Searched refs:whereispairalign (Results 1 – 2 of 2) sorted by relevance
| /dports/biology/mafft/mafft-7.267-without-extensions/core/ |
| H A D | pairash.c | 8 static char *whereispairalign; variable
374 …sprintf( com, "\"%s/TMalign\" %s.pdb %s.pdb > _tmalignout 2>_dum", whereispairalign, fname1, fnam… in calltmalign()
458 …_ASH.pl --qf %s.pdb --qc %s --tf %s.pdb --tc %s > _rashout 2>_dum", whereispairalign, fname1, chai… in callrash()
460 …--qc %s --tf %s.pdb --tc %s --of %s.pdbpair > %s.rashout 2>%s.dum", whereispairalign, fname1, chai… in callrash()
588 sprintf( command, "perl \"%s/clean.pl\" %s.pdb", whereispairalign, fname ); in preparetmalign()
695 sprintf( command, "perl \"%s/clean.pl\" %s.pdb", whereispairalign, fname ); in prepareash()
856 whereispairalign = *++argv; in arguments()
857 fprintf( stderr, "whereispairalign = %s\n", whereispairalign ); in arguments()
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| H A D | pairlocalalign.c | 10 static char *whereispairalign; variable
868 sprintf( command, "%s/lastdb _db%dd _db%dd", whereispairalign, k, k ); in lastcallthread()
870 sprintf( command, "%s/lastdb -p _db%dd _db%dd", whereispairalign, k, k ); in lastcallthread()
977 sprintf( command, "%s/lastdb _dbd _dbd", whereispairalign ); in calllast_fast()
979 sprintf( command, "%s/lastdb -p _dbd _dbd", whereispairalign ); in calllast_fast()
1054 sprintf( command, "%s/lastdb _db _db", whereispairalign ); in calllast_once()
1090 sprintf( command, "%s/lastdb -p _db _db", whereispairalign ); in calllast_once()
1338 fprintf( fp, "%s/dafs --mafft-in _bpp _dafsin > _dafsout 2>_dum\n", whereispairalign ); in calldafs_giving_bpp()
1458 fprintf( fp, "%s/mxscarnamod -readbpp _mxscarnain > _mxscarnaout 2>_dum\n", whereispairalign ); in callmxscarna_giving_bpp()
1710 whereispairalign = *++argv; in arguments()
[all …]
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