1CHARMM23 2! all-atom charges and radii from amber94 parameter set 3! note that polar hydrogens are given radius 1A here 4! 5! Converted to UHBD format by A. Elcock 6! Ribo and URA params added in from AMBER data by N. Baker 7! 8resi atom chrg epsi sigm radi end 9! 10TE TE 1.00 0.000 0.000 0.000 11! 12! Deoxy GUA 13DG P 1.1659 0.000 0.000 2.10 14DG O1P -0.7761 0.000 0.000 1.6612 15DG O2P -0.7761 0.000 0.000 1.6612 16DG O5' -0.4954 0.000 0.000 1.6837 17DG C5' -0.0069 0.000 0.000 1.9080 18DG H5' 0.0754 0.000 0.000 1.3870 19DG H5'' 0.0754 0.000 0.000 1.3870 20DG C4' 0.1629 0.000 0.000 1.9080 21DG H4' 0.1176 0.000 0.000 1.3870 22DG O4' -0.3691 0.000 0.000 1.6837 23DG C1' 0.0358 0.000 0.000 1.9080 24DG H1' 0.1746 0.000 0.000 1.2870 25DG N9 0.0577 0.000 0.000 1.8240 26DG C4 0.1814 0.000 0.000 1.9080 27DG N3 -0.6636 0.000 0.000 1.8240 28DG C2 0.7432 0.000 0.000 1.9080 29DG N1 -0.5053 0.000 0.000 1.8240 30DG H1 0.3520 0.000 0.000 1.0000 31DG N2 -0.9230 0.000 0.000 1.8240 32DG H21 0.4235 0.000 0.000 1.0000 33DG H22 0.4235 0.000 0.000 1.0000 34DG C6 0.4918 0.000 0.000 1.9080 35DG O6 -0.5699 0.000 0.000 1.6612 36DG C5 0.1991 0.000 0.000 1.9080 37DG N7 -0.5725 0.000 0.000 1.8240 38DG C8 0.0736 0.000 0.000 1.9080 39DG H8 0.1997 0.000 0.000 1.3590 40DG C3' 0.0713 0.000 0.000 1.9080 41DG H3' 0.0985 0.000 0.000 1.3870 42DG O3' -0.5232 0.000 0.000 1.6837 43DG C2' -0.0854 0.000 0.000 1.9080 44DG H2' 0.0718 0.000 0.000 1.4870 45DG H2'' 0.0718 0.000 0.000 1.4870 46! Ribo GUA 47RG P 1.1662 0.000 0.000 2.10 48RG O1P -0.7760 0.000 0.000 1.6612 49RG O2P -0.7760 0.000 0.000 1.6612 50RG O5' -0.4989 0.000 0.000 1.6837 51RG C5' 0.0558 0.000 0.000 1.9080 52RG H5' 0.0679 0.000 0.000 1.3870 53RG H5'' 0.0679 0.000 0.000 1.3870 54RG C4' 0.1065 0.000 0.000 1.9080 55RG H4' 0.1174 0.000 0.000 1.3870 56RG O4' -0.3548 0.000 0.000 1.6837 57RG C1' 0.0191 0.000 0.000 1.9080 58RG H1' 0.2006 0.000 0.000 1.2870 59RG N9 0.0492 0.000 0.000 1.8240 60RG C8 0.1374 0.000 0.000 1.9080 61RG H8 0.1640 0.000 0.000 1.3590 62RG N7 -0.5709 0.000 0.000 1.8240 63RG C5 0.1744 0.000 0.000 1.9080 64RG C6 0.4770 0.000 0.000 1.9080 65RG O6 -0.5597 0.000 0.000 1.6612 66RG N1 -0.4787 0.000 0.000 1.8240 67RG H1 0.3424 0.000 0.000 1.0000 68RG C2 0.7657 0.000 0.000 1.9080 69RG N2 -0.9672 0.000 0.000 1.8240 70RG H21 0.4364 0.000 0.000 1.0000 71RG H22 0.4364 0.000 0.000 1.0000 72RG N3 -0.6323 0.000 0.000 1.8240 73RG C4 0.1222 0.000 0.000 1.9080 74RG C3' 0.2022 0.000 0.000 1.9080 75RG H3' 0.0615 0.000 0.000 1.3870 76RG C2' 0.0670 0.000 0.000 1.9080 77RG H2'' 0.0972 0.000 0.000 1.4870 78RG O2' -0.6139 0.000 0.000 1.6837 79RG H2' 0.4186 0.000 0.000 1.4870 80RG O3' -0.5246 0.000 0.000 1.6837 81! Ribo URA 82RU P 1.1662 0.000 0.000 2.10 83RU O1P -0.7760 0.000 0.000 1.6612 84RU O2P -0.7760 0.000 0.000 1.6612 85RU O5' -0.4989 0.000 0.000 1.6837 86RU C5' 0.0558 0.000 0.000 1.9080 87RU H5' 0.0679 0.000 0.000 1.3870 88RU H5'' 0.0679 0.000 0.000 1.3870 89RU C4' 0.1065 0.000 0.000 1.9080 90RU H4' 0.1174 0.000 0.000 1.3870 91RU O4' -0.3548 0.000 0.000 1.6837 92RU C1' 0.0674 0.000 0.000 1.9080 93RU H1' 0.1824 0.000 0.000 1.2870 94RU N1 0.0418 0.000 0.000 1.8240 95RU C6 -0.1126 0.000 0.000 1.9080 96RU H6 0.2188 0.000 0.000 1.4090 97RU C5 -0.3635 0.000 0.000 1.9080 98RU H5 0.1811 0.000 0.000 1.4090 99RU C4 0.5952 0.000 0.000 1.9080 100RU O4 -0.5761 0.000 0.000 1.6612 101RU N3 -0.3549 0.000 0.000 1.8240 102RU H3 0.3154 0.000 0.000 1.0000 103RU C2 0.4687 0.000 0.000 1.9080 104RU O2 -0.5477 0.000 0.000 1.6612 105RU C3' 0.2022 0.000 0.000 1.9080 106RU H3' 0.0615 0.000 0.000 