1; 2; File '1lvz.top' was generated 3; By user: anna (502) 4; On host: phy-freki.physics.uu.se 5; At date: Mon Feb 3 17:42:15 2020 6; 7; This is a standalone topology file 8; 9; Created by: 10; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.4 (-: 11; 12; Executable: /usr/local/gromacs/bin/gmx 13; Data prefix: /usr/local/gromacs 14; Working dir: /Users/anna/Git/NMRreader 15; Command line: 16; gmx -quiet pdb2gmx -f 1lvz.pdb -ignh -ff amber99sb-ildn -water tip3p -p 1lvz.top -o 1lvz.gro 17; Force field was read from the standard GROMACS share directory. 18; 19 20; Include forcefield parameters 21#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp" 22 23[ moleculetype ] 24; Name nrexcl 25Protein_chain_A 3 26 27[ atoms ] 28; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB 29; residue 1 ILE rtp NILE q +1.0 30 1 N3 1 ILE N 1 0.0311 14.01 31 2 H 1 ILE H1 2 0.2329 1.008 32 3 H 1 ILE H2 3 0.2329 1.008 33 4 H 1 ILE H3 4 0.2329 1.008 34 5 CT 1 ILE CA 5 0.0257 12.01 35 6 HP 1 ILE HA 6 0.1031 1.008 36 7 CT 1 ILE CB 7 0.1885 12.01 37 8 HC 1 ILE HB 8 0.0213 1.008 38 9 CT 1 ILE CG2 9 -0.372 12.01 39 10 HC 1 ILE HG21 10 0.0947 1.008 40 11 HC 1 ILE HG22 11 0.0947 1.008 41 12 HC 1 ILE HG23 12 0.0947 1.008 42 13 CT 1 ILE CG1 13 -0.0387 12.01 43 14 HC 1 ILE HG11 14 0.0201 1.008 44 15 HC 1 ILE HG12 15 0.0201 1.008 45 16 CT 1 ILE CD 16 -0.0908 12.01 46 17 HC 1 ILE HD1 17 0.0226 1.008 47 18 HC 1 ILE HD2 18 0.0226 1.008 48 19 HC 1 ILE HD3 19 0.0226 1.008 49 20 C 1 ILE C 20 0.6123 12.01 50 21 O 1 ILE O 21 -0.5713 16 ; qtot 1 51; residue 2 ARG rtp ARG q +1.0 52 22 N 2 ARG N 22 -0.3479 14.01 53 23 H 2 ARG H 23 0.2747 1.008 54 24 CT 2 ARG CA 24 -0.2637 12.01 55 25 H1 2 ARG HA 25 0.156 1.008 56 26 CT 2 ARG CB 26 -0.0007 12.01 57 27 HC 2 ARG HB1 27 0.0327 1.008 58 28 HC 2 ARG HB2 28 0.0327 1.008 59 29 CT 2 ARG CG 29 0.039 12.01 60 30 HC 2 ARG HG1 30 0.0285 1.008 61 31 HC 2 ARG HG2 31 0.0285 1.008 62 32 CT 2 ARG CD 32 0.0486 12.01 63 33 H1 2 ARG HD1 33 0.0687 1.008 64 34 H1 2 ARG HD2 34 0.0687 1.008 65 35 N2 2 ARG NE 35 -0.5295 14.01 66 36 H 2 ARG HE 36 0.3456 1.008 67 37 CA 2 ARG CZ 37 0.8076 12.01 68 38 N2 2 ARG NH1 38 -0.8627 14.01 69 39 H 2 ARG HH11 39 0.4478 1.008 70 40 H 2 ARG HH12 40 0.4478 1.008 71 41 N2 2 ARG NH2 41 -0.8627 14.01 72 42 H 2 ARG HH21 42 0.4478 1.008 73 43 H 2 ARG HH22 43 0.4478 1.008 74 44 C 2 ARG C 44 0.7341 12.01 75 45 O 2 ARG O 45 -0.5894 16 ; qtot 2 76; residue 3 GLU rtp GLU q -1.0 77 46 N 3 GLU N 46 -0.5163 14.01 78 47 H 3 GLU H 47 0.2936 1.008 79 48 CT 3 GLU CA 48 0.0397 12.01 80 49 H1 3 GLU HA 49 0.1105 1.008 