1## 2################################################################### 3## ## 4## Makefile for Building the Tinker Molecular Modeling Package ## 5## ## 6################################################################### 7## 8## Invocation Options: 9## 10## 1. make all Build all the Tinker executables 11## 2. make install Move the executables to BINDIR 12## 3. make create_links Create soft links in LINKDIR 13## 4. make remove_links Remove soft links from LINKDIR 14## 5. make listing Concatenate source to tinker.txt 15## 6. make clean Delete objects and executables 16## 17## Original version of this file is due to Peter Happersberger 18## and Jochen Buehler of the University of Konstanz, January 1998. 19## Modifications by Reece Hart & Jay Ponder, Washington University 20## 21## Building Tinker from source requires libraries from the FFTW 22## Fast Fourier Transform package and (optionally) APBS Poisson- 23## Boltzmann solver. These libraries are assumed to already be 24## present, and are not built by this Makefile 25## 26################################################################### 27 28################################################################### 29## Main Environment Variables; Change as Needed for Local Site ## 30################################################################### 31 32## TINKERDIR Tinker Top-Level Directory 33## TINKER_LIBDIR Libraries needed to build Tinker 34## BINDIR Directory with Tinker Executables 35## LINKDIR Linked Copies of Tinker Executables 36## FFTWDIR FFTW Top-Level Directory 37## FFTW_LIBDIR Directory with FFTW Libraries 38## FFTW_LIBS FFTW Libraries needed to build Tinker 39## APBSDIR APBS Top-Level Directory 40## APBS_INCDIR Directory with APBS Include Files 41## APBS_LIBDIR Directory with APBS Libraries 42## APBS_LIBS APBS Libraries needed to build Tinker 43 44TINKERDIR = $(HOME)/tinker 45TINKER_LIBDIR = $(TINKERDIR)/lib 46BINDIR = $(TINKERDIR)/bin 47LINKDIR = /usr/local/bin 48 49FFTWDIR = $(TINKERDIR)/fftw 50FFTW_LIBDIR = -L$(FFTWDIR)/lib 51FFTW_LIBS = -L/usr/local/lib -lfftw3_threads -lfftw3 52 53APBSDIR = $(TINKERDIR)/apbs 54APBS_INCDIR = -I$(APBSDIR)/include 55APBS_LIBDIR = -L$(APBSDIR)/lib 56APBS_LIBS = -lapbsmainroutines -lapbs -lmaloc -lapbsblas 57 58#################################################################### 59## Known Machine Types; Uncomment One of the Following Sections ## 60## May Need Editing to Match Your Desired OS & Compiler Version ## 61#################################################################### 62 63## Build: Tinker 64## OS Type: Generic Linux 65## CPU Type: Intel x86 Compatible 66## Compiler: GNU gfortran 9.3 67## Parallel: OpenMP 68 69#F77 = gfortran 70#F77FLAGS = -c 71#OPTFLAGS = -Ofast -march=native -fopenmp 72#OPTFLAGS = -Ofast -msse3 -fopenmp 73#OPTFLAGS = -Og -fbacktrace -fcheck=bounds -Wunused -Wmaybe-uninitialized 74#LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/linux -Wl,--no-as-needed -ldl 75#LIBS = 76#LIBFLAGS = -crusv 77#RANLIB = ranlib 78#LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static-libgcc 79#RENAME = rename_bin 80 81## Build: Tinker 82## OS Type: Apple macOS 83## CPU Type: Intel x86 Compatible 84## Compiler: GNU gfortran 8.1 85## Parallel: OpenMP 86 87F77 = gfortran 88F77FLAGS = -c 89#OPTFLAGS = -Ofast -march=native -fopenmp 90OPTFLAGS = -Ofast $(PORT_SIMD_FLAGS) -fopenmp 91#OPTFLAGS = -Og -fbacktrace -fcheck=bounds -Wunused -Wmaybe-uninitialized 92#LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/macos 93LIBS = 94LIBFLAGS = -crusv 95RANLIB = ranlib -c 96LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static-libgcc 97RENAME = rename_bin 98 99## Build: Tinker 100## OS Type: Microsoft Windows 10 101## CPU Type: Intel x86 Compatible 102## Compiler: MinGW GNU gfortran 9.2 103## Parallel: OpenMP 104 105#F77 = gfortran 106#F77FLAGS = -c 107#OPTFLAGS = -Ofast -march=native -fopenmp 108#OPTFLAGS = -Ofast -msse3 -fopenmp 109#LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/windows 110#LIBS = 111#LIBFLAGS = -crusv 112#RANLIB = ranlib 113#LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static 114#RENAME = rename_exe 115 116## Build: Tinker 117## OS Type: Generic Linux 118## CPU Type: Intel x86 Compatible (also AMD) 119## Compiler: Intel Fortran for Linux 15.0 120## Parallel: OpenMP 121 122#F77 = ifort 123#F77FLAGS = -c -xHost 124#OPTFLAGS = -O3 -no-ipo -no-prec-div -recursive -qopenmp 125#LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/linux 126#LIBS = 127#LIBFLAGS = -crusv 128#RANLIB = echo 129#LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static-libgcc -static-intel 130#RENAME = rename_bin 131 132## Build: Tinker 133## OS Type: Apple macOS 134## CPU Type: Intel Xeon 135## Compiler: Intel Fortran for macOS 15.0 136## Parallel: OpenMP 137 138#F77 = ifort 139#F77FLAGS = -c -axSSSE3 140#OPTFLAGS = -O3 -no-ipo -no-prec-div -mdynamic-no-pic -qopenmp 141#LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/macos 142#LIBS = 143#LIBFLAGS = -crusv 144#RANLIB = ranlib -c 145#LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static-intel -Wl,-stack_size,0x10000000 146#RENAME = rename_bin 147 148################################################################# 149## Should not be Necessary to Change Things Below this Point ## 150################################################################# 151 152OBJS = action.o \ 153 active.o \ 154 alchemy.o \ 155 align.o \ 156 alterchg.o \ 157 analysis.o \ 158 analyz.o \ 159 analyze.o \ 160 angang.o \ 161 angbnd.o \ 162 angles.o \ 163 angpot.o \ 164 angtor.o \ 165 anneal.o \ 166 archive.o \ 167 argue.o \ 168 ascii.o \ 169 atmlst.o \ 170 atomid.o \ 171 atoms.o \ 172 attach.o \ 173 baoab.o \ 174 bar.o \ 175 basefile.o \ 176 bath.o \ 177 beeman.o \ 178 bicubic.o \ 179 bitor.o \ 180 bitors.o \ 181 bndpot.o \ 182 bndstr.o \ 183 bonds.o \ 184 born.o \ 185 bound.o \ 186 bounds.o \ 187 boxes.o \ 188 bussi.o \ 189 calendar.o \ 190 cell.o \ 191 center.o \ 192 cflux.o \ 193 charge.o \ 194 chgpen.o \ 195 chgpot.o \ 196 chgtrn.o \ 197 chkpole.o \ 198 chkring.o \ 199 chkxyz.o \ 200 cholesky.o \ 201 chrono.o \ 202 chunks.o \ 203 clock.o \ 204 cluster.o \ 205 column.o \ 206 command.o \ 207 connect.o \ 208 connolly.o \ 209 control.o \ 210 correlate.o \ 211 couple.o \ 212 critical.o \ 213 crystal.o \ 214 cspline.o \ 215 ctrpot.o \ 216 cutoffs.o \ 217 damping.o \ 218 dcflux.o \ 219 deflate.o \ 220 delete.o \ 221 deriv.o \ 222 diagq.o \ 223 diffeq.o \ 224 diffuse.o \ 225 dipole.o \ 226 disgeo.o \ 227 disp.o \ 228 distgeom.o \ 229 dma.o \ 230 document.o \ 231 domega.o \ 232 dsppot.o \ 233 dynamic.o \ 234 eangang.o \ 235 eangang1.o \ 236 eangang2.o \ 237 eangang3.o \ 238 eangle.o \ 239 eangle1.o \ 240 eangle2.o \ 241 eangle3.o \ 242 eangtor.o \ 243 eangtor1.o \ 244 eangtor2.o \ 245 eangtor3.o \ 246 ebond.o \ 247 ebond1.o \ 248 ebond2.o \ 249 ebond3.o \ 250 ebuck.o \ 251 ebuck1.o \ 252 ebuck2.o \ 253 ebuck3.o \ 254 echarge.o \ 255 echarge1.o \ 256 echarge2.o \ 257 echarge3.o \ 258 echgdpl.o \ 259 echgdpl1.o \ 260 echgdpl2.o \ 261 echgdpl3.o \ 262 echgtrn.o \ 263 echgtrn1.o \ 264 echgtrn2.o \ 265 echgtrn3.o \ 266 edipole.o \ 267 edipole1.o \ 268 edipole2.o \ 269 edipole3.o \ 270 edisp.o \ 271 edisp1.o \ 272 edisp2.o \ 273 edisp3.o \ 274 egauss.o \ 275 egauss1.o \ 276 egauss2.o \ 277 egauss3.o \ 278 egeom.o \ 279 egeom1.o \ 280 egeom2.o \ 281 egeom3.o \ 282 ehal.o \ 283 ehal1.o \ 284 ehal2.o \ 285 ehal3.o \ 286 eimprop.o \ 287 eimprop1.o \ 288 eimprop2.o \ 289 eimprop3.o \ 290 eimptor.o \ 291 eimptor1.o \ 292 eimptor2.o \ 293 eimptor3.o \ 294 elj.o \ 295 elj1.o \ 296 elj2.o \ 297 elj3.o \ 298 embed.o \ 299 emetal.o \ 300 emetal1.o \ 301 emetal2.o \ 302 emetal3.o \ 303 emm3hb.o \ 304 emm3hb1.o \ 305 emm3hb2.o \ 306 emm3hb3.o \ 307 empole.o \ 308 empole1.o \ 309 empole2.o \ 310 empole3.o \ 311 energi.o \ 312 energy.o \ 313 eopbend.o \ 314 eopbend1.o \ 315 eopbend2.o \ 316 eopbend3.o \ 317 eopdist.o \ 318 eopdist1.o \ 319 eopdist2.o \ 320 eopdist3.o \ 321 epitors.o \ 322 epitors1.o \ 323 epitors2.o \ 324 epitors3.o \ 325 epolar.o \ 326 epolar1.o \ 327 epolar2.o \ 328 epolar3.o \ 329 erepel.o \ 330 erepel1.o \ 331 erepel2.o \ 332 erepel3.o \ 333 erf.o \ 334 erxnfld.o \ 335 erxnfld1.o \ 336 erxnfld2.o \ 337 erxnfld3.o \ 338 esolv.o \ 339 esolv1.o \ 340 esolv2.o \ 341 esolv3.o \ 342 estrbnd.o \ 343 estrbnd1.o \ 344 estrbnd2.o \ 345 estrbnd3.o \ 346 estrtor.o \ 347 estrtor1.o \ 348 estrtor2.o \ 349 estrtor3.o \ 350 etors.o \ 351 etors1.o \ 352 etors2.o \ 353 etors3.o \ 354 etortor.o \ 355 etortor1.o \ 356 etortor2.o \ 357 etortor3.o \ 358 eurey.o \ 359 eurey1.o \ 360 eurey2.o \ 361 eurey3.o \ 362 evcorr.o \ 363 ewald.o \ 364 extra.o \ 365 extra1.o \ 366 extra2.o \ 367 extra3.o \ 368 faces.o \ 369 fatal.o \ 370 fft.o \ 371 fft3d.o \ 372 fftpack.o \ 373 field.o \ 374 fields.o \ 375 files.o \ 376 final.o \ 377 flatten.o \ 378 fracs.o \ 379 freefix.o \ 380 freeunit.o \ 381 freeze.o \ 382 gda.o \ 383 geometry.o \ 384 getarc.o \ 385 getint.o \ 386 getkey.o \ 387 getmol.o \ 388 getmol2.o \ 389 getnumb.o \ 390 getpdb.o \ 391 getprm.o \ 392 getref.o \ 393 getstring.o \ 394 gettext.o \ 395 getword.o \ 396 getxyz.o \ 397 ghmcstep.o \ 398 gkstuf.o \ 399 gradient.o \ 400 gradrgd.o \ 401 gradrot.o \ 402 group.o \ 403 groups.o \ 404 grpline.o \ 405 gyrate.o \ 406 hescut.o \ 407 hessian.o \ 408 hessn.o \ 409 hessrgd.o \ 410 hessrot.o \ 411 hpmf.o \ 412 hybrid.o \ 413 ielscf.o \ 414 image.o \ 415 impose.o \ 416 improp.o \ 417 imptor.o \ 418 induce.o \ 419 inertia.o \ 420 inform.o \ 421 initatom.o \ 422 initial.o \ 423 initprm.o \ 424 initres.o \ 425 initrot.o \ 426 insert.o \ 427 intedit.o \ 428 inter.o \ 429 intxyz.o \ 430 invbeta.o \ 431 invert.o \ 432 iounit.o \ 433 jacobi.o \ 434 kanang.o \ 435 kangang.o \ 436 kangle.o \ 437 kangs.o \ 438 kangtor.o \ 439 kantor.o \ 440 katom.o \ 441 katoms.o \ 442 kbond.o \ 443 kbonds.o \ 444 kcflux.o \ 445 kcharge.o \ 446 kchgflx.o \ 447 kchgtrn.o \ 448 kchrge.o \ 449 kcpen.o \ 450 kctrn.o \ 451 kdipol.o \ 452 kdipole.o \ 453 kdisp.o \ 454 kdsp.o \ 455 kewald.o \ 456 kextra.o \ 457 keys.o \ 458 kgeom.o \ 459 khbond.o \ 460 kimprop.o \ 461 