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/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/
H A Dtopology_constraint_util.F258 molecule_list=molecule_list)
261 molecule => molecule_set(molecule_list(1))
315 molecule_list=molecule_list)
316 molecule => molecule_set(molecule_list(1))
404 nmolecule=nmolecule, molecule_list=molecule_list)
411 molecule => molecule_set(molecule_list(1))
419 molecule => molecule_set(molecule_list(j))
472 molecule_list=molecule_list)
525 nmolecule=nmolecule, molecule_list=molecule_list)
578 nmolecule=nmolecule, molecule_list=molecule_list)
[all …]
H A Ddistribution_methods.F129 INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: molecule_list local
186 NULLIFY (molecule_list)
192 molecule_list=molecule_list, &
200 nmolecule = SIZE(molecule_list)
265 molecule_a = molecule_list(imolecule)
598 … CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, molecule_list=molecule_list, natom=natom_mol)
599 DO imolecule = 1, SIZE(molecule_list)
652 … CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, molecule_list=molecule_list, natom=natom_mol)
653 DO imolecule = 1, SIZE(molecule_list)
683 … CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, molecule_list=molecule_list, natom=natom_mol)
[all …]
H A Dforce_fields_all.F152 molecule_list=molecule_list, &
249 molecule_list=molecule_list, &
354 molecule_list=molecule_list, &
455 molecule_list=molecule_list, &
574 molecule_list=molecule_list, &
695 molecule_list=molecule_list, &
821 molecule_list=molecule_list, &
971 molecule_list=molecule_list, &
1145 molecule_list=molecule_list, &
1288 molecule_list=molecule_list, &
[all …]
H A Dtopology_connectivity_util.F79 map_vars, molecule_list local
237 ALLOCATE (molecule_list(imol - counter))
238 DO j = 1, SIZE(molecule_list)
239 molecule_list(j) = j + counter
243 molecule_list=molecule_list)
254 ALLOCATE (molecule_list(imol - counter))
255 DO j = 1, SIZE(molecule_list)
256 molecule_list(j) = j + counter
260 molecule_list=molecule_list)
272 molecule_list=molecule_list)
[all …]
H A Dtopology_coordinate_util.F106 list, list2, molecule_list, & local
153 j = molecule_kind_set(i)%molecule_list(1)
711 natom=natom, molecule_list=molecule_list, &
713 molecule => molecule_set(molecule_list(1))
H A Dnegf_control_types.F532 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, nmolecule=nmols, molecule_list=iptr)
577 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, nmolecule=nmols, molecule_list=iptr)
H A Dconstraint.F660 i = molecule_kind%molecule_list(imol)
H A Dforce_fields_util.F444 j = molecule_kind_set(imol)%molecule_list(1)
/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/
H A Dtopology_constraint_util.F258 molecule_list=molecule_list)
261 molecule => molecule_set(molecule_list(1))
315 molecule_list=molecule_list)
316 molecule => molecule_set(molecule_list(1))
404 nmolecule=nmolecule, molecule_list=molecule_list)
411 molecule => molecule_set(molecule_list(1))
419 molecule => molecule_set(molecule_list(j))
472 molecule_list=molecule_list)
525 nmolecule=nmolecule, molecule_list=molecule_list)
578 nmolecule=nmolecule, molecule_list=molecule_list)
[all …]
H A Ddistribution_methods.F132 INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: molecule_list local
189 NULLIFY (molecule_list)
195 molecule_list=molecule_list, &
203 nmolecule = SIZE(molecule_list)
268 molecule_a = molecule_list(imolecule)
601 … CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, molecule_list=molecule_list, natom=natom_mol)
602 DO imolecule = 1, SIZE(molecule_list)
655 … CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, molecule_list=molecule_list, natom=natom_mol)
656 DO imolecule = 1, SIZE(molecule_list)
686 … CALL get_molecule_kind(molecule_kind=molecule_kind, molecule_list=molecule_list, natom=natom_mol)
[all …]
H A Dforce_fields_all.F152 molecule_list=molecule_list, &
249 molecule_list=molecule_list, &
354 molecule_list=molecule_list, &
455 molecule_list=molecule_list, &
574 molecule_list=molecule_list, &
695 molecule_list=molecule_list, &
821 molecule_list=molecule_list, &
971 molecule_list=molecule_list, &
1145 molecule_list=molecule_list, &
1288 molecule_list=molecule_list, &
[all …]
H A Dtopology_connectivity_util.F79 map_vars, molecule_list local
237 ALLOCATE (molecule_list(imol - counter))
238 DO j = 1, SIZE(molecule_list)
239 molecule_list(j) = j + counter
243 molecule_list=molecule_list)
254 ALLOCATE (molecule_list(imol - counter))
255 DO j = 1, SIZE(molecule_list)
256 molecule_list(j) = j + counter