81 50 CT 3 GLU CB 50 0.056 12.01 82 51 HC 3 GLU HB1 51 -0.0173 1.008 83 52 HC 3 GLU HB2 52 -0.0173 1.008 84 53 CT 3 GLU CG 53 0.0136 12.01 85 54 HC 3 GLU HG1 54 -0.0425 1.008 86 55 HC 3 GLU HG2 55 -0.0425 1.008 87 56 C 3 GLU CD 56 0.8054 12.01 88 57 O2 3 GLU OE1 57 -0.8188 16 89 58 O2 3 GLU OE2 58 -0.8188 16 90 59 C 3 GLU C 59 0.5366 12.01 91 60 O 3 GLU O 60 -0.5819 16 ; qtot 1 92; residue 4 ASN rtp ASN q 0.0 93 61 N 4 ASN N 61 -0.4157 14.01 94 62 H 4 ASN H 62 0.2719 1.008 95 63 CT 4 ASN CA 63 0.0143 12.01 96 64 H1 4 ASN HA 64 0.1048 1.008 97 65 CT 4 ASN CB 65 -0.2041 12.01 98 66 HC 4 ASN HB1 66 0.0797 1.008 99 67 HC 4 ASN HB2 67 0.0797 1.008 100 68 C 4 ASN CG 68 0.713 12.01 101 69 O 4 ASN OD1 69 -0.5931 16 102 70 N 4 ASN ND2 70 -0.9191 14.01 103 71 H 4 ASN HD21 71 0.4196 1.008 104 72 H 4 ASN HD22 72 0.4196 1.008 105 73 C 4 ASN C 73 0.5973 12.01 106 74 O 4 ASN O 74 -0.5679 16 ; qtot 1 107; residue 5 LEU rtp LEU q 0.0 108 75 N 5 LEU N 75 -0.4157 14.01 109 76 H 5 LEU H 76 0.2719 1.008 110 77 CT 5 LEU CA 77 -0.0518 12.01 111 78 H1 5 LEU HA 78 0.0922 1.008 112 79 CT 5 LEU CB 79 -0.1102 12.01 113 80 HC 5 LEU HB1 80 0.0457 1.008 114 81 HC 5 LEU HB2 81 0.0457 1.008 115 82 CT 5 LEU CG 82 0.3531 12.01 116 83 HC 5 LEU HG 83 -0.0361 1.008 117 84 CT 5 LEU CD1 84 -0.4121 12.01 118 85 HC 5 LEU HD11 85 0.1 1.008 119 86 HC 5 LEU HD12 86 0.1 1.008 120 87 HC 5 LEU HD13 87 0.1 1.008 121 88 CT 5 LEU CD2 88 -0.4121 12.01 122 89 HC 5 LEU HD21 89 0.1 1.008 123 90 HC 5 LEU HD22 90 0.1 1.008 124 91 HC 5 LEU HD23 91 0.1 1.008 125 92 C 5 LEU C 92 0.5973 12.01 126 93 O 5 LEU O 93 -0.5679 16 ; qtot 1 127; residue 6 LYS rtp LYS q +1.0 128 94 N 6 LYS N 94 -0.3479 14.01 129 95 H 6 LYS H 95 0.2747 1.008 130 96 CT 6 LYS CA 96 -0.24 12.01 131 97 H1 6 LYS HA 97 0.1426 1.008 132 98 CT 6 LYS CB 98 -0.0094 12.01 133 99 HC 6 LYS HB1 99 0.0362 1.008 134 100 HC 6 LYS HB2 100 0.0362 1.008 135 101 CT 6 LYS CG 101 0.0187 12.01 136 102 HC 6 LYS HG1 102 0.0103 1.008 137 103 HC 6 LYS HG2 103 0.0103 1.008 138 104 CT 6 LYS CD 104 -0.0479 12.01 139 105 HC 6 LYS HD1 105 0.0621 1.008 140 106 HC 6 LYS HD2 106 0.0621 1.008 141 107 CT 6 LYS CE 107 -0.0143 12.01 142 108 HP 6 LYS HE1 108 0.1135 1.008 143 109 HP 6 LYS HE2 109 0.1135 1.008 144 110 N3 6 LYS NZ 110 -0.3854 14.01 145 111 H 6 LYS HZ1 111 0.34 1.008 146 112 H 6 LYS HZ2 112 0.34 1.008 147 113 H 6 LYS HZ3 113 0.34 1.008 148 114 C 6 LYS C 114 0.7341 12.01 149 115 O 6 LYS O 115 -0.5894 16 ; qtot 2 150; residue 7 ASP rtp ASP q -1.0 151 116 N 7 ASP N 116 -0.5163 14.01 152 117 H 7 ASP H 117 0.2936 1.008 153 118 CT 7 ASP CA 118 