1@HD VN:1.4 GO:none SO:coordinate 2@SQ SN:21 LN:29940 3@PG ID:razers3 PN:razers3 VN:3.2[ba24c47] CL:-rr 100 -i 96.0 -f -ll 300 --le 80 -m 10 -pa -dr 1 -o /home/takifugu/sabrina7/Development/seqan-git2/seqan/apps/bs_tools/tests/reads_pe_N6000.CT.sam /home/takifugu/sabrina7/Development/seqan-git2/seqan/apps/bs_tools/tests/hg18_chr21_3000.CT.fa /home/takifugu/sabrina7/Development/seqan-git2/seqan/apps/bs_tools/tests/reads_pe_N6000.CT.L.fastq /home/takifugu/sabrina7/Development/seqan-git2/seqan/apps/bs_tools/tests/reads_pe_N6000.GA.R.fastq 4@PG ID:razers3.1 PN:razers3 VN:3.2[ba24c47] CL:-rr 100 -i 96.0 -r -ll 300 --le 80 -m 10 -pa -dr 1 -o /home/takifugu/sabrina7/Development/seqan-git2/seqan/apps/bs_tools/tests/reads_pe_N6000.GA.sam /home/takifugu/sabrina7/Development/seqan-git2/seqan/apps/bs_tools/tests/hg18_chr21_3000.GA.fa /home/takifugu/sabrina7/Development/seqan-git2/seqan/apps/bs_tools/tests/reads_pe_N6000.CT.L.fastq /home/takifugu/sabrina7/Development/seqan-git2/seqan/apps/bs_tools/tests/reads_pe_N6000.GA.R.fastq 5simulated_2.1673/2 163 21 38 15 100M = 262 324 TAAAAAAAATTCAAATCAAAACAATAAAACTATTTTATAATTATCAAAAAAATAAAAATTAAAAAATCTGAAAACACTAAATCCTATATACTAAAGAAAC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:2GGG2G6G10G13G2G5GGG11G1GG12G6G1G4GGG5 NM:i:0 6simulated_2.2333/2 163 21 66 231 100M = 241 274 ACTATTTTATAATTATCAAAAAAATAAAAATTAAAAAATCTGAAAACACTAAATCCTATATACTAAAAAAACTAAAACTCTTAAATACTAATATTAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:11G2G5GGG11G1GG12G6G1G4GGGG5GG8G5GG1G2GGG2 NM:i:0 7simulated_2.873/2 163 21 73 1 100M = 271 299 TATAATTATCAAAAAAATAAAAATTAAAAAATCTGAAAACACTAAATCCTATATACTAAAAAAACTAAAACTCTTAAATACTAATATTAAAAATAAAAAT AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:4G2G5GGG11G1GG12G6G1G4GGGG5GG8G5GG1G2GGG3GG4 NM:i:0 8simulated_2.2032/2 163 21 92 249 100M = 281 289 AAAATTAAAAAATCTGAAAACACTAAATCCTATATACTAAAAAAACTAAAACTCTTACATACTAATATTAAAAATAAAAATTATTAATCAATTTAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:8G1GG12G6G1G4GGGG5GG8G5GG1G2GGG3GG5G3G7GG1G2 NM:i:1 9simulated_2.454/2 163 21 100 21 100M = 296 296 AAAATCTGAAAACACTAAATCCTATATACTAAAAAAACTAAAACTCTTAAATACTGATATTAAAAATAAAAATTATTAATCAATTTAAAGAACAATTTAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:G1GG12G6G1G4GGGG5GG8G6G1G2GGG3GG5G3G7GG10G1 NM:i:0 10simulated_2.1201/1 99 21 105 73 100M = 316 312 TTGAAAATACTGAATCTTGTGTATTGGGGAAATTGGAATTTTTAGACATTGGTGTTGGGAATCGAAATTCTTAGTTAATTTGGAGAATAATTTGATATTT AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAA,AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:C6C8C6C8C5C1C5T1C13G6G5C11C7C4 NM:i:3 11simulated_2.2243/1 99 21 119 103 100M = 325 306 TCTTGTGTATTGGGGAAATTGGAATTTTTAGATATTGGTGTTGGGAATGGAAATTGTTAGTTAATTTGGAGAATAATTTGATATTTATTAGTAGAGTTGA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:2C6C8C5C1C7C26C11C7C5C8C3 NM:i:0 12simulated_2.2043/1 99 21 122 88 14M1D86M = 312 290 TGTGTATTGGGGAATTGGAATTTTTAGATATTGGTGTTGGGAATGGAAATTGTTAGTTAATTTGGAGAATAATTTGATATTTATTAGTAGAGTTGAGAAT AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:6C7AC5C1C7C26C11C7C5C8C7 NM:i:1 13simulated_2.120/2 163 21 124 242 100M = 320 296 TATACTAAAAAAACTAAAACTCTTAAATACTAATATTAAAAATAAAAATTATTAACCAATTTAAAAAACAATTTAACATTTACTAATAAAGCTAAAAATA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:1G4GGGG5GG8G5GG1G2GGG3GG5G3GT6GG1G8G10G2G4G1G4 NM:i:1 14simulated_2.1921/2 163 21 133 40 100M = 334 301 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AAATATGTACAAATATTACTAAAAATATTTATAATAACATTAATTATCATAAATAAAGAATAATAATATAATTTAACTATATACCAATCCAAATCTCATC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:GG6G5G2G4GG2G5G3G4G3G1A4G9G1G4GG3GG2G1G1G17 NM:i:1 33simulated_2.2741/1 99 21 268 27 100M = 470 302 