260 molecule_list=molecule_list)
272 molecule_list=molecule_list)
[all …]
H A Dtopology_coordinate_util.F106 list, list2, molecule_list, & local
153 j = molecule_kind_set(i)%molecule_list(1)
711 natom=natom, molecule_list=molecule_list, &
713 molecule => molecule_set(molecule_list(1))
H A Dnegf_control_types.F532 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, nmolecule=nmols, molecule_list=iptr)
577 CALL get_molecule_kind(molecule_kind, nmolecule=nmols, molecule_list=iptr)
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/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/subsys/
H A Dmolecule_kind_types.F198 INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: molecule_list component
402 NULLIFY (molecule_kind_set(imolecule_kind)%molecule_list)
501 DEALLOCATE (molecule_kind_set(imolecule_kind)%molecule_list)
610 INTEGER, DIMENSION(:), OPTIONAL, POINTER :: molecule_list local
706 IF (PRESENT(molecule_list)) molecule_list => molecule_kind%molecule_list
861 molecule_list, atom_list, nbond, bond_list, & argument
877 INTEGER, DIMENSION(:), OPTIONAL, POINTER :: molecule_list local
978 IF (PRESENT(molecule_list)) THEN
979 n = SIZE(molecule_list)
981 molecule_kind%molecule_list => molecule_list
[all …]
/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/subsys/
H A Dmolecule_kind_types.F198 INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: molecule_list component
402 NULLIFY (molecule_kind_set(imolecule_kind)%molecule_list)
501 DEALLOCATE (molecule_kind_set(imolecule_kind)%molecule_list)
610 INTEGER, DIMENSION(:), OPTIONAL, POINTER :: molecule_list local
706 IF (PRESENT(molecule_list)) molecule_list => molecule_kind%molecule_list
861 molecule_list, atom_list, nbond, bond_list, & argument
877 INTEGER, DIMENSION(:), OPTIONAL, POINTER :: molecule_list local
978 IF (PRESENT(molecule_list)) THEN
979 n = SIZE(molecule_list)
981 molecule_kind%molecule_list => molecule_list
[all …]
/dports/science/py-pymol/pymol-open-source-2.4.0/modules/pymol/
H A Dlazyio.py173 molecule_list = root.findall('./molecule')
175 if len(molecule_list) < 2:
180 for model_num, molecule_node in enumerate(molecule_list, 1):
/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/motion/
H A Dreftraj_util.F281 molecule => molecule_set(molecule_kind%molecule_list(imol))
292 msd%ref0_com_molecule(1, molecule_kind%molecule_list(imol)) = com(1)/mass_mol
293 msd%ref0_com_molecule(2, molecule_kind%molecule_list(imol)) = com(2)/mass_mol
294 msd%ref0_com_molecule(3, molecule_kind%molecule_list(imol)) = com(3)/mass_mol
/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/motion/
H A Dreftraj_util.F281 molecule => molecule_set(molecule_kind%molecule_list(imol))
292 msd%ref0_com_molecule(1, molecule_kind%molecule_list(imol)) = com(1)/mass_mol
293 msd%ref0_com_molecule(2, molecule_kind%molecule_list(imol)) = com(2)/mass_mol
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/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/motion/thermostat/
H A Dthermostat_utils.F256 INTEGER, POINTER :: molecule_list(:), thermolist(:) local
296 molecule_list=molecule_list)
298 DO imol_global = 1, SIZE(molecule_list)
299 molecule => molecule_set(molecule_list(imol_global))
485 DO imol = 1, SIZE(molecule_kind%molecule_list)
486 molecule => molecule_set(molecule_kind%molecule_list(imol))
763 DO imol = 1, SIZE(molecule_kind%molecule_list)
764 molecule => molecule_set(molecule_kind%molecule_list(imol))
/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/motion/thermostat/
H A Dthermostat_utils.F256 INTEGER, POINTER :: molecule_list(:), thermolist(:) local
296 molecule_list=molecule_list)
298 DO imol_global = 1, SIZE(molecule_list)
299 molecule => molecule_set(molecule_list(imol_global))
485 DO imol = 1, SIZE(molecule_kind%molecule_list)
486 molecule => molecule_set(molecule_kind%molecule_list(imol))
763 DO imol = 1, SIZE(molecule_kind%molecule_list)
764 molecule => molecule_set(molecule_kind%molecule_list(imol))
/dports/science/cp2k/cp2k-2e995eec7fd208c8a72d9544807bd8b8ba8cd1cc/src/motion/mc/
H A Dmc_types.F1807 INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: molecule_list local
1980 name=name, molecule_list=molecule_list)
1988 DO imol = 1, SIZE(molecule_list(:))
1989 mc_molecule_info%mol_type(first_mol + molecule_list(imol) - 1) = this_molecule
/dports/science/cp2k-data/cp2k-7.1.0/src/motion/mc/
H A Dmc_types.F1807 INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: molecule_list local
1980 name=name, molecule_list=molecule_list)
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