kimptor.o \ 462 kinetic.o \ 463 kiprop.o \ 464 kitors.o \ 465 kmetal.o \ 466 kmpole.o \ 467 kmulti.o \ 468 kopbend.o \ 469 kopbnd.o \ 470 kopdist.o \ 471 kopdst.o \ 472 korbit.o \ 473 korbs.o \ 474 kpitor.o \ 475 kpitors.o \ 476 kpolar.o \ 477 kpolr.o \ 478 krepel.o \ 479 krepl.o \ 480 ksolut.o \ 481 ksolv.o \ 482 kstbnd.o \ 483 kstrbnd.o \ 484 kstrtor.o \ 485 ksttor.o \ 486 ktors.o \ 487 ktorsn.o \ 488 ktortor.o \ 489 ktrtor.o \ 490 kurey.o \ 491 kurybr.o \ 492 kvdw.o \ 493 kvdwpr.o \ 494 kvdws.o \ 495 lattice.o \ 496 lbfgs.o \ 497 light.o \ 498 lights.o \ 499 limits.o \ 500 linmin.o \ 501 lusolve.o \ 502 makeint.o \ 503 makeref.o \ 504 makexyz.o \ 505 math.o \ 506 maxwell.o \ 507 mdinit.o \ 508 mdrest.o \ 509 mdsave.o \ 510 mdstat.o \ 511 mdstuf.o \ 512 mechanic.o \ 513 merck.o \ 514 merge.o \ 515 minima.o \ 516 minimize.o \ 517 minirot.o \ 518 minrigid.o \ 519 mol2xyz.o \ 520 molcul.o \ 521 moldyn.o \ 522 molecule.o \ 523 molxyz.o \ 524 moment.o \ 525 moments.o \ 526 monte.o \ 527 mplpot.o \ 528 mpole.o \ 529 mrecip.o \ 530 mutant.o \ 531 mutate.o \ 532 nblist.o \ 533 neigh.o \ 534 newton.o \ 535 newtrot.o \ 536 nextarg.o \ 537 nexttext.o \ 538 nonpol.o \ 539 nose.o \ 540 nspline.o \ 541 nucleic.o \ 542 nucleo.o \ 543 number.o \ 544 numeral.o \ 545 numgrad.o \ 546 ocvm.o \ 547 omega.o \ 548 opbend.o \ 549 opdist.o \ 550 openend.o \ 551 openmp.o \ 552 optimize.o \ 553 optinit.o \ 554 optirot.o \ 555 optrigid.o \ 556 optsave.o \ 557 orbital.o \ 558 orbits.o \ 559 orient.o \ 560 orthog.o \ 561 output.o \ 562 overlap.o \ 563 params.o \ 564 path.o \ 565 paths.o \ 566 pbstuf.o \ 567 pdb.o \ 568 pdbxyz.o \ 569 phipsi.o \ 570 picalc.o \ 571 piorbs.o \ 572 pistuf.o \ 573 pitors.o \ 574 pme.o \ 575 pmestuf.o \ 576 pmpb.o \ 577 polar.o \ 578 polarize.o \ 579 poledit.o \ 580 polgrp.o \ 581 polopt.o \ 582 polpcg.o \ 583 polpot.o \ 584 poltcg.o \ 585 polymer.o \ 586 potent.o \ 587 potential.o \ 588 potfit.o \ 589 predict.o \ 590 pressure.o \ 591 prmedit.o \ 592 prmkey.o \ 593 promo.o \ 594 protein.o \ 595 prtdyn.o \ 596 prterr.o \ 597 prtint.o \ 598 prtmol2.o \ 599 prtpdb.o \ 600 prtprm.o \ 601 prtseq.o \ 602 prtxyz.o \ 603 pss.o \ 604 pssrigid.o \ 605 pssrot.o \ 606 ptable.o \ 607 qmstuf.o \ 608 qrsolve.o \ 609 quatfit.o \ 610 radial.o \ 611 random.o \ 612 rattle.o \ 613 readdyn.o \ 614 readgau.o \ 615 readgdma.o \ 616 readint.o \ 617 readmol.o \ 618 readmol2.o \ 619 readpdb.o \ 620 readprm.o \ 621 readseq.o \ 622 readxyz.o \ 623 refer.o \ 624 repel.o \ 625 replica.o \ 626 reppot.o \ 627 resdue.o \ 628 respa.o \ 629 restrn.o \ 630 rgddyn.o \ 631 rgdstep.o \ 632 rigid.o \ 633 ring.o \ 634 rings.o \ 635 rmsfit.o \ 636 rotbnd.o \ 637 rotlist.o \ 638 rotpole.o \ 639 rxnfld.o \ 640 rxnpot.o \ 641 saddle.o \ 642 scales.o \ 643 scan.o \ 644 sdstep.o \ 645 search.o \ 646 sequen.o \ 647 server.o \ 648 shakeup.o \ 649 shunt.o \ 650 sigmoid.o \ 651 simplex.o \ 652 sizes.o \ 653 sktstuf.o \ 654 sniffer.o \ 655 socket.o \ 656 solpot.o \ 657 solute.o \ 658 sort.o \ 659 spacefill.o \ 660 spectrum.o \ 661 square.o \ 662 stodyn.o \ 663 strbnd.o \ 664 strtor.o \ 665 suffix.o \ 666 superpose.o \ 667 surface.o \ 668 surfatom.o \ 669 switch.o \ 670 syntrn.o \ 671 tarray.o \ 672 tcgstuf.o \ 673 temper.o \ 674 testgrad.o \ 675 testhess.o \ 676 testpair.o \ 677 testpol.o \ 678 testrot.o \ 679 testvir.o \ 680 timer.o \ 681 timerot.o \ 682 titles.o \ 683 tncg.o \ 684 torphase.o \ 685 torpot.o \ 686 torque.o \ 687 tors.o \ 688 torsfit.o \ 689 torsions.o \ 690 tortor.o \ 691 tree.o \ 692 trimtext.o \ 693 unitcell.o \ 694 units.o \ 695 uprior.o \ 696 urey.o \ 697 urypot.o \ 698 usage.o \ 699 valence.o \ 700 valfit.o \ 701 vdw.o \ 702 vdwpot.o \ 703 verlet.o \ 704 version.o \ 705 vibbig.o \ 706 vibrate.o \ 707 vibrot.o \ 708 vibs.o \ 709 virial.o \ 710 volume.o \ 711 warp.o \ 712 xtalfit.o \ 713 xtalmin.o \ 714 xtals.o \ 715 xyzatm.o \ 716 xyzedit.o \ 717 xyzint.o \ 718 xyzmol2.o \ 719 xyzpdb.o \ 720 zatom.o \ 721 zclose.o \ 722 zcoord.o 723 724EXEFILES = alchemy.x \ 725 analyze.x \ 726 anneal.x \ 727 archive.x \ 728 bar.x \ 729 correlate.x \ 730 critical.x \ 731 crystal.x \ 732 diffuse.x \ 733 distgeom.x \ 734 document.x \ 735 dynamic.x \ 736 freefix.x \ 737 gda.x \ 738 intedit.x \ 739 intxyz.x \ 740 minimize.x \ 741 minirot.x \ 742 minrigid.x \ 743 mol2xyz.x \ 744 molxyz.x \ 745 monte.x \ 746 newton.x \ 747 newtrot.x \ 748 nucleic.x \ 749 optimize.x \ 750 optirot.x \ 751 optrigid.x \ 752 path.x \ 753 pdbxyz.x \ 754 polarize.x \ 755 poledit.x \ 756 potential.x \ 757 prmedit.x \ 758 protein.x \ 759 pss.x \ 760 pssrigid.x \ 761 pssrot.x \ 762 radial.x \ 763 saddle.x \ 764 scan.x \ 765 sniffer.x \ 766 spacefill.x \ 767 spectrum.x \ 768 superpose.x \ 769 testgrad.x \ 770 testhess.x \ 771 testpair.x \ 772 testpol.x \ 773 testrot.x \ 774 testvir.x \ 775 timer.x \ 776 timerot.x \ 777 torsfit.x \ 778 valence.x \ 779 vibbig.x \ 780 vibrate.x \ 781 vibrot.x \ 782 xtalfit.x \ 783 xtalmin.x \ 784 xyzedit.x \ 785 xyzint.x \ 786 xyzmol2.x \ 787 xyzpdb.x 788 789%.o: %.f 790 ${F77} ${F77FLAGS} ${OPTFLAGS} $< -o $@ 791 792%.x: %.o libtinker.a 793 ${F77} ${LINKFLAGS} -o $@ ${LIBDIR} ${FFTW_LIBDIR} $^ ${LIBS} ${FFTW_LIBS}; strip $@ 794 795all: ${EXEFILES} 796 797install: ${RENAME} 798 799clean: 800 rm -f *.o *.mod *.a *.x 801 802listing: 803 cat *.f *.c > tinker.txt 804 805rename_bin: 806 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} alchemy.x $(BINDIR)/alchemy 807 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} analyze.x $(BINDIR)/analyze 808 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} anneal.x $(BINDIR)/anneal 809 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} archive.x $(BINDIR)/archive 810 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} bar.x $(BINDIR)/bar 811 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} correlate.x $(BINDIR)/correlate 812 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} critical.x $(BINDIR)/critical 813 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} crystal.x $(BINDIR)/crystal 814 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} diffuse.x $(BINDIR)/diffuse 815 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} distgeom.x $(BINDIR)/distgeom 816 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} document.x $(BINDIR)/document 817 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} dynamic.x $(BINDIR)/dynamic 818 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} freefix.x $(BINDIR)/freefix 819 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} gda.x $(BINDIR)/gda 820 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} intedit.x $(BINDIR)/intedit 821 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} intxyz.x $(BINDIR)/intxyz 822 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} minimize.x $(BINDIR)/minimize 823 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} minirot.x $(BINDIR)/minirot 824 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} minrigid.x $(BINDIR)/minrigid 825 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} mol2xyz.x $(BINDIR)/mol2xyz 826 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} molxyz.x $(BINDIR)/molxyz 827 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} monte.x $(BINDIR)/monte 828 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} newton.x $(BINDIR)/newton 829 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} newtrot.x $(BINDIR)/newtrot 830 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} nucleic.x $(BINDIR)/nucleic 831 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} optimize.x $(BINDIR)/optimize 832 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} optirot.x $(BINDIR)/optirot 833 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} optrigid.x $(BINDIR)/optrigid 834 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} path.x $(BINDIR)/path 835 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} pdbxyz.x $(BINDIR)/pdbxyz 836 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} polarize.x $(BINDIR)/polarize 837 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} poledit.x $(BINDIR)/poledit 838 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} potential.x $(BINDIR)/potential 839 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} prmedit.x $(BINDIR)/prmedit 840 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} protein.x $(BINDIR)/protein 841 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} pss.x $(BINDIR)/pss 842 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} pssrigid.x $(BINDIR)/pssrigid 843 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} pssrot.x $(BINDIR)/pssrot 844 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} radial.x $(BINDIR)/radial 845 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} saddle.x $(BINDIR)/saddle 846 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} scan.x $(BINDIR)/scan 847 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} sniffer.x $(BINDIR)/sniffer 848 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} spacefill.x $(BINDIR)/spacefill 849 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} spectrum.x $(BINDIR)/spectrum 850 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} superpose.x $(BINDIR)/superpose 851 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} testgrad.x $(BINDIR)/testgrad 852 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} testhess.x $(BINDIR)/testhess 853 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} testpair.x $(BINDIR)/testpair 854 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} testpol.x $(BINDIR)/testpol 855 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} testrot.x $(BINDIR)/testrot 856 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} testvir.x $(BINDIR)/testvir 857 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} timer.x $(BINDIR)/timer 858 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} timerot.x $(BINDIR)/timerot 859 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} torsfit.x $(BINDIR)/torsfit 860 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} valence.x $(BINDIR)/valence 861 