1#NEXUS
2
3BEGIN TAXA;
4	DIMENSIONS NTAX = 13;
5	TAXLABELS
6		'U68496' 'U68497' 'U68498' 'U68499' 'U68500' 'U68501' 'U68502' 'U68503' 'U68504' 'U68505' 'U68506' 'U68507' 'U68508' ;
7END;
8
9BEGIN CHARACTERS;
10	DIMENSIONS NCHAR = 273;
11	FORMAT
12		DATATYPE = DNA
13		GAP=-
14		MISSING=?
15	;
16
17MATRIX
18	'U68496' GTAGTAATTAGATCTGAAAACTTCTCGAACAATGCTAAAACCATAATAGTACAGCTAAATAAATCTGTAGAAATTAATTGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAGAAGTATACATTTTGGACCAGGGAAAGCATTTTATGCAGGAGAAATAATAGGAGATATAAGACAAGCATATTGTACCCTTAATGGAACAGAATGGAATAACACTTTAAAACAGGTAGCTGAAAAATTAAGAGAACAATTTATTAAAACAATAGTTTTTAATCAATCC
19	'U68497' ATAGTAATTAGATCTGAAAACTTCTCGAACAATGCTAAAACCATAATAGTACAGCTAAATAAATCTGTAGAAATTAATTGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAGAAGTATACATTTCGGACCAGGGAAAGCATTTTATGCAGGAGAAATAATAGGAGATATAAGACAAGCATATTGTACTCTTAATGGAGCAGAATGGAATAACACTGTAAAACAGGTAGCTGCAAAATTAAGAGAACAATTTAATAAAACAATAATCTTTAATCAATCC
20	'U68498' GTAGTAATTAGATCTGAAAACTTCACGAACAATGCTAAAACCATAATAGTACAGCTAAATAAATCTGTAGAAATTAATTGTGTAAGACCCGGCAACAATACAAGAAGAAGTATACATATAGGACCAGGGAGAGCATATTATACAGGAGAAGTAATAGGAGATATAAGACAAGCACATTGTAACCTTAGTAGAACAGACTGGAATAAAACTTTAAAACAGGTAGCTGAAAAATTAAGAGAACAATTTAATACAACAATAGTCTTTAATCAATCC
21	'U68499' ATAGTAATTAGATCTGAAAACTTCACGAACAATGCTAAAACCATAATAGTACAGCTAAATAAATCTGTAGAAATTAAGTGTGAAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTGTACATATAGGACCAGGGAGAGCATATTATACAGGAGAAATAATAGGAGATATAAGACAAGCACATTGTAACCTTAGTGGAACAGAATGGAGGGAAACTTTAAAACAGGTAGCTGAAAAATTAAGAGAACAATTTAATAAAACAATAGTCTTTAATCAATCC
22	'U68500' ATAGTAATTAGATCTGAAAACTTCACGAACAATGCTAAAACCATAATAGTACATCTAAATGAATCTGTAGAAATTATTTGTGAAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTGTACATATGGGACCAGGGAGAGCATATTACACAGGAGAAATAATAGGAGATATAAGACAAGCACATTGTAACATTAGTAGAACAAATTGGACGGAAACTTTAAAACAGGTAGCTGAAAAATTAAGAGAACAATTTAATAAAACAATAGTCTTTAATCAATCC
23	'U68501' GTAGTAATTAGATCTGAAAACTTCACGAACAATGCTAAGACCATAATAGTACAGCTAAATAAACCTGTAAAAATTAATTGTACAAGACCCAACAACAATGCAAAAATAAGAATACATATAGGACCAGGGAGACCATTTTATACAGCAGGAGAAATAGGAAATATAAGACAAGCACATTGTAACCTTAGTAGAACAGACTGGAATAACACTTTAAAACTGGTAGCTGAAAAATTAAGAGAACAATTTAATAAAACAATAGTCTTTAATCAATCC
24	'U68502' GTAGTAATTAGATCTGAAAACTTCACGAACAATGCTAAGACCATAATAGTACAGCTAAATAACTCTGTAGCAATTAAGTGTGAAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATACCTATAGGACCAGGGAGAGCCTTTTATACAACAGGAGACATAGGAGATATAAGACAAGCACATTGTAACCTTAGTAGAAAAGACTGGAATGACACTTTAAGACAGGTAGTTGGAAAGTTAAGAGAACAATTTGGAAGAACAATAATCTTTAATCAATCC
25	'U68503' ATAGTAATTAGATCTGAAAACTTCACGAACAATGCTAAAACCATAATAGTACAGCTAAAGGAACCTGTAGACATTACTTGTGAAAGACCCAGCAACAATACAAGAAAAAGTATACATATAGGACCAGGAAAAGCATTTTATGCAACAGGAGAAATAGGAGATATAAGACGAGCACATTGTAACCTTAATAGAACAGCATGGAATAAAACTTTAAAACAGGTAGTTGAAAAATTAAGAGAACAATTTAAGAAAACAATAACCTTTAACCAATCC
26	'U68504' ATAGTAATTAGATCTGAAAACTTCACAGACAATGCTAAAACCATAATAGTACAGCTAAATAAATCTGTAGAAATTAATTGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATACATATAGGACCAGGGAGAGCTTTTTATACAACAGGTGAAATAGGAGATTTAAGACAAGCACATTGTAACCTTAGTAGAACAGCATGGAATGAAACTTTAAGACAAGTAGCTCAAAAATTAAAAGAACAATTTAATAGAACAATAGTTTTTAATCAATCC
