1[ moleculetype ] 2; Name nrexcl 3Alanine_dipeptide 3 4 5[ atoms ] 6; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB 7; residue 16 ALA rtp NALA q +1.0 8 1 MNH3 16 ALA MN1 1 0 8.517 ; qtot 0 9 2 MNH3 16 ALA MN2 1 0 8.517 ; qtot 0 10 3 N3 16 ALA N 1 0.1414 0 ; qtot 0.1414 11 4 H 16 ALA H1 2 0.1997 0 ; qtot 0.3411 12 5 H 16 ALA H2 3 0.1997 0 ; qtot 0.5408 13 6 H 16 ALA H3 4 0.1997 0 ; qtot 0.7405 14 7 CT 16 ALA CA 5 0.0962 13.018 ; qtot 0.8367 15 8 HP 16 ALA HA 6 0.0889 0 ; qtot 0.9256 16 9 MCH3 16 ALA MCB1 7 0 7.517 ; qtot 0.9256 17 10 MCH3 16 ALA MCB2 7 0 7.517 ; qtot 0.9256 18 11 CT 16 ALA CB 7 -0.0597 0 ; qtot 0.8659 19 12 HC 16 ALA HB1 8 0.03 0 ; qtot 0.8959 20 13 HC 16 ALA HB2 9 0.03 0 ; qtot 0.9259 21 14 HC 16 ALA HB3 10 0.03 0 ; qtot 0.9559 22 15 C 16 ALA C 11 0.6163 12.01 ; qtot 1.572 23 16 O 16 ALA O 12 -0.5722 16 ; qtot 1 24; residue 17 ALA rtp CALA q -1.0 25 17 N 17 ALA N 13 -0.3821 15.018 ; qtot 0.6179 26 18 H 17 ALA H 14 0.2681 0 ; qtot 0.886 27 19 CT 17 ALA CA 15 -0.1747 13.018 ; qtot 0.7113 28 20 H1 17 ALA HA 16 0.1067 0 ; qtot 0.818 29 21 MCH3 17 ALA MCB1 17 0 7.517 ; qtot 0.818 30 22 MCH3 17 ALA MCB2 17 0 7.517 ; qtot 0.818 31 23 CT 17 ALA CB 17 -0.2093 0 ; qtot 0.6087 32 24 HC 17 ALA HB1 18 0.0764 0 ; qtot 0.6851 33 25 HC 17 ALA HB2 19 0.0764 0 ; qtot 0.7615 34 26 HC 17 ALA HB3 20 0.0764 0 ; qtot 0.8379 35 27 C 17 ALA C 21 0.7731 12.01 ; qtot 1.611 36 28 O2 17 ALA OC1 22 -0.8055 16 ; qtot 0.8055 37 29 O2 17 ALA OC2 23 -0.8055 16 ; qtot 0 38 39[ bonds ] 40; ai aj funct c0 c1 c2 c3 41 3 4 1 42 3 5 1 43 3 6 1 44 3 7 1 45 7 8 1 46 7 11 1 47 7 15 1 48 11 12 1 49 11 13 1 50 11 14 1 51 15 16 1 52 15 17 1 53 17 18 1 54 17 19 1 55 19 20 1 56 19 23 1 57 19 27 1 58 23 24 1 59 23 25 1 60 23 26 1 61 27 28 1 62 27 29 1 63 64[ constraints ] 65; ai aj funct c0 c1 66 1 7 2 67 2 7 2 68 1 2 2 69 7 9 2 70 7 10 2 71 9 10 2 72 19 21 2 73 19 22 2 74 21 22 2 75 76[ pairs ] 77; ai aj funct c0 c1 c2 c3 78 3 12 1 79 3 13 1 80 3 14 1 81 3 16 1 82 3 17 1 83 4 8 1 84 4 11 1 85 4 15 1 86 5 8 1 87 5 11 1 88 5 15 1 89 6 8 1 90 6 11 1 91 6 15 1 92 7 18 1 93 7 19 1 94 8 12 1 95 8 13 1 96 8 14 1 97 8 16 1 98 8 17 1 99 11 16 1 100 11 17 1 101 12 15 1 102 13 15 1 103 14 15 1 104 15 20 1 105 15 23 1 106 15 27 1 107 16 18 1 108 16 19 1 109 17 24 1 110 17 25 1 111 17 26 1 112 17 28 1 113 17 29 1 114 18 20 1 115 18 23 1 116 18 27 1 117 