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} vibbig.x $(BINDIR)/vibbig 862 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} vibrate.x $(BINDIR)/vibrate 863 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} vibrot.x $(BINDIR)/vibrot 864 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} xtalfit.x $(BINDIR)/xtalfit 865 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} xtalmin.x $(BINDIR)/xtalmin 866 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} xyzedit.x $(BINDIR)/xyzedit 867 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} xyzint.x $(BINDIR)/xyzint 868 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} xyzmol2.x $(BINDIR)/xyzmol2 869 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} xyzpdb.x $(BINDIR)/xyzpdb 870 871rename_exe: 872 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} alchemy.x $(BINDIR)/alchemy.exe 873 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} analyze.x $(BINDIR)/analyze.exe 874 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} anneal.x $(BINDIR)/anneal.exe 875 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} archive.x $(BINDIR)/archive.exe 876 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} bar.x $(BINDIR)/bar.exe 877 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} correlate.x $(BINDIR)/correlate.exe 878 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} critical.x $(BINDIR)/critical.exe 879 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} crystal.x $(BINDIR)/crystal.exe 880 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} diffuse.x $(BINDIR)/diffuse.exe 881 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} distgeom.x $(BINDIR)/distgeom.exe 882 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} document.x $(BINDIR)/document.exe 883 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} dynamic.x $(BINDIR)/dynamic.exe 884 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} freefix.x $(BINDIR)/freefix.exe 885 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} gda.x $(BINDIR)/gda.exe 886 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} intedit.x $(BINDIR)/intedit.exe 887 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} intxyz.x $(BINDIR)/intxyz.exe 888 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} minimize.x $(BINDIR)/minimize.exe 889 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} minirot.x $(BINDIR)/minirot.exe 890 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} minrigid.x $(BINDIR)/minrigid.exe 891 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} mol2xyz.x $(BINDIR)/mol2xyz.exe 892 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} molxyz.x $(BINDIR)/molxyz.exe 893 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} monte.x $(BINDIR)/monte.exe 894 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} newton.x $(BINDIR)/newton.exe 895 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} newtrot.x $(BINDIR)/newtrot.exe 896 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} nucleic.x $(BINDIR)/nucleic.exe 897 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} optimize.x $(BINDIR)/optimize.exe 898 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} optirot.x $(BINDIR)/optirot.exe 899 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} optrigid.x $(BINDIR)/optrigid.exe 900 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} path.x $(BINDIR)/path.exe 901 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} pdbxyz.x $(BINDIR)/pdbxyz.exe 902 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} polarize.x $(BINDIR)/polarize.exe 903 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} poledit.x $(BINDIR)/poledit.exe 904 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} potential.x $(BINDIR)/potential.exe 905 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} prmedit.x $(BINDIR)/prmedit.exe 906 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} protein.x $(BINDIR)/protein.exe 907 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} pss.x $(BINDIR)/pss.exe 908 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} pssrigid.x $(BINDIR)/pssrigid.exe 909 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} pssrot.x $(BINDIR)/pssrot.exe 910 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} radial.x $(BINDIR)/radial.exe 911 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} saddle.x $(BINDIR)/saddle.exe 912 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} scan.x $(BINDIR)/scan.exe 913 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} sniffer.x $(BINDIR)/sniffer.exe 914 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} spacefill.x $(BINDIR)/spacefill.exe 915 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} spectrum.x $(BINDIR)/spectrum.exe 916 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} superpose.x $(BINDIR)/superpose.exe 917 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} testgrad.x $(BINDIR)/testgrad.exe 918 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} testhess.x $(BINDIR)/testhess.exe 919 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} testpair.x $(BINDIR)/testpair.exe 920 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} testpol.x $(BINDIR)/testpol.exe 921 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} testrot.x $(BINDIR)/testrot.exe 922 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} testvir.x $(BINDIR)/testvir.exe 923 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} timer.x $(BINDIR)/timer.exe 924 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} timerot.x $(BINDIR)/timerot.exe 925 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} torsfit.x $(BINDIR)/torsfit.exe 926 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} valence.x $(BINDIR)/valence.exe 927 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} vibbig.x $(BINDIR)/vibbig.exe 928 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} vibrate.x $(BINDIR)/vibrate.exe 929 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} vibrot.x $(BINDIR)/vibrot.exe 930 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} xtalfit.x $(BINDIR)/xtalfit.exe 931 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} xtalmin.x $(BINDIR)/xtalmin.exe 932 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} xyzedit.x $(BINDIR)/xyzedit.exe 933 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} xyzint.x $(BINDIR)/xyzint.exe 934 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} xyzmol2.x $(BINDIR)/xyzmol2.exe 935 ${BSD_INSTALL_PROGRAM} xyzpdb.x $(BINDIR)/xyzpdb.exe 936 937remove_links: 938 rm -f $(LINKDIR)/alchemy 939 rm -f $(LINKDIR)/analyze 940 rm -f $(LINKDIR)/anneal 941 rm -f $(LINKDIR)/archive 942 rm -f $(LINKDIR)/bar 943 rm -f $(LINKDIR)/correlate 944 rm -f $(LINKDIR)/critical 945 rm -f $(LINKDIR)/crystal 946 rm -f $(LINKDIR)/diffuse 947 rm -f $(LINKDIR)/distgeom 948 rm -f $(LINKDIR)/document 949 rm -f $(LINKDIR)/dynamic 950 rm -f $(LINKDIR)/freefix 951 rm -f $(LINKDIR)/gda 952 rm -f $(LINKDIR)/intedit 953 rm -f $(LINKDIR)/intxyz 954 rm -f $(LINKDIR)/minimize 955 rm -f $(LINKDIR)/minirot 956 rm -f $(LINKDIR)/minrigid 957 rm -f $(LINKDIR)/mol2xyz 958 rm -f $(LINKDIR)/molxyz 959 rm -f $(LINKDIR)/monte 960 rm -f $(LINKDIR)/newton 961 rm -f $(LINKDIR)/newtrot 962 rm -f $(LINKDIR)/nucleic 963 rm -f $(LINKDIR)/optimize 964 rm -f $(LINKDIR)/optirot 965 rm -f $(LINKDIR)/optrigid 966 rm -f $(LINKDIR)/path 967 rm -f $(LINKDIR)/pdbxyz 968 rm -f $(LINKDIR)/polarize 969 rm -f $(LINKDIR)/poledit 970 rm -f $(LINKDIR)/potential 971 rm -f $(LINKDIR)/prmedit 972 rm -f $(LINKDIR)/protein 973 rm -f $(LINKDIR)/pss 974 rm -f $(LINKDIR)/pssrigid 975 rm -f $(LINKDIR)/pssrot 976 rm -f $(LINKDIR)/radial 977 rm -f $(LINKDIR)/saddle 978 rm -f $(LINKDIR)/scan 979 rm -f $(LINKDIR)/sniffer 980 rm -f $(LINKDIR)/spacefill 981 rm -f $(LINKDIR)/spectrum 982 rm -f $(LINKDIR)/superpose 983 rm -f $(LINKDIR)/testgrad 984 rm -f $(LINKDIR)/testhess 985 rm -f $(LINKDIR)/testpair 986 rm -f $(LINKDIR)/testpol 987 rm -f $(LINKDIR)/testrot 988 rm -f $(LINKDIR)/testvir 989 rm -f $(LINKDIR)/timer 990 rm -f $(LINKDIR)/timerot 991 rm -f $(LINKDIR)/torsfit 992 rm -f $(LINKDIR)/valence 993 rm -f $(LINKDIR)/vibbig 994 rm -f $(LINKDIR)/vibrate 995 rm -f $(LINKDIR)/vibrot 996 rm -f $(LINKDIR)/xtalfit 997 rm -f $(LINKDIR)/xtalmin 998 rm -f $(LINKDIR)/xyzedit 999 rm -f $(LINKDIR)/xyzint 1000 rm -f $(LINKDIR)/xyzmol2 1001 rm -f $(LINKDIR)/xyzpdb 1002 1003create_links: 1004 ln -s $(BINDIR)/alchemy $(LINKDIR)/alchemy 1005 ln -s $(BINDIR)/analyze $(LINKDIR)/analyze 1006 ln -s $(BINDIR)/anneal $(LINKDIR)/anneal 1007 ln -s $(BINDIR)/archive $(LINKDIR)/archive 1008 ln -s $(BINDIR)/bar $(LINKDIR)/bar 1009 ln -s $(BINDIR)/correlate $(LINKDIR)/correlate 1010 ln -s $(BINDIR)/critical $(LINKDIR)/critical 1011 ln -s $(BINDIR)/crystal $(LINKDIR)/crystal 1012 ln -s $(BINDIR)/diffuse $(LINKDIR)/diffuse 1013 ln -s $(BINDIR)/distgeom $(LINKDIR)/distgeom 1014 ln -s $(BINDIR)/document $(LINKDIR)/document 1015 ln -s $(BINDIR)/dynamic $(LINKDIR)/dynamic 1016 ln -s $(BINDIR)/freefix $(LINKDIR)/freefix 1017 ln -s $(BINDIR)/gda $(LINKDIR)/gda 1018 ln -s $(BINDIR)/intedit $(LINKDIR)/intedit 1019 ln -s $(BINDIR)/intxyz $(LINKDIR)/intxyz 1020 ln -s $(BINDIR)/minimize $(LINKDIR)/minimize 1021 ln -s $(BINDIR)/minirot $(LINKDIR)/minirot 1022 ln -s $(BINDIR)/minrigid $(LINKDIR)/minrigid 1023 ln -s $(BINDIR)/mol2xyz $(LINKDIR)/mol2xyz 1024 ln -s $(BINDIR)/molxyz $(LINKDIR)/molxyz 1025 ln -s $(BINDIR)/monte $(LINKDIR)/monte 1026 ln -s $(BINDIR)/newton $(LINKDIR)/newton 1027 ln -s $(BINDIR)/newtrot $(LINKDIR)/newtrot 1028 ln -s $(BINDIR)/nucleic $(LINKDIR)/nucleic 1029 ln -s $(BINDIR)/optimize $(LINKDIR)/optimize 1030 ln -s $(BINDIR)/optirot $(LINKDIR)/optirot 1031 ln -s $(BINDIR)/optrigid $(LINKDIR)/optrigid 1032 ln -s $(BINDIR)/path $(LINKDIR)/path 1033 ln -s $(BINDIR)/pdbxyz $(LINKDIR)/pdbxyz 1034 ln -s $(BINDIR)/polarize $(LINKDIR)/polarize 1035 ln -s $(BINDIR)/poledit $(LINKDIR)/poledit 1036 ln -s $(BINDIR)/potential $(LINKDIR)/potential 1037 ln -s $(BINDIR)/prmedit $(LINKDIR)/prmedit 1038 ln -s $(BINDIR)/protein $(LINKDIR)/protein 1039 ln -s $(BINDIR)/pss $(LINKDIR)/pss 1040 ln -s $(BINDIR)/pssrigid $(LINKDIR)/pssrigid 1041 ln -s $(BINDIR)/pssrot $(LINKDIR)/pssrot 1042 ln -s $(BINDIR)/radial $(LINKDIR)/radial 1043 ln -s $(BINDIR)/saddle $(LINKDIR)/saddle 1044 ln -s $(BINDIR)/scan $(LINKDIR)/scan 1045 ln -s $(BINDIR)/sniffer $(LINKDIR)/sniffer 1046 ln -s $(BINDIR)/spacefill $(LINKDIR)/spacefill 1047 ln -s $(BINDIR)/spectrum $(LINKDIR)/spectrum 1048 ln -s $(BINDIR)/superpose $(LINKDIR)/superpose 1049 ln -s $(BINDIR)/testgrad $(LINKDIR)/testgrad 1050 ln -s $(BINDIR)/testhess $(LINKDIR)/testhess 1051 ln -s $(BINDIR)/testpair $(LINKDIR)/testpair 1052 ln -s $(BINDIR)/testpol $(LINKDIR)/testpol 1053 ln -s $(BINDIR)/testrot $(LINKDIR)/testrot 1054 ln -s $(BINDIR)/testvir $(LINKDIR)/testvir 1055 ln -s $(BINDIR)/timer $(LINKDIR)/timer 1056 ln -s $(BINDIR)/timerot $(LINKDIR)/timerot 1057 ln -s $(BINDIR)/torsfit $(LINKDIR)/torsfit 1058 ln -s $(BINDIR)/valence $(LINKDIR)/valence 1059 ln -s $(BINDIR)/vibbig $(LINKDIR)/vibbig 1060 ln -s $(BINDIR)/vibrate $(LINKDIR)/vibrate 1061 ln -s $(BINDIR)/vibrot $(LINKDIR)/vibrot 1062 ln -s $(BINDIR)/xtalfit $(LINKDIR)/xtalfit 1063 ln -s $(BINDIR)/xtalmin $(LINKDIR)/xtalmin 1064 ln -s $(BINDIR)/xyzedit $(LINKDIR)/xyzedit 1065 ln -s $(BINDIR)/xyzint $(LINKDIR)/xyzint 1066 ln -s $(BINDIR)/xyzmol2 $(LINKDIR)/xyzmol2 1067 ln -s $(BINDIR)/xyzpdb $(LINKDIR)/xyzpdb 1068 1069libtinker.a: ${OBJS} 1070 ar ${LIBFLAGS} libtinker.a \ 1071 action.o \ 1072 active.o \ 1073 align.o \ 1074 alterchg.o \ 1075 analysis.o \ 1076 analyz.o \ 1077 angang.o \ 1078 angbnd.o \ 1079 angles.o \ 1080 angpot.o \ 1081 angtor.o \ 1082 argue.o \ 1083 ascii.o \ 1084 atmlst.o \ 1085 atomid.o \ 1086 atoms.o \ 1087 attach.o \ 1088 baoab.o \ 1089 basefile.o \ 1090 bath.o \ 1091 beeman.o \ 1092 bicubic.o \ 1093 bitor.o \ 1094 bitors.o \ 1095 bndpot.o \ 1096 bndstr.o \ 1097 bonds.o \ 1098 born.o \ 1099 bound.o \ 1100 bounds.o \ 1101 boxes.o \ 1102 bussi.o \ 1103 calendar.o \ 1104 cell.o \ 1105 center.o \ 1106 cflux.o \ 1107 charge.o \ 1108 chgpen.o \ 1109 chgpot.o \ 1110 chgtrn.o \ 1111 chkpole.o \ 1112 chkring.o \ 1113 chkxyz.o \ 1114 cholesky.o \ 1115 chrono.o \ 1116 chunks.o \ 1117 clock.o \ 1118 cluster.o \ 1119 column.o \ 1120 command.o \ 1121 connect.o \ 1122 connolly.o \ 1123 control.o \ 1124 couple.o \ 1125 cspline.o \ 1126 ctrpot.o \ 1127 cutoffs.o \ 1128 damping.o \ 1129 dcflux.o \ 1130 deflate.o \ 1131 delete.o \ 1132 deriv.o \ 1133 diagq.o \ 1134 diffeq.o \ 1135 dipole.o \ 1136 disgeo.o \ 1137 disp.o \ 1138 dma.o \ 1139 domega.o \ 1140 dsppot.o \ 1141 eangang.o \ 1142 eangang1.o \ 1143 eangang2.o \ 1144 eangang3.o \ 1145 eangle.o \ 1146 eangle1.o \ 1147 eangle2.o \ 1148 eangle3.o \ 1149 eangtor.o \ 1150 eangtor1.o \ 1151 eangtor2.o \ 1152 eangtor3.o \ 1153 ebond.o \ 1154 ebond1.o \ 1155 ebond2.o \ 1156 ebond3.o \ 1157 ebuck.o \ 1158 ebuck1.o \ 1159 ebuck2.o \ 1160 ebuck3.o \ 1161 echarge.o \ 1162 echarge1.o \ 1163 echarge2.o \ 1164 echarge3.o \ 1165 echgdpl.o \ 1166 echgdpl1.o \ 1167 echgdpl2.o \ 1168 echgdpl3.o \ 1169 echgtrn.o \ 1170 echgtrn1.o \ 1171 echgtrn2.o \ 1172 echgtrn3.o \ 1173 edipole.o \ 1174 edipole1.o \ 1175 edipole2.o \ 1176 edipole3.o \ 1177 edisp.o \ 1178 edisp1.o \ 1179 edisp2.o \ 1180 edisp3.o \ 1181 egauss.o \ 1182 egauss1.o \ 1183 egauss2.o \ 1184 egauss3.o \ 1185 egeom.o \ 1186 egeom1.o \ 1187 egeom2.o \ 1188 egeom3.o \ 1189 ehal.o \ 1190 ehal1.o \ 1191 ehal2.o \ 1192 ehal3.o \ 1193 eimprop.o \ 1194 eimprop1.o \ 1195 eimprop2.o \ 1196 eimprop3.o \ 1197 eimptor.o \ 1198 eimptor1.o \ 1199 eimptor2.o \ 1200 eimptor3.o \ 1201 elj.o \ 1202 elj1.o \ 1203 elj2.o \ 1204 elj3.o \ 1205 embed.o \ 1206 emetal.o \ 1207 emetal1.o \ 1208 emetal2.o \ 1209 emetal3.o \ 1210 emm3hb.o \ 1211 emm3hb1.o \ 1212 emm3hb2.o \ 1213 emm3hb3.o \ 1214 empole.o \ 1215 empole1.o \ 1216 empole2.o \ 1217 empole3.o \ 1218 energi.o \ 1219 energy.o \ 1220 eopbend.o \ 1221 eopbend1.o \ 1222 eopbend2.o \ 1223 eopbend3.o \ 1224 eopdist.o \ 1225 eopdist1.o \ 1226 eopdist2.o \ 1227 eopdist3.o \ 1228 epitors.o \ 1229 epitors1.o \ 1230 epitors2.o \ 1231 epitors3.o \ 1232 epolar.o \ 1233 epolar1.o \ 1234 epolar2.o \ 1235 epolar3.o \ 1236 erepel.o \ 1237 erepel1.o \ 1238 erepel2.o \ 1239 erepel3.o \ 1240 erf.o \ 1241 erxnfld.o \ 1242 erxnfld1.o \ 1243 erxnfld2.o \ 1244 erxnfld3.o \ 1245 esolv.o \ 1246 esolv1.o \ 1247 esolv2.o \ 1248 esolv3.o \ 1249 estrbnd.o \ 1250 estrbnd1.o \ 1251 estrbnd2.o \ 1252 estrbnd3.o \ 1253 estrtor.o \ 1254 estrtor1.o \ 1255 estrtor2.o \ 1256 estrtor3.o \ 1257 etors.o \ 1258 etors1.o \ 1259 etors2.o \ 1260 etors3.o \ 1261 etortor.o \ 1262 etortor1.o \ 1263 etortor2.o \ 1264 etortor3.o \ 1265 eurey.o \ 1266 eurey1.o \ 1267 eurey2.o \ 1268 eurey3.o \ 1269 evcorr.o \ 1270 ewald.o \ 1271 extra.o \ 1272 extra1.o \ 1273 extra2.o \ 1274 extra3.o \ 1275 faces.o \ 1276 fatal.o \ 1277 fft.o \ 1278 fft3d.o \ 1279 fftpack.o \ 1280 field.o \ 1281 fields.o \ 1282 files.o \ 1283 final.o \ 1284 flatten.o \ 1285 fracs.o \ 1286 freeunit.o \ 1287 freeze.o \ 1288 geometry.o \ 1289 getarc.o \ 1290 getint.o \ 1291 getkey.o \ 1292 getmol.o \ 1293 getmol2.o \ 1294 getnumb.o \ 1295 getpdb.o \ 1296 getprm.o \ 1297 getref.o \ 1298 getstring.o \ 1299 gettext.o \ 1300 getword.o \ 1301 getxyz.o \ 1302 ghmcstep.o \ 1303 gkstuf.o \ 1304 gradient.o \ 1305 gradrgd.o \ 1306 gradrot.o \ 1307 group.o \ 1308 groups.o \ 1309 grpline.o \ 1310 gyrate.o \ 1311 hescut.o \ 1312 hessian.o \ 1313 hessn.o \ 1314 hessrgd.o \ 1315 hessrot.o \ 1316 hpmf.o \ 1317 hybrid.o \ 1318 ielscf.o \ 1319 image.o \ 1320 impose.o \ 1321 improp.o \ 1322 imptor.o \ 1323 induce.o \ 1324 inertia.o \ 1325 inform.o \ 1326 initatom.o \ 1327 initial.o \ 1328 initprm.o \ 1329 initres.o \ 1330 initrot.o \ 1331 insert.o \ 1332 inter.o \ 1333 invbeta.o \ 1334 invert.o \ 1335 iounit.o \ 1336 jacobi.o \ 1337 kanang.o \ 1338 kangang.o \ 1339 kangle.o \ 1340 kangs.o \ 1341 kangtor.o \ 1342 kantor.o \ 1343 katom.o \ 1344 katoms.o \ 1345 kbond.o \ 1346 kbonds.o \ 1347 kcflux.o \ 1348 kcharge.o \ 1349 kchgflx.o \ 1350 kchgtrn.o \ 1351 kchrge.o \ 1352 kcpen.o \ 1353 kctrn.o \ 1354 kdipol.o \ 1355 kdipole.o \ 1356 kdisp.o \ 1357 kdsp.o \ 1358 kewald.o \ 1359 kextra.o \ 1360 keys.o \ 1361 kgeom.o \ 1362 khbond.o \ 1363 kimprop.o \ 1364 kimptor.o \ 1365 kinetic.o \ 1366 kiprop.o \ 1367 kitors.o \ 1368 kmetal.o \ 1369 kmpole.o \ 1370 kmulti.o \ 1371 kopbend.o \ 1372 kopbnd.o \ 1373 kopdist.o \ 1374 kopdst.o \ 1375 korbit.o \ 1376 korbs.o \ 1377 kpitor.o \ 1378 kpitors.o \ 1379 kpolar.o \ 1380 kpolr.o \ 1381 krepel.o \ 1382 krepl.o \ 1383 ksolut.o \ 1384 ksolv.o \ 1385 kstbnd.o \ 1386 kstrbnd.o \ 1387 kstrtor.o \ 1388 ksttor.o \ 1389 ktors.o \ 1390 ktorsn.o \ 1391 ktortor.o \ 1392 ktrtor.o \ 1393 kurey.o \ 1394 kurybr.o \ 1395 kvdw.o \ 1396 kvdwpr.o \ 1397 kvdws.o \ 1398 lattice.o \ 1399 lbfgs.o \ 1400 light.o \ 1401 lights.o \ 1402 limits.o \ 1403 linmin.o \ 1404 lusolve.o \ 1405 makeint.o \ 1406 makeref.o \ 1407 makexyz.o \ 1408 math.o \ 1409 maxwell.o \ 1410 mdinit.o \ 1411 mdrest.o \ 1412 mdsave.o \ 1413 mdstat.o \ 1414 mdstuf.o \ 1415 mechanic.o \ 1416 merck.o \ 1417 merge.o \ 1418 minima.o \ 1419 molcul.o \ 1420 moldyn.o \ 1421 molecule.o \ 1422 moment.o \ 1423 moments.o \ 1424 mplpot.o \ 1425 mpole.o \ 1426 mrecip.o \ 1427 mutant.o \ 1428 mutate.o \ 1429 nblist.o \ 1430 neigh.o \ 1431 nextarg.o \ 1432 nexttext.o \ 1433 nonpol.o \ 1434 nose.o \ 1435 nspline.o \ 1436 nucleo.o \ 1437 number.o \ 1438 numeral.o \ 1439 numgrad.o \ 1440 ocvm.o \ 1441 omega.o \ 1442 opbend.o \ 1443 opdist.o \ 1444 openend.o \ 1445 openmp.o \ 1446 optinit.o \ 1447 optsave.o \ 1448 orbital.o \ 1449 orbits.o \ 1450 orient.o \ 1451 orthog.o \ 1452 output.o \ 1453 overlap.o \ 1454 params.o \ 1455 paths.o \ 1456 pbstuf.o \ 1457 pdb.o \ 1458 phipsi.o \ 1459 picalc.o \ 1460 piorbs.o \ 1461 pistuf.o \ 1462 pitors.o \ 1463 pme.o \ 1464 pmestuf.o \ 1465 pmpb.o \ 1466 polar.o \ 1467 polgrp.o \ 1468 polopt.o \ 1469 polpcg.o \ 1470 polpot.o \ 1471 poltcg.o \ 1472 polymer.o \ 1473 potent.o \ 1474 potfit.o \ 1475 predict.o \ 1476 pressure.o \ 1477 prmkey.o \ 1478 promo.o \ 1479 prtdyn.o \ 1480 prterr.o \ 1481 prtint.o \ 1482 prtmol2.o \ 1483 prtpdb.o \ 1484 prtprm.o \ 1485 prtseq.o \ 1486 prtxyz.o \ 1487 ptable.o \ 1488 qmstuf.o \ 1489 qrsolve.o \ 1490 quatfit.o \ 1491 random.o \ 1492 rattle.o \ 1493 readdyn.o \ 1494 readgau.o \ 1495 readgdma.o \ 1496 readint.o \ 1497 readmol.o \ 1498 readmol2.o \ 1499 readpdb.o \ 1500 readprm.o \ 1501 readseq.o \ 1502 readxyz.o \ 1503 refer.o \ 1504 repel.o \ 1505 replica.o \ 1506 reppot.o \ 1507 resdue.o \ 1508 respa.o \ 1509 restrn.o \ 1510 rgddyn.o \ 1511 rgdstep.o \ 1512 rigid.o \ 1513 ring.o \ 1514 rings.o \ 1515 rmsfit.o \ 1516 rotbnd.o \ 1517 rotlist.o \ 1518 rotpole.o \ 1519 rxnfld.o \ 1520 rxnpot.o \ 1521 scales.o \ 1522 sdstep.o \ 1523 search.o \ 1524 sequen.o \ 1525 server.o \ 1526 shakeup.o \ 1527 shunt.o \ 1528 sigmoid.o \ 1529 simplex.o \ 1530 sizes.o \ 1531 sktstuf.o \ 1532 socket.o \ 1533 solpot.o \ 1534 solute.o \ 1535 sort.o \ 1536 square.o \ 1537 stodyn.o \ 1538 strbnd.o \ 1539 strtor.o \ 1540 suffix.o \ 1541 surface.o \ 1542 surfatom.o \ 1543 switch.o \ 1544 syntrn.o \ 1545 tarray.o \ 1546 tcgstuf.o \ 1547 temper.o \ 1548 titles.o \ 1549 tncg.o \ 1550 torphase.o \ 1551 torpot.o \ 1552 torque.o \ 1553 tors.o \ 1554 torsions.o \ 1555 tortor.o \ 1556 tree.o \ 1557 trimtext.o \ 1558 unitcell.o \ 1559 units.o \ 1560 uprior.o \ 1561 urey.o \ 1562 urypot.o \ 1563 usage.o \ 1564 valfit.o \ 1565 vdw.o \ 1566 vdwpot.o \ 1567 verlet.o \ 1568 version.o \ 1569 vibs.o \ 1570 virial.o \ 1571 volume.o \ 1572 warp.o \ 1573 xtals.o \ 1574 xyzatm.o \ 1575 zatom.o \ 1576 zclose.o \ 1577 zcoord.o 1578 ${RANLIB} libtinker.a 1579 1580############################################################### 1581## Next Section has Explicit Dependencies on Include Files ## 1582############################################################### 1583 1584action.o: 1585active.o: atoms.o inform.o iounit.o keys.o usage.o 1586alchemy.o: analyz.o atoms.o energi.o files.o inform.o iounit.o katoms.o mutant.o potent.o units.o usage.o 1587align.o: 1588alterchg.o: angbnd.o atmlst.o atoms.o bndstr.o bound.o cflux.o charge.o chgpen.o inform.o iounit.o math.o mplpot.o mpole.o sizes.o 1589analysis.o: analyz.o atoms.o energi.o group.o inter.o iounit.o limits.o potent.o vdwpot.o 1590analyz.o: 1591analyze.o: action.o analyz.o angang.o angbnd.o angpot.o angtor.o atomid.o atoms.o bath.o bitor.o bndstr.o bound.o boxes.o cflux.o charge.o chgpen.o chgpot.o chgtrn.o couple.o deriv.o dipole.o disp.o energi.o ewald.o fields.o files.o improp.o imptor.o inform.o inter.o iounit.o korbs.o ktrtor.o kvdws.o limits.o math.o molcul.o moment.o mplpot.o mpole.o opbend.o opdist.o output.