27	'U68505' ATAGTAATTAGATCTGAAAACTTCACAGACAATGCTAAAACCATAATAGTACAGCTAAACAAATCTGTAGAAATTAATTGTATAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATACATATAGGACCAGGGAGAGCATTTTATACAACAGGAGACATAGGAGATATAAGACAAGCATATTGTAACCTTAGTAGAACAGCATGGAATGAAACTTTAAGACAAGTAGCTCAAAAATTAAAAGAACAATTTAATAGAACAATAGTCTTTAATCAATCC
28	'U68506' ATAGTAATTAGATCTGAAAACTTCACGGACAATGCTAAAACCATAATAGTACAGCTAAATAAATCTGTAGAAATTAATTGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATAAATTTTGGACCAGGGAGAGCATTTTATACAACAGGTGAAATAGGAAATTTAAGACAAGCACATTGTAACCTTAGTAGAACAGCATGGAATGAAACTTTAAGACAAGTAGCTAAAAAACTAAAAGAACAATTTAATAGAACAATAGTTTTTAATCAATCC
29	'U68507' GTAGTAATTCGATCTGAAAACTTCACGGACAATGCTAAAACCATAATAGTACAGCTAAACAAATCTGTAGAAATTACTTGTGTAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATAAATATAAGACCAGGGAGAGCATTTTATACAACAGGAGAAATAGGAGATATAAGACAAGCACATTGTAACCTTAGTAGAACAGCATGGAATGAAGCTTTAAGACAAGTAGCTAAAAAATTAAAAGAACAATTTAATAGAACAATAGTCTTTAATCAATCC
30	'U68508' ATAGTAATCAGATCTGAAAACTTCTCGGACAATGCTAAAACCATAATAGTACAGCTAAACAACACTGTAAACATTACTTGTGAAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGGATACATATAGGACCAGGGAGAGCAGTTTATACAACAGGACAAATAGGAGATATAAGAAAAGCACATTGTAACCTTAGTAGAACAAATTGGACTGAAACTTTAAGACAAGTAGCTGAAAAATTAAAAGAACAATTTAATAAAACAATAATCTTTAATAATTCC;
31END;
32
33BEGIN TREES;
34	TREE tree = (U68496: 0.023746, U68497: 0.079178, ((U68498: 0.050407, (U68499: 0.028429, U68500: 0.099890): 0.083460): 0.023647, (U68501: 0.131681, (U68502: 0.191150, (U68503: 0.193336, ((((U68504: 0.018984, U68506: 0.070370): 0.055603, U68505: 0.030301): 0.036688, U68507: 0.061120): 0.034773, U68508: 0.198346): 0.050591): 0.064013): 0.033695): 0.048101): 0.152813);
35END;
36
37BEGIN HYPHY;
38
39
40global c=0.9071719918589423;
41global kappa=0.4054779971121202;
42modelMatrix={61,61};
43modelMatrix[0][1]:=kappa*c*t;
44modelMatrix[0][2]:=t;
45modelMatrix[0][3]:=kappa*c*t;
46modelMatrix[0][4]:=kappa*c*t;
47modelMatrix[0][8]:=c*t;
48modelMatrix[0][12]:=kappa*c*t;
49modelMatrix[0][16]:=kappa*c*t;
50modelMatrix[0][32]:=c*t;
51modelMatrix[1][0]:=kappa*c*t;
52modelMatrix[1][2]:=kappa*c*t;
53modelMatrix[1][3]:=t;
54modelMatrix[1][5]:=kappa*c*t;
55modelMatrix[1][9]:=c*t;
56modelMatrix[1][13]:=kappa*c*t;
57modelMatrix[1][17]:=kappa*c*t;
58modelMatrix[1][33]:=c*t;
59modelMatrix[1][48]:=kappa*c*t;
60modelMatrix[2][0]:=t;
61modelMatrix[2][1]:=kappa*c*t;
62modelMatrix[2][3]:=kappa*c*t;
63modelMatrix[2][6]:=kappa*c*t;
64modelMatrix[2][10]:=c*t;
65modelMatrix[2][14]:=kappa*c*t;
66modelMatrix[2][18]:=kappa*c*t;
67modelMatrix[2][34]:=c*t;
68modelMatrix[3][0]:=kappa*c*t;
69modelMatrix[3][1]:=t;
70modelMatrix[3][2]:=kappa*c*t;
71modelMatrix[3][7]:=kappa*c*t;
72modelMatrix[3][11]:=c*t;
73modelMatrix[3][15]:=kappa*c*t;
74modelMatrix[3][19]:=kappa*c*t;
75modelMatrix[3][35]:=c*t;
76modelMatrix[3][49]:=kappa*c*t;
77modelMatrix[4][0]:=kappa*c*t;
78modelMatrix[4][5]:=kappa*t;
79modelMatrix[4][6]:=t;
80modelMatrix[4][7]:=kappa*t;
81modelMatrix[4][8]:=kappa*c*t;
82modelMatrix[4][12]:=c*t;
83modelMatrix[4][20]:=kappa*c*t;
84modelMatrix[4][36]:=c*t;
85modelMatrix[4][50]:=kappa*c*t;
86modelMatrix[5][1]:=kappa*c*t;
87modelMatrix[5][4]:=kappa*t;
88modelMatrix[5][6]:=kappa*t;
89modelMatrix[5][7]:=t;