1.3870 107RU C2' 0.0670 0.000 0.000 1.9080 108RU H2'' 0.0972 0.000 0.000 1.4870 109RU O2' -0.6139 0.000 0.000 1.6837 110RU H2' 0.4186 0.000 0.000 1.4870 111RU O3' -0.5246 0.000 0.000 1.6837 112! Deoxy ADE 113DA P 1.1659 0.000 0.000 2.1000 114DA O1P -0.7761 0.000 0.000 1.6612 115DA O2P -0.7761 0.000 0.000 1.6612 116DA O5' -0.4954 0.000 0.000 1.6837 117DA C5' -0.0069 0.000 0.000 1.9080 118DA H5' 0.0754 0.000 0.000 1.3870 119DA H5'' 0.0754 0.000 0.000 1.3870 120DA C4' 0.1629 0.000 0.000 1.9080 121DA H4' 0.1176 0.000 0.000 1.3870 122DA O4' -0.3691 0.000 0.000 1.6837 123DA C1' 0.0431 0.000 0.000 1.9080 124DA H1' 0.1838 0.000 0.000 1.2870 125DA C5 0.0725 0.000 0.000 1.9080 126DA N7 -0.6175 0.000 0.000 1.8240 127DA C8 0.1607 0.000 0.000 1.9080 128DA H8 0.1877 0.000 0.000 1.3590 129DA N9 -0.0268 0.000 0.000 1.8240 130DA N1 -0.7624 0.000 0.000 1.8240 131DA C2 0.5716 0.000 0.000 1.9080 132DA H2 0.0598 0.000 0.000 1.3590 133DA N3 -0.7417 0.000 0.000 1.8240 134DA C4 0.3800 0.000 0.000 1.9080 135DA C6 0.6897 0.000 0.000 1.9080 136DA N6 -0.9123 0.000 0.000 1.8240 137DA H61 0.4167 0.000 0.000 1.0000 138DA H62 0.4167 0.000 0.000 1.0000 139DA C3' 0.0713 0.000 0.000 1.9080 140DA H3' 0.0985 0.000 0.000 1.3870 141DA O3' -0.5232 0.000 0.000 1.6837 142DA C2' -0.0854 0.000 0.000 1.9080 143DA H2' 0.0718 0.000 0.000 1.4870 144DA H2'' 0.0718 0.000 0.000 1.4870 145! Ribo ADE 146RA P 1.1662 0.000 0.000 2.1000 147RA O1P -0.7760 0.000 0.000 1.6612 148RA O2P -0.7760 0.000 0.000 1.6612 149RA O5' -0.4989 0.000 0.000 1.6837 150RA C5' 0.0558 0.000 0.000 1.9080 151RA H5' 0.0679 0.000 0.000 1.3870 152RA H5'' 0.0679 0.000 0.000 1.3870 153RA C4' 0.1065 0.000 0.000 1.9080 154RA H4' 0.1174 0.000 0.000 1.3870 155RA O4' -0.3548 0.000 0.000 1.6837 156RA C1' 0.0394 0.000 0.000 1.9080 157RA H1' 0.2007 0.000 0.000 1.2870 158RA N9 -0.0251 0.000 0.000 1.8240 159RA C8 0.2006 0.000 0.000 1.9080 160RA H8 0.1553 0.000 0.000 1.3590 161RA N7 -0.6073 0.000 0.000 1.8240 162RA C5 0.0515 0.000 0.000 1.9080 163RA C6 0.7009 0.000 0.000 1.9080 164RA N6 -0.9019 0.000 0.000 1.8240 165RA H61 0.4115 0.000 0.000 1.0000 166RA H62 0.4115 0.000 0.000 1.0000 167RA N1 -0.7615 0.000 0.000 1.8240 168RA C2 0.5875 0.000 0.000 1.9080 169RA H2 0.0473 0.000 0.000 1.3590 170RA N3 -0.6997 0.000 0.000 1.8240 171RA C4 0.3053 0.000 0.000 1.9080 172RA C3' 0.2022 0.000 0.000 1.9080 173RA H3' 0.0615 0.000 0.000 1.3870 174RA C2' 0.0670 0.000 0.000 1.9080 175RA H2'' 0.0972 0.000 0.000 1.4870 176RA O2' -0.6139 0.000 0.000 1.6837 177RA H2' 0.4186 0.000 0.000 1.4870 178RA O3' -0.5246 0.000 0.000 1.6837 179! Deoxy CYT 180DC P 1.1659 0.000 0.000 2.1000 181DC O1P -0.7761 0.000 0.000 1.6612 182DC O2P -0.7761 0.000 0.000 1.6612 183DC O5' -0.4954 0.000 0.000 1.6837 184DC C5' -0.0069 0.000 0.000 1.9080 185DC H5' 0.0754 0.000 0.000 1.3870 186DC H5'' 0.0754 0.000 0.000 1.3870 187DC C4' 0.1629 0.000 0.000 1.9080 188DC H4' 0.1176 0.000 0.000 1.3870 189DC O4' -0.3691 0.000 0.000 1.6837 190DC C1' -0.0116 0.000 0.000 1.9080 191DC H1' 0.1963 0.000 0.000 1.2870 192DC N1 -0.0339 0.000 0.000 1.8240 193DC C6 -0.0183 0.000 0.000 1.9080 194DC H6 0.2293 0.000 0.000 1.4090 195DC C2 0.7959 0.000 0.000 1.9080 196DC O2 -0.6548 0.000 0.000 1.6612 197DC N3 -0.7748 0.000 0.000 1.8240 198DC C4 0.8439 0.000 0.000 1.9080 199DC N4 -0.9773 0.000 0.000 1.8240 200DC H41 0.4314 0.000 0.000 1.0000 201DC H42 0.4314 0.000 0.000 1.0000 202DC C5 -0.5222 0.000 0.000 1.9080 203DC H5 0.1863 0.000 0.000 1.4090 204DC C3' 0.0713 0.000 0.000 1.9080 205DC H3' 0.0985 0.000 0.000 1.3870 206DC O3' -0.5232 0.000 0.000 1.6837 207DC