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o repel.o solute.o strbnd.o strtor.o titles.o tors.o tortor.o units.o urey.o vdw.o vdwpot.o virial.o 1592angang.o: 1593angbnd.o: 1594angles.o: angbnd.o atmlst.o atoms.o couple.o iounit.o 1595angpot.o: 1596angtor.o: 1597anneal.o: atomid.o atoms.o bath.o bndstr.o bound.o inform.o iounit.o mdstuf.o potent.o solute.o usage.o warp.o 1598archive.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o files.o inform.o iounit.o titles.o usage.o 1599argue.o: 1600ascii.o: 1601atmlst.o: 1602atomid.o: sizes.o 1603atoms.o: sizes.o 1604attach.o: atoms.o couple.o iounit.o 1605baoab.o: atomid.o atoms.o bath.o freeze.o limits.o mdstuf.o moldyn.o potent.o stodyn.o units.o usage.o virial.o 1606bar.o: boxes.o files.o inform.o iounit.o keys.o titles.o units.o 1607basefile.o: ascii.o files.o 1608bath.o: 1609beeman.o: atomid.o atoms.o freeze.o ielscf.o mdstuf.o moldyn.o polar.o units.o usage.o 1610bicubic.o: 1611bitor.o: 1612bitors.o: angbnd.o atoms.o bitor.o couple.o iounit.o 1613bndpot.o: 1614bndstr.o: 1615bonds.o: atmlst.o atoms.o bndstr.o couple.o iounit.o 1616born.o: atomid.o atoms.o bath.o chgpot.o couple.o deriv.o inform.o iounit.o math.o pbstuf.o solpot.o solute.o virial.o 1617bound.o: 1618bounds.o: atomid.o atoms.o boxes.o math.o molcul.o 1619boxes.o: 1620bussi.o: atomid.o atoms.o bath.o boxes.o freeze.o ielscf.o mdstuf.o moldyn.o polar.o units.o usage.o 1621calendar.o: 1622cell.o: 1623center.o: align.o 1624cflux.o: 1625charge.o: 1626chgpot.o: 1627chgtrn.o: 1628chkpole.o: atoms.o mpole.o 1629chkring.o: couple.o 1630chkxyz.o: atoms.o iounit.o 1631cholesky.o: 1632chrono.o: 1633chunks.o: 1634clock.o: chrono.o 1635cluster.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o inform.o iounit.o keys.o limits.o molcul.o 1636column.o: 1637command.o: argue.o 1638connect.o: atoms.o couple.o zclose.o zcoord.o 1639connolly.o: atoms.o faces.o inform.o iounit.o math.o 1640control.o: argue.o inform.o keys.o output.o 1641correlate.o: ascii.o atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o 1642couple.o: sizes.o 1643critical.o: atoms.o files.o inform.o iounit.o keys.o minima.o output.o sizes.o usage.o 1644crystal.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o files.o iounit.o math.o molcul.o 1645cspline.o: iounit.o 1646ctrpot.o: 1647cutoffs.o: atoms.o bound.o hescut.o keys.o limits.o neigh.o polpot.o tarray.o 1648damping.o: ewald.o math.o mplpot.o polar.o polpot.o 1649dcflux.o: angbnd.o atoms.o bndstr.o bound.o cflux.o sizes.o 1650deflate.o: iounit.o 1651delete.o: atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o 1652deriv.o: 1653diagq.o: 1654diffeq.o: atoms.o iounit.o math.o warp.o 1655diffuse.o: atomid.o atoms.o bound.o inform.o iounit.o molcul.o usage.o 1656dipole.o: 1657disgeo.o: 1658disp.o: 1659distgeom.o: angbnd.o atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o disgeo.o files.o inform.o iounit.o kvdws.o math.o refer.o restrn.o tors.o 1660dma.o: 1661document.o: iounit.o 1662domega.o: 1663dynamic.o: atoms.o bath.o bndstr.o bound.o inform.o iounit.o keys.o mdstuf.o potent.o stodyn.o usage.o 1664eangang.o: angang.o angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o energi.o group.o math.o usage.o 1665eangang1.o: angang.o angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o usage.o virial.o 1666eangang2.o: angang.o angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o 1667eangang3.o: action.o analyz.o angang.o angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o usage.o 1668eangle.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o energi.o group.o math.o usage.o 1669eangle1.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o usage.o virial.o 1670eangle2.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o 1671eangle3.o: action.o analyz.o angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o usage.o 1672eangtor.o: angbnd.o angtor.o atoms.o bound.o energi.o group.o math.o torpot.o tors.o usage.o 1673eangtor1.o: angbnd.o angtor.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o torpot.o tors.o usage.o virial.o 1674eangtor2.o: angbnd.o angtor.o atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o torpot.o tors.o 1675eangtor3.o: action.o analyz.o angbnd.o angtor.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o torpot.o tors.o usage.o 1676ebond.o: atoms.o bndpot.o bndstr.o bound.o energi.o group.o usage.o 1677ebond1.o: atoms.o bndpot.o bndstr.o bound.o deriv.o energi.o group.o usage.o virial.o 1678ebond2.o: atmlst.o atoms.o bndpot.o bndstr.o bound.o couple.o group.o hessn.o 1679ebond3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bndpot.o bndstr.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o usage.o 1680ebuck.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o iounit.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1681ebuck1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o iounit.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o warp.o 1682ebuck2.o: atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o group.o hessn.o iounit.o math.o shunt.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1683ebuck3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o math.o molcul.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1684echarge.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o group.o iounit.o light.o limits.o math.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o warp.o 1685echarge1.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o ewald.o group.o light.o limits.o math.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o virial.o warp.o 1686echarge2.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o ewald.o group.o hessn.o limits.o math.o neigh.o pme.o shunt.o warp.o 1687echarge3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o math.o molcul.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o warp.o 1688echgdpl.o: atoms.o bound.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o dipole.o energi.o group.o shunt.o units.o usage.o 1689echgdpl1.o: atoms.o bound.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o dipole.o energi.o group.o shunt.o units.o usage.o virial.o 1690echgdpl2.o: atoms.o bound.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o dipole.o group.o hessn.o shunt.o units.o 1691echgdpl3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o dipole.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o molcul.o shunt.o units.o usage.o 1692echgtrn.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o chgtrn.o couple.o ctrpot.o energi.o group.o light.o limits.o mplpot.o mpole.o neigh.o shunt.o usage.o 1693echgtrn1.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o chgtrn.o couple.o ctrpot.o deriv.o energi.o group.o limits.o mplpot.o mpole.o neigh.o shunt.o usage.o virial.o 1694echgtrn2.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o chgtrn.o couple.o ctrpot.o group.o hessn.o mplpot.o mpole.o shunt.o usage.o 1695echgtrn3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o chgtrn.o couple.o ctrpot.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o molcul.o mplpot.o mpole.o neigh.o shunt.o usage.o 1696edipole.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o dipole.o energi.o group.o shunt.o units.o usage.o 1697edipole1.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o deriv.o dipole.o energi.o group.o shunt.o units.o usage.o virial.o 1698edipole2.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o dipole.o group.o hessn.o shunt.o units.o 1699edipole3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o cell.o chgpot.o dipole.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o molcul.o shunt.o units.o usage.o 1700edisp.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o disp.o dsppot.o energi.o ewald.o group.o limits.o math.o mutant.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o 1701edisp1.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o disp.o dsppot.o energi.o ewald.o group.o limits.o math.o mutant.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o virial.o 1702edisp2.o: atoms.o bound.o cell.o couple.o disp.o dsppot.o group.o hessn.o shunt.o usage.o 1703edisp3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o disp.o dsppot.o energi.o ewald.o group.o inform.o inter.o iounit.o limits.o molcul.o mutant.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o 1704egauss.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1705egauss1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o warp.o 1706egauss2.o: atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o group.o hessn.o shunt.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1707egauss3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o math.o molcul.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1708egeom.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o energi.o group.o math.o molcul.o restrn.o usage.o 1709egeom1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o deriv.o energi.o group.o math.o molcul.o restrn.o usage.o virial.o 1710egeom2.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o deriv.o group.o hessn.o math.o molcul.o restrn.o 1711egeom3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o math.o molcul.o restrn.o usage.o 1712ehal.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o light.o limits.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o 1713ehal1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o light.o limits.