1# Spemine molecule 2# Preleminar .smol file 3# Num.of atoms: 4# Number of atoms 5 44 6N1 -1.251 6.250 -5.211 14.0070 -0.3000 3.2963 0.8374 NH3 1 7H1A -0.941 7.025 -4.591 1.0080 0.3300 0.4000 0.1926 HC 2 8H1B -0.989 6.515 -6.181 1.0080 0.3300 0.4000 0.1926 HC 3 9H1C -2.289 6.188 -5.187 1.0080 0.3300 0.4000 0.1926 HC 4 10C2 -0.585 4.966 -4.895 12.0110 0.1300 3.8754 0.2302 CT2 5 11H2A -0.887 4.261 -5.699 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 6 12H2B 0.506 5.153 -4.988 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 7 13C3 -0.916 4.381 -3.521 12.0110 -0.1800 3.8754 0.2302 CT2 8 14H3A -2.011 4.201 -3.476 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 9 15H3B -0.651 5.127 -2.741 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 10 16C4 -0.196 3.071 -3.195 12.0110 0.1300 3.8754 0.2302 CT2 11 17H4A -0.400 2.329 -3.996 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 12 18H4B 0.898 3.262 -3.164 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 13 19N5 -0.637 2.483 -1.886 14.0070 -0.1000 3.2963 0.8374 NP 14 20H5A -0.505 3.157 -1.151 1.0080 0.2400 0.4000 0.1926 HC 15 21H5B -1.619 2.268 -1.928 1.0080 0.2400 0.4000 0.1926 HC 16 22C6 0.129 1.236 -1.549 12.0110 0.1300 3.8754 0.2302 CT2 17 23H6A 0.018 0.517 -2.389 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 18 24H6B 1.206 1.492 -1.451 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 19 25C7 -0.367 0.605 -0.247 12.0110 -0.1800 3.8754 0.2302 CT2 20 26H7A -0.276 1.353 0.569 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 21 27H7B -1.443 0.347 -0.356 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 22 28C8 0.378 -0.658 0.190 12.0110 -0.1800 3.8754 0.2302 CT2 23 29H8A 1.459 -0.411 0.266 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 24 30H8B 0.253 -1.420 -0.609 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 25 31C9 -0.090 -1.246 1.522 12.0110 0.1300 3.8754 0.2302 CT2 26 32H9A -1.179 -1.459 1.474 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 27 33H9B 0.084 -0.515 2.341 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 28 34N10 0.638 -2.516 1.857 14.0070 -0.1000 3.2963 0.8374 NP 29 35H10A 0.459 -3.197 1.138 1.0080 0.2400 0.4000 0.1926 HC 30 36H10B 1.629 -2.338 1.865 1.0080 0.2400 0.4000 0.1926 HC 31 37C11 0.211 -3.063 3.189 12.0110 0.1300 3.8754 0.2302 CT2 32 38H11A 0.440 -2.309 3.972 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 33 39H11B -0.887 -3.235 3.181 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 34 40C12 0.917 -4.374 3.539 12.0110 -0.1800 3.8754 0.2302 CT2 35 41H12A 2.014 -4.207 3.495 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 36 42H12B 0.648 -5.134 2.774 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 37 43C13 0.569 -4.926 4.923 12.0110 0.1300 3.8754 0.2302 CT2 38 44H13A 0.873 -4.205 5.712 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 39 45H13B -0.526 -5.094 5.011 1.0080 0.0900 2.3520 0.0921 HA 40 46N14 1.209 -6.213 5.273 14.0070 -0.3000 3.2963 0.8374 NH3 41 47H14A 0.885 -7.000 4.675 1.0080 0.3300 0.4000 0.1926 HC 42 48H14B 2.248 -6.173 5.249 1.0080 0.3300 0.4000 0.1926 HC 43 49H14C 0.939 -6.447 6.249 1.0080 0.3300 0.4000 0.1926 HC 44 50 3 51 File created by utility MAKEMOL, package MDynaMix 52 Coordinates taken from file spermin.smol 53 Force field from file generic.ff 54# Number of bonds 55 103 56 0 1 2 1.04000 1687.00 # NH3 -HC 57 0 1 3 1.04000 1687.00 # NH3 -HC 58 0 1 