1## 2################################################################### 3## ## 4## Makefile for Building the Tinker Molecular Modeling Package ## 5## ## 6################################################################### 7## 8## Invocation Options: 9## 10## 1. make all Build all the Tinker executables 11## 2. make install Move the executables to BINDIR 12## 3. make create_links Create soft links in LINKDIR 13## 4. make remove_links Remove soft links from LINKDIR 14## 5. make listing Concatenate source to tinker.txt 15## 6. make clean Delete objects and executables 16## 17## Original version of this file is due to Peter Happersberger 18## and Jochen Buehler of the University of Konstanz, January 1998. 19## Modifications by Reece Hart & Jay Ponder, Washington University 20## 21## Building Tinker from source requires libraries from the FFTW 22## Fast Fourier Transform package and (optionally) APBS Poisson- 23## Boltzmann solver. These libraries are assumed to already be 24## present, and are not built by this Makefile 25## 26## Java setup assumes standard installation of Oracle Java 8 JDK 27## and the existence of JAVA_HOME pointing to the installation. 28## On Windows set JAVA_HOME = C:\Progra~1\Java\jdk1.8.0_251, or 29## similar, and "\" will convert to "/" during the Cygwin build 30## 31################################################################### 32 33################################################################### 34## Main Environment Variables; Change as Needed for Local Site ## 35################################################################### 36 37## BUILDDIR Top-Level Directory for Building 38## TINKERDIR Tinker Top-Level Directory 39## TINKER_LIBDIR Libraries needed to build Tinker 40## BINDIR Directory with Tinker Executables 41## LINKDIR Linked Copies of Tinker Executables 42## FFTWDIR FFTW Top-Level Directory 43## FFTW_LIBDIR Directory with FFTW Libraries 44## FFTW_LIBS FFTW Libraries needed to build Tinker 45## APBSDIR APBS Top-Level Directory 46## APBS_INCDIR Directory with APBS Include Files 47## APBS_LIBDIR Directory with APBS Libraries 48## APBS_LIBS APBS Libraries needed to build Tinker 49## FFEDIR FFE Top-Level Directory 50## JAVA_INCDIR Directories with Java Include Files 51## JAVA_LIBDIR Directory with Java Virtual Machine Library 52## JAVA_LIBS Name of Java Virtual Machine Library 53 54BUILDDIR = $(HOME)/ffe/build 55 56TINKERDIR = $(BUILDDIR)/tinker 57TINKER_LIBDIR = $(TINKERDIR)/lib 58BINDIR = $(TINKERDIR)/bin 59LINKDIR = /usr/local/bin 60 61FFTWDIR = $(BUILDDIR)/fftw 62FFTW_LIBDIR = -L$(FFTWDIR)/lib 63FFTW_LIBS = -lfftw3_threads -lfftw3 64 65APBSDIR = $(BUILDDIR)/apbs 66APBS_INCDIR = -I$(APBSDIR)/include 67APBS_LIBDIR = -L$(APBSDIR)/lib 68APBS_LIBS = -lapbsmainroutines -lapbs -lmaloc -lapbsblas 69 70FFEDIR = $(BUILDDIR)/ffe 71 72## For Linux 73#JAVA_INCDIR = -I$(FFEDIR)/native -I$(FFEDIR)/native/linux \ 74# -I$(JAVA_HOME)/include \ 75# -I$(JAVA_HOME)/include/linux 76#JAVA_LIBDIR = -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server 77#JAVA_LIBS = -ljvm 78 79## For macOS 80JAVA_INCDIR = -I$(FFEDIR)/native -I$(FFEDIR)/native/macos \ 81 -I$(JAVA_HOME)/include \ 82 -I$(JAVA_HOME)/include/darwin 83JAVA_LIBDIR = -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/server 