1 /* 2 * R : A Computer Language for Statistical Data Analysis 3 * Copyright (C) 2012-2019 The R Core Team. 4 * 5 * This program is free software; you can redistribute it and/or modify 6 * it under the terms of the GNU General Public License as published by 7 * the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or 8 * (at your option) any later version. 9 * 10 * This program is distributed in the hope that it will be useful, 11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of 12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the 13 * GNU General Public License for more details. 14 * 15 * You should have received a copy of the GNU General Public License 16 * along with this program; if not, a copy is available at 17 * https://www.R-project.org/Licenses/ 18 */ 19 20 /* auxiliary */ 21 SEXP getListElement(SEXP list, char *str); 22 23 /* Declarations for .Call entry points */ 24 25 SEXP logit_link(SEXP mu); 26 SEXP logit_linkinv(SEXP eta); 27 SEXP logit_mu_eta(SEXP eta); 28 SEXP binomial_dev_resids(SEXP y, SEXP mu, SEXP wt); 29 30 SEXP cutree(SEXP merge, SEXP which); 31 SEXP rWishart(SEXP ns, SEXP nuP, SEXP scal); 32 SEXP Cdqrls(SEXP x, SEXP y, SEXP tol, SEXP chk); 33 SEXP Cdist(SEXP x, SEXP method, SEXP attrs, SEXP p); 34 SEXP r2dtable(SEXP n, SEXP r, SEXP c); 35 SEXP cor(SEXP x, SEXP y, SEXP na_method, SEXP method); 36 SEXP cov(SEXP x, SEXP y, SEXP na_method, SEXP method); 37 SEXP updateform(SEXP old, SEXP new); 38 SEXP fft(SEXP z, SEXP inverse); 39 SEXP mvfft(SEXP z, SEXP inverse); 40 SEXP nextn(SEXP n, SEXP factors); 41 42 SEXP cfilter(SEXP sx, SEXP sfilter, SEXP ssides, SEXP scircular); 43 SEXP rfilter(SEXP x, SEXP filter, SEXP out); 44 SEXP lowess(SEXP x, SEXP y, SEXP sf, SEXP siter, SEXP sdelta); 45 SEXP DoubleCentre(SEXP A); 46 SEXP BinDist(SEXP x, SEXP weights, SEXP slo, SEXP sup, SEXP sn); 47 48 SEXP do_dchisq(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI); 49 SEXP do_dexp(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI); 50 SEXP do_dgeom(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI); 51 SEXP do_dpois(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI); 52 SEXP do_dt(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI); 53 SEXP do_dsignrank(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI); 54 SEXP do_pchisq(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI, SEXP sJ); 55 SEXP do_qchisq(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI, SEXP sJ); 56 SEXP do_pexp(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI, SEXP sJ); 57 SEXP do_qexp(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI, SEXP sJ); 58 SEXP do_pgeom(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI, SEXP sJ); 59 SEXP do_qgeom(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI, SEXP sJ); 60 SEXP do_ppois(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI, SEXP sJ); 61 SEXP do_qpois(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI, SEXP sJ); 62 SEXP do_pt(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI, SEXP sJ); 63 SEXP do_qt(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI, SEXP sJ); 64 SEXP do_psignrank(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI, SEXP sJ); 65 SEXP do_qsignrank(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sI, SEXP sJ); 66 67 SEXP do_dbeta(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 68 SEXP do_dbinom(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 69 SEXP do_dcauchy(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 70 SEXP do_df(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 71 SEXP do_dgamma(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 72 SEXP do_dlnorm(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 73 SEXP do_dlogis(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 74 SEXP do_dnbinom(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 75 SEXP do_dnbinom_mu(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 76 SEXP do_dnorm(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 77 SEXP do_dweibull(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 78 SEXP do_dunif(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 79 SEXP do_dnt(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 80 SEXP do_dnchisq(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 81 SEXP do_dwilcox(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI); 82 SEXP do_pbeta(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 83 SEXP do_qbeta(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 84 SEXP do_pbinom(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 85 SEXP do_qbinom(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 86 SEXP do_pcauchy(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 87 SEXP do_qcauchy(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 88 SEXP do_pf(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 89 SEXP do_qf(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 90 SEXP do_pgamma(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 91 SEXP do_qgamma(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 92 SEXP do_plnorm(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 93 SEXP do_qlnorm(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 94 SEXP do_plogis(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 95 SEXP do_qlogis(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 96 SEXP do_pnbinom(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 97 SEXP do_qnbinom(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 98 SEXP do_pnbinom_mu(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 99 SEXP