90modelMatrix[5][9]:=kappa*c*t;
91modelMatrix[5][13]:=c*t;
92modelMatrix[5][21]:=kappa*c*t;
93modelMatrix[5][37]:=c*t;
94modelMatrix[5][51]:=kappa*c*t;
95modelMatrix[6][2]:=kappa*c*t;
96modelMatrix[6][4]:=t;
97modelMatrix[6][5]:=kappa*t;
98modelMatrix[6][7]:=kappa*t;
99modelMatrix[6][10]:=kappa*c*t;
100modelMatrix[6][14]:=c*t;
101modelMatrix[6][22]:=kappa*c*t;
102modelMatrix[6][38]:=c*t;
103modelMatrix[6][52]:=kappa*c*t;
104modelMatrix[7][3]:=kappa*c*t;
105modelMatrix[7][4]:=kappa*t;
106modelMatrix[7][5]:=t;
107modelMatrix[7][6]:=kappa*t;
108modelMatrix[7][11]:=kappa*c*t;
109modelMatrix[7][15]:=c*t;
110modelMatrix[7][23]:=kappa*c*t;
111modelMatrix[7][39]:=c*t;
112modelMatrix[7][53]:=kappa*c*t;
113modelMatrix[8][0]:=c*t;
114modelMatrix[8][4]:=kappa*c*t;
115modelMatrix[8][9]:=kappa*c*t;
116modelMatrix[8][10]:=t;
117modelMatrix[8][11]:=kappa*c*t;
118modelMatrix[8][12]:=kappa*c*t;
119modelMatrix[8][24]:=kappa*t;
120modelMatrix[8][40]:=c*t;
121modelMatrix[9][1]:=c*t;
122modelMatrix[9][5]:=kappa*c*t;
123modelMatrix[9][8]:=kappa*c*t;
124modelMatrix[9][10]:=kappa*c*t;
125modelMatrix[9][11]:=t;
126modelMatrix[9][13]:=kappa*c*t;
127modelMatrix[9][25]:=kappa*c*t;
128modelMatrix[9][41]:=c*t;
129modelMatrix[9][54]:=kappa*c*t;
130modelMatrix[10][2]:=c*t;
131modelMatrix[10][6]:=kappa*c*t;
132modelMatrix[10][8]:=t;
133modelMatrix[10][9]:=kappa*c*t;
134modelMatrix[10][11]:=kappa*c*t;
135modelMatrix[10][14]:=kappa*c*t;
136modelMatrix[10][26]:=kappa*t;
137modelMatrix[10][42]:=c*t;
138modelMatrix[10][55]:=kappa*c*t;
139modelMatrix[11][3]:=c*t;
140modelMatrix[11][7]:=kappa*c*t;
141modelMatrix[11][8]:=kappa*c*t;
142modelMatrix[11][9]:=t;
143modelMatrix[11][10]:=kappa*c*t;
144modelMatrix[11][15]:=kappa*c*t;
145modelMatrix[11][27]:=kappa*c*t;
146modelMatrix[11][43]:=c*t;
147modelMatrix[11][56]:=kappa*c*t;
148modelMatrix[12][0]:=kappa*c*t;
149modelMatrix[12][4]:=c*t;
150modelMatrix[12][8]:=kappa*c*t;
151modelMatrix[12][13]:=kappa*t;
152modelMatrix[12][14]:=c*t;
153modelMatrix[12][15]:=kappa*t;
154modelMatrix[12][28]:=kappa*c*t;
155modelMatrix[12][44]:=c*t;
156modelMatrix[12][57]:=kappa*c*t;
157modelMatrix[13][1]:=kappa*c*t;
158modelMatrix[13][5]:=c*t;
159modelMatrix[13][9]:=kappa*c*t;
160modelMatrix[13][12]:=kappa*t;
161modelMatrix[13][14]:=kappa*c*t;
162modelMatrix[13][15]:=t;
163modelMatrix[13][29]:=kappa*c*t;
164modelMatrix[13][45]:=c*t;
165modelMatrix[13][58]:=kappa*c*t;
166modelMatrix[14][2]:=kappa*c*t;
167modelMatrix[14][6]:=c*t;
168modelMatrix[14][10]:=kappa*c*t;
169modelMatrix[14][12]:=c*t;
170modelMatrix[14][13]:=kappa*c*t;
171modelMatrix[14][15]:=kappa*c*t;
172modelMatrix[14][30]:=kappa*c*t;
173modelMatrix[14][46]:=c*t;
174modelMatrix[14][59]:=kappa*c*t;
175modelMatrix[15][3]:=kappa*c*t;
176modelMatrix[15][7]:=c*t;
177modelMatrix[15][11]:=kappa*c*t;
178modelMatrix[15][12]:=kappa*t;
179modelMatrix[15][13]:=t;
180modelMatrix[15][14]:=kappa*c*t;
181modelMatrix[15][31]:=kappa*c*t;
182modelMatrix[15][47]:=c*t;
183modelMatrix[15][60]:=kappa*c*t;
184modelMatrix[16][0]:=kappa*c*t;
185modelMatrix[16][17]:=kappa*c*t;
186modelMatrix[16][18]:=t;
187modelMatrix[16][19]:=kappa*c*t;