0.0381 12.01 154 119 H1 7 ASP HA 119 0.088 1.008 155 120 CT 7 ASP CB 120 -0.0303 12.01 156 121 HC 7 ASP HB1 121 -0.0122 1.008 157 122 HC 7 ASP HB2 122 -0.0122 1.008 158 123 C 7 ASP CG 123 0.7994 12.01 159 124 O2 7 ASP OD1 124 -0.8014 16 160 125 O2 7 ASP OD2 125 -0.8014 16 161 126 C 7 ASP C 126 0.5366 12.01 162 127 O 7 ASP O 127 -0.5819 16 ; qtot 1 163; residue 8 SER rtp SER q 0.0 164 128 N 8 SER N 128 -0.4157 14.01 165 129 H 8 SER H 129 0.2719 1.008 166 130 CT 8 SER CA 130 -0.0249 12.01 167 131 H1 8 SER HA 131 0.0843 1.008 168 132 CT 8 SER CB 132 0.2117 12.01 169 133 H1 8 SER HB1 133 0.0352 1.008 170 134 H1 8 SER HB2 134 0.0352 1.008 171 135 OH 8 SER OG 135 -0.6546 16 172 136 HO 8 SER HG 136 0.4275 1.008 173 137 C 8 SER C 137 0.5973 12.01 174 138 O 8 SER O 138 -0.5679 16 ; qtot 1 175; residue 9 GLY rtp GLY q 0.0 176 139 N 9 GLY N 139 -0.4157 14.01 177 140 H 9 GLY H 140 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37 39 38 40 4 1756 37 42 41 43 4 1757 44 48 46 47 4 1758 48 61 59 60 4 1759 53 57 56 58 4 1760 59 63 61 62 4 1761 63 75 73 74 4 1762 65 70 68 69 4 1763 68 71 70 72 4 1764 73 77 75 76 4 1765 77 94 92 93 4 1766 92 96 94 95 4 1767 96 116 114 115 4 1768 114 118 116 117 4 1769 118 128 126 127 4 1770 120 124 123 125 4 1771 126 130 128 129 4 1772 130 139 137 138 4 1773 137 141 139 140 4 1774 141 146 144 145 4 1775 144 148 146 147 4 1776 148 165 163 164 4 1777 163 167 165 166 4 1778 167 184 183 185 4 1779 169 172 181 173 4 1780 172 175 173 174 4 1781 172 179 181 182 4 1782 173 177 175 176 4 1783 175 179 177 178 4 1784 177 181 179 180 4 1785 1786[ orientation_restraints ] 1787; ai aj type exp. label alpha const. obs. weight 1788; Hz nm^3 Hz Hz^-2 1789 1790 46 47 1 1 1 3 6.083 1.1 1.0 1791 61 62 1 1 2 3 6.083 -0.4 1.0 1792 75 76 1 1 3 3 6.083 0.7 1.0 1793 94 95 1 1 4 3 6.083 2.0 1.0 1794 116 117 1 1 5 3 6.083 -0.1 1.0 1795 128 129 1 1 6 3 6.083 -0.1 1.0 1796 139 140 1 1 7 3 6.083 2.4 1.0 1797 146 147 1 1 8 3 6.083 -0.3 1.0 1798 165 166 1 1 9 3 6.083 -0.7 1.0 1799 1800; Include water topology 1801#include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp" 1802 1803#ifdef POSRES_WATER 1804; Position restraint for each water oxygen 1805[ position_restraints ] 1806; i funct fcx fcy fcz 1807 1 1 1000 1000 1000 1808#endif 1809 1810; Include topology for ions 1811#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp" 1812 1813[ system ] 1814; Name 1815GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T), ALPHA-1; 3 SUBUNIT in water 1816 1817[ molecules ] 1818; Compound #mols 1819Protein_chain_A 1 1820SOL 10 1821