1### R code from vignette source 'etmCIF_tutorial.Rnw'
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3###################################################
4### code chunk number 1: etmCIF_tutorial.Rnw:34-37
5###################################################
6library(etm)
7library(survival)
8data(abortion)
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11###################################################
12### code chunk number 2: etmCIF_tutorial.Rnw:51-52
13###################################################
14head(abortion)
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17###################################################
18### code chunk number 3: etmCIF_tutorial.Rnw:96-99
19###################################################
20cif.abortion <- etmCIF(Surv(entry, exit, cause != 0) ~ group,
21                   abortion, etype = cause, failcode = 3)
22cif.abortion
23
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25###################################################
26### code chunk number 4: etmCIF_tutorial.Rnw:108-109
27###################################################
28s.cif.ab <- summary(cif.abortion)
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31###################################################
32### code chunk number 5: etmCIF_tutorial.Rnw:116-117
33###################################################
34s.cif.ab
35
36
37###################################################
38### code chunk number 6: etmCIF_tutorial.Rnw:129-130
39###################################################
40plot(cif.abortion)
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43###################################################
44### code chunk number 7: etmCIF_tutorial.Rnw:145-148
45###################################################
46plot(cif.abortion, curvlab = c("Control", "Exposed"), ylim = c(0, 0.6),
47     ci.type = "bars", pos.ci = 27, col = c(1, 2), ci.lwd = 6,
48     lwd = 2, lty = 1, cex = 1.3)
49
50
51###################################################
52### code chunk number 8: etmCIF_tutorial.Rnw:167-170
53###################################################
54plot(cif.abortion, curvlab = c("Control", "Exposed"), ylim = c(0, 0.6),
55     ci.type = "bars", pos.ci = c(27, 28), col = c(1, 1), ci.lwd = 6,
56     lwd = 2, lty = c(2, 1), cex = 1.3)
57
58
59###################################################
60### code chunk number 9: etmCIF_tutorial.Rnw:183-185
61###################################################
62plot(cif.abortion, curvlab = c("Control", "Exposed"), ylim = c(0, 0.5),
63     ci.type = "pointwise", col = c(1, 2), lwd = 2, lty = 1, cex = 1.3)
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66###################################################
67### code chunk number 10: etmCIF_tutorial.Rnw:200-206
68###################################################
69plot(cif.abortion, which.cif = c(1, 2), ylim = c(0, 0.8), lwd = 2,
70     col = c(1, 1, 2, 2), lty = c(1, 2, 1, 2), legend = FALSE)
71legend(0, 0.8, c("Control", "Exposed"), col = c(1, 2), lty = 1,
72       bty = "n", lwd = 2)
73legend(0, 0.7, c("ETOP", "Life Birth"), col = 1, lty = c(1, 2),
74       bty = "n", lwd = 2)
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78### code chunk number 11: etmCIF_tutorial.Rnw:226-232
79###################################################
80abortion$status <- with(abortion, ifelse(cause == 2, "life birth",
81                        ifelse(cause == 1, "ETOP", "spontaneous abortion")))
82abortion$status <- factor(abortion$status)
83
84abortion$treat <- with(abortion, ifelse(group == 0, "control", "exposed"))
85abortion$treat <- factor(abortion$treat)
86
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88###################################################
89### code chunk number 12: etmCIF_tutorial.Rnw:237-240
90###################################################
91new.cif <- etmCIF(Surv(entry, exit, status != 0) ~ treat, abortion,
92                  etype = status, failcode = "spontaneous abortion")
93new.cif
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96###################################################
97### code chunk number 13: etmCIF_tutorial.Rnw:261-262
98###################################################
99trprob(new.cif[[1]], "0 spontaneous abortion", c(1, 10, 27))
100
101
102###################################################
103### code chunk number 14: etmCIF_tutorial.Rnw:276-277 (eval = FALSE)
104###################################################
105## lines(cif.abortion[[2]], tr.choice = "0 1", col = 2, lwd = 2)
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108###################################################
109### code chunk number 15: etmCIF_tutorial.Rnw:282-286
110###################################################
111plot(cif.abortion, curvlab = c("Control", "Exposed"), ylim = c(0, 0.6),
112     ci.type = "bars", pos.ci = c(27, 28), col = c(1, 1), ci.lwd = 6,
113     lwd = 2, lty = c(2, 1), cex = 1.3)
114lines(cif.abortion[[2]], tr.choice = "0 1", col = 2, lwd = 2)
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