84JAVA_LIBS = -ljvm 85 86## For Windows 87#JAVA_INCDIR = -I$(FFEDIR)/native -I$(FFEDIR)/native/windows \ 88# -I$(JAVA_HOME)/include \ 89# -I$(JAVA_HOME)/include/win32 90#JAVA_LIBDIR = -L$(JAVA_HOME)/lib 91#JAVA_LIBS = -ljvm 92 93#################################################################### 94## Known Machine Types; Uncomment One of the Following Sections ## 95## May Need Editing to Match Your Desired OS & Compiler Version ## 96#################################################################### 97 98## Build: Tinker 99## OS Type: Generic Linux 100## CPU Type: Intel x86 Compatible 101## Compiler: GNU gfortran 9.3 102## Parallel: OpenMP 103 104#CC = gcc 105#F77 = gfortran 106#CCFLAGS = -c 107#F77FLAGS = -c 108#OPTFLAGS = -Ofast -march=native -fopenmp 109#OPTFLAGS = -Ofast -msse3 -fopenmp 110#OPTFLAGS = -Og -fbacktrace -fcheck=bounds -Wunused -Wmaybe-uninitialized 111#LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/linux -Wl,--no-as-needed -ldl 112#LIBS = -lstdc++ 113#LIBFLAGS = -crusv 114#RANLIB = ranlib 115#LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static-libgcc 116#RENAME = rename_bin 117 118## Build: Tinker 119## OS Type: Apple macOS 120## CPU Type: Intel x86 Compatible 121## Compiler: GNU gfortran 8.1 122## Parallel: OpenMP 123 124CC = gcc 125F77 = gfortran 126CCFLAGS = -c 127F77FLAGS = -c 128#OPTFLAGS = -Ofast -march=native -fopenmp 129OPTFLAGS = -Ofast -mssse3 -fopenmp 130#OPTFLAGS = -Og -fbacktrace -fcheck=bounds -Wunused -Wmaybe-uninitialized 131LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/macos 132LIBS = -lstdc++ 133LIBFLAGS = -crusv 134RANLIB = ranlib -c 135LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static-libgcc -framework JavaVM -framework \ 136 CoreFoundation 137RENAME = rename_bin 138 139## Build: Tinker 140## OS Type: Microsoft Windows 10 141## CPU Type: Intel x86 Compatible 142## Compiler: MinGW GNU gfortran 9.2 143## Parallel: OpenMP 144 145#CC = gcc 146#F77 = gfortran 147#CCFLAGS = -c 148#F77FLAGS = -c 149#OPTFLAGS = -Ofast -march=native -fopenmp 150#OPTFLAGS = -Ofast -msse3 -fopenmp 151#LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/windows 152#LIBS = -lstdc++ -lwsock32 153#LIBFLAGS = -crusv 154#RANLIB = ranlib 155#LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static 156#RENAME = rename_exe 157 158## Build: Tinker 159## OS Type: Generic Linux 160## CPU Type: Intel x86 Compatible (also AMD) 161## Compiler: Intel Fortran for Linux 15.0 162## Parallel: OpenMP 163 164#F77 = ifort 165#F77FLAGS = -c -xHost 166#OPTFLAGS = -O3 -no-ipo -no-prec-div -recursive -qopenmp 167#LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/linux 168#LIBS = 169#LIBFLAGS = -crusv 170#RANLIB = echo 171#LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static-libgcc -static-intel 172#RENAME = rename_bin 173 174## Build: Tinker 175## OS Type: Apple macOS 176## CPU Type: Intel x86 Compatible 177## Compiler: Intel Fortran for macOS 15.0 178## Parallel: OpenMP 179 180#CC = icc 181#F77 = ifort 182#CCFLAGS = -c 183#F77 = ifort 184#F77FLAGS = -c -axSSSE3 185#OPTFLAGS = -O3 -no-ipo -no-prec-div -mdynamic-no-pic -qopenmp 186#LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/macos 187#LIBS = 188#LIBFLAGS = -crusv 