188modelMatrix[16][20]:=kappa*c*t;
189modelMatrix[16][24]:=c*t;
190modelMatrix[16][28]:=kappa*c*t;
191modelMatrix[16][32]:=kappa*c*t;
192modelMatrix[17][1]:=kappa*c*t;
193modelMatrix[17][16]:=kappa*c*t;
194modelMatrix[17][18]:=kappa*c*t;
195modelMatrix[17][19]:=t;
196modelMatrix[17][21]:=kappa*c*t;
197modelMatrix[17][25]:=c*t;
198modelMatrix[17][29]:=kappa*c*t;
199modelMatrix[17][33]:=kappa*c*t;
200modelMatrix[17][48]:=c*t;
201modelMatrix[18][2]:=kappa*c*t;
202modelMatrix[18][16]:=t;
203modelMatrix[18][17]:=kappa*c*t;
204modelMatrix[18][19]:=kappa*c*t;
205modelMatrix[18][22]:=kappa*c*t;
206modelMatrix[18][26]:=c*t;
207modelMatrix[18][30]:=kappa*c*t;
208modelMatrix[18][34]:=kappa*c*t;
209modelMatrix[19][3]:=kappa*c*t;
210modelMatrix[19][16]:=kappa*c*t;
211modelMatrix[19][17]:=t;
212modelMatrix[19][18]:=kappa*c*t;
213modelMatrix[19][23]:=kappa*c*t;
214modelMatrix[19][27]:=c*t;
215modelMatrix[19][31]:=kappa*c*t;
216modelMatrix[19][35]:=kappa*c*t;
217modelMatrix[19][49]:=c*t;
218modelMatrix[20][4]:=kappa*c*t;
219modelMatrix[20][16]:=kappa*c*t;
220modelMatrix[20][21]:=kappa*t;
221modelMatrix[20][22]:=t;
222modelMatrix[20][23]:=kappa*t;
223modelMatrix[20][24]:=kappa*c*t;
224modelMatrix[20][28]:=c*t;
225modelMatrix[20][36]:=kappa*c*t;
226modelMatrix[20][50]:=c*t;
227modelMatrix[21][5]:=kappa*c*t;
228modelMatrix[21][17]:=kappa*c*t;
229modelMatrix[21][20]:=kappa*t;
230modelMatrix[21][22]:=kappa*t;
231modelMatrix[21][23]:=t;
232modelMatrix[21][25]:=kappa*c*t;
233modelMatrix[21][29]:=c*t;
234modelMatrix[21][37]:=kappa*c*t;
235modelMatrix[21][51]:=c*t;
236modelMatrix[22][6]:=kappa*c*t;
237modelMatrix[22][18]:=kappa*c*t;
238modelMatrix[22][20]:=t;
239modelMatrix[22][21]:=kappa*t;
240modelMatrix[22][23]:=kappa*t;
241modelMatrix[22][26]:=kappa*c*t;
242modelMatrix[22][30]:=c*t;
243modelMatrix[22][38]:=kappa*c*t;
244modelMatrix[22][52]:=c*t;
245modelMatrix[23][7]:=kappa*c*t;
246modelMatrix[23][19]:=kappa*c*t;
247modelMatrix[23][20]:=kappa*t;
248modelMatrix[23][21]:=t;
249modelMatrix[23][22]:=kappa*t;
250modelMatrix[23][27]:=kappa*c*t;
251modelMatrix[23][31]:=c*t;
252modelMatrix[23][39]:=kappa*c*t;
253modelMatrix[23][53]:=c*t;
254modelMatrix[24][8]:=kappa*t;
255modelMatrix[24][16]:=c*t;
256modelMatrix[24][20]:=kappa*c*t;
257modelMatrix[24][25]:=kappa*t;
258modelMatrix[24][26]:=t;
259modelMatrix[24][27]:=kappa*t;
260modelMatrix[24][28]:=kappa*c*t;
261modelMatrix[24][40]:=kappa*c*t;
262modelMatrix[25][9]:=kappa*c*t;
263modelMatrix[25][17]:=c*t;
264modelMatrix[25][21]:=kappa*c*t;
265modelMatrix[25][24]:=kappa*t;
266modelMatrix[25][26]:=kappa*t;
267modelMatrix[25][27]:=t;
268modelMatrix[25][29]:=kappa*c*t;
269modelMatrix[25][41]:=kappa*c*t;
270modelMatrix[25][54]:=c*t;
271modelMatrix[26][10]:=kappa*t;
272modelMatrix[26][18]:=c*t;
273modelMatrix[26][22]:=kappa*c*t;
274modelMatrix[26][24]:=t;
275modelMatrix[26][25]:=kappa*t;
276modelMatrix[26][27]:=kappa*t;
277modelMatrix[26][30]:=kappa*c*t;
278modelMatrix[26][42]:=kappa*c*t;
279modelMatrix[26][55]:=c*t;
280modelMatrix[27][11]:=kappa*c*t;
281modelMatrix[27][19]:=c*t;
282modelMatrix[27][23]:=kappa*c*t;
283modelMatrix[27][24]:=kappa*t;