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o 1714ehal2.o: atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o group.o hessn.o shunt.o vdw.o vdwpot.o 1715ehal3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o molcul.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o 1716eimprop.o: atoms.o bound.o energi.o group.o improp.o math.o torpot.o usage.o 1717eimprop1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o improp.o math.o torpot.o usage.o virial.o 1718eimprop2.o: atoms.o bound.o group.o hessn.o improp.o math.o torpot.o 1719eimprop3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o improp.o inform.o iounit.o math.o torpot.o usage.o 1720eimptor.o: atoms.o bound.o energi.o group.o imptor.o torpot.o usage.o 1721eimptor1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o imptor.o torpot.o usage.o virial.o 1722eimptor2.o: atoms.o bound.o group.o hessn.o imptor.o torpot.o 1723eimptor3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o imptor.o inform.o iounit.o math.o torpot.o usage.o 1724elj.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1725elj1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o warp.o 1726elj2.o: atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o group.o hessn.o math.o shunt.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1727elj3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o math.o molcul.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1728embed.o: angbnd.o atoms.o bndstr.o couple.o disgeo.o files.o inform.o iounit.o keys.o light.o math.o minima.o output.o refer.o restrn.o tors.o units.o 1729emetal.o: atomid.o atoms.o couple.o energi.o kchrge.o 1730emetal1.o: atomid.o atoms.o couple.o deriv.o energi.o kchrge.o 1731emetal2.o: 1732emetal3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o energi.o kchrge.o 1733emm3hb.o: atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o couple.o energi.o group.o light.o limits.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o 1734emm3hb1.o: atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o group.o light.o limits.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o 1735emm3hb2.o: atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o cell.o chgpot.o couple.o group.o hessn.o shunt.o vdw.o vdwpot.o 1736emm3hb3.o: action.o analyz.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o molcul.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o 1737empole.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o group.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o polpot.o potent.o shunt.o usage.o 1738empole1.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o ewald.o group.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o potent.o shunt.o usage.o virial.o 1739empole2.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o group.o hessn.o limits.o molcul.o mplpot.o mpole.o potent.o shunt.o usage.o 1740empole3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o group.o inform.o inter.o iounit.o limits.o math.o molcul.o mplpot.o mpole.o neigh.o pme.o potent.o shunt.o usage.o 1741energi.o: 1742energy.o: energi.o iounit.o limits.o potent.o rigid.o vdwpot.o 1743eopbend.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o energi.o fields.o group.o math.o opbend.o usage.o 1744eopbend1.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o opbend.o usage.o virial.o 1745eopbend2.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o opbend.o 1746eopbend3.o: action.o analyz.o angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o opbend.o usage.o 1747eopdist.o: angpot.o atoms.o bound.o energi.o group.o opdist.o usage.o 1748eopdist1.o: angpot.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o opdist.o usage.o virial.o 1749eopdist2.o: angpot.o atoms.o bound.o group.o hessn.o opdist.o usage.o 1750eopdist3.o: action.o analyz.o angpot.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o opdist.o usage.o 1751epitors.o: atoms.o bound.o energi.o group.o pitors.o torpot.o usage.o 1752epitors1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o pitors.o torpot.o usage.o virial.o 1753epitors2.o: angbnd.o atoms.o bound.o deriv.o group.o hessn.o pitors.o torpot.o usage.o 1754epitors3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o pitors.o torpot.o usage.o 1755epolar.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o 1756epolar1.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o ewald.o iounit.o limits.o math.o molcul.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpot.o poltcg.o potent.o shunt.o virial.o 1757epolar2.o: atoms.o bound.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o deriv.o hessn.o limits.o mplpot.o mpole.o polar.o polgrp.o polopt.o polpot.o poltcg.o potent.o shunt.o 1758epolar3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o inform.o inter.o iounit.o limits.o math.o molcul.o mplpot.o mpole.o neigh.o pme.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o units.o 1759erepel.o: atoms.o bound.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o limits.o mpole.o mutant.o neigh.o potent.o repel.o reppot.o shunt.o usage.o 1760erepel1.o: atoms.o bound.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o inform.o limits.o mpole.o neigh.o potent.o repel.o reppot.o shunt.o usage.o virial.o 1761erepel2.o: atoms.o bound.o cell.o couple.o deriv.o group.o hessn.o mpole.o potent.o repel.o reppot.o shunt.o usage.o 1762erepel3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o limits.o molcul.o mpole.o mutant.o neigh.o potent.o repel.o reppot.o shunt.o usage.o 1763erf.o: iounit.o math.o 1764erxnfld.o: atoms.o chgpot.o energi.o mpole.o rxnfld.o rxnpot.o shunt.o usage.o 1765erxnfld1.o: atoms.o deriv.o energi.o 1766erxnfld2.o: 1767erxnfld3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o chgpot.o energi.o inform.o iounit.o mpole.o shunt.o usage.o 1768esolv.o: atomid.o atoms.o bound.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o gkstuf.o group.o hpmf.o kvdws.o limits.o math.o mpole.o neigh.o nonpol.o pbstuf.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o usage.o vdw.o warp.o 1769esolv1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o gkstuf.o group.o hpmf.o kvdws.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o neigh.o nonpol.o pbstuf.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o usage.o vdw.o virial.o warp.o 1770esolv2.o: atoms.o charge.o chgpot.o deriv.o hessn.o math.o mpole.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o warp.o 1771esolv3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o gkstuf.o group.o hpmf.o inform.o inter.o iounit.o kvdws.o limits.o math.o molcul.o mpole.o neigh.o nonpol.o pbstuf.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o usage.o vdw.o warp.o 1772estrbnd.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bndstr.o bound.o energi.o group.o math.o strbnd.o usage.o 1773estrbnd1.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bndstr.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o strbnd.o usage.o virial.o 1774estrbnd2.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bndstr.o bound.o group.o hessn.o math.o strbnd.o 1775estrbnd3.o: action.o analyz.o angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o strbnd.o usage.o 1776estrtor.o: atoms.o bndstr.o bound.o energi.o group.o strtor.o torpot.o tors.o usage.o 1777estrtor1.o: atoms.o bndstr.o bound.o deriv.o energi.o group.o strtor.o torpot.o tors.o usage.o virial.o 1778estrtor2.o: atoms.o bndstr.o bound.o group.o hessn.o strtor.o torpot.o tors.o 1779estrtor3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o strtor.o torpot.o tors.o usage.o 1780etors.o: atoms.o bound.o energi.o group.o math.o torpot.o tors.o usage.o warp.o 1781etors1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o torpot.o tors.o usage.o virial.o warp.o 1782etors2.o: atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o torpot.o tors.o warp.o 1783etors3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o torpot.o tors.o usage.o warp.o 1784etortor.o: atomid.o atoms.o bitor.o bound.o couple.o energi.o group.o ktrtor.o math.o torpot.o tortor.o usage.o 1785etortor1.o: atoms.o bitor.o bound.o deriv.o energi.o group.o ktrtor.o math.o torpot.o tortor.o usage.o virial.o 1786etortor2.o: atoms.o bitor.o bound.o group.o hessn.o ktrtor.o math.o torpot.o tortor.o units.o 1787etortor3.o: action.o analyz.o atoms.o bitor.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o ktrtor.o math.o torpot.o tortor.o usage.o 1788eurey.o: atoms.o bound.o energi.o group.o urey.o urypot.o usage.o 1789eurey1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o urey.o urypot.o usage.o virial.o 1790eurey2.o: atoms.o bound.o couple.o group.o hessn.o urey.o urypot.o 1791eurey3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o urey.o urypot.o usage.o 1792evcorr.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o kdsp.o limits.o math.o mutant.o potent.o shunt.o vdw.o vdwpot.o 1793ewald.o: 1794extra.o: energi.o 1795extra1.o: atoms.o deriv.o energi.o 1796extra2.o: atoms.o hessn.o 1797extra3.o: action.o analyz.o atoms.o energi.o 1798faces.o: 1799fatal.o: iounit.o 1800fft.o: 1801fft3d.o: fft.o openmp.o pme.o 1802fftpack.o: math.o 1803field.o: fields.o inform.o iounit.o keys.o potent.o sizes.o 1804fields.o: 1805files.o: 1806final.o: align.o analyz.o angang.o angbnd.o angtor.o atmlst.o bitor.o bndstr.o cell.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o chunks.o couple.o deriv.o dipole.o disgeo.o domega.o faces.o fft.o fields.o fracs.o freeze.o group.o hessn.o hpmf.o ielscf.o improp.o imptor.o inform.o iounit.o kanang.o katoms.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdsp.o korbs.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kvdws.o light.o limits.o merck.o molcul.o moldyn.o mpole.o mrecip.o mutant.o neigh.o nonpol.o omega.o opbend.o opdist.o orbits.o paths.o pbstuf.o pdb.