189#RANLIB = ranlib -c 190#LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static-intel -Wl,-stack_size,0x10000000 \ 191# -framework JavaVM -framework CoreFoundation 192#RENAME = rename_bin 193 194################################################################# 195## Should not be Necessary to Change Things Below this Point ## 196################################################################# 197 198OBJS = action.o \ 199 active.o \ 200 alchemy.o \ 201 align.o \ 202 alterchg.o \ 203 analysis.o \ 204 analyz.o \ 205 analyze.o \ 206 angang.o \ 207 angbnd.o \ 208 angles.o \ 209 angpot.o \ 210 angtor.o \ 211 anneal.o \ 212 archive.o \ 213 argue.o \ 214 ascii.o \ 215 atmlst.o \ 216 atomid.o \ 217 atoms.o \ 218 attach.o \ 219 baoab.o \ 220 bar.o \ 221 basefile.o \ 222 bath.o \ 223 beeman.o \ 224 bicubic.o \ 225 bitor.o \ 226 bitors.o \ 227 bndpot.o \ 228 bndstr.o \ 229 bonds.o \ 230 born.o \ 231 bound.o \ 232 bounds.o \ 233 boxes.o \ 234 bussi.o \ 235 calendar.o \ 236 cell.o \ 237 center.o \ 238 cflux.o \ 239 charge.o \ 240 chgpen.o \ 241 chgpot.o \ 242 chgtrn.o \ 243 chkpole.o \ 244 chkring.o \ 245 chkxyz.o \ 246 cholesky.o \ 247 chrono.o \ 248 chunks.o \ 249 clock.o \ 250 cluster.o \ 251 column.o \ 252 command.o \ 253 connect.o \ 254 connolly.o \ 255 control.o \ 256 correlate.o \ 257 couple.o \ 258 critical.o \ 259 crystal.o \ 260 cspline.o \ 261 ctrpot.o \ 262 cutoffs.o \ 263 damping.o \ 264 dcflux.o \ 265 deflate.o \ 266 delete.o \ 267 deriv.o \ 268 diagq.o \ 269 diffeq.o \ 270 diffuse.o \ 271 dipole.o \ 272 disgeo.o \ 273 disp.o \ 274 distgeom.o \ 275 dma.o \ 276 document.o \ 277 domega.o \ 278 dsppot.o \ 279 dynamic.o \ 280 eangang.o \ 281 eangang1.o \ 282 eangang2.o \ 283 eangang3.o \ 284 eangle.o \ 285 eangle1.o \ 286 eangle2.o \ 287 eangle3.o \ 288 eangtor.o \ 289 eangtor1.o \ 290 eangtor2.o \ 291 eangtor3.o \ 292 ebond.o \ 293 ebond1.o \ 294 ebond2.o \ 295 ebond3.o \ 296 ebuck.o \ 297 ebuck1.o \ 298 ebuck2.o \ 299 ebuck3.o \ 300 echarge.o \ 301 echarge1.o \ 302 echarge2.o \ 303 echarge3.o \ 304 echgdpl.o \ 305 echgdpl1.o \ 306 echgdpl2.o \ 307 echgdpl3.o \ 308 echgtrn.o \ 309 echgtrn1.o \ 310 echgtrn2.o \ 311 echgtrn3.o \ 312 edipole.o \ 313 edipole1.o \ 314 edipole2.o \ 315 edipole3.o \ 316 edisp.o \ 317 edisp1.o \ 318 edisp2.o \ 319 edisp3.o \ 320 egauss.o \ 321 egauss1.o \ 322 egauss2.o \ 323 egauss3.o \ 324 egeom.o \ 325 egeom1.o \ 326 egeom2.o \ 327 egeom3.o \ 328 ehal.o \ 329 ehal1.o \ 330 ehal2.o \ 331 ehal3.o \ 332 eimprop.o \ 333 eimprop1.o \ 334 eimprop2.o \ 335 eimprop3.o \ 336 eimptor.o \ 337 eimptor1.o \ 338 eimptor2.o \ 339 eimptor3.o \ 340 elj.o \ 341 elj1.o \ 342 elj2.o \ 343 elj3.o \ 344 embed.o \ 345 emetal.o \ 346 emetal1.o \ 347 emetal2.o \ 348 emetal3.o \ 349 emm3hb.o \ 350 emm3hb1.o \ 351 emm3hb2.o \ 352 emm3hb3.o \ 353 empole.o \ 354 empole1.o \ 355 empole2.o \ 356 empole3.o \ 357 energi.o \ 358 energy.o \ 359 eopbend.o \ 360 eopbend1.o \ 361 eopbend2.o \ 362 eopbend3.o \ 363 eopdist.o \ 364 eopdist1.o \ 365 eopdist2.o \ 366 eopdist3.o \ 367 epitors.o \ 368 epitors1.o \ 369 epitors2.o \ 370 epitors3.o \ 371 epolar.o \ 372 epolar1.o \ 373 epolar2.o \ 374 epolar3.o \ 375 erepel.o \ 376 erepel1.o \ 377 erepel2.o \ 378 erepel3.o \ 379 erf.o \ 380 erxnfld.o \ 381 erxnfld1.o \ 382 erxnfld2.o \ 383 erxnfld3.o \ 384 esolv.o \ 385 esolv1.o \ 386 esolv2.o \ 387 esolv3.o \ 388 estrbnd.o \ 389 estrbnd1.o \ 390 estrbnd2.o \ 391 estrbnd3.o \ 392 estrtor.o \ 393 estrtor1.o \ 394 estrtor2.o \ 395 estrtor3.o \ 396 etors.o \ 397 etors1.o \ 398 etors2.o \ 399 etors3.o \ 400 etortor.o \ 401 etortor1.o \ 402 etortor2.o \ 403 etortor3.o \ 404 eurey.o \ 405 eurey1.o \ 406 eurey2.o \ 407 eurey3.o \ 408 evcorr.o \ 409 ewald.o \ 410 extra.o \ 411 extra1.o \ 412 extra2.o \ 413 extra3.o \ 414 faces.o \ 415 fatal.o \ 416 fft.o \ 417 fft3d.o \ 418 fftpack.o \ 419 field.o \ 420 fields.o \ 421 files.o \ 422 final.o \ 423 flatten.o \ 424 fracs.o \ 425 freefix.o \ 426 freeunit.o \ 427 freeze.o \ 428 gda.o \ 429 geometry.o \ 430 getarc.o \ 431 getint.o \ 432 getkey.o \ 433 getmol.o \ 434 getmol2.o \ 435 getnumb.o \ 436 getpdb.o \ 437 getprm.o \ 438 getref.o \ 439 getstring.o \ 440 gettext.o \ 441 getword.o \ 442 getxyz.o \ 443 ghmcstep.o \ 444 gkstuf.o \ 445 gradient.o \ 446 gradrgd.o \ 447 gradrot.o \ 448 group.o \ 449 groups.o \ 450 grpline.o \ 451 gyrate.o \ 452 hescut.o \ 453 hessian.o \ 454 hessn.o \ 455 hessrgd.o \ 456 hessrot.o \ 457 hpmf.o \ 458 hybrid.o \ 459 ielscf.o \ 460 image.o \ 461 impose.o \ 462 improp.o \ 463 imptor.o \ 464 induce.o \ 465 inertia.o \ 466 inform.o \ 467 initatom.o \ 468 initial.o \ 469 initprm.o \ 470 initres.o \ 471 initrot.o \ 472 insert.o \ 473 intedit.o \ 474 inter.o \ 475 intxyz.o \ 476 invbeta.o \ 477 invert.o \ 478 iounit.o \ 479 jacobi.o \ 480 kanang.o \ 481 kangang.o \ 482 kangle.o \ 483 kangs.o \ 484 kangtor.o \ 485 kantor.o \ 486 katom.o \ 487 katoms.o \ 488 kbond.o \ 489 kbonds.o \ 490 kcflux.o \ 491 kcharge.o \ 492 kchgflx.o \ 493 kchgtrn.o \ 494 kchrge.o \ 495 kcpen.o \ 496 kctrn.o \ 497 kdipol.o \ 498 kdipole.o \ 499 kdisp.o \ 500 kdsp.o \ 501 kewald.o \ 502 kextra.o \ 503 keys.o \ 504 kgeom.o \ 505 khbond.o \ 506 kimprop.o \ 507 kimptor.o \ 508 kinetic.o \ 509 kiprop.o \ 510 kitors.o \ 511 kmetal.o \ 512 kmpole.o \ 513 kmulti.o \ 514 kopbend.o \ 515 kopbnd.o \ 516 kopdist.o \ 517 kopdst.o \ 518 korbit.o \ 519 korbs.o \ 520 kpitor.o \ 521 kpitors.o \ 522 kpolar.o \ 523 kpolr.o \ 524 krepel.o \ 525 krepl.o \ 526 ksolut.o \ 527 ksolv.o \ 528 kstbnd.o \ 529 kstrbnd.o \ 530 kstrtor.o \ 531 ksttor.o \ 532 ktors.o \ 533 ktorsn.o \ 534 ktortor.o \ 535 ktrtor.o \ 536 kurey.o \ 537 kurybr.o \ 538 kvdw.o \ 539 kvdwpr.o \ 540 kvdws.o \ 541 lattice.o \ 542 lbfgs.o \ 543 light.o \ 544 lights.o \ 545 limits.o \ 546 linmin.o \ 547 lusolve.o \ 548 makeint.o \ 549 makeref.o \ 550 makexyz.o \ 551 math.o \ 552 maxwell.o \ 553 mdinit.o \ 554 mdrest.o \ 555 mdsave.o \ 556 mdstat.o \ 557 mdstuf.o \ 558 mechanic.o \ 559 merck.o \ 560 merge.o \ 561 minima.o \ 562 minimize.o \ 563 minirot.o \ 564 minrigid.o \ 565 mol2xyz.o \ 566 molcul.o \ 567 moldyn.o \ 568 molecule.o \ 569 molxyz.o \ 570 moment.o \ 571 moments.o \ 572 monte.o \ 573 mplpot.o \ 574 mpole.o \ 575 mrecip.o \ 576 mutant.o \ 577 mutate.o \ 578 nblist.o \ 579 neigh.o \ 580 newton.o \ 581 newtrot.o \ 582 nextarg.o \ 583 nexttext.o \ 584 nonpol.o \ 585 nose.o \ 586 nspline.o \ 587 nucleic.o \ 588 nucleo.o \ 589 number.o \ 590 numeral.o \ 591 numgrad.o \ 592 ocvm.o \ 593 omega.o \ 594 