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/dports/biology/gmap/gmap-2020-09-12/src/
H A Dstage3.h337 int *unknowns1, int *mismatches1, int *qopens1, int *qindels1, int *topens1, int *tindels1,
366 int *unknowns1, int *mismatches1, int *qopens1, int *qindels1, int *topens1, int *tindels1,
H A Dstage3.c888 int unknowns1, mismatches1, qopens1, qindels1, topens1, tindels1, in Stage3_chimeric_goodness() local
895 …Pair_fracidentity_bounded(&(*matches1),&unknowns1,&mismatches1,&qopens1,&qindels1,&topens1,&tindel… in Stage3_chimeric_goodness()
901 *matches1,mismatches1,qopens1,qindels1,topens1,tindels1,goodness1)); in Stage3_chimeric_goodness()
15826 int *unknowns1, int *mismatches1, int *qopens1, int *qindels1, int *topens1, int *tindels1, in Stage3_compute_ends() argument
16562 &(*qopens1),&(*qindels1),&(*topens1),&(*tindels1), in Stage3_compute_ends()
16681 &(*qopens1),&(*qindels1),&(*topens1),&(*tindels1), in Stage3_compute_ends()
16688 *npairs1,*matches1,*mismatches1,*qopens1,*qindels1,*topens1,*tindels1,*avg_splice_score_1)); in Stage3_compute_ends()
16712 int *unknowns1, int *mismatches1, int *qopens1, int *qindels1, int *topens1, int *tindels1, in Stage3_compute_one() argument
17356 &(*qopens1),&(*qindels1),&(*topens1),&(*tindels1), in Stage3_compute_one()
17475 &(*qopens1),&(*qindels1),&(*topens1),&(*tindels1), in Stage3_compute_one()
[all …]