C2' -0.0854 0.000 0.000 1.9080 208DC H2' 0.0718 0.000 0.000 1.4870 209DC H2'' 0.0718 0.000 0.000 1.4870 210! Ribo CYT 211RC P 1.1662 0.000 0.000 2.1000 212RC O1P -0.7760 0.000 0.000 1.6612 213RC O2P -0.7760 0.000 0.000 1.6612 214RC O5' -0.4989 0.000 0.000 1.6837 215RC C5' 0.0558 0.000 0.000 1.9080 216RC H5' 0.0679 0.000 0.000 1.3870 217RC H5'' 0.0679 0.000 0.000 1.3870 218RC C4' 0.1065 0.000 0.000 1.9080 219RC H4' 0.1174 0.000 0.000 1.3870 220RC O4' -0.3548 0.000 0.000 1.6837 221RC C1' 0.0066 0.000 0.000 1.9080 222RC H1' 0.2029 0.000 0.000 1.2870 223RC N1 -0.0484 0.000 0.000 1.8240 224RC C6 0.0053 0.000 0.000 1.9080 225RC H6 0.1958 0.000 0.000 1.4090 226RC C5 -0.5215 0.000 0.000 1.9080 227RC H5 0.1928 0.000 0.000 1.4090 228RC C4 0.8185 0.000 0.000 1.9080 229RC N4 -0.9530 0.000 0.000 1.8240 230RC H41 0.4234 0.000 0.000 1.0000 231RC H42 0.4234 0.000 0.000 1.0000 232RC N3 -0.7584 0.000 0.000 1.8240 233RC C2 0.7538 0.000 0.000 1.9080 234RC O2 -0.6252 0.000 0.000 1.6612 235RC C3' 0.2022 0.000 0.000 1.9080 236RC H3' 0.0615 0.000 0.000 1.3870 237RC C2' 0.0670 0.000 0.000 1.9080 238RC H2'' 0.0972 0.000 0.000 1.4870 239RC O2' -0.6139 0.000 0.000 1.6837 240RC H2' 0.4186 0.000 0.000 1.4870 241RC O3' -0.5246 0.000 0.000 1.6837 242! Deoxy THY 243DT P 1.1659 0.000 0.000 2.1000 244DT O1P -0.7761 0.000 0.000 1.6612 245DT O2P -0.7761 0.000 0.000 1.6612 246DT O5' -0.4954 0.000 0.000 1.6837 247DT C5' -0.0069 0.000 0.000 1.9080 248DT H5' 0.0754 0.000 0.000 1.3870 249DT H5'' 0.0754 0.000 0.000 1.3870 250DT C4' 0.1629 0.000 0.000 1.9080 251DT H4' 0.1176 0.000 0.000 1.3870 252DT O4' -0.3691 0.000 0.000 1.6837 253DT C1' 0.0680 0.000 0.000 1.9080 254DT H1' 0.1804 0.000 0.000 1.2870 255DT N1 -0.0239 0.000 0.000 1.8240 256DT C6 -0.2209 0.000 0.000 1.9080 257DT H6 0.2607 0.000 0.000 1.4090 258DT C2 0.5677 0.000 0.000 1.9080 259DT O2 -0.5881 0.000 0.000 1.6612 260DT N3 -0.4340 0.000 0.000 1.8240 261DT H3 0.3420 0.000 0.000 1.0000 262DT C4 0.5194 0.000 0.000 1.9080 263DT O4 -0.5563 0.000 0.000 1.6612 264DT C5 0.0025 0.000 0.000 1.9080 265DT C5M -0.2269 0.000 0.000 1.9080 266DT H51 0.0770 0.000 0.000 1.4870 267DT H52 0.0770 0.000 0.000 1.4870 268DT H53 0.0770 0.000 0.000 1.4870 269DT C3' 0.0713 0.000 0.000 1.9080 270DT H3' 0.0985 0.000 0.000 1.3870 271DT O3' -0.5232 0.000 0.000 1.6837 272DT C2' -0.0854 0.000 0.000 1.9080 273DT H2' 0.0718 0.000 0.000 1.4870 274DT H2'' 0.0718 0.000 0.000 1.4870 275! 276TE5 H5T 0.0422 0.000 0.000 1.0000 277TE5 O5' -0.2318 0.000 0.000 1.7210 278! 279TE3 O3' -0.2549 0.000 0.000 1.7210 280TE3 H3T 0.0396 0.000 0.000 1.0000 281! 282CMP P 1.1662 0.000 0.000 2.1000 283CMP O1P -0.7760 0.000 0.000 1.6612 284CMP O2P -0.7760 0.000 0.000 1.6612 285CMP O5' -0.4989 0.000 0.000 1.6837 286CMP C5' 0.0558 0.000 0.000 1.9080 287CMP H5' 0.0679 0.000 0.000 1.3870 288CMP H5'' 0.0679 0.000 0.000 1.3870 289CMP C4' 0.1065 0.000 0.000 1.9080 290CMP H4' 0.1174 0.000 0.000 1.3870 291CMP O4' -0.3548 0.000 0.000 1.6837 292CMP C1' 0.0394 0.000 0.000 1.9080 293CMP H1' 0.2007 0.000 0.000 1.2870 294CMP C5 0.0515 0.000 0.000 1.9080 295CMP N7 -0.6073 0.000 0.000 1.8240 296CMP C8 0.2006 0.000 0.000 1.9080 297CMP H8 0.1553 0.000 0.000 1.3590 298CMP N9 -0.0251 0.000 0.000 1.8240 299CMP N1 -0.7615 0.000 0.000 1.8240 300CMP C2 0.5875 0.000 0.000 1.9080 301CMP H2 0.0473 0.000 0.000 1.3590 302CMP N3 -0.6997 0.000 0.000 1.8240 303CMP C4 0.3053 0.000 0.000 1.9080 304CMP C6 0.7009 0.000 0.000 1.9080 305CMP N6 -0.9019 0.000 0.000 1.8240 306CMP H61 0.4115 0.000 0.000 1.0000 307CMP H62 0.4115 0.000 0.000 1.0000 308CMP C3' 0.2022 0.000 0.000 1.9080 309CMP H3' 0.0615 0.000 0.000 1.3870 310CMP O3' -0.5246 0.000 0.000 1.6837 311CMP C2' 0.0670 0.000 0.000 1.9080 312CMP O2' -0.6139 0.000 0.000 1.6837 313CMP H2' 0.4186 0.000 0.000 1.4870 314CMP H2'' 0.0972 0.000 0.000 1.4870 315! 