GTGTAAATGTTGTTAAGGATGTTTATGATAGTATTGATTGTAATAAGTAAAGAATAGTGATATGGTTTGGTTGTGTGTTAATTTAAATTTTATTTGAAAT AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:3C8C18C38C6CC3CC4C1C2C2G3 NM:i:1 34simulated_2.873/1 83 21 271 1 43M1D57M = 73 -299 CAAATATTACTAAAAATATTTATAATAACATTAATTATAATAATAAAGAATAATAATATAATTTAACTATATACCAATCCAAATCTCATCTAAAATTCCC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:5G2G4GG2G5G3G4G3G6G9G1G4GG3GG2G1G1G18GG7 NM:i:1 35simulated_2.2032/1 83 21 281 249 100M = 92 -289 TAAAAATATTTATAATAACATTAATCATAATAAATAAAGAATAATAATATAATTTAACTATATACCAATGCAAATCTCATCTAAAATTCCCACGTATTAT AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:3GG2G5G3G4G2TG6G9G1G4GG3GG2G1G1G5C12GG11G4 NM:i:2 36simulated_2.293/1 99 21 283 13 23M1I76M = 499 316 AGGATGTTTATGATAGTATTGATATGTAATAAGTAAAGAATAGTGATATGGTTTGGTTGTGTGTTAATTTAAATTTTATTTGAAATTTTTACGTGTTATG AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:16C38C6CC3CC4C1C2C2G4CCC10 NM:i:2 37simulated_2.2396/1 99 21 287 15 40M1I59M = 496 309 TGTTTATGATAGTATTGATTGTAATAAGTAAAGAATAGTGTATATGGTTTGGTTGTGTGTTAATTTAAATTTTATTTGAAATTTTTACGTGTTATGTGGG AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:12C38C6CC3CC4C1C2C2G4CCC14 NM:i:2 38simulated_2.2490/1 99 21 292 27 100M = 478 286 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AACTAAATATTAATAAATACCAAAAATAAATTCATTCAATAAAACATTAAAAAAAAACCATATTTTCACTCCTACTCTATCAATATAAATATAACACCAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA,AA DD:i:31 MD:Z:5GG7G1G6G2GG11G6G4GGG17G4G8T9A2 NM:i:4 1817simulated_2.1114/2 163 21 9442 230 12M1I4M2I81M = 9605 263 GAATATTAATAACATACCAAAAATAAATTCATTCAATAAAACATTAAAAAAAAACCATATTTTCACTCCTACTCTATCAATATAAATATAACACAAAAAT ,AAAAAAAAAAA,AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:AGG7G1G6G2GG11G6G4GGG17G4G8T15 NM:i:5 1818simulated_2.403/1 99 21 9450 252 8M2I90M = 9623 274 ATGAGTATTAAAAGTAGGTTTATTTAATAGAATATTGAAAAGGGATTATATTTTTATTTTTGTTTTGTTAATATAGATACAACATAAAAATATTATTTGT AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:7C10C3C7C12CC7C1C1CC2C1C3C6T3T4C11C2C NM:i:4 1819simulated_2.373/1 83 21 9453 82 5M2I93M = 9249 -302 AATACCAAAAATAAATTCATTCAATAAAACATTAAAAAAAAACCATATTTTCACTCCTACTCTATCAATATAAATATAACACAAAAATATTATCTGCCAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:1G6G2GG11G6G4GGG17G4G8T26G NM:i:3 1820simulated_2.1835/2 163 21 9454 7 4M2I94M = 9685 332 ATACCAAAAATAAATTCATTCAATAAAACATTAAAAAAAAACCATATTTTCACTCCTACTCTATCAATATAAATATAACACAAAAATATTATCTTCCAAT AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAA DD:i:31 MD:Z:G6G2GG11G6G4GGG17G4G8T22G3G1 NM:i:4 1821simulated_2.273/1 99 21 9464 100 100M = 9661 297 GGTTTATTTAATAGAATATTGAAAAGGGATTATATTTTTATTTTTGTTTTGTTAATATAGATATAATATAAAAATATTATTTGTTAGTAAGAATGGTTTT AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:4C3C7C12CC7C1C1CC2C1C3C6T6C1C11C2CC11CC2 NM:i:1 1822simulated_2.2624/2 147 21 9471 11 100M = 9248 -323 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27213 -292 TGGATGTTTAGGTAGAAGTTTGTTGTAGGGGAAGAGTTTTTATGGAGAATTTTTGTTAGAGGTAGTGTGGAAGGGAAATATGGAGGGGAAGTTTTTAATA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:7CC3C12C10CCC1C8CC1C2C5C28CCCC3C1 NM:i:1 5313simulated_2.23/1 99 21 27410 22 19M1D73M1D8M = 27619 308 TGTTTAGGTAGAAGTTTGTGTAGGGGAAGAGTTTTTATGGAGAATTTTTGTTAGGGTAGTGTGGAAGGGAAATATGGAGGGGAAGTTTTTAAATAGAGTT AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA DD:i:31 MD:Z:3CC3C10T1C10CCC1C8CC1C2C5C28CCCC3C1C5C NM:i:2 5314simulated_2.2121/1 99 21 27412 31 100M = 27618 305 TTGAGGTAGAAGTTTGTTGTAGGGGAAGAGTTTTTATGGAGAATTTTTGTTAGGGTAGTGTGGAAGGGAAATATGGAGGGGAAGTTTTTAATAAAGAGTT AA,AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAA DD:i:31 MD:Z:1CC3C12C10CCC1C8CC1C2C5C28CCCC3C1C5C NM:i:2 5315simulated_2.1320/1 99 21 27414 39 100M = 27561 246 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