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369 …uncorr_exp_value[2][3][3][frame] = (obs_value[1][3][0][frame]+obs_value[1][3][1][frame]+obs_value[… in getValues()
370 +obs_value[1][3][3][frame]+obs_value[2][3][2][frame]+obs_value[2][3][3][frame])/6; in getValues()
373 …exp_value[3][3][0][frame] = (obs_value[3][3][0][frame]+obs_value[3][3][1][frame]+obs_value[3][3][2… in getValues()
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375 …exp_value[3][3][2][frame] = (obs_value[3][3][0][frame]+obs_value[3][3][1][frame]+obs_value[3][3][2… in getValues()
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403 final float obs = obs_value[first_base][second_base][third_base][frame]; in getValues()
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405 final float uncorr_exp = uncorr_exp_value[first_base][second_base][third_base][frame]; in getValues()
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423 … uncorr_chi_square[frame] += (Math.pow((Math.abs(uncorr_exp-obs)-0.5),2))/uncorr_exp; in getValues()
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428 uncorr_chi_square[frame] += (Math.pow((uncorr_exp-obs),2))/exp; in getValues()
433 values[frame] = uncorr_chi_square[frame]-chi_square[frame]; in getValues()