316ALA N -0.4157 0.000 0.000 1.824 317ALA HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 318ALA CA 0.0337 0.000 0.000 1.908 319ALA HA 0.0823 0.000 0.000 1.387 320ALA CB -0.1825 0.000 0.000 1.908 321ALA HB1 0.0603 0.000 0.000 1.487 322ALA HB2 0.0603 0.000 0.000 1.487 323ALA HB3 0.0603 0.000 0.000 1.487 324ALA C 0.5973 0.000 0.000 1.908 325ALA O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 326! 327ARG N -0.3479 0.000 0.000 1.824 328ARG HN 0.2747 0.000 0.000 1.00 329ARG CA -0.2637 0.000 0.000 1.908 330ARG HA 0.1560 0.000 0.000 1.387 331ARG CB -0.0007 0.000 0.000 1.908 332ARG HB1 0.0327 0.000 0.000 1.487 333ARG HB2 0.0327 0.000 0.000 1.487 334ARG CG 0.0390 0.000 0.000 1.908 335ARG HG1 0.0285 0.000 0.000 1.487 336ARG HG2 0.0285 0.000 0.000 1.487 337ARG CD 0.0486 0.000 0.000 1.908 338ARG HD1 0.0687 0.000 0.000 1.387 339ARG HD2 0.0687 0.000 0.000 1.387 340ARG NE -0.5295 0.000 0.000 1.824 341ARG HE 0.3456 0.000 0.000 1.00 342ARG CZ 0.8076 0.000 0.000 1.908 343ARG NH1 -0.8627 0.000 0.000 1.824 344ARG HH11 0.4478 0.000 0.000 1.00 345ARG HH12 0.4478 0.000 0.000 1.00 346ARG NH2 -0.8627 0.000 0.000 1.824 347ARG HH21 0.4478 0.000 0.000 1.00 348ARG HH22 0.4478 0.000 0.000 1.00 349ARG C 0.7341 0.000 0.000 1.908 350ARG O -0.5894 0.000 0.000 1.6612 351! 352ASN N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 353ASN HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 354ASN CA 0.0143 0.000 0.000 1.908 355ASN HA 0.1048 0.000 0.000 1.387 356ASN CB -0.2041 0.000 0.000 1.908 357ASN HB1 0.0797 0.000 0.000 1.487 358ASN HB2 0.0797 0.000 0.000 1.487 359ASN CG 0.7130 0.000 0.000 1.908 360ASN OD1 -0.5931 0.000 0.000 1.6612 361ASN ND2 -0.9191 0.000 0.000 1.824 362ASN HD21 0.4196 0.000 0.000 1.00 363ASN HD22 0.4196 0.000 0.000 1.00 364ASN C 0.5973 0.000 0.000 1.908 365ASN O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 366! 367ASP N -0.5163 0.000 0.000 1.8240 368ASP HN 0.2936 0.000 0.000 1.00 369ASP CA 0.0381 0.000 0.000 1.908 370ASP HA 0.0880 0.000 0.000 1.387 371ASP CB -0.0303 0.000 0.000 1.908 372ASP HB1 -0.0122 0.000 0.000 1.487 373ASP HB2 -0.0122 0.000 0.000 1.487 374ASP CG 0.7994 0.000 0.000 1.908 375ASP OD1 -0.8014 0.000 0.000 1.6612 376ASP OD2 -0.8014 0.000 0.000 1.6612 377ASP C 0.5366 0.000 0.000 1.908 378ASP O -0.5819 0.000 0.000 1.6612 379! 380CYS N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 381CYS HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 382CYS CA 0.0213 0.000 0.000 1.908 383CYS HA 0.1124 0.000 0.000 1.387 384CYS CB -0.1231 0.000 0.000 1.908 385CYS HB1 0.1112 0.000 0.000 1.387 386CYS HB2 0.1112 0.000 0.000 1.387 387CYS SG -0.3119 0.000 0.000 2.0000 388CYS HG1 0.1933 0.000 0.000 1.00 389CYS C 0.5973 0.000 0.000 1.908 390CYS O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 391! 392CYX N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 393CYX HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 394CYX CA 0.0213 0.000 0.000 1.908 395CYX HA 0.1124 0.000 0.000 1.387 396CYX CB -0.1231 0.000 0.000 1.908 397CYX HB1 0.1112 0.000 0.000 1.387 398CYX HB2 0.1112 0.000 0.000 1.387 399CYX SG -0.1186 0.000 0.000 2.0000 400CYX C 0.5973 0.000 0.000 1.908 401CYX O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 402! 