284modelMatrix[27][25]:=t;
285modelMatrix[27][26]:=kappa*t;
286modelMatrix[27][31]:=kappa*c*t;
287modelMatrix[27][43]:=kappa*c*t;
288modelMatrix[27][56]:=c*t;
289modelMatrix[28][12]:=kappa*c*t;
290modelMatrix[28][16]:=kappa*c*t;
291modelMatrix[28][20]:=c*t;
292modelMatrix[28][24]:=kappa*c*t;
293modelMatrix[28][29]:=kappa*t;
294modelMatrix[28][30]:=t;
295modelMatrix[28][31]:=kappa*t;
296modelMatrix[28][44]:=kappa*c*t;
297modelMatrix[28][57]:=t;
298modelMatrix[29][13]:=kappa*c*t;
299modelMatrix[29][17]:=kappa*c*t;
300modelMatrix[29][21]:=c*t;
301modelMatrix[29][25]:=kappa*c*t;
302modelMatrix[29][28]:=kappa*t;
303modelMatrix[29][30]:=kappa*t;
304modelMatrix[29][31]:=t;
305modelMatrix[29][45]:=kappa*c*t;
306modelMatrix[29][58]:=c*t;
307modelMatrix[30][14]:=kappa*c*t;
308modelMatrix[30][18]:=kappa*c*t;
309modelMatrix[30][22]:=c*t;
310modelMatrix[30][26]:=kappa*c*t;
311modelMatrix[30][28]:=t;
312modelMatrix[30][29]:=kappa*t;
313modelMatrix[30][31]:=kappa*t;
314modelMatrix[30][46]:=kappa*c*t;
315modelMatrix[30][59]:=t;
316modelMatrix[31][15]:=kappa*c*t;
317modelMatrix[31][19]:=kappa*c*t;
318modelMatrix[31][23]:=c*t;
319modelMatrix[31][27]:=kappa*c*t;
320modelMatrix[31][28]:=kappa*t;
321modelMatrix[31][29]:=t;
322modelMatrix[31][30]:=kappa*t;
323modelMatrix[31][47]:=kappa*c*t;
324modelMatrix[31][60]:=c*t;
325modelMatrix[32][0]:=c*t;
326modelMatrix[32][16]:=kappa*c*t;
327modelMatrix[32][33]:=kappa*c*t;
328modelMatrix[32][34]:=t;
329modelMatrix[32][35]:=kappa*c*t;
330modelMatrix[32][36]:=kappa*c*t;
331modelMatrix[32][40]:=c*t;
332modelMatrix[32][44]:=kappa*c*t;
333modelMatrix[33][1]:=c*t;
334modelMatrix[33][17]:=kappa*c*t;
335modelMatrix[33][32]:=kappa*c*t;
336modelMatrix[33][34]:=kappa*c*t;
337modelMatrix[33][35]:=t;
338modelMatrix[33][37]:=kappa*c*t;
339modelMatrix[33][41]:=c*t;
340modelMatrix[33][45]:=kappa*c*t;
341modelMatrix[33][48]:=kappa*c*t;
342modelMatrix[34][2]:=c*t;
343modelMatrix[34][18]:=kappa*c*t;
344modelMatrix[34][32]:=t;
345modelMatrix[34][33]:=kappa*c*t;
346modelMatrix[34][35]:=kappa*c*t;
347modelMatrix[34][38]:=kappa*c*t;
348modelMatrix[34][42]:=c*t;
349modelMatrix[34][46]:=kappa*c*t;
350modelMatrix[35][3]:=c*t;
351modelMatrix[35][19]:=kappa*c*t;
352modelMatrix[35][32]:=kappa*c*t;
353modelMatrix[35][33]:=t;
354modelMatrix[35][34]:=kappa*c*t;
355modelMatrix[35][39]:=kappa*c*t;
356modelMatrix[35][43]:=c*t;
357modelMatrix[35][47]:=kappa*c*t;
358modelMatrix[35][49]:=kappa*c*t;
359modelMatrix[36][4]:=c*t;
360modelMatrix[36][20]:=kappa*c*t;
361modelMatrix[36][32]:=kappa*c*t;
362modelMatrix[36][37]:=kappa*t;
363modelMatrix[36][38]:=t;
364modelMatrix[36][39]:=kappa*t;
365modelMatrix[36][40]:=kappa*c*t;
366modelMatrix[36][44]:=c*t;
367modelMatrix[36][50]:=kappa*c*t;
368modelMatrix[37][5]:=c*t;
369modelMatrix[37][21]:=kappa*c*t;
370modelMatrix[37][33]:=kappa*c*t;
371modelMatrix[37][36]:=kappa*t;
372modelMatrix[37][38]:=kappa*t;
373modelMatrix[37][39]:=t;
374modelMatrix[37][41]:=kappa*c*t;
375modelMatrix[37][45]:=c*t;
376modelMatrix[37][51]:=kappa*c*t;
377modelMatrix[38][6]:=c*t;
378modelMatrix[38][22]:=kappa*c*t;
379modelMatrix[38][34]:=kappa*c*t;
