1 #ifndef _FILE_NAME_UTILS_HH_
2 #define _FILE_NAME_UTILS_HH_
3 #include <string>
4 
5 class FileNameUtils {
6 public:
getSeqFileName(const string & prefix)7   static string getSeqFileName( const string& prefix )                { return prefix + "/Sequences"; }
getRoadmapFileName(const string & prefix)8   static string getRoadmapFileName( const string& prefix )            { return prefix + "/Roadmaps"; }
getPregraphFileName(const string & prefix)9   static string getPregraphFileName( const string& prefix )           { return prefix + "/PreGraph"; }
getInitialGraphFileName(const string & prefix)10   static string getInitialGraphFileName( const string& prefix )       { return prefix + "/Graph2"; }
getVelvetLastGraphFileName(const string & prefix)11   static string getVelvetLastGraphFileName( const string& prefix )    { return prefix + "/LastGraph"; }
getLastGraphFileName(const string & prefix)12   static string getLastGraphFileName( const string& prefix )          { return prefix + "/meta-velvetg.LastGraph"; }
getScaffoldFileName(const string & prefix)13   static string getScaffoldFileName( const string& prefix )           { return prefix + "/meta-velvetg.contigs.fa"; }
getHistoStatsFileName(const string & prefix)14   static string getHistoStatsFileName( const string& prefix )         { return prefix + "/meta-velvetg.Graph2-stats.txt"; }
getStatsFileName(const string & prefix)15   static string getStatsFileName( const string& prefix )              { return prefix + "/meta-velvetg.LastGraph-stats.txt"; }
getSplitStatsFileName(const string & prefix)16   static string getSplitStatsFileName( const string& prefix )         { return prefix + "/meta-velvetg.split-stats.txt"; }
getSplitDetailFileName(const string & prefix)17   static string getSplitDetailFileName( const string& prefix )        { return prefix + "/meta-velvetg.split-detail.fa"; }
getSubgraphPrefix(const string & prefix)18   static string getSubgraphPrefix( const string& prefix )             { return prefix + "/meta-velvetg.subgraph"; }
getAmosFileName(const string & prefix)19   static string getAmosFileName( const string& prefix )               { return prefix + "/meta-velvetg.asm.afg"; }
getAlignmentFileName(const string & prefix)20   static string getAlignmentFileName( const string& prefix )          { return prefix + "/meta-velvetg.contig-alignments.psa"; }
getLowCoverageContigsFileName(const string & prefix)21   static string getLowCoverageContigsFileName( const string& prefix ) { return prefix + "/meta-velvetg.lowCoverageContigs.fa"; }
getHighCoverageContigsFileName(const string & prefix)22   static string getHighCoverageContigsFileName( const string& prefix ){ return prefix + "/meta-velvetg.highCoverageContigs.fa"; }
23 };
24 
25 #endif // _FILE_NAME_UTILS_HH_
26