403GLN N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 404GLN HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 405GLN CA -0.0031 0.000 0.000 1.908 406GLN HA 0.0850 0.000 0.000 1.387 407GLN CB -0.0036 0.000 0.000 1.908 408GLN HB1 0.0171 0.000 0.000 1.487 409GLN HB2 0.0171 0.000 0.000 1.487 410GLN CG -0.0645 0.000 0.000 1.908 411GLN HG1 0.0352 0.000 0.000 1.487 412GLN HG2 0.0352 0.000 0.000 1.487 413GLN CD 0.6951 0.000 0.000 1.908 414GLN OE1 -0.6086 0.000 0.000 1.6612 415GLN NE2 -0.9407 0.000 0.000 1.824 416GLN HE21 0.4251 0.000 0.000 1.00 417GLN HE22 0.4251 0.000 0.000 1.00 418GLN C 0.5973 0.000 0.000 1.908 419GLN O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 420! 421GLU N -0.5163 0.000 0.000 1.8240 422GLU HN 0.2936 0.000 0.000 1.00 423GLU CA 0.0397 0.000 0.000 1.908 424GLU HA 0.1105 0.000 0.000 1.387 425GLU CB 0.0560 0.000 0.000 1.908 426GLU HB1 -0.0173 0.000 0.000 1.487 427GLU HB2 -0.0173 0.000 0.000 1.487 428GLU CG 0.0136 0.000 0.000 1.908 429GLU HG1 -0.0425 0.000 0.000 1.487 430GLU HG2 -0.0425 0.000 0.000 1.487 431GLU CD 0.8054 0.000 0.000 1.908 432GLU OE1 -0.8188 0.000 0.000 1.6612 433GLU OE2 -0.8188 0.000 0.000 1.6612 434GLU C 0.5366 0.000 0.000 1.908 435GLU O -0.5819 0.000 0.000 1.6612 436! 437GLY N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 438GLY HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 439GLY CA -0.0252 0.000 0.000 1.908 440GLY HA1 0.0698 0.000 0.000 1.387 441GLY HA2 0.0698 0.000 0.000 1.387 442GLY C 0.5973 0.000 0.000 1.908 443GLY O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 444! 445HSD N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 446HSD HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 447HSD CA 0.0188 0.000 0.000 1.908 448HSD HA 0.0881 0.000 0.000 1.387 449HSD ND1 -0.3811 0.000 0.000 1.824 450HSD HD1 0.3649 0.000 0.000 1.00 451HSD CG -0.0266 0.000 0.000 1.908 452HSD CB -0.0462 0.000 0.000 1.908 453HSD HB1 0.0402 0.000 0.000 1.487 454HSD HB2 0.0402 0.000 0.000 1.487 455HSD NE2 -0.5727 0.000 0.000 1.824 456HSD CD2 0.1292 0.000 0.000 1.908 457HSD HD2 0.1147 0.000 0.000 1.409 458HSD CE1 0.2057 0.000 0.000 1.908 459HSD HE1 0.1392 0.000 0.000 1.359 460HSD C 0.5973 0.000 0.000 1.908 461HSD O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 462! 463HSE N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 464HSE HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 465HSE CA -0.0581 0.000 0.000 1.908 466HSE HA 0.1360 0.000 0.000 1.387 467HSE NE2 -0.2795 0.000 0.000 1.824 468HSE HE2 0.3339 0.000 0.000 1.00 469HSE CD2 -0.2207 0.000 0.000 1.908 470HSE HD2 0.1862 0.000 0.000 1.409 471HSE ND1 -0.5432 0.000 0.000 1.824 472HSE CG 0.1868 0.000 0.000 1.908 473HSE CE1 0.1635 0.000 0.000 1.908 474HSE HE1 0.1435 0.000 0.000 1.359 475HSE CB -0.0074 0.000 0.000 1.908 476HSE HB1 0.0367 0.000 0.000 1.487 477HSE HB2 0.0367 0.000 0.000 1.487 478HSE C 0.5973 0.000 0.000 1.908 479HSE O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 480! 481HSP N -0.3479 0.000 0.000 1.8240 482HSP HN 0.2747 0.000 0.000 1.00 483HSP CA -0.1354 0.000 0.000 1.908 484HSP HA 0.1212 0.000 0.000 1.387 485HSP ND1 -0.1513 0.000 0.000 1.824 486HSP HD1 0.3866 0.000 0.000 1.00 487HSP NE2 -0.1718 0.000 0.000 1.824 488HSP HE2 0.3911 0.000 0.000 1.00 489HSP CE1 -0.0170 0.000 0.000 1.908 490HSP HE1 0.2681 0.000 0.000 1.359 491HSP CD2 -0.1141 0.000 0.000 1.908 492HSP HD2 0.2317 0.000 0.000 1.409 493HSP CG -0.0012 0.000 0.000 1.908 494HSP CB -0.0414 0.000 0.000 1.908 495HSP HB1 0.0810 0.000 0.000 1.487 496HSP HB2 0.0810 0.000 0.000 1.487 497HSP C 0.7341 0.000 0.000 1.908 498HSP O -0.5894 0.000 0.000 1.6612 499! 