380modelMatrix[38][36]:=t;
381modelMatrix[38][37]:=kappa*t;
382modelMatrix[38][39]:=kappa*t;
383modelMatrix[38][42]:=kappa*c*t;
384modelMatrix[38][46]:=c*t;
385modelMatrix[38][52]:=kappa*c*t;
386modelMatrix[39][7]:=c*t;
387modelMatrix[39][23]:=kappa*c*t;
388modelMatrix[39][35]:=kappa*c*t;
389modelMatrix[39][36]:=kappa*t;
390modelMatrix[39][37]:=t;
391modelMatrix[39][38]:=kappa*t;
392modelMatrix[39][43]:=kappa*c*t;
393modelMatrix[39][47]:=c*t;
394modelMatrix[39][53]:=kappa*c*t;
395modelMatrix[40][8]:=c*t;
396modelMatrix[40][24]:=kappa*c*t;
397modelMatrix[40][32]:=c*t;
398modelMatrix[40][36]:=kappa*c*t;
399modelMatrix[40][41]:=kappa*t;
400modelMatrix[40][42]:=t;
401modelMatrix[40][43]:=kappa*t;
402modelMatrix[40][44]:=kappa*c*t;
403modelMatrix[41][9]:=c*t;
404modelMatrix[41][25]:=kappa*c*t;
405modelMatrix[41][33]:=c*t;
406modelMatrix[41][37]:=kappa*c*t;
407modelMatrix[41][40]:=kappa*t;
408modelMatrix[41][42]:=kappa*t;
409modelMatrix[41][43]:=t;
410modelMatrix[41][45]:=kappa*c*t;
411modelMatrix[41][54]:=kappa*c*t;
412modelMatrix[42][10]:=c*t;
413modelMatrix[42][26]:=kappa*c*t;
414modelMatrix[42][34]:=c*t;
415modelMatrix[42][38]:=kappa*c*t;
416modelMatrix[42][40]:=t;
417modelMatrix[42][41]:=kappa*t;
418modelMatrix[42][43]:=kappa*t;
419modelMatrix[42][46]:=kappa*c*t;
420modelMatrix[42][55]:=kappa*c*t;
421modelMatrix[43][11]:=c*t;
422modelMatrix[43][27]:=kappa*c*t;
423modelMatrix[43][35]:=c*t;
424modelMatrix[43][39]:=kappa*c*t;
425modelMatrix[43][40]:=kappa*t;
426modelMatrix[43][41]:=t;
427modelMatrix[43][42]:=kappa*t;
428modelMatrix[43][47]:=kappa*c*t;
429modelMatrix[43][56]:=kappa*c*t;
430modelMatrix[44][12]:=c*t;
431modelMatrix[44][28]:=kappa*c*t;
432modelMatrix[44][32]:=kappa*c*t;
433modelMatrix[44][36]:=c*t;
434modelMatrix[44][40]:=kappa*c*t;
435modelMatrix[44][45]:=kappa*t;
436modelMatrix[44][46]:=t;
437modelMatrix[44][47]:=kappa*t;
438modelMatrix[44][57]:=kappa*c*t;
439modelMatrix[45][13]:=c*t;
440modelMatrix[45][29]:=kappa*c*t;
441modelMatrix[45][33]:=kappa*c*t;
442modelMatrix[45][37]:=c*t;
443modelMatrix[45][41]:=kappa*c*t;
444modelMatrix[45][44]:=kappa*t;
445modelMatrix[45][46]:=kappa*t;
446modelMatrix[45][47]:=t;
447modelMatrix[45][58]:=kappa*c*t;
448modelMatrix[46][14]:=c*t;
449modelMatrix[46][30]:=kappa*c*t;
450modelMatrix[46][34]:=kappa*c*t;
451modelMatrix[46][38]:=c*t;
452modelMatrix[46][42]:=kappa*c*t;
453modelMatrix[46][44]:=t;
454modelMatrix[46][45]:=kappa*t;
455modelMatrix[46][47]:=kappa*t;
456modelMatrix[46][59]:=kappa*c*t;
457modelMatrix[47][15]:=c*t;
458modelMatrix[47][31]:=kappa*c*t;
459modelMatrix[47][35]:=kappa*c*t;
460modelMatrix[47][39]:=c*t;
461modelMatrix[47][43]:=kappa*c*t;
462modelMatrix[47][44]:=kappa*t;
463modelMatrix[47][45]:=t;
464modelMatrix[47][46]:=kappa*t;
465modelMatrix[47][60]:=kappa*c*t;
466modelMatrix[48][1]:=kappa*c*t;
467modelMatrix[48][17]:=c*t;
468modelMatrix[48][33]:=kappa*c*t;
469modelMatrix[48][49]:=t;
470modelMatrix[48][51]:=kappa*c*t;
471modelMatrix[48][54]:=c*t;
472modelMatrix[48][58]:=kappa*c*t;
473modelMatrix[49][3]:=kappa*c*t;
474modelMatrix[49][19]:=c*t;
475modelMatrix[49][35]:=kappa*c*t;
476modelMatrix[49][48]:=t;