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o poltcg.o potfit.o qmstuf.o refer.o repel.o restrn.o rgddyn.o rigid.o ring.o rotbnd.o socket.o solpot.o solute.o stodyn.o strbnd.o strtor.o syntrn.o tarray.o tors.o tortor.o uprior.o urey.o usage.o vdw.o vibs.o warp.o 1807flatten.o: atoms.o fields.o inform.o iounit.o keys.o warp.o 1808fracs.o: 1809freefix.o: iounit.o math.o units.o 1810freeunit.o: iounit.o 1811freeze.o: 1812gda.o: atoms.o files.o iounit.o minima.o potent.o vdwpot.o warp.o 1813geometry.o: atoms.o math.o 1814getarc.o: inform.o iounit.o output.o 1815getint.o: atoms.o inform.o iounit.o output.o 1816getkey.o: argue.o files.o iounit.o keys.o openmp.o 1817getmol.o: files.o inform.o iounit.o 1818getmol2.o: files.o inform.o iounit.o 1819getnumb.o: ascii.o 1820getpdb.o: inform.o iounit.o 1821getprm.o: files.o inform.o iounit.o keys.o params.o 1822getref.o: atomid.o atoms.o boxes.o couple.o files.o refer.o titles.o 1823getstring.o: ascii.o 1824gettext.o: ascii.o 1825getword.o: ascii.o 1826getxyz.o: inform.o iounit.o output.o 1827ghmcstep.o: atomid.o atoms.o bath.o freeze.o iounit.o mdstuf.o moldyn.o stodyn.o units.o usage.o virial.o 1828gkstuf.o: sizes.o 1829gradient.o: atoms.o couple.o deriv.o energi.o inter.o iounit.o limits.o potent.o rigid.o vdwpot.o virial.o 1830gradrgd.o: atoms.o group.o rigid.o 1831gradrot.o: atoms.o deriv.o domega.o omega.o potent.o rotbnd.o 1832group.o: 1833groups.o: group.o 1834grpline.o: atomid.o atoms.o group.o rgddyn.o 1835gyrate.o: atoms.o usage.o 1836hescut.o: 1837hessian.o: atoms.o couple.o hescut.o hessn.o inform.o iounit.o limits.o mpole.o potent.o rigid.o usage.o vdw.o vdwpot.o 1838hessn.o: 1839hessrgd.o: atoms.o group.o rigid.o 1840hessrot.o: math.o omega.o zcoord.o 1841hpmf.o: 1842hybrid.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o charge.o couple.o dipole.o imptor.o inform.o iounit.o kangs.o katoms.o kbonds.o kchrge.o kdipol.o kitors.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o kvdws.o math.o mutant.o strbnd.o strtor.o tors.o vdw.o vdwpot.o 1843ielscf.o: 1844image.o: boxes.o cell.o math.o 1845impose.o: align.o inform.o iounit.o 1846improp.o: 1847imptor.o: 1848induce.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o couple.o ewald.o gkstuf.o group.o ielscf.o inform.o iounit.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o neigh.o openmp.o pbstuf.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o polpot.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o tarray.o units.o uprior.o 1849inertia.o: atomid.o atoms.o iounit.o math.o 1850inform.o: 1851initatom.o: ptable.o 1852initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o 1853initprm.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o ctrpot.o dsppot.o fields.o ielscf.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o math.o merck.o mplpot.o polpot.o reppot.o rxnpot.o sizes.o solpot.o solute.o torpot.o units.o uprior.o urypot.o vdwpot.o 1854initres.o: resdue.o 1855initrot.o: atoms.o couple.o group.o inform.o iounit.o math.o omega.o potent.o restrn.o rotbnd.o usage.o zcoord.o 1856insert.o: atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o 1857intedit.o: atomid.o atoms.o files.o iounit.o katoms.o zcoord.o 1858inter.o: 1859intxyz.o: files.o iounit.o titles.o 1860invbeta.o: 1861invert.o: iounit.o 1862iounit.o: 1863jacobi.o: iounit.o 1864kanang.o: 1865kangang.o: angang.o angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o kanang.o keys.o potent.o tors.o 1866kangle.o: angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o fields.o inform.o iounit.o kangs.o keys.o merck.o potent.o ring.o usage.o 1867kangs.o: 1868kangtor.o: angtor.o atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o kantor.o keys.o potent.o tors.o 1869kantor.o: 1870katom.o: atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o katoms.o keys.o 1871katoms.o: 1872kbond.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o fields.o inform.o iounit.o kbonds.o keys.o merck.o potent.o tors.o usage.o 1873kbonds.o: 1874kcflux.o: 1875kcharge.o: atomid.o atoms.o charge.o chgpot.o couple.o fields.o inform.o iounit.o kchrge.o keys.o merck.o potent.o 1876kchgflx.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o cflux.o couple.o inform.o iounit.o kangs.o kbonds.o kcflux.o keys.o potent.o sizes.o usage.o 1877kchgtrn.o: atomid.o atoms.o chgpen.o chgtrn.o inform.o iounit.o kctrn.o keys.o mplpot.o mpole.o polar.o polpot.o potent.o sizes.o 1878kchrge.o: 1879kcpen.o: 1880kctrn.o: 1881kdipol.o: 1882kdipole.o: atmlst.o atoms.o bndstr.o couple.o dipole.o inform.o iounit.o kdipol.o keys.o potent.o 1883kdisp.o: atomid.o atoms.o disp.o dsppot.o inform.o iounit.o kdsp.o keys.o limits.o potent.o sizes.o 1884kdsp.o: 1885kewald.o: atoms.o bound.o boxes.o chunks.o ewald.o fft.o inform.o iounit.o keys.o limits.o openmp.o pme.o potent.o 1886kextra.o: 1887keys.o: 1888kgeom.o: atomid.o atoms.o bound.o couple.o group.o iounit.o keys.o molcul.o potent.o restrn.o 1889khbond.o: 1890kimprop.o: atomid.o atoms.o couple.o improp.o inform.o iounit.o keys.o kiprop.o potent.o tors.o 1891kimptor.o: atomid.o atoms.o couple.o imptor.o inform.o iounit.o keys.o kitors.o math.o potent.o tors.o 1892kinetic.o: atomid.o atoms.o bath.o group.o ielscf.o mdstuf.o moldyn.o rgddyn.o units.o usage.o 1893kiprop.o: 1894kitors.o: 1895kmetal.o: 1896kmpole.o: atomid.o atoms.o chgpen.o couple.o inform.o iounit.o kcpen.o keys.o kmulti.o math.o mplpot.o mpole.o polar.o polgrp.o potent.o units.o 1897kmulti.o: 1898kopbend.o: angbnd.o atomid.o atoms.o couple.o fields.o inform.o iounit.o keys.o kopbnd.o merck.o opbend.o potent.o usage.o 1899kopbnd.o: 1900kopdist.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o keys.o kopdst.o opdist.o potent.o 1901kopdst.o: 1902korbit.o: atomid.o atoms.o bndstr.o inform.o iounit.o keys.o korbs.o orbits.o piorbs.o pistuf.o tors.o units.o 1903korbs.o: 1904kpitor.o: 1905kpitors.o: atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o keys.o kpitor.o pitors.o potent.o tors.o 1906kpolar.o: atoms.o chgpen.o couple.o inform.o iounit.o keys.o kpolr.o mplpot.o mpole.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o polpot.o poltcg.o potent.o 1907kpolr.o: 1908krepel.o: atomid.o atoms.o inform.o iounit.o keys.o krepl.o mpole.o potent.o repel.o reppot.o sizes.o 1909krepl.o: 1910ksolut.o: 1911ksolv.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bath.o bndstr.o chgpot.o couple.o gkstuf.o hpmf.o inform.o iounit.o keys.o ksolut.o kvdws.o math.o nonpol.o pbstuf.o polar.o polopt.o polpot.o potent.o ptable.o solpot.o solute.o 1912kstbnd.o: 1913kstrbnd.o: angbnd.o angpot.o atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o fields.o inform.o iounit.o keys.o kstbnd.o merck.o potent.o ring.o strbnd.o 1914kstrtor.o: atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o keys.o ksttor.o potent.o strtor.o tors.o 1915ksttor.o: 1916ktors.o: atomid.o atoms.o couple.o fields.o inform.o iounit.o keys.o ktorsn.o math.o merck.o potent.o ring.o tors.o usage.o 1917ktorsn.o: 1918ktortor.o: atomid.o atoms.o bitor.o inform.o iounit.o keys.o ktrtor.o potent.o tortor.o 1919ktrtor.o: 1920kurey.o: angbnd.o atomid.o atoms.o inform.o iounit.o keys.o kurybr.o potent.o urey.o 1921kurybr.o: 1922kvdw.o: atomid.o atoms.o couple.o fields.o inform.o iounit.o keys.o khbond.o kvdwpr.o kvdws.o math.o merck.o potent.o vdw.o vdwpot.o 1923kvdwpr.o: 1924kvdws.o: 1925lattice.o: boxes.o cell.o inform.o iounit.o math.o 1926lbfgs.o: inform.o iounit.o keys.o linmin.o math.o minima.o output.o scales.o 1927light.o: 1928lights.o: bound.o boxes.o cell.o iounit.o light.o 1929limits.o: 1930linmin.o: 1931lusolve.o: iounit.o 1932makeint.o: atoms.o couple.o inform.o iounit.o math.o sizes.o zclose.o zcoord.o 1933makeref.o: atomid.o atoms.o boxes.o couple.o files.o refer.o titles.o 1934makexyz.o: atoms.o zcoord.o 1935math.o: 1936maxwell.o: units.o 1937mdinit.o: atomid.o atoms.o bath.o bound.o couple.o files.o freeze.o group.o inform.o iounit.o keys.o mdstuf.o molcul.o moldyn.o mpole.o output.o potent.o rgddyn.o rigid.o stodyn.o units.o usage.o 1938mdrest.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o inform.o iounit.o mdstuf.o moldyn.o rgddyn.o units.o 1939mdsave.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o deriv.o files.o group.o inform.o iounit.o mdstuf.o moldyn.o mpole.o output.o polar.o potent.o rgddyn.o socket.o titles.o units.o 1940mdstat.o: atoms.o bath.o bound.o boxes.o inform.o iounit.o limits.o mdstuf.o molcul.o units.o usage.o warp.o 1941mdstuf.o: 1942mechanic.o: inform.o iounit.o limits.o potent.o vdwpot.o 1943merck.o: sizes.o 1944merge.o: atomid.o atoms.o couple.o iounit.o refer.o 1945minima.o: 1946minimize.o: atoms.o bound.o files.o freeze.o inform.o iounit.o scales.o usage.o 1947minirot.o: files.o inform.o iounit.o math.o omega.o scales.o zcoord.o 1948minrigid.o: files.o group.o inform.o iounit.o math.o output.o rigid.o 1949mol2xyz.o: files.o iounit.o titles.o 1950molcul.o: 1951moldyn.o: 1952molecule.o: atomid.o atoms.o couple.o molcul.o 1953molxyz.o: files.o iounit.o titles.o 1954moment.o: 1955moments.o: atomid.o atoms.o bound.o charge.o dipole.o limits.o moment.o mpole.o polar.o potent.o rigid.o solpot.o units.o usage.o 1956monte.o: atoms.o bound.o files.o inform.o iounit.o omega.o output.o potent.o units.o usage.o zcoord.o 1957mplpot.o: 1958mpole.o: 1959mrecip.o: 1960mutant.o: 1961mutate.o: angbnd.o atomid.o atoms.o bndstr.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o inform.o iounit.o katoms.o keys.o mplpot.o mpole.o mutant.o polar.o potent.o tors.o 1962nblist.