500ILE N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 501ILE HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 502ILE CA -0.0597 0.000 0.000 1.908 503ILE HA 0.0869 0.000 0.000 1.387 504ILE CB 0.1303 0.000 0.000 1.908 505ILE HB 0.0187 0.000 0.000 1.487 506ILE CG2 -0.3204 0.000 0.000 1.908 507ILE HG21 0.0882 0.000 0.000 1.487 508ILE HG22 0.0882 0.000 0.000 1.487 509ILE HG23 0.0882 0.000 0.000 1.487 510ILE CG1 -0.0430 0.000 0.000 1.908 511ILE HG11 0.0236 0.000 0.000 1.487 512ILE HG12 0.0236 0.000 0.000 1.487 513ILE CD -0.0660 0.000 0.000 1.908 514ILE HD1 0.0186 0.000 0.000 1.487 515ILE HD2 0.0186 0.000 0.000 1.487 516ILE HD3 0.0186 0.000 0.000 1.487 517ILE C 0.5973 0.000 0.000 1.908 518ILE O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 519! 520LEU N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 521LEU HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 522LEU CA -0.0518 0.000 0.000 1.908 523LEU HA 0.0922 0.000 0.000 1.387 524LEU CB -0.1102 0.000 0.000 1.908 525LEU HB1 0.0457 0.000 0.000 1.487 526LEU HB2 0.0457 0.000 0.000 1.487 527LEU CG 0.3531 0.000 0.000 1.908 528LEU HG -0.0361 0.000 0.000 1.487 529LEU CD1 -0.4121 0.000 0.000 1.908 530LEU HD11 0.1000 0.000 0.000 1.487 531LEU HD12 0.1000 0.000 0.000 1.487 532LEU HD13 0.1000 0.000 0.000 1.487 533LEU CD2 -0.4121 0.000 0.000 1.908 534LEU HD21 0.1000 0.000 0.000 1.487 535LEU HD22 0.1000 0.000 0.000 1.487 536LEU HD23 0.1000 0.000 0.000 1.487 537LEU C 0.5973 0.000 0.000 1.908 538LEU O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 539! 540LYS N -0.3479 0.000 0.000 1.8240 541LYS HN 0.2747 0.000 0.000 1.00 542LYS CA -0.2400 0.000 0.000 1.908 543LYS HA 0.1426 0.000 0.000 1.387 544LYS CB -0.0094 0.000 0.000 1.908 545LYS HB1 0.0362 0.000 0.000 1.487 546LYS HB2 0.0362 0.000 0.000 1.487 547LYS CG 0.0187 0.000 0.000 1.908 548LYS HG1 0.0103 0.000 0.000 1.487 549LYS HG2 0.0103 0.000 0.000 1.487 550LYS CD -0.0479 0.000 0.000 1.908 551LYS HD1 0.0621 0.000 0.000 1.487 552LYS HD2 0.0621 0.000 0.000 1.487 553LYS CE -0.0143 0.000 0.000 1.908 554LYS HE1 0.1135 0.000 0.000 1.100 555LYS HE2 0.1135 0.000 0.000 1.100 556LYS NZ -0.3854 0.000 0.000 1.824 557LYS HZ1 0.3400 0.000 0.000 1.00 558LYS HZ2 0.3400 0.000 0.000 1.00 559LYS HZ3 0.3400 0.000 0.000 1.00 560LYS C 0.7341 0.000 0.000 1.908 561LYS O -0.5894 0.000 0.000 1.6612 562! 563MET N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 564MET HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 565MET CA -0.0237 0.000 0.000 1.908 566MET HA 0.0880 0.000 0.000 1.387 567MET CB 0.0342 0.000 0.000 1.908 568MET HB1 0.0241 0.000 0.000 1.487 569MET HB2 0.0241 0.000 0.000 1.487 570MET CG 0.0018 0.000 0.000 1.908 571MET HG1 0.0440 0.000 0.000 1.387 572MET HG2 0.0440 0.000 0.000 1.387 573MET SD -0.2737 0.000 0.000 2.000 574MET CE -0.0536 0.000 0.000 1.908 575MET HE1 0.0684 0.000 0.000 1.387 576MET HE2 0.0684 0.000 0.000 1.387 577MET HE3 0.0684 0.000 0.000 1.387 578MET C 0.5973 0.000 0.000 1.908 579MET O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 580! 581METC N -0.3821 0.000 0.000 1.8240 582METC HN 0.2681 0.000 0.000 1.00 583METC CA -0.2597 0.000 0.000 1.908 584METC HA 0.1277 0.000 0.000 1.387 585METC CB -0.0236 0.000 0.000 1.908 586METC HB1 0.0480 0.000 0.000 1.487 587METC HB2 0.0480 0.000 0.000 1.487 588METC CG 0.0492 0.000 0.000 1.908 589METC HG1 0.0317 0.000 0.000 1.387 590METC HG2 0.0317 0.000 0.000 1.387 591METC SD -0.2692 0.000 0.000 2.000 592METC CE -0.0376 0.000 0.000 1.908 593METC HE1 0.0625 0.000 0.000 1.387 594METC HE2 0.0625 0.000 0.000 1.387 595METC HE3 0.0625 0.000 0.000 1.387 596METC C 0.8013 0.000 0.000 1.908 597METC OT1 -0.8105 0.000 0.000 1.6612 598METC OT2 -0.8105 0.000 0.000 1.6612 599! 