477modelMatrix[49][53]:=kappa*c*t;
478modelMatrix[49][56]:=c*t;
479modelMatrix[49][60]:=kappa*c*t;
480modelMatrix[50][4]:=kappa*c*t;
481modelMatrix[50][20]:=c*t;
482modelMatrix[50][36]:=kappa*c*t;
483modelMatrix[50][51]:=kappa*t;
484modelMatrix[50][52]:=t;
485modelMatrix[50][53]:=kappa*t;
486modelMatrix[50][57]:=c*t;
487modelMatrix[51][5]:=kappa*c*t;
488modelMatrix[51][21]:=c*t;
489modelMatrix[51][37]:=kappa*c*t;
490modelMatrix[51][48]:=kappa*c*t;
491modelMatrix[51][50]:=kappa*t;
492modelMatrix[51][52]:=kappa*t;
493modelMatrix[51][53]:=t;
494modelMatrix[51][54]:=kappa*c*t;
495modelMatrix[51][58]:=c*t;
496modelMatrix[52][6]:=kappa*c*t;
497modelMatrix[52][22]:=c*t;
498modelMatrix[52][38]:=kappa*c*t;
499modelMatrix[52][50]:=t;
500modelMatrix[52][51]:=kappa*t;
501modelMatrix[52][53]:=kappa*t;
502modelMatrix[52][55]:=kappa*c*t;
503modelMatrix[52][59]:=c*t;
504modelMatrix[53][7]:=kappa*c*t;
505modelMatrix[53][23]:=c*t;
506modelMatrix[53][39]:=kappa*c*t;
507modelMatrix[53][49]:=kappa*c*t;
508modelMatrix[53][50]:=kappa*t;
509modelMatrix[53][51]:=t;
510modelMatrix[53][52]:=kappa*t;
511modelMatrix[53][56]:=kappa*c*t;
512modelMatrix[53][60]:=c*t;
513modelMatrix[54][9]:=kappa*c*t;
514modelMatrix[54][25]:=c*t;
515modelMatrix[54][41]:=kappa*c*t;
516modelMatrix[54][48]:=c*t;
517modelMatrix[54][51]:=kappa*c*t;
518modelMatrix[54][55]:=kappa*c*t;
519modelMatrix[54][56]:=t;
520modelMatrix[54][58]:=kappa*c*t;
521modelMatrix[55][10]:=kappa*c*t;
522modelMatrix[55][26]:=c*t;
523modelMatrix[55][42]:=kappa*c*t;
524modelMatrix[55][52]:=kappa*c*t;
525modelMatrix[55][54]:=kappa*c*t;
526modelMatrix[55][56]:=kappa*c*t;
527modelMatrix[55][59]:=kappa*c*t;
528modelMatrix[56][11]:=kappa*c*t;
529modelMatrix[56][27]:=c*t;
530modelMatrix[56][43]:=kappa*c*t;
531modelMatrix[56][49]:=c*t;
532modelMatrix[56][53]:=kappa*c*t;
533modelMatrix[56][54]:=t;
534modelMatrix[56][55]:=kappa*c*t;
535modelMatrix[56][60]:=kappa*c*t;
536modelMatrix[57][12]:=kappa*c*t;
537modelMatrix[57][28]:=t;
538modelMatrix[57][44]:=kappa*c*t;
539modelMatrix[57][50]:=c*t;
540modelMatrix[57][58]:=kappa*c*t;
541modelMatrix[57][59]:=t;
542modelMatrix[57][60]:=kappa*c*t;
543modelMatrix[58][13]:=kappa*c*t;
544modelMatrix[58][29]:=c*t;
545modelMatrix[58][45]:=kappa*c*t;
546modelMatrix[58][48]:=kappa*c*t;
547modelMatrix[58][51]:=c*t;
548modelMatrix[58][54]:=kappa*c*t;
549modelMatrix[58][57]:=kappa*c*t;
550modelMatrix[58][59]:=kappa*c*t;
551modelMatrix[58][60]:=t;
552modelMatrix[59][14]:=kappa*c*t;
553modelMatrix[59][30]:=t;
554modelMatrix[59][46]:=kappa*c*t;
555modelMatrix[59][52]:=c*t;
556modelMatrix[59][55]:=kappa*c*t;
557modelMatrix[59][57]:=t;
558modelMatrix[59][58]:=kappa*c*t;
559modelMatrix[59][60]:=kappa*c*t;
560modelMatrix[60][15]:=kappa*c*t;
561modelMatrix[60][31]:=c*t;
562modelMatrix[60][47]:=kappa*c*t;
563modelMatrix[60][49]:=kappa*c*t;
564modelMatrix[60][53]:=c*t;
565modelMatrix[60][56]:=kappa*c*t;
566modelMatrix[60][57]:=kappa*c*t;
567modelMatrix[60][58]:=t;
568modelMatrix[60][59]:=kappa*c*t;
569
570
571vectorOfFrequencies={
572{0.09810421316102973}
573{0.02278249499948084}
574{0.0103838582650695}
575{0.05207427428452762}
