1CHARMM22 July, 2003 standard Proteins and Lipids parameter file for ARGOS 7.0 2Electrostatic 1-4 scaling factor 1.000000 3Relative dielectric constant 1.000000 4Parameters epsilon R* 5Atoms 6C 12.01100 4.60240E-01 2.00000E-01 1 1111111111 7 6 4.60240E-01 2.00000E-01 8CA 12.01100 2.92880E-01 1.99240E-01 1 1111111111 9 6 2.92880E-01 1.99240E-01 10CC 12.01100 2.92880E-01 2.00000E-01 1 1111111111 11 6 2.92880E-01 2.00000E-01 12CD 12.01100 2.92880E-01 2.00000E-01 1 1111111111 13 6 2.92880E-01 2.00000E-01 14CE1 12.01100 2.84512E-01 2.09000E-01 1 1111111111 15 6 2.84512E-01 2.09000E-01 16CE2 12.01100 2.67776E-01 2.08000E-01 1 1111111111 17 6 2.67776E-01 2.08000E-01 18CM 12.01100 4.60240E-01 2.10000E-01 1 1111111111 19 6 4.60240E-01 2.10000E-01 20CP1 12.01100 8.36800E-02 2.27500E-01 1 1111111111 21 6 4.18400E-02 1.90000E-01 22CP2 12.01100 2.30120E-01 2.17500E-01 1 1111111111 23 6 4.18400E-02 1.90000E-01 24CP3 12.01100 2.30120E-01 2.17500E-01 1 1111111111 25 6 4.18400E-02 1.90000E-01 26CPA 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-NR2 -CPH1 -CPH1 0.00000 4.18400E+00 1519N -C -CP1 -CP3 0.00000 0.00000E+00 1520NC2 - - -C 0.00000 3.34720E+02 1521NH1 - - -H 0.00000 1.67360E+02 1522NH2 - - -H 0.00000 3.34720E+01 1523NPH -CPA -CPA -FE 0.00000 1.14976E+03 1524NPH -CPA -CPB -CPB 0.00000 3.39741E+02 1525NPH -CPA -CPM -CPA 0.00000 1.53134E+02 1526NPH -CPM -CPB -CPA 0.00000 2.73634E+02 1527NR1 -CPH1 -CPH2 -H 0.00000 3.76560E+00 1528NR1 -CPH2 -CPH1 -H 0.00000 3.76560E+00 1529NR3 -CPH1 -CPH2 -H 0.00000 1.00416E+01 1530NR3 -CPH2 -CPH1 -H 0.00000 1.00416E+01 1531NY -CA -CY -CPT 0.00000 8.36800E+02 1532O -CP1 -NH2 -CC 0.00000 3.76560E+02 1533O -CT1 -NH2 -CC 0.00000 3.76560E+02 1534O -CT2 -NH2 -CC 0.00000 3.76560E+02 1535O -CT3 -NH2 -CC 0.00000 3.76560E+02 1536O -HA -NH2 -CC 0.00000 3.76560E+02 1537O -N -CT2 -CC 0.00000 1.00416E+03 1538O -NH2 -CP1 -CC 0.00000 3.76560E+02 1539O -NH2 -CT1 -CC 0.00000 3.76560E+02 1540O -NH2 -CT2 -CC 0.00000 3.76560E+02 1541O -NH2 -CT3 -CC 0.00000 3.76560E+02 1542O -NH2 -HA -CC 0.00000 3.76560E+02 1543O - - -C 0.00000 1.00416E+03 1544OB - - -CD 0.00000 8.36800E+02 1545OC - - -CC 0.00000 8.03328E+02 1546CC - - -CT1 0.00000 8.03328E+02 1547CC - - -CT2 0.00000 8.03328E+02 1548CC - - -CT3 0.00000 8.03328E+02 1549OBL - - -CL 0.00000 8.36800E+02 1550HEL2 -HEL2 -CEL2 -CEL2 0.00000 2.51040E+01 1551OCL - - -CL 0.00000 8.03328E+02 1552OCL - - -CCL 0.00000 8.03328E+02 1553Atom types 1554# 1555# Definition of the atom types 1556# 1557# This file contains the definition of AMBER atom types in terms of number and 1558# type of neighbor atoms. 1559# 1560# Note that the order in which the definitions are given is important. 1561# For each atom the last applicable entry in this file will be used, i.e. 1562# atom type definitions are given in increasing specificity. 1563# 1564# Atomic number increased by 200 means singly protonated 1565# 400 doubly 1566# 600 triply 1567# 800 un-protonated 1568# 1000 one non-hydrogen 1569# 2000 two non-hydrogens 1570# 3000 three non-hydrogens 1571# 4000 four non-hydrogens 1572# 1573# Atom number 3500 would signify any unprotonated atom with three non-hydrogens 1574# 1575# 1576# Each entry contains: 1577# 1578# 1 a4 atom type name 1579# 1580# 2 i7 atomic number 1581# 1582# 3 i3 atom saturation : 0 = undetermined, always applies 1583# 1 = aliphatic; 1584# 2 = double bond; 1585# 3 = aromatic; 1586# 1587# 4 i5 aliphatic ring : -1 = not in aliphatic ring 1588# 0 = any 1589# 1 = in at least one aliphatic ring 1590# 3 = in 3-membered aliphatic ring 1591# 4 = in 4-membered aliphatic ring 1592# 5 = in 5-membered aliphatic ring 1593# 6 = in 6-membered aliphatic ring 1594# 56 = junction 5 & 6 membered aliphatic rings 1595# 66 = junction two 6 membered aliphatic rings 1596# 1597# 5 i5 aromatic ring : -1 = not in aromatic ring 1598# 0 = any 1599# 1 = in at least one aromatic ring 1600# 5 = in 5-membered aromatic ring 1601# 6 = in 6-membered aromatic ring 1602# 56 = junction 5 & 6 membered aromatic rings 1603# 66 = junction two 6 membered aromatic rings 1604# 666 = junction three 6 membered aromatic rings 1605# 1606# 6 i3 number of neighbors : -1 = no neighbors 1607# 0 = any number of neighbors 1608# 1609# 7 i7 atom num neighbor 1 1610# 1611# 8 i3 num n1 neighbors 0 = any number of neighbors 1612# 1613# 9 i7 atom num neighb n11 1614# 1615# 10 i7 atom num neighb n12 1616# 1617# 11 i7 atom num neighb n13 1618# 1619# 12 i7 atom num neighbor 2 1620# 1621# 13 i3 num n2 neighbors 0 = any number of neighbors 1622# 1623# 14 i7 atom num neighb n21 1624# 1625# 15 i7 atom num neighb n22 1626# 1627# 16 i7 atom num neighb n23 1628# 1629# 17 i7 atom num neighbor 3 1630# 1631# 18 i3 num n3 neighbors 0 = any number of neighbors 1632# 1633# 19 i7 atom num neighb n31 1634# 1635# 20 i7 atom num neighb n32 1636# 1637# 21 i7 atom num neighb n33 1638# 1639# 1640End 1641