600PHE N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 601PHE HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 602PHE CA -0.0024 0.000 0.000 1.908 603PHE HA 0.0978 0.000 0.000 1.387 604PHE CB -0.0343 0.000 0.000 1.908 605PHE HB1 0.0295 0.000 0.000 1.487 606PHE HB2 0.0295 0.000 0.000 1.487 607PHE CG 0.0118 0.000 0.000 1.908 608PHE CD1 -0.1256 0.000 0.000 1.908 609PHE HD1 0.1330 0.000 0.000 1.459 610PHE CD2 -0.1256 0.000 0.000 1.908 611PHE HD2 0.1330 0.000 0.000 1.459 612PHE CE1 -0.1704 0.000 0.000 1.908 613PHE HE1 0.1430 0.000 0.000 1.459 614PHE CE2 -0.1704 0.000 0.000 1.908 615PHE HE2 0.1430 0.000 0.000 1.459 616PHE CZ -0.1072 0.000 0.000 1.908 617PHE HZ 0.1297 0.000 0.000 1.459 618PHE C 0.5973 0.000 0.000 1.908 619PHE O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 620! 621PRO N -0.2548 0.000 0.000 1.824 622PRO CA -0.0266 0.000 0.000 1.908 623PRO HA 0.0641 0.000 0.000 1.387 624PRO CD 0.0192 0.000 0.000 1.908 625PRO HD1 0.0391 0.000 0.000 1.387 626PRO HD2 0.0391 0.000 0.000 1.387 627PRO CB -0.0070 0.000 0.000 1.908 628PRO HB1 0.0253 0.000 0.000 1.487 629PRO HB2 0.0253 0.000 0.000 1.487 630PRO CG 0.0189 0.000 0.000 1.908 631PRO HG1 0.0213 0.000 0.000 1.487 632PRO HG2 0.0213 0.000 0.000 1.487 633PRO C 0.5896 0.000 0.000 1.908 634PRO O -0.5748 0.000 0.000 1.6612 635! 636PRON N -0.2020 0.000 0.000 1.824 637PRON HN1 0.3120 0.000 0.000 1.00 638PRON HN2 0.3120 0.000 0.000 1.00 639PRON CA 0.1000 0.000 0.000 1.908 640PRON HA 0.1000 0.000 0.000 1.387 641PRON CD -0.0120 0.000 0.000 1.908 642PRON HD1 0.1000 0.000 0.000 1.387 643PRON HD2 0.1000 0.000 0.000 1.387 644PRON CB -0.1150 0.000 0.000 1.908 645PRON HB1 0.1000 0.000 0.000 1.487 646PRON HB2 0.1000 0.000 0.000 1.487 647PRON CG -0.1210 0.000 0.000 1.908 648PRON HG1 0.1000 0.000 0.000 1.487 649PRON HG2 0.1000 0.000 0.000 1.487 650PRON C 0.5260 0.000 0.000 1.908 651PRON O -0.5000 0.000 0.000 1.6612 652! 653SER N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 654SER HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 655SER CA -0.0249 0.000 0.000 1.908 656SER HA 0.0843 0.000 0.000 1.387 657SER CB 0.2117 0.000 0.000 1.908 658SER HB1 0.0352 0.000 0.000 1.387 659SER HB2 0.0352 0.000 0.000 1.387 660SER OG -0.6546 0.000 0.000 1.721 661SER HG1 0.4275 0.000 0.000 1.00 662SER C 0.5973 0.000 0.000 1.908 663SER O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 664! 665SERN N 0.1849 0.000 0.000 1.824 666SERN HT1 0.1898 0.000 0.000 1.00 667SERN HT2 0.1898 0.000 0.000 1.00 668SERN HT3 0.1898 0.000 0.000 1.00 669SERN CA 0.0567 0.000 0.000 1.908 670SERN HA 0.0782 0.000 0.000 1.387 671SERN CB 0.2596 0.000 0.000 1.908 672SERN HB1 0.0273 0.000 0.000 1.387 673SERN HB2 0.0273 0.000 0.000 1.387 674SERN OG -0.6714 0.000 0.000 1.721 675SERN HG1 0.4239 0.000 0.000 1.00 676SERN C 0.6163 0.000 0.000 1.908 677SERN O -0.5722 0.000 0.000 1.6612 678! 679THR N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 680THR HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 681THR CA -0.0389 0.000 0.000 1.908 682THR HA 0.1007 0.000 0.000 1.387 683THR CB 0.3654 0.000 0.000 1.908 684THR HB 0.0043 0.000 0.000 1.387 685THR OG1 -0.6761 0.000 0.000 1.721 686THR HG1 0.4102 0.000 0.000 1.00 687THR CG2 -0.2438 0.000 0.000 1.908 688THR HG21 0.0642 0.000 0.000 1.487 689THR HG22 0.0642 0.000 0.000 1.487 690THR HG23 0.0642 0.000 0.000 1.487 691THR C 0.5973 0.000 0.000 1.908 692THR O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 693! 