576{0.05450234064501652}
577{0.01265694166637824}
578{0.005768810147260831}
579{0.02893015238029313}
580{0.05009576842265348}
581{0.01163361446782}
582{0.005302395709822721}
583{0.02659111878358857}
584{0.0716647798268515}
585{0.01664253180813139}
586{0.007585371640440838}
587{0.03804007270430033}
588{0.02422953796550475}
589{0.005626764740804422}
590{0.002564579847849634}
591{0.01286117655041011}
592{0.01346085442528042}
593{0.003125980411558012}
594{0.001424766582138685}
595{0.00714509808356117}
596{0.0123725300249386}
597{0.00287324156977247}
598{0.001309572688263643}
599{0.006567409302337075}
600{0.01769959156345383}
601{0.004110331690091173}
602{0.001873416484599378}
603{0.009395043863065538}
604{0.04862851325943961}
605{0.01129287748678929}
606{0.005147093820509405}
607{0.02581229139837552}
608{0.02701584069968867}
609{0.006273820825994051}
610{0.002859496566949669}
611{0.0143401618879864}
612{0.02483158123886278}
613{0.005766575737934958}
614{0.002628303227494164}
615{0.01318074454385133}
616{0.03552295649448425}
617{0.00824940695843473}
618{0.003759933783776374}
619{0.0188557873335651}
620{0.006846552901398386}
621{0.01564926377462488}
622{0.01637894174824331}
623{0.003803640500776881}
624{0.001733632064979939}
625{0.008694035430347156}
626{0.003496112119863006}
627{0.00159346606823688}
628{0.007991113416829728}
629{0.02153656595832843}
630{0.005001382615915133}
631{0.002279541736505537}
632{0.0114317316935203}
633};
634Model theModel=(modelMatrix,vectorOfFrequencies);
635TRY_NUMERIC_SEQUENCE_MATCH=0;
636ACCEPT_ROOTED_TREES=0;
637
638UseModel (theModel);
639Tree givenTree=(U68496,U68497,((U68498,(U68499,U68500)Node7)Node5,(U68501,(U68502,(U68503,((((U68504,U68506)Node19,U68505)Node18,U68507)Node17,U68508)Node16)Node14)Node12)Node10)Node4);
640
641givenTree.U68496.t=0.1930890973257582;
642givenTree.U68497.t=0.6424612223788787;
643givenTree.U68498.t=0.409121209278724;
644givenTree.U68499.t=0.2307021519626118;
645givenTree.U68500.t=0.8109768825230198;
646givenTree.Node7.t=0.6770911492487591;
647givenTree.Node5.t=0.192056403882526;
648givenTree.U68501.t=1.068413022713992;
649givenTree.U68502.t=1.553405763007259;
650givenTree.U68503.t=1.569000404650932;
651givenTree.U68504.t=0.1542179615342612;
652givenTree.U68506.t=0.5708195775387649;
653givenTree.Node19.t=0.4514474490820354;
654givenTree.U68505.t=0.2461875505020575;
655givenTree.Node18.t=0.2979766094476649;
656givenTree.U68507.t=0.4958919610910434;
657givenTree.Node17.t=0.2823906966108597;
658givenTree.U68508.t=1.611576611031497;
659givenTree.Node16.t=0.4108260863152219;
660givenTree.Node14.t=0.5198983543648987;
661givenTree.Node12.t=0.2732130787806588;
662givenTree.Node10.t=0.3908328965048091;
663givenTree.Node4.t=1.241058558313147;SetParameter (DEFER_CONSTRAINT_APPLICATION, 1, 0);
664SetParameter (DEFER_CONSTRAINT_APPLICATION, 0, 0);
665
666DataSet ds = ReadDataFile(USE_NEXUS_FILE_DATA);
667DataSetFilter filteredData = CreateFilter(ds,3,"0-272","0-8,10,9,11,12","TAA,TAG,TGA");
668ASSUME_REVERSIBLE_MODELS=0;
669USE_LAST_RESULTS=1;
670LikelihoodFunction lf = (filteredData,givenTree);
671
672END;