/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/ |
H A D | topology_constraint_util.F | 258 molecule_list=molecule_list) 261 molecule => molecule_set(molecule_list(1)) 315 molecule_list=molecule_list) 316 molecule => molecule_set(molecule_list(1)) 404 nmolecule=nmolecule, molecule_list=molecule_list) 411 molecule => molecule_set(molecule_list(1)) 419 molecule => molecule_set(molecule_list(j)) 472 molecule_list=molecule_list) 525 nmolecule=nmolecule, molecule_list=molecule_list) 578 nmolecule=nmolecule, molecule_list=molecule_list) [all …]
|
H A D | distribution_methods.F | 129 INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: molecule_list local 186 NULLIFY (molecule_list) 192 molecule_list=molecule_list, & 200 nmolecule = SIZE(molecule_list) 265 molecule_a = molecule_list(imolecule) 598 … CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, molecule_list=molecule_list, natom=natom_mol) 599 DO imolecule = 1, SIZE(molecule_list) 652 … CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, molecule_list=molecule_list, natom=natom_mol) 653 DO imolecule = 1, SIZE(molecule_list) 683 … CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, molecule_list=molecule_list, natom=natom_mol) [all …]
|
H A D | force_fields_all.F | 152 molecule_list=molecule_list, & 249 molecule_list=molecule_list, & 354 molecule_list=molecule_list, & 455 molecule_list=molecule_list, & 574 molecule_list=molecule_list, & 695 molecule_list=molecule_list, & 821 molecule_list=molecule_list, & 971 molecule_list=molecule_list, & 1145 molecule_list=molecule_list, & 1288 molecule_list=molecule_list, & [all …]
|
H A D | topology_connectivity_util.F | 79 map_vars, molecule_list local 237 ALLOCATE (molecule_list(imol - counter)) 238 DO j = 1, SIZE(molecule_list) 239 molecule_list(j) = j + counter 243 molecule_list=molecule_list) 254 ALLOCATE (molecule_list(imol - counter)) 255 DO j = 1, SIZE(molecule_list) 256 molecule_list(j) = j + counter 260 molecule_list=molecule_list) 272 molecule_list=molecule_list) [all …]
|
H A D | topology_coordinate_util.F | 106 list, list2, molecule_list, & local 153 j = molecule_kind_set(i)%molecule_list(1) 711 natom=natom, molecule_list=molecule_list, & 713 molecule => molecule_set(molecule_list(1))
|
H A D | negf_control_types.F | 532 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, nmolecule=nmols, molecule_list=iptr) 577 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, nmolecule=nmols, molecule_list=iptr)
|
H A D | constraint.F | 660 i = molecule_kind%molecule_list(imol)
|
H A D | force_fields_util.F | 444 j = molecule_kind_set(imol)%molecule_list(1)
|
/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/ |
H A D | topology_constraint_util.F | 258 molecule_list=molecule_list) 261 molecule => molecule_set(molecule_list(1)) 315 molecule_list=molecule_list) 316 molecule => molecule_set(molecule_list(1)) 404 nmolecule=nmolecule, molecule_list=molecule_list) 411 molecule => molecule_set(molecule_list(1)) 419 molecule => molecule_set(molecule_list(j)) 472 molecule_list=molecule_list) 525 nmolecule=nmolecule, molecule_list=molecule_list) 578 nmolecule=nmolecule, molecule_list=molecule_list) [all …]
|
H A D | distribution_methods.F | 132 INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: molecule_list local 189 NULLIFY (molecule_list) 195 molecule_list=molecule_list, & 203 nmolecule = SIZE(molecule_list) 268 molecule_a = molecule_list(imolecule) 601 … CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, molecule_list=molecule_list, natom=natom_mol) 602 DO imolecule = 1, SIZE(molecule_list) 655 … CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, molecule_list=molecule_list, natom=natom_mol) 656 DO imolecule = 1, SIZE(molecule_list) 686 … CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, molecule_list=molecule_list, natom=natom_mol) [all …]
|
H A D | force_fields_all.F | 152 molecule_list=molecule_list, & 249 molecule_list=molecule_list, & 354 molecule_list=molecule_list, & 455 molecule_list=molecule_list, & 574 molecule_list=molecule_list, & 695 molecule_list=molecule_list, & 821 molecule_list=molecule_list, & 971 molecule_list=molecule_list, & 1145 molecule_list=molecule_list, & 1288 molecule_list=molecule_list, & [all …]
|
H A D | topology_connectivity_util.F | 79 map_vars, molecule_list local 237 ALLOCATE (molecule_list(imol - counter)) 238 DO j = 1, SIZE(molecule_list) 239 molecule_list(j) = j + counter 243 molecule_list=molecule_list) 254 ALLOCATE (molecule_list(imol - counter)) 255 DO j = 1, SIZE(molecule_list) 256 molecule_list(j) = j + counter 260 molecule_list=molecule_list) 272 molecule_list=molecule_list) [all …]
|
