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Searched refs:io_weights (Results 1 – 4 of 4) sorted by relevance

/dports/biology/ugene/ugene-40.1/src/plugins_3rdparty/primer3/src/primer3_core/
H A Dprimer3.c328 a->io_weights.temp_gt = IO_WT_TM_GT;
329 a->io_weights.temp_lt = IO_WT_TM_LT;
330 a->io_weights.length_gt = IO_WT_SIZE_GT;
331 a->io_weights.length_lt = IO_WT_SIZE_LT;
334 a->io_weights.compl_any = IO_WT_COMPL_ANY;
336 a->io_weights.num_ns = IO_WT_NUM_NS;
337 a->io_weights.repeat_sim = IO_WT_REP_SIM;
338 a->io_weights.seq_quality = IO_WT_SEQ_QUAL;
339 a->io_weights.end_quality = IO_WT_END_QUAL;
738 if ((pa->io_weights.gc_content_lt ||
[all …]
H A Dprimer3_main.c1058 && (pa->io_weights.compl_any || pa->io_weights.compl_end))) {
1257 sum += pa->io_weights.gc_content_gt
1260 sum += pa->io_weights.gc_content_lt
1267 if(pa->io_weights.compl_any)
1269 if(pa->io_weights.compl_end)
1271 if(pa->io_weights.num_ns)
1272 sum += pa->io_weights.num_ns * h->num_ns;
1273 if(pa->io_weights.repeat_sim)
1274 sum += pa->io_weights.repeat_sim
1277 if(pa->io_weights.seq_quality)
[all …]
H A Dprimer3.h311 oligo_weights io_weights; member
/dports/biology/ugene/ugene-40.1/src/plugins_3rdparty/primer3/src/
H A DPrimer3TaskSettings.cpp486 doubleProperties.insert("PRIMER_IO_WT_TM_GT", &primerArgs.io_weights.temp_gt); in initMaps()
487 doubleProperties.insert("PRIMER_IO_WT_TM_LT", &primerArgs.io_weights.temp_lt); in initMaps()
488 doubleProperties.insert("PRIMER_IO_WT_GC_PERCENT_GT", &primerArgs.io_weights.gc_content_gt); in initMaps()
490 doubleProperties.insert("PRIMER_IO_WT_SIZE_LT", &primerArgs.io_weights.length_lt); in initMaps()
491 doubleProperties.insert("PRIMER_IO_WT_SIZE_GT", &primerArgs.io_weights.length_gt); in initMaps()
492 doubleProperties.insert("PRIMER_IO_WT_COMPL_ANY", &primerArgs.io_weights.compl_any); in initMaps()
493 doubleProperties.insert("PRIMER_IO_WT_COMPL_END", &primerArgs.io_weights.compl_end); in initMaps()
494 doubleProperties.insert("PRIMER_IO_WT_NUM_NS", &primerArgs.io_weights.num_ns); in initMaps()
495 doubleProperties.insert("PRIMER_IO_WT_REP_SIM", &primerArgs.io_weights.repeat_sim); in initMaps()
496 doubleProperties.insert("PRIMER_IO_WT_SEQ_QUAL", &primerArgs.io_weights.seq_quality); in initMaps()
[all …]