20 24 1 118 20 25 1 119 20 26 1 120 20 28 1 121 20 29 1 122 23 28 1 123 23 29 1 124 24 27 1 125 25 27 1 126 26 27 1 127 128[ angles ] 129; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3 130 4 3 5 1 131 4 3 6 1 132 4 3 7 1 133 5 3 6 1 134 5 3 7 1 135 6 3 7 1 136 3 7 8 1 137 3 7 11 1 138 3 7 15 1 139 8 7 11 1 140 8 7 15 1 141 11 7 15 1 142 7 11 12 1 143 7 11 13 1 144 7 11 14 1 145 12 11 13 1 146 12 11 14 1 147 13 11 14 1 148 7 15 16 1 149 7 15 17 1 150 16 15 17 1 151 15 17 18 1 152 15 17 19 1 153 18 17 19 1 154 17 19 20 1 155 17 19 23 1 156 17 19 27 1 157 20 19 23 1 158 20 19 27 1 159 23 19 27 1 160 19 23 24 1 161 19 23 25 1 162 19 23 26 1 163 24 23 25 1 164 24 23 26 1 165 25 23 26 1 166 19 27 28 1 167 19 27 29 1 168 28 27 29 1 169 170[ dihedrals ] 171; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5 172 4 3 7 8 9 173 4 3 7 11 9 174 4 3 7 15 9 175 5 3 7 8 9 176 5 3 7 11 9 177 5 3 7 15 9 178 6 3 7 8 9 179 6 3 7 11 9 180 6 3 7 15 9 181 3 7 11 12 9 182 3 7 11 13 9 183 3 7 11 14 9 184 8 7 11 12 9 185 8 7 11 13 9 186 8 7 11 14 9 187 15 7 11 12 9 188 15 7 11 13 9 189 15 7 11 14 9 190 3 7 15 16 9 191 3 7 15 17 9 192 8 7 15 16 9 193 8 7 15 17 9 194 11 7 15 16 9 195 11 7 15 17 9 196 7 15 17 18 9 197 7 15 17 19 9 198 16 15 17 18 9 199 16 15 17 19 9 200 15 17 19 20 9 201 15 17 19 23 9 202 15 17 19 27 9 203 18 17 19 20 9 204 18 17 19 23 9 205 18 17 19 27 9 206 17 19 23 24 9 207 17 19 23 25 9 208 17 19 23 26 9 209 20 19 23 24 9 210 20 19 23 25 9 211 20 19 23 26 9 212 27 19 23 24 9 213 27 19 23 25 9 214 27 19 23 26 9 215 17 19 27 28 9 216 17 19 27 29 9 217 20 19 27 28 9 218 20 19 27 29 9 219 23 19 27 28 9 220 23 19 27 29 9 221 222[ dihedrals ] 223; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 224 7 17 15 16 4 225 15 19 17 18 4 226 19 28 27 29 4 227 228[ virtual_sites3 ] 229; ai aj ak al funct c0 c1 230 3 7 1 2 1 231 4 7 1 2 1 232 11 7 9 10 1 233 12 7 9 10 1 234 23 19 21 22 1 235 24 19 21 22 1 236 237[ virtual_sites3 ] 238; ai aj ak al funct c0 c1 239 18 17 15 19 2 240 241[ virtual_sites3 ] 242; ai aj ak al funct c0 c1 c2 243 5 7 1 2 -4 244 6 7 1 2 4 245 13 7 9 10 -4 246 14 7 9 10 4 247 25 19 21 22 -4 248 26 19 21 22 4 249 250[ virtual_sites4 ] 251; ai aj ak al am funct c0 c1 c2 252 8 7 3 11 15 2 253 20 19 17 23 27 2 254 255; Include Position restraint file 256#ifdef POSRES 257#include "posre.itp" 258#endif 259