do_qnbinom_mu(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 100 SEXP do_pnorm(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 101 SEXP do_qnorm(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 102 SEXP do_pweibull(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 103 SEXP do_qweibull(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 104 SEXP do_punif(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 105 SEXP do_qunif(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 106 SEXP do_pnt(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 107 SEXP do_qnt(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 108 SEXP do_pnchisq(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 109 SEXP do_qnchisq(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 110 SEXP do_pwilcox(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 111 SEXP do_qwilcox(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sI, SEXP sJ); 112 113 SEXP do_dhyper(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sd, SEXP sI); 114 SEXP do_dnbeta(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sd, SEXP sI); 115 SEXP do_dnf(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sd, SEXP sI); 116 SEXP do_phyper(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sd, SEXP sI, SEXP sJ); 117 SEXP do_qhyper(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sd, SEXP sI, SEXP sJ); 118 SEXP do_pnbeta(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sd, SEXP sI, SEXP sJ); 119 SEXP do_qnbeta(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sd, SEXP sI, SEXP sJ); 120 SEXP do_pnf(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sd, SEXP sI, SEXP sJ); 121 SEXP do_qnf(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sd, SEXP sI, SEXP sJ); 122 SEXP do_ptukey(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sd, SEXP sI, SEXP sJ); 123 SEXP do_qtukey(SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc, SEXP sd, SEXP sI, SEXP sJ); 124 125 SEXP do_rchisq(SEXP sn, SEXP sa); 126 SEXP do_rexp(SEXP sn, SEXP sa); 127 SEXP do_rgeom(SEXP sn, SEXP sa); 128 SEXP do_rpois(SEXP sn, SEXP sa); 129 SEXP do_rt(SEXP sn, SEXP sa); 130 SEXP do_rsignrank(SEXP sn, SEXP sa); 131 132 SEXP do_rbeta(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 133 SEXP do_rbinom(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 134 SEXP do_rcauchy(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 135 SEXP do_rf(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 136 SEXP do_rgamma(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 137 SEXP do_rlnorm(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 138 SEXP do_rlogis(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 139 SEXP do_rnbinom(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 140 SEXP do_rnorm(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 141 SEXP do_runif(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 142 SEXP do_rweibull(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 143 SEXP do_rwilcox(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 144 SEXP do_rnchisq(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 145 SEXP do_rnbinom_mu(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb); 146 147 SEXP do_rhyper(SEXP sn, SEXP sa, SEXP sb, SEXP sc); 148 149 SEXP do_rmultinom(SEXP sn, SEXP ssize, SEXP sprob); 150 151 /* Declarations for .External[2] entry points */ 152 153 SEXP compcases(SEXP args); 154 SEXP doD(SEXP args); 155 SEXP deriv(SEXP args); 156 SEXP modelframe(SEXP call, SEXP op, SEXP args, SEXP rho); 157 SEXP modelmatrix(SEXP call, SEXP op, SEXP args, SEXP rho); 158 SEXP termsform(SEXP args); 159 SEXP do_fmin(SEXP call, SEXP op, SEXP args, SEXP rho); 160 SEXP nlm(SEXP call, SEXP op, SEXP args, SEXP rho); 161 SEXP zeroin2(SEXP call, SEXP op, SEXP args, SEXP rho); 162 SEXP optim(SEXP call, SEXP op, SEXP args, SEXP rho); 163 SEXP optimhess(SEXP call, SEXP op, SEXP args, SEXP rho); 164 SEXP call_dqagi(SEXP); 165 SEXP call_dqags(SEXP); 166 167 SEXP Rsm(SEXP x, SEXP stype, SEXP send); 168 SEXP tukeyline(SEXP x, SEXP y, SEXP iter, SEXP call); 169 SEXP runmed(SEXP sx, SEXP stype, SEXP sk, SEXP end, SEXP naAct, SEXP printLev); 170 SEXP influence(SEXP mqr, SEXP e, SEXP stol); 171 172 SEXP pSmirnov2x(SEXP statistic, SEXP snx, SEXP sny); 173 SEXP pKolmogorov2x(SEXP statistic, SEXP sn); 174 SEXP pKS2(SEXP sn, SEXP stol); 175 176 SEXP ksmooth(SEXP x, SEXP y, SEXP snp, SEXP skrn, SEXP sbw); 177 178 SEXP SplineCoef(SEXP method, SEXP x, SEXP y); 179 SEXP SplineEval(SEXP xout, SEXP z); 180 181 SEXP ApproxTest(SEXP x, SEXP y, SEXP method, SEXP f, SEXP na_rm); 182 SEXP Approx(SEXP x, SEXP y, SEXP v, SEXP method, 183 SEXP yleft, SEXP yright, SEXP f, SEXP na_rm); 184 185 SEXP LogLin(SEXP dtab, SEXP conf, SEXP table, SEXP start, 186 SEXP snmar, SEXP eps, SEXP iter); 187 188 SEXP pAnsari(SEXP q, SEXP sm, SEXP sn); 189 SEXP qAnsari(SEXP p, SEXP sm, SEXP sn); 190 SEXP pKendall(SEXP q, SEXP sn); 191 SEXP pRho(SEXP q, SEXP sn, SEXP lower); 192 SEXP SWilk(SEXP x); 193 194 SEXP bw_den(SEXP nbin, SEXP sx); 195 SEXP bw_den_binned(SEXP sx); 196 SEXP bw_ucv(SEXP sn, SEXP sd, SEXP cnt, SEXP sh); 197 SEXP bw_bcv(SEXP sn, SEXP sd, SEXP cnt, SEXP sh); 198 SEXP bw_phi4(SEXP sn, SEXP sd, SEXP cnt, SEXP sh); 199 SEXP bw_phi6(SEXP sn, SEXP sd, SEXP cnt, SEXP sh); 200 201 SEXP Fexact(SEXP x, SEXP pars, SEXP work, SEXP smult); 202 SEXP Fisher_sim(SEXP sr, SEXP sc, SEXP sB); 203 SEXP chisq_sim(SEXP sr, SEXP sc, SEXP sB, SEXP E); 204 SEXP d2x2xk(SEXP sK, SEXP sm, SEXP sn, SEXP st, SEXP srn); 205 206 SEXP stats_signrank_free(void); 207 SEXP stats_wilcox_free(void); 208