=146364022>
18 ##contig=<ID=9,length=141213431>
33 ##contig=<ID=Y,length=59373566>
[all …]
|