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o disp.o iounit.o light.o limits.o mpole.o neigh.o potent.o vdw.o 1963neigh.o: 1964newton.o: atoms.o bound.o files.o inform.o iounit.o usage.o 1965newtrot.o: files.o hescut.o inform.o iounit.o math.o omega.o zcoord.o 1966nextarg.o: argue.o 1967nexttext.o: 1968nonpol.o: 1969nose.o: atomid.o atoms.o bath.o boxes.o freeze.o mdstuf.o moldyn.o units.o usage.o virial.o 1970nspline.o: 1971nucleic.o: atoms.o couple.o files.o group.o inform.o iounit.o katoms.o math.o molcul.o nucleo.o output.o potent.o resdue.o restrn.o rigid.o sequen.o titles.o usage.o 1972nucleo.o: sizes.o 1973number.o: inform.o iounit.o 1974numeral.o: 1975numgrad.o: atoms.o 1976ocvm.o: inform.o iounit.o keys.o linmin.o math.o minima.o output.o potent.o scales.o 1977omega.o: 1978opbend.o: 1979opdist.o: 1980openend.o: 1981openmp.o: 1982optimize.o: atoms.o bound.o files.o inform.o iounit.o scales.o usage.o 1983optinit.o: inform.o keys.o output.o potent.o 1984optirot.o: files.o inform.o iounit.o math.o omega.o scales.o zcoord.o 1985optrigid.o: files.o group.o inform.o iounit.o math.o output.o rigid.o 1986optsave.o: atomid.o atoms.o bound.o deriv.o files.o iounit.o math.o mpole.o omega.o output.o polar.o potent.o scales.o socket.o titles.o units.o usage.o zcoord.o 1987orbital.o: atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o iounit.o keys.o piorbs.o potent.o tors.o 1988orbits.o: 1989orient.o: atomid.o atoms.o group.o math.o rigid.o 1990orthog.o: 1991output.o: 1992overlap.o: units.o 1993params.o: 1994path.o: align.o atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o linmin.o minima.o output.o paths.o 1995paths.o: 1996pbstuf.o: 1997pdb.o: 1998pdbxyz.o: atomid.o atoms.o couple.o fields.o files.o inform.o iounit.o katoms.o pdb.o resdue.o sequen.o titles.o 1999phipsi.o: sizes.o 2000picalc.o: atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o orbits.o piorbs.o pistuf.o tors.o units.o 2001piorbs.o: 2002pistuf.o: 2003pitors.o: 2004pme.o: 2005pmestuf.o: atoms.o boxes.o charge.o chunks.o disp.o math.o mpole.o openmp.o pme.o potent.o 2006pmpb.o: iounit.o 2007polar.o: 2008polarize.o: atoms.o inform.o iounit.o molcul.o mpole.o polar.o polopt.o polpcg.o polpot.o potent.o units.o 2009poledit.o: atomid.o atoms.o bndstr.o chgpen.o couple.o fields.o files.o inform.o iounit.o keys.o kpolr.o mplpot.o mpole.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o ptable.o ring.o sizes.o units.o 2010polgrp.o: 2011polopt.o: 2012polpcg.o: 2013polpot.o: 2014poltcg.o: 2015polymer.o: atoms.o bndstr.o bound.o boxes.o iounit.o keys.o 2016potent.o: 2017potential.o: atomid.o atoms.o charge.o chgpen.o chgpot.o dipole.o files.o inform.o iounit.o katoms.o keys.o math.o moment.o mplpot.o mpole.o neigh.o polar.o potent.o potfit.o ptable.o refer.o titles.o units.o 2018potfit.o: sizes.o 2019predict.o: atomid.o atoms.o ielscf.o keys.o polar.o uprior.o 2020pressure.o: atomid.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o group.o math.o mdstuf.o molcul.o moldyn.o units.o usage.o virial.o 2021prmedit.o: angpot.o bndpot.o iounit.o math.o params.o sizes.o urypot.o vdwpot.o 2022prmkey.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o ctrpot.o dsppot.o fields.o mplpot.o polpot.o potent.o reppot.o rxnpot.o torpot.o urypot.o vdwpot.o 2023promo.o: iounit.o 2024protein.o: atomid.o atoms.o couple.o files.o group.o inform.o iounit.o katoms.o math.o molcul.o output.o phipsi.o potent.o resdue.o restrn.o rigid.o sequen.o titles.o usage.o 2025prtdyn.o: atoms.o boxes.o files.o group.o mdstuf.o moldyn.o rgddyn.o titles.o 2026prterr.o: files.o output.o 2027prtint.o: atomid.o atoms.o files.o inform.o titles.o zclose.o zcoord.o 2028prtmol2.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o files.o iounit.o ptable.o ring.o titles.o tors.o 2029prtpdb.o: bound.o boxes.o files.o pdb.o sequen.o titles.o 2030prtprm.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o fields.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolr.o krepl.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o mplpot.o polpot.o sizes.o urypot.o vdwpot.o 2031prtseq.o: files.o sequen.o 2032prtxyz.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o files.o inform.o titles.o 2033pss.o: atoms.o files.o hescut.o inform.o iounit.o math.o omega.o refer.o tree.o warp.o zcoord.o 2034pssrigid.o: atoms.o files.o group.o inform.o iounit.o math.o minima.o molcul.o refer.o rigid.o sizes.o warp.o 2035pssrot.o: atoms.o files.o inform.o iounit.o math.o minima.o omega.o refer.o warp.o zcoord.o 2036ptable.o: 2037qmstuf.o: 2038qrsolve.o: 2039quatfit.o: align.o 2040radial.o: argue.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o files.o inform.o iounit.o limits.o math.o molcul.o potent.o 2041random.o: inform.o iounit.o keys.o math.o 2042rattle.o: atomid.o atoms.o freeze.o group.o inform.o iounit.o moldyn.o units.o usage.o virial.o 2043readdyn.o: atoms.o boxes.o files.o group.o iounit.o mdstuf.o moldyn.o rgddyn.o 2044readgau.o: ascii.o iounit.o qmstuf.o units.o 2045readgdma.o: atomid.o atoms.o dma.o files.o iounit.o mpole.o units.o 2046readint.o: atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o titles.o zclose.o zcoord.o 2047readmol.o: atomid.o atoms.o couple.o files.o iounit.o ptable.o titles.o 2048readmol2.o: atomid.o atoms.o couple.o files.o iounit.o ptable.o titles.o 2049readpdb.o: files.o inform.o iounit.o pdb.o resdue.o sequen.o titles.o 2050readprm.o: fields.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o merck.o params.o 2051readseq.o: files.o iounit.o resdue.o sequen.o 2052readxyz.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o files.o inform.o iounit.o titles.o 2053refer.o: sizes.o 2054repel.o: 2055replica.o: bound.o boxes.o cell.o inform.o iounit.o math.o 2056reppot.o: 2057resdue.o: 2058respa.o: atomid.o atoms.o freeze.o ielscf.o limits.o mdstuf.o moldyn.o polar.o potent.o units.o usage.o virial.o 2059restrn.o: 2060rgddyn.o: 2061rgdstep.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o iounit.o rgddyn.o units.o virial.o 2062rigid.o: 2063ring.o: 2064rings.o: angbnd.o atoms.o bitor.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o ring.o tors.o 2065rmsfit.o: align.o 2066rotbnd.o: 2067rotlist.o: atoms.o couple.o iounit.o molcul.o rotbnd.o zclose.o 2068rotpole.o: atoms.o math.o mpole.o 2069rxnfld.o: 2070rxnpot.o: 2071saddle.o: atoms.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o syntrn.o titles.o zcoord.o 2072scales.o: 2073scan.o: atoms.o files.o inform.o iounit.o math.o minima.o omega.o output.o potent.o scales.o zcoord.o 2074sdstep.o: atomid.o atoms.o bath.o couple.o freeze.o kvdws.o math.o mdstuf.o moldyn.o stodyn.o units.o usage.o virial.o 2075search.o: linmin.o math.o 2076sequen.o: sizes.o 2077server.o: 2078shakeup.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o couple.o freeze.o keys.o math.o molcul.o ring.o usage.o 2079shunt.o: 2080sigmoid.o: 2081simplex.o: inform.o iounit.o keys.o minima.o 2082sizes.o: 2083sktstuf.o: atomid.o atoms.o charge.o couple.o deriv.o fields.o files.o inform.o iounit.o keys.o moldyn.o mpole.o polar.o potent.o socket.o 2084sniffer.o: atoms.o files.o inform.o iounit.o linmin.o math.o minima.o output.o scales.o usage.o 2085socket.o: 2086solpot.o: 2087solute.o: 2088sort.o: 2089spacefill.o: atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o kvdws.o math.o ptable.o usage.o 2090spectrum.o: files.o iounit.o math.o units.o 2091square.o: inform.o iounit.o keys.o minima.o 2092stodyn.o: 2093strbnd.o: 2094strtor.o: 2095suffix.o: ascii.o 2096superpose.o: align.o atomid.o atoms.o bound.o files.o inform.o iounit.o titles.o 2097surface.o: atoms.o inform.o iounit.o math.o usage.o 2098surfatom.o: atoms.o iounit.o math.o 2099switch.o: limits.o nonpol.o shunt.o 2100syntrn.o: 2101tarray.o: 2102tcgstuf.o: atoms.o iounit.o limits.o mpole.o polar.o poltcg.o potent.o 2103temper.o: atomid.o atoms.o bath.o group.o ielscf.o mdstuf.o molcul.o moldyn.o rgddyn.o units.o usage.o 2104testgrad.o: atoms.o deriv.o energi.o files.o inform.o inter.o iounit.o solute.o usage.o 2105testhess.o: atoms.o files.o hescut.o inform.o iounit.o usage.o 2106testpair.o: atoms.o deriv.o energi.o inform.o iounit.o light.o limits.o neigh.o polpot.o potent.o tarray.o vdwpot.o 2107testpol.o: atoms.o bound.o inform.o iounit.o limits.o minima.o mpole.o polar.o polopt.o polpot.o poltcg.o potent.o rigid.o units.o usage.o 2108testrot.o: domega.o energi.o inform.o iounit.o math.o omega.o zcoord.o 2109testvir.o: atoms.o bath.o bound.o boxes.o inform.o iounit.o math.o units.o virial.o 2110timer.o: atoms.o hescut.o inform.o iounit.o limits.o 2111timerot.o: iounit.o limits.o omega.o 2112titles.o: 2113tncg.o: atoms.o hescut.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o math.o minima.o output.o piorbs.o potent.o 2114torphase.o: 2115torpot.o: 2116torque.o: atoms.o deriv.o mpole.o 2117tors.o: 2118torsfit.o: atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o keys.o ktorsn.o math.o output.o potent.o qmstuf.o restrn.o scales.o tors.o usage.o 2119torsions.o: atoms.o bndstr.o couple.o iounit.o tors.o 2120tortor.o: 2121tree.o: 2122trimtext.o: 2123unitcell.o: bound.o boxes.o keys.o math.o 2124units.o: 2125uprior.o: 2126urey.o: 2127urypot.o: 2128usage.o: 2129valence.o: angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bndpot.o bndstr.o couple.o files.o hescut.o inform.o iounit.o kangs.o kbonds.o keys.o kopbnd.o kstbnd.o ktorsn.o kurybr.o kvdws.o linmin.o math.o minima.o opbend.o output.o potent.o qmstuf.o scales.o strbnd.o torpot.o tors.o units.o urey.o urypot.o usage.o valfit.o vdwpot.o 2130valfit.o: 2131vdw.o: 2132vdwpot.o: 2133verlet.o: atomid.o atoms.o freeze.o ielscf.o moldyn.o polar.o units.o usage.o 2134version.o: iounit.o output.o 2135vibbig.o: atomid.o atoms.o bound.o couple.o files.o hescut.o hessn.o inform.o iounit.o keys.o limits.o mpole.o potent.o rigid.o units.o usage.o vdw.o vdwpot.o vibs.o 2136vibrate.o: atomid.o atoms.o files.o hescut.o iounit.o math.o units.o usage.o 2137vibrot.o: iounit.o omega.o 2138vibs.o: 2139virial.o: 2140volume.o: atoms.o iounit.o math.o sizes.o 2141warp.o: 2142xtalfit.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o charge.o dipole.o energi.o files.o fracs.o inform.o iounit.o kvdws.o limits.o math.o molcul.o mpole.o polar.o potent.o sizes.o vdw.o vdwpot.o xtals.o 2143xtalmin.o: atoms.o boxes.o files.o inform.o iounit.o keys.o math.o scales.o 2144xtals.o: 2145xyzatm.o: atoms.o inform.o iounit.o math.o 2146xyzedit.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o energi.o files.o inform.o iounit.o katoms.o limits.o linmin.o math.o minima.o molcul.o neigh.o output.o potent.o ptable.o refer.o repel.o scales.o titles.o units.o usage.o vdw.o vdwpot.o 2147xyzint.o: files.o iounit.o titles.o 2148xyzmol2.o: files.o iounit.o titles.o 2149xyzpdb.o: atomid.o atoms.o couple.o fields.o files.o inform.o molcul.o pdb.o resdue.o sequen.o 2150zatom.o: angbnd.o atomid.o atoms.o bndstr.o fields.o iounit.o kangs.o katoms.o kbonds.o sizes.o zclose.o zcoord.o 2151zclose.o: sizes.o 2152zcoord.o: sizes.o 2153