694TRP N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 695TRP HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 696TRP CA -0.0275 0.000 0.000 1.908 697TRP HA 0.1123 0.000 0.000 1.387 698TRP CB -0.0050 0.000 0.000 1.908 699TRP HB1 0.0339 0.000 0.000 1.487 700TRP HB2 0.0339 0.000 0.000 1.487 701TRP CG -0.1415 0.000 0.000 1.9080 702TRP CD2 0.1243 0.000 0.000 1.9080 703TRP CD1 -0.1638 0.000 0.000 1.9080 704TRP HD1 0.2062 0.000 0.000 1.409 705TRP NE1 -0.3418 0.000 0.000 1.824 706TRP HE1 0.3412 0.000 0.000 1.00 707TRP CE2 0.1380 0.000 0.000 1.9080 708TRP CE3 -0.2387 0.000 0.000 1.9080 709TRP HE3 0.1700 0.000 0.000 1.459 710TRP CZ2 -0.2601 0.000 0.000 1.9080 711TRP HZ2 0.1572 0.000 0.000 1.459 712TRP CZ3 -0.1972 0.000 0.000 1.9080 713TRP HZ3 0.1447 0.000 0.000 1.459 714TRP CH2 -0.1134 0.000 0.000 1.9080 715TRP HH2 0.1417 0.000 0.000 1.459 716TRP C 0.5973 0.000 0.000 1.908 717TRP O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 718! 719TYR N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 720TYR HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 721TYR CA -0.0014 0.000 0.000 1.908 722TYR HA 0.0876 0.000 0.000 1.387 723TYR CB -0.0152 0.000 0.000 1.908 724TYR HB1 0.0295 0.000 0.000 1.487 725TYR HB2 0.0295 0.000 0.000 1.487 726TYR CG -0.0011 0.000 0.000 1.9080 727TYR CD1 -0.1906 0.000 0.000 1.9080 728TYR HD1 0.1699 0.000 0.000 1.459 729TYR CD2 -0.1906 0.000 0.000 1.9080 730TYR HD2 0.1699 0.000 0.000 1.459 731TYR CE1 -0.2341 0.000 0.000 1.9080 732TYR HE1 0.1656 0.000 0.000 1.459 733TYR CE2 -0.2341 0.000 0.000 1.9080 734TYR HE2 0.1656 0.000 0.000 1.459 735TYR CZ 0.3226 0.000 0.000 1.9080 736TYR OH -0.5579 0.000 0.000 1.721 737TYR HH 0.3992 0.000 0.000 1.00 738TYR C 0.5973 0.000 0.000 1.908 739TYR O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 740! 741VAL N -0.4157 0.000 0.000 1.8240 742VAL HN 0.2719 0.000 0.000 1.00 743VAL CA -0.0875 0.000 0.000 1.908 744VAL HA 0.0969 0.000 0.000 1.387 745VAL CB 0.2985 0.000 0.000 1.908 746VAL HB -0.0297 0.000 0.000 1.487 747VAL CG1 -0.3192 0.000 0.000 1.908 748VAL HG11 0.0791 0.000 0.000 1.487 749VAL HG12 0.0791 0.000 0.000 1.487 750VAL HG13 0.0791 0.000 0.000 1.487 751VAL CG2 -0.3192 0.000 0.000 1.908 752VAL HG21 0.0791 0.000 0.000 1.487 753VAL HG22 0.0791 0.000 0.000 1.487 754VAL HG23 0.0791 0.000 0.000 1.487 755VAL C 0.5973 0.000 0.000 1.908 756VAL O -0.5679 0.000 0.000 1.6612 757! 758VALC N -0.3821 0.000 0.000 1.8240 759VALC HN 0.2681 0.000 0.000 1.00 760VALC CA -0.3438 0.000 0.000 1.908 761VALC HA 0.1438 0.000 0.000 1.387 762VALC CB 0.1940 0.000 0.000 1.908 763VALC HB 0.0308 0.000 0.000 1.487 764VALC CG1 -0.3064 0.000 0.000 1.908 765VALC HG11 0.0836 0.000 0.000 1.487 766VALC HG12 0.0836 0.000 0.000 1.487 767VALC HG13 0.0836 0.000 0.000 1.487 768VALC CG2 -0.3064 0.000 0.000 1.908 769VALC HG21 0.0836 0.000 0.000 1.487 770VALC HG22 0.0836 0.000 0.000 1.487 771VALC HG23 0.0836 0.000 0.000 1.487 772VALC C 0.8350 0.000 0.000 1.908 773VALC OT1 -0.8173 0.000 0.000 1.6612 774VALC OT2 -0.8173 0.000 0.000 1.6612 775! 776CTE C 0.8350 0.000 0.000 1.908 777CTE OT1 -0.8173 0.000 0.000 1.6612 778CTE OT2 -0.8173 0.000 0.000 1.6612 779! 780NTE N 0.1849 0.000 0.000 1.824 781NTE HT1 0.1898 0.000 0.000 1.00 782NTE HT2 0.1898 0.000 0.000 1.00 783NTE HT3 0.1898 0.000 0.000 1.00 784! Potassium (AMBER) 785K K 1.0000 0.000 0.000 2.6580 786! Cadmium (Pauling radius) 787CD CD 2.0000 0.000 0.000 2.9700 788! Magnesium (MSI AMBER parameters) 789MG MG 2.0000 0.0000 0.0000 2.3400 790! Magnesium with 3 waters (a guess, fully hydrated ionic radius ~8.00) 791MG M03 2.0000 0.0000 0.0000 6.5000 792 793