4 1.04000 1687.00 # NH3 -HC 59 0 1 5 1.48000 837.40 # NH3 -HC 60 0 5 6 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 61 0 5 7 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 62 0 5 8 1.53000 944.00 # NH3 -HC 63 0 8 9 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 64 0 8 10 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 65 0 8 11 1.53000 944.00 # NH3 -HC 66 0 11 12 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 67 0 11 13 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 68 0 11 14 1.50200 1340.00 # NH3 -HC 69 0 14 15 1.00600 1926.00 # NH3 -HC 70 0 14 16 1.00600 1926.00 # NH3 -HC 71 0 14 17 1.50200 1340.00 # NH3 -HC 72 0 17 18 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 73 0 17 19 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 74 0 17 20 1.53000 944.00 # NH3 -HC 75 0 20 21 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 76 0 20 22 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 77 0 20 23 1.53000 944.00 # NH3 -HC 78 0 23 24 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 79 0 23 25 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 80 0 23 26 1.53000 944.00 # NH3 -HC 81 0 26 27 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 82 0 26 28 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 83 0 26 29 1.50200 1340.00 # NH3 -HC 84 0 29 30 1.00600 1926.00 # NH3 -HC 85 0 29 31 1.00600 1926.00 # NH3 -HC 86 0 29 32 1.50200 1340.00 # NH3 -HC 87 0 32 33 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 88 0 32 34 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 89 0 32 35 1.53000 944.00 # NH3 -HC 90 0 35 36 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 91 0 35 37 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 92 0 35 38 1.53000 944.00 # NH3 -HC 93 0 38 39 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 94 0 38 40 1.11100 1294.00 # NH3 -HC 95 0 38 41 1.48000 837.40 # NH3 -HC 96 0 41 42 1.04000 1687.00 # NH3 -HC 97 0 41 43 1.04000 1687.00 # NH3 -HC 98 0 41 44 1.04000 1687.00 # NH3 -HC 99# Urey-Bradley terms (for 1-3 neigbours) 100 0 2 5 2.07400 83.70 # NH3 -HC 101 0 3 5 2.07400 83.70 # NH3 -HC 102 0 4 5 2.07400 83.70 # NH3 -HC 103 0 1 6 2.10100 146.54 # NH3 -HC 104 0 1 7 2.10100 146.54 # NH3 -HC 105 0 6 7 1.80200 22.60 # NH3 -HC 106 0 6 8 2.17900 94.30 # NH3 -HC 107 0 7 8 2.17900 94.30 # NH3 -HC 108 0 5 9 2.17900 94.30 # NH3 -HC 109 0 5 10 2.17900 94.30 # NH3 -HC 110 0 5 11 2.56100 46.70 # NH3 -HC 111 0 9 10 1.80200 22.60 # NH3 -HC 112 0 9 11 2.17900 94.30 # NH3 -HC 113 0 10 11 2.17900 94.30 # NH3 -HC 114 0 8 12 2.17900 94.30 # NH3 -HC 115 0 8 13 2.17900 94.30 # NH3 -HC 116 0 12 13 1.80200 22.60 # NH3 -HC 117 0 11 15 2.05600 16.70 # NH3 -HC 118 0 11 16 2.05600 16.70 # NH3 -HC 119 0 15 17 2.05600 16.70 # NH3 -HC 120 0 16 17 2.05600 16.70 # NH3 -HC 121 0 18 19 1.80200 22.60 # NH3 -HC 122 0 18 20 2.17900 94.30 # NH3 -HC 123 0 19 20 2.17900 94.30 # NH3 -HC 124 0 17 21 2.17900 94.30 # NH3 -HC 125 0 17 22 2.17900 94.30 # NH3 -HC 126 0 17 23 2.56100 46.70 # NH3 -HC 127 0 21 22 1.80200 22.60 # NH3 -HC 128 0 21 23 2.17900 94.30 # NH3 -HC 129 0 22 23 2.17900 94.30 # NH3 -HC 130 0 20 24 2.17900 94.30 # NH3 -HC 131 0 20 25 2.17900 94.30 # NH3 -HC 132 0 20 26 2.56100 46.70 # NH3 -HC 133 0 24 25 1.80200 22.60 # NH3 -HC 134 0 24 26 2.17900 94.30 # NH3 -HC 135 0 25 26 2.17900 94.30 # NH3 -HC 136 0 23 27 2.17900 94.30 # NH3 -HC 137 0 23 28 2.17900 94.30 # NH3 -HC 138 0 27 28 1.80200 22.60 # NH3 -HC 139 0 26 30 2.05600 16.70 # NH3 -HC 140 0 26 31 2.05600 16.70 # NH3 -HC 141 0 30 32 2.05600 16.70 # NH3 -HC 142 0 31 32 2.05600 16.70 # NH3 -HC 143 0 33 34 1.80200 22.60 # NH3 -HC 144 0 33 35 2.17900 94.30 # NH3 -HC 145 0 34 35 2.17900 94.30 # NH3 -HC 146 0 32 36 2.17900 94.30 # NH3 -HC 147 0 32 37 2.17900 94.30 # NH3 -HC 148 0 32 38 2.56100 46.70 # NH3 -HC 149 0 36 37 1.80200 22.60 # NH3 -HC 150 0 36 38 2.17900 94.30 # NH3 -HC 151 0 37 38 2.17900 94.30 # NH3 -HC 152 0 35 39 2.17900 94.30 # NH3 -HC 153 0 35 40 2.17900 94.30 # NH3 -HC 154 0 39 40 1.80200 22.60 # NH3 -HC 155 0 39 41 2.10100 146.54 # NH3 -HC 156 0 40 41 2.10100 146.54 # NH3 -HC 157 0 38 42 2.07400 83.70 # NH3 -HC 158 0 38 43 2.07400 83.70 # NH3 -HC 159 0 38 44 2.07400 83.70 # NH3 -HC 160# Number of angles 161 84 162 2 1 3 109.5000 184.20 # HC -NH3 -HC 163 2 1 4 109.5000 184.20 # HC -NH3 -HC 164 2 1 5 109.5000 125.60 # HC -NH3 -CT2 165 3 1 4 109.5000 184.20 # HC -NH3 -HC 166 3 1 5 109.5000 125.60 # HC -NH3 -CT2 167 4 1 5 109.5000 125.60 # HC -NH3 -CT2 168 1 5 6 107.5000 188.40 # NH3 -CT2 -HA 169 1 5 7 107.5000 188.40 # NH3 -CT2 -HA 170 1 5 8 110.0000 283.50 # NH3 -CT2 -CT2 171 6 5 7 109.0000 148.60 # HA -CT2 -HA 172 6 5 8 110.1000 111.00 # HA -CT2 -CT2 173 7 5 8 110.1000 111.00 # HA -CT2 -CT2 174 5 8 9 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 175 5 8 10 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 176 5 8 11 113.6000 244.30 # CT2 -CT2 -CT2 177 9 8 10 109.0000 148.60 # HA -CT2 -HA 178 9 8 11 110.1000 111.00 # HA -CT2 -CT2 179 10 8 11 110.1000 111.00 # HA -CT2 -CT2 180 8 11 12 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 181 8 11 13 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 182 8 11 14 108.5000 293.00 # CT2 -CT2 -NP 183 12 11 13 109.0000 148.60 # HA -CT2 -HA 184 12 11 14 109.1500 215.60 # HA -CT2 -NP 185 13 11 14 109.1500 215.60 # HA -CT2 -NP 186 11 14 15 109.5000 138.10 # CT2 -NP -HC 187 11 14 16 109.5000 138.10 # CT2 -NP -HC 188 11 14 17 111.0000 418.70 # CT2 -NP -CT2 189 15 14 16 107.5000 213.50 # HC -NP -HC 190 15 14 17 109.5000 138.10 # HC -NP -CT2 191 16 14 17 109.5000 138.10 # HC -NP -CT2 192 14 17 18 109.1500 215.60 # NP -CT2 -HA 193 14 17 19 109.1500 215.60 # NP -CT2 -HA 194 14 17 20 108.5000 293.00 # NP -CT2 -CT2 195 18 17 19 109.0000 148.60 # HA -CT2 -HA 196 18 17 20 110.1000 111.00 # HA -CT2 -CT2 197 19 17 20 110.1000 111.00 # HA -CT2 -CT2 198 17 20 21 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 199 17 20 22 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 200 17 20 23 113.6000 244.30 # CT2 -CT2 -CT2 201 21 20 22 109.0000 148.60 # HA -CT2 -HA 202 21 20 23 110.1000 111.00 # HA -CT2 -CT2 203 22 20 23 110.1000 111.00 # HA -CT2 -CT2 204 20 23 24 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 205 20 23 25 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 206 20 23 26 113.6000 244.30 # CT2 -CT2 -CT2 207 24 23 25 109.0000 148.60 # HA -CT2 -HA 208 24 23 26 110.1000 111.00 # HA -CT2 -CT2 209 25 23 26 110.1000 111.00 # HA -CT2 -CT2 210 23 26 27 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 211 23 26 28 110.1000 111.00 # CT2 -CT2 -HA 212 23 26 29 108.5000 293.00 # CT2 -CT2 -NP 213 27 26 28 109.0000 148.60 # HA -CT2 -HA 214 27 26 29 109.1500 215.60 # HA -CT2 -NP 215 28 26 29 109.1500 215.60 # HA -CT2 -NP 216 26 29 30 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