H A D | topology_coordinate_util.F | 106 list, list2, molecule_list, & local 153 j = molecule_kind_set(i)%molecule_list(1) 711 natom=natom, molecule_list=molecule_list, & 713 molecule => molecule_set(molecule_list(1))
|
H A D | negf_control_types.F | 532 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, nmolecule=nmols, molecule_list=iptr) 577 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, nmolecule=nmols, molecule_list=iptr)
|
H A D | constraint.F | 660 i = molecule_kind%molecule_list(imol)
|
H A D | force_fields_util.F | 444 j = molecule_kind_set(imol)%molecule_list(1)
|
/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/subsys/ |
H A D | molecule_kind_types.F | 198 INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: molecule_list component 402 NULLIFY (molecule_kind_set(imolecule_kind)%molecule_list) 501 DEALLOCATE (molecule_kind_set(imolecule_kind)%molecule_list) 610 INTEGER, DIMENSION(:), OPTIONAL, POINTER :: molecule_list local 706 IF (PRESENT(molecule_list)) molecule_list => molecule_kind%molecule_list 861 molecule_list, atom_list, nbond, bond_list, & argument 877 INTEGER, DIMENSION(:), OPTIONAL, POINTER :: molecule_list local 978 IF (PRESENT(molecule_list)) THEN 979 n = SIZE(molecule_list) 981 molecule_kind%molecule_list => molecule_list [all …]
|
/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/subsys/ |
H A D | molecule_kind_types.F | 198 INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: molecule_list component 402 NULLIFY (molecule_kind_set(imolecule_kind)%molecule_list) 501 DEALLOCATE (molecule_kind_set(imolecule_kind)%molecule_list) 610 INTEGER, DIMENSION(:), OPTIONAL, POINTER :: molecule_list local 706 IF (PRESENT(molecule_list)) molecule_list => molecule_kind%molecule_list 861 molecule_list, atom_list, nbond, bond_list, & argument 877 INTEGER, DIMENSION(:), OPTIONAL, POINTER :: molecule_list local 978 IF (PRESENT(molecule_list)) THEN 979 n = SIZE(molecule_list) 981 molecule_kind%molecule_list => molecule_list [all …]
|
/dports/science/py-pymol/pymol-open-source-2.4.0/modules/pymol/ |
H A D | lazyio.py | 173 molecule_list = root.findall('./molecule') 175 if len(molecule_list) < 2: 180 for model_num, molecule_node in enumerate(molecule_list, 1):
|
/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/motion/ |
H A D | reftraj_util.F | 281 molecule => molecule_set(molecule_kind%molecule_list(imol)) 292 msd%ref0_com_molecule(1, molecule_kind%molecule_list(imol)) = com(1)/mass_mol 293 msd%ref0_com_molecule(2, molecule_kind%molecule_list(imol)) = com(2)/mass_mol 294 msd%ref0_com_molecule(3, molecule_kind%molecule_list(imol)) = com(3)/mass_mol
|
/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/motion/ |
H A D | reftraj_util.F | 281 molecule => molecule_set(molecule_kind%molecule_list(imol)) 292 msd%ref0_com_molecule(1, molecule_kind%molecule_list(imol)) = com(1)/mass_mol 293 msd%ref0_com_molecule(2, molecule_kind%molecule_list(imol)) = com(2)/mass_mol 294 msd%ref0_com_molecule(3, molecule_kind%molecule_list(imol)) = com(3)/mass_mol
|
/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/motion/thermostat/ |
H A D | thermostat_utils.F | 256 INTEGER, POINTER :: molecule_list(:), thermolist(:) local 296 molecule_list=molecule_list) 298 DO imol_global = 1, SIZE(molecule_list) 299 molecule => molecule_set(molecule_list(imol_global)) 485 DO imol = 1, SIZE(molecule_kind%molecule_list) 486 molecule => molecule_set(molecule_kind%molecule_list(imol)) 763 DO imol = 1, SIZE(molecule_kind%molecule_list) 764 molecule => molecule_set(molecule_kind%molecule_list(imol))
|
/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/motion/thermostat/ |
H A D | thermostat_utils.F | 256 INTEGER, POINTER :: molecule_list(:), thermolist(:) local 296 molecule_list=molecule_list) 298 DO imol_global = 1, SIZE(molecule_list) 299 molecule => molecule_set(molecule_list(imol_global)) 485 DO imol = 1, SIZE(molecule_kind%molecule_list) 486 molecule => molecule_set(molecule_kind%molecule_list(imol)) 763 DO imol = 1, SIZE(molecule_kind%molecule_list) 764 molecule => molecule_set(molecule_kind%molecule_list(imol))
|
/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/motion/mc/ |
H A D | mc_types.F | 1807 INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: molecule_list local 1980 name=name, molecule_list=molecule_list) 1988 DO imol = 1, SIZE(molecule_list(:)) 1989 mc_molecule_info%mol_type(first_mol + molecule_list(imol) - 1) = this_molecule
|
/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/motion/mc/ |
H A D | mc_types.F | 1807 INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: molecule_list local 1980 name=name, molecule_list=molecule_list) 1988 DO imol = 1, SIZE(molecule_list(:)) 1989 mc_molecule_info%mol_type(first_mol + molecule_list(imol) - 1) = this_molecule
|