1##fileformat=VCFv4.2 2##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> 3##reference=file://some/path/human_g1k_v37.fasta 4##contig=<ID=22,length=51304566> 5##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allelic depths"> 6##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> 7#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12890 NA12891 NA12892 822 16050159 . C T 68 . . GT:AD 0/0:4,0 0/1:6,8 0/0:26,0 922 16050252 . A T 85 . . GT:AD 0/0:3,0 0/1:13,13 0/0:40,0 1022 16051249 . T C,A 32.1761 . . GT:AD 0/1:4,3,1 0/0:41,0,1 0/0:55,0,1 1122 16051347 . G C,A 283 . . GT:AD 1/1:2,4,1 0/1:20,20,1 0/0:43,0,1 1222 16051453 . A C,T 3.42882 . . GT:AD 0/1:5,4,1 0/0:39,0,1 0/0:47,0,1 1322 16051497 . A G,T 362 . . GT:AD 1/1:0,8,1 0/1:14,20,1 0/0:44,0,1 1422 16051968 . C A 136 . . GT:AD 0/0:4,0 0/1:11,11 0/0:13,0 1522 16052167 . AAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAC AAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAC 217 . . GT:AD ./.:0,0 1/1:0,27 0/0:46,0 1622 16052169 . AACAAACA AACAAACAGACAAACA 241 . . GT:AD 0/1:1,1 0/1:7,29 0/0:54,0 1722 16052180 . AAAC AAACCAACTAAC 221 . . GT:AD 0/0:2,0 0/1:16,15 0/0:55,0 1822 16052239 . A G 172 . . GT:AD 0/0:5,0 0/1:12,17 0/0:44,0 1922 16052513 . G C 153 . . GT:AD 0/0:11,0 0/1:25,16 0/0:38,0 2022 16052618 . G A 124 . . GT:AD 0/0:7,0 0/1:29,12 0/0:41,0 2122 16053659 . A C,T 352 . . GT:AD 1/1:0,9,1 1/1:0,21,1 0/0:30,0,1 2222 16053791 . C A,T 287 . . GT:AD 0/1:4,4,1 0/1:13,16,1 0/0:32,0,1 2322 16054454 . C T 14.2772 . . GT:AD 0/1:2,2 0/0:34,0 0/0:31,0 2422 16054667 . C G 179 . . GT:AD 0/0:8,0 0/1:12,15 0/0:27,0 2522 16054740 . A G 126 . . GT:AD 0/0:6,0 0/1:11,16 0/0:26,0 2622 16055942 . C A,T 385 . . GT:AD 2/2:0,1,7 2/2:0,1,22 0/0:31,1,0 2722 16056126 . G T,A,C 263 . . GT:AD 0/2:2,1,6,1 0/2:12,1,16,1 0/0:27,1,0,1 2822 16056854 . G GA 17.3105 . . GT:AD 0/0:7,0 0/1:11,15 0/0:35,0 2922 16057248 . G A 167 . . GT:AD 0/0:5,0 0/1:15,14 0/0:32,0 3022 16057320 . G A 20.0168 . . GT:AD 0/1:2,2 0/0:25,0 0/0:36,0 3122 16057417 . C T 16.3704 . . GT:AD 0/1:2,2 0/0:36,0 0/0:25,0 3222 16058070 . A G 452 . . GT:AD 1/1:0,4 1/1:0,21 1/1:0,22 3322 16058415 . A G 212 . . GT:AD 0/0:9,0 1/1:0,37 0/0:35,2 3422 16058463 . C T 136 . . GT:AD 0/1:1,8 0/0:40,0 0/0:45,0 3522 16058758 . C A 107 . . GT:AD 1/1:2,8 0/0:19,0 0/0:34,0 3622 16058766 . G A 15.517 . . GT:AD 0/0:11,0 1/1:0,4 0/0:32,0 3722 16058852 . A T 198 . . GT:AD 1/1:0,3 1/1:0,19 0/0:36,0 3822 16058883 . A G 129 . . GT:AD 1/1:0,1 1/1:0,18 0/0:36,0 3922 16059081 . A G 212 . . GT:AD 0/0:6,0 1/1:0,35 0/0:35,0 4022 16059734 . C T 114 . . GT:AD 1/1:1,9 0/0:23,0 0/0:31,0 4122 16059753 . A T 212 . . GT:AD 0/0:9,0 1/1:0,19 0/0:28,0 4222 16059973 . C A 195 . . GT:AD 0/0:4,0 0/0:21,0 0/1:21,18 4322 16060178 . G A 187 . . GT:AD 0/0:5,0 1/1:1,20 0/0:36,0 44