opbend.o \ 595 opdist.o \ 596 openend.o \ 597 openmp.o \ 598 optimize.o \ 599 optinit.o \ 600 optirot.o \ 601 optrigid.o \ 602 optsave.o \ 603 orbital.o \ 604 orbits.o \ 605 orient.o \ 606 orthog.o \ 607 output.o \ 608 overlap.o \ 609 params.o \ 610 path.o \ 611 paths.o \ 612 pbstuf.o \ 613 pdb.o \ 614 pdbxyz.o \ 615 phipsi.o \ 616 picalc.o \ 617 piorbs.o \ 618 pistuf.o \ 619 pitors.o \ 620 pme.o \ 621 pmestuf.o \ 622 pmpb.o \ 623 polar.o \ 624 polarize.o \ 625 poledit.o \ 626 polgrp.o \ 627 polopt.o \ 628 polpcg.o \ 629 polpot.o \ 630 poltcg.o \ 631 polymer.o \ 632 potent.o \ 633 potential.o \ 634 potfit.o \ 635 predict.o \ 636 pressure.o \ 637 prmedit.o \ 638 prmkey.o \ 639 promo.o \ 640 protein.o \ 641 prtdyn.o \ 642 prterr.o \ 643 prtint.o \ 644 prtmol2.o \ 645 prtpdb.o \ 646 prtprm.o \ 647 prtseq.o \ 648 prtxyz.o \ 649 pss.o \ 650 pssrigid.o \ 651 pssrot.o \ 652 ptable.o \ 653 qmstuf.o \ 654 qrsolve.o \ 655 quatfit.o \ 656 radial.o \ 657 random.o \ 658 rattle.o \ 659 readdyn.o \ 660 readgau.o \ 661 readgdma.o \ 662 readint.o \ 663 readmol.o \ 664 readmol2.o \ 665 readpdb.o \ 666 readprm.o \ 667 readseq.o \ 668 readxyz.o \ 669 refer.o \ 670 repel.o \ 671 replica.o \ 672 reppot.o \ 673 resdue.o \ 674 respa.o \ 675 restrn.o \ 676 rgddyn.o \ 677 rgdstep.o \ 678 rigid.o \ 679 ring.o \ 680 rings.o \ 681 rmsfit.o \ 682 rotbnd.o \ 683 rotlist.o \ 684 rotpole.o \ 685 rxnfld.o \ 686 rxnpot.o \ 687 saddle.o \ 688 scales.o \ 689 scan.o \ 690 sdstep.o \ 691 search.o \ 692 sequen.o \ 693 server.o \ 694 shakeup.o \ 695 shunt.o \ 696 sigmoid.o \ 697 simplex.o \ 698 sizes.o \ 699 sktstuf.o \ 700 sniffer.o \ 701 socket.o \ 702 solpot.o \ 703 solute.o \ 704 sort.o \ 705 spacefill.o \ 706 spectrum.o \ 707 square.o \ 708 stodyn.o \ 709 strbnd.o \ 710 strtor.o \ 711 suffix.o \ 712 superpose.o \ 713 surface.o \ 714 surfatom.o \ 715 switch.o \ 716 syntrn.o \ 717 tarray.o \ 718 tcgstuf.o \ 719 temper.o \ 720 testgrad.o \ 721 testhess.o \ 722 testpair.o \ 723 testpol.o \ 724 testrot.o \ 725 testvir.o \ 726 timer.o \ 727 timerot.o \ 728 titles.o \ 729 tncg.o \ 730 torphase.o \ 731 torpot.o \ 732 torque.o \ 733 tors.o \ 734 torsfit.o \ 735 torsions.o \ 736 tortor.o \ 737 tree.o \ 738 trimtext.o \ 739 unitcell.o \ 740 units.o \ 741 uprior.o \ 742 urey.o \ 743 urypot.o \ 744 usage.o \ 745 valence.o \ 746 valfit.o \ 747 vdw.o \ 748 vdwpot.o \ 749 verlet.o \ 750 version.o \ 751 vibbig.o \ 752 vibrate.o \ 753 vibrot.o \ 754 vibs.o \ 755 virial.o \ 756 volume.o \ 757 warp.o \ 758 xtalfit.o \ 759 xtalmin.o \ 760 xtals.o \ 761 xyzatm.o \ 762 xyzedit.o \ 763 xyzint.o \ 764 xyzmol2.o \ 765 xyzpdb.o \ 766 zatom.o \ 767 zclose.o \ 768 zcoord.o 769 770EXEFILES = alchemy.x \ 771 analyze.x \ 772 anneal.x \ 773 archive.x \ 774 bar.x \ 775 correlate.x \ 776 critical.x \ 777 crystal.x \ 778 diffuse.x \ 779 distgeom.x \ 780 document.x \ 781 dynamic.x \ 782 freefix.x \ 783 gda.x \ 784 intedit.x \ 785 intxyz.x \ 786 minimize.x \ 787 minirot.x \ 788 minrigid.x \ 789 mol2xyz.x \ 790 molxyz.x \ 791 monte.x \ 792 newton.x \ 793 newtrot.x \ 794 nucleic.x \ 795 optimize.x \ 796 optirot.x \ 797 optrigid.x \ 798 path.x \ 799 pdbxyz.x \ 800 polarize.x \ 801 poledit.x \ 802 potential.x \ 803 prmedit.x \ 804 protein.x \ 805 pss.x \ 806 pssrigid.x \ 807 pssrot.x \ 808 radial.x \ 809 saddle.x \ 810 scan.x \ 811 sniffer.x \ 812 spacefill.x \ 813 spectrum.x \ 814 superpose.x \ 815 testgrad.x \ 816 testhess.x \ 817 testpair.x \ 818 testpol.x \ 819 testrot.x \ 820 testvir.x \ 821 timer.x \ 822 timerot.x \ 823 torsfit.x \ 824 valence.x \ 825 vibbig.x \ 826 vibrate.x \ 827 vibrot.x \ 828 xtalfit.x \ 829 xtalmin.x \ 830 xyzedit.x \ 831 xyzint.x \ 832 xyzmol2.x \ 833 xyzpdb.x 834 835%.o: %.c 836 ${CC} ${CCFLAGS} ${JAVA_INCDIR} ${APBS_INCDIR} ${OPTFLAGS} $< 837 838%.o: %.f 839 ${F77} ${F77FLAGS} ${OPTFLAGS} $< -o $@ 840 841%.x: %.o libtinker.a 842 ${F77} ${LINKFLAGS} -o $@ ${FFTW_LIBDIR} ${APBS_LIBDIR} ${LIBDIR} $^ ${FFTW_LIBS} ${APBS_LIBS} ${LIBS}; strip $@ 843 844all: ${EXEFILES} 845 846install: ${RENAME} 847 848clean: 849 rm -f *.o *.mod *.a *.x 850 851listing: 852 cat *.f *.c > tinker.txt 853 854rename_bin: 855 mv alchemy.x $(BINDIR)/alchemy 856 mv analyze.x $(BINDIR)/analyze 857 mv anneal.x $(BINDIR)/anneal 858 mv archive.x $(BINDIR)/archive 859 mv bar.x $(BINDIR)/bar 860 mv correlate.x $(BINDIR)/correlate 861 mv critical.x $(BINDIR)/critical 862 mv crystal.x $(BINDIR)/crystal 863 mv diffuse.x $(BINDIR)/diffuse 864 mv distgeom.x $(BINDIR)/distgeom 865 mv document.x $(BINDIR)/document 866 mv dynamic.x $(BINDIR)/dynamic 867 mv freefix.x $(BINDIR)/freefix 868 mv gda.x $(BINDIR)/gda 869 mv intedit.x $(BINDIR)/intedit 870 mv intxyz.x $(BINDIR)/intxyz 871 mv minimize.x $(BINDIR)/minimize 872 mv minirot.x $(BINDIR)/minirot 873 mv minrigid.x $(BINDIR)/minrigid 874 mv mol2xyz.x $(BINDIR)/mol2xyz 875 mv molxyz.x $(BINDIR)/molxyz 876 mv monte.x $(BINDIR)/monte 877 mv newton.x $(BINDIR)/newton 878 mv newtrot.x $(BINDIR)/newtrot 879 mv nucleic.x $(BINDIR)/nucleic 880 mv optimize.x $(BINDIR)/optimize 881 mv optirot.x $(BINDIR)/optirot 882 mv optrigid.x $(BINDIR)/optrigid 883 mv path.x $(BINDIR)/path 884 mv pdbxyz.x $(BINDIR)/pdbxyz 885 mv polarize.x $(BINDIR)/polarize 886 mv poledit.x $(BINDIR)/poledit 887 mv potential.x $(BINDIR)/potential 888 mv prmedit.x $(BINDIR)/prmedit 889 mv protein.x $(BINDIR)/protein 890 mv pss.x $(BINDIR)/pss 891 mv pssrigid.x $(BINDIR)/pssrigid 892 mv pssrot.x $(BINDIR)/pssrot 893 mv radial.x $(BINDIR)/radial 894 mv saddle.x $(BINDIR)/saddle 895 mv scan.x $(BINDIR)/scan 896 mv sniffer.x $(BINDIR)/sniffer 897 mv spacefill.x $(BINDIR)/spacefill 898 mv spectrum.x $(BINDIR)/spectrum 899 mv superpose.x $(BINDIR)/superpose 900 mv testgrad.x $(BINDIR)/testgrad 901 mv testhess.x $(BINDIR)/testhess 902 mv testpair.x $(BINDIR)/testpair 903 mv testpol.x $(BINDIR)/testpol 904 mv testrot.x $(BINDIR)/testrot 905 mv testvir.x $(BINDIR)/testvir 906 mv timer.x $(BINDIR)/timer 907 mv timerot.x $(BINDIR)/timerot 908 mv torsfit.x $(BINDIR)/torsfit 909 mv valence.x $(BINDIR)/valence 910 mv vibbig.x $(BINDIR)/vibbig 911 mv vibrate.x $(BINDIR)/vibrate 912 mv vibrot.x $(BINDIR)/vibrot 913 mv xtalfit.x $(BINDIR)/xtalfit 914 mv xtalmin.x $(BINDIR)/xtalmin 915 mv xyzedit.x $(BINDIR)/xyzedit 916 mv xyzint.x $(BINDIR)/xyzint 917 mv xyzmol2.x $(BINDIR)/xyzmol2 918 mv xyzpdb.x $(BINDIR)/xyzpdb 919 920rename_exe: 921 mv alchemy.x $(BINDIR)/alchemy.exe 922 mv analyze.x $(BINDIR)/analyze.exe 923 mv anneal.x $(BINDIR)/anneal.exe 924 mv archive.x $(BINDIR)/archive.exe 925 mv bar.x $(BINDIR)/bar.exe 926 mv correlate.x $(BINDIR)/correlate.exe 927 mv critical.x $(BINDIR)/critical.exe 928 mv crystal.x $(BINDIR)/crystal.exe 929 mv diffuse.x $(BINDIR)/diffuse.exe 930 mv distgeom.x $(BINDIR)/distgeom.exe 931 mv document.x $(BINDIR)/document.exe 932 mv dynamic.x $(BINDIR)/dynamic.exe 933 mv freefix.x $(BINDIR)/freefix.exe 934 mv gda.x $(BINDIR)/gda.exe 935 mv intedit.x $(BINDIR)/intedit.exe 936 mv intxyz.x $(BINDIR)/intxyz.exe 937 mv minimize.x $(BINDIR)/minimize.exe 938 mv minirot.x $(BINDIR)/minirot.exe 939 mv minrigid.x $(BINDIR)/minrigid.exe 940 mv mol2xyz.x $(BINDIR)/mol2xyz.exe 941 mv molxyz.x $(BINDIR)/molxyz.exe 942 mv monte.x $(BINDIR)/monte.exe 943 mv newton.x $(BINDIR)/newton.exe 944 mv newtrot.x $(BINDIR)/newtrot.exe 945 mv nucleic.x $(BINDIR)/nucleic.exe 946 mv optimize.x $(BINDIR)/optimize.exe 947 mv optirot.x $(BINDIR)/optirot.exe 948 mv optrigid.x $(BINDIR)/optrigid.exe 949 mv path.x $(BINDIR)/path.exe 950 mv pdbxyz.x $(BINDIR)/pdbxyz.exe 951 mv polarize.x $(BINDIR)/polarize.exe 952 mv poledit.x $(BINDIR)/poledit.exe 953 mv potential.x $(BINDIR)/potential.exe 954 mv prmedit.x $(BINDIR)/prmedit.exe 955 mv protein.x $(BINDIR)/protein.exe 956 mv pss.x $(BINDIR)/pss.exe 957 mv pssrigid.x $(BINDIR)/pssrigid.exe 958 mv pssrot.x $(BINDIR)/pssrot.exe 959 mv radial.x $(BINDIR)/radial.exe 960 mv saddle.x $(BINDIR)/saddle.exe 961 mv scan.x $(BINDIR)/scan.exe 962 mv sniffer.x $(BINDIR)/sniffer.exe 963 mv spacefill.x $(BINDIR)/spacefill.exe 964 mv spectrum.x $(BINDIR)/spectrum.exe 965 mv superpose.x $(BINDIR)/superpose.exe 966 mv testgrad.x $(BINDIR)/testgrad.exe 967 mv testhess.x $(BINDIR)/testhess.exe 968 mv testpair.x $(BINDIR)/testpair.exe 969 mv testpol.x $(BINDIR)/testpol.exe 970 mv testrot.x $(BINDIR)/testrot.exe 971 mv testvir.x $(BINDIR)/testvir.exe 972 mv timer.x $(BINDIR)/timer.exe 973 mv timerot.x $(BINDIR)/timerot.exe 974 mv torsfit.x $(BINDIR)/torsfit.exe 975 mv valence.x $(BINDIR)/valence.exe 976 mv vibbig.x $(BINDIR)/vibbig.exe 977 mv vibrate.x $(BINDIR)/vibrate.exe 978 mv vibrot.x $(BINDIR)/vibrot.exe 979 mv xtalfit.x $(BINDIR)/xtalfit.exe 980 mv xtalmin.x $(BINDIR)/xtalmin.exe 981 mv xyzedit.x $(BINDIR)/xyzedit.exe 982 mv xyzint.x $(BINDIR)/xyzint.exe 983 mv xyzmol2.x $(BINDIR)/xyzmol2.exe 984 mv xyzpdb.x $(BINDIR)/xyzpdb.exe 985 986remove_links: 987 rm -f $(LINKDIR)/alchemy 988 rm -f $(LINKDIR)/analyze 989 rm -f $(LINKDIR)/anneal 990 rm -f $(LINKDIR)/archive 991 rm -f $(LINKDIR)/bar 992 rm -f $(LINKDIR)/correlate 993 rm -f $(LINKDIR)/critical 994 rm -f $(LINKDIR)/crystal 995 rm -f $(LINKDIR)/diffuse 996 rm -f $(LINKDIR)/distgeom 997 rm -f $(LINKDIR)/document 998 rm -f $(LINKDIR)/dynamic 999 rm -f $(LINKDIR)/freefix 1000 rm -f $(LINKDIR)/gda 1001 rm -f $(LINKDIR)/intedit 1002 rm -f $(LINKDIR)/intxyz 1003 rm -f $(LINKDIR)/minimize 1004 rm -f $(LINKDIR)/minirot 1005 rm -f $(LINKDIR)/minrigid 1006 rm -f $(LINKDIR)/mol2xyz 1007 rm -f $(LINKDIR)/molxyz 1008 rm -f $(LINKDIR)/monte 1009 rm -f $(LINKDIR)/newton 1010 rm -f $(LINKDIR)/newtrot 1011 rm -f $(LINKDIR)/nucleic 1012 rm -f $(LINKDIR)/optimize 1013 rm -f $(LINKDIR)/optirot 1014 rm -f $(LINKDIR)/optrigid 1015 rm -f $(LINKDIR)/path 1016 rm -f $(LINKDIR)/pdbxyz 1017 rm -f $(LINKDIR)/polarize 1018 rm -f $(LINKDIR)/poledit 1019 rm -f $(LINKDIR)/potential 1020 rm -f $(LINKDIR)/prmedit 1021 rm -f $(LINKDIR)/protein 1022 rm -f $(LINKDIR)/pss 1023 rm -f $(LINKDIR)/pssrigid 1024 rm -f $(LINKDIR)/pssrot 1025 rm -f $(LINKDIR)/radial 1026 rm -f $(LINKDIR)/saddle 1027 rm -f $(LINKDIR)/scan 1028 rm -f $(LINKDIR)/sniffer 1029 rm -f $(LINKDIR)/spacefill 1030 rm -f $(LINKDIR)/spectrum 1031 rm -f $(LINKDIR)/superpose 1032 rm -f $(LINKDIR)/testgrad 1033 rm -f $(LINKDIR)/testhess 1034 rm -f $(LINKDIR)/testpair 1035 rm -f $(LINKDIR)/testpol 1036 rm -f $(LINKDIR)/testrot 1037 rm -f $(LINKDIR)/testvir 1038 rm -f $(LINKDIR)/timer 1039 rm -f $(LINKDIR)/timerot 1040 rm -f $(LINKDIR)/torsfit 1041 rm -f $(LINKDIR)/valence 1042 rm -f $(LINKDIR)/vibbig 1043 rm -f $(LINKDIR)/vibrate 1044 rm -f $(LINKDIR)/vibrot 1045 rm -f $(LINKDIR)/xtalfit 1046 rm -f $(LINKDIR)/xtalmin 1047 rm -f $(LINKDIR)/xyzedit 1048 rm -f $(LINKDIR)/xyzint 1049 rm -f $(LINKDIR)/xyzmol2 1050 rm -f $(LINKDIR)/xyzpdb 1051 1052create_links: 1053 ln -s $(BINDIR)/alchemy $(LINKDIR)/alchemy 1054 ln -s $(BINDIR)/analyze $(LINKDIR)/analyze 1055 ln -s $(BINDIR)/anneal $(LINKDIR)/anneal 1056 ln -s $(BINDIR)/archive $(LINKDIR)/archive 1057 ln -s $(BINDIR)/bar $(LINKDIR)/bar 1058 ln -s $(BINDIR)/correlate $(LINKDIR)/correlate 1059 ln -s $(BINDIR)/critical $(LINKDIR)/critical 1060 ln -s $(BINDIR)/crystal $(LINKDIR)/crystal 1061 ln -s $(BINDIR)/diffuse $(LINKDIR)/diffuse 1062 ln -s $(BINDIR)/distgeom $(LINKDIR)/distgeom 1063 ln -s $(BINDIR)/document $(LINKDIR)/document 1064 ln -s $(BINDIR)/dynamic $(LINKDIR)/dynamic 1065 ln -s $(BINDIR)/freefix $(LINKDIR)/freefix 1066 ln -s $(BINDIR)/gda $(LINKDIR)/gda 1067 ln -s $(BINDIR)/intedit $(LINKDIR)/intedit 1068 ln -s $(BINDIR)/intxyz $(LINKDIR)/intxyz 1069 ln -s $(BINDIR)/minimize $(LINKDIR)/minimize 1070 ln -s $(BINDIR)/minirot $(LINKDIR)/minirot 1071 ln -s $(BINDIR)/minrigid $(LINKDIR)/minrigid 1072 ln -s $(BINDIR)/mol2xyz $(LINKDIR)/mol2xyz 1073 ln -s $(BINDIR)/molxyz $(LINKDIR)/molxyz 1074 ln -s $(BINDIR)/monte $(LINKDIR)/monte 1075 ln -s $(BINDIR)/newton $(LINKDIR)/newton 1076 ln -s $(BINDIR)/newtrot $(LINKDIR)/newtrot 1077 ln -s $(BINDIR)/nucleic $(LINKDIR)/nucleic 1078 ln -s $(BINDIR)/optimize $(LINKDIR)/optimize 1079 ln -s $(BINDIR)/optirot $(LINKDIR)/optirot 1080 ln -s $(BINDIR)/optrigid $(LINKDIR)/optrigid 1081 ln -s $(BINDIR)/path $(LINKDIR)/path 1082 ln -s $(BINDIR)/pdbxyz $(LINKDIR)/pdbxyz 1083 ln -s $(BINDIR)/polarize $(LINKDIR)/polarize 1084 ln -s $(BINDIR)/poledit $(LINKDIR)/poledit 1085 ln -s $(BINDIR)/potential $(LINKDIR)/potential 1086 ln -s $(BINDIR)/prmedit $(LINKDIR)/prmedit 1087 ln -s $(BINDIR)/protein $(LINKDIR)/protein 1088 ln -s $(BINDIR)/pss $(LINKDIR)/pss 1089 ln -s $(BINDIR)/pssrigid $(LINKDIR)/pssrigid 1090 ln -s $(BINDIR)/pssrot $(LINKDIR)/pssrot 1091 ln -s $(BINDIR)/radial $(LINKDIR)/radial 1092 ln -s $(BINDIR)/saddle $(LINKDIR)/saddle 1093 ln -s $(BINDIR)/scan $(LINKDIR)/scan 1094 ln -s $(BINDIR)/sniffer $(LINKDIR)/sniffer 1095 ln -s $(BINDIR)/spacefill $(LINKDIR)/spacefill 1096 ln -s $(BINDIR)/spectrum $(LINKDIR)/spectrum 1097 ln -s $(BINDIR)/superpose $(LINKDIR)/superpose 1098 ln -s $(BINDIR)/testgrad $(LINKDIR)/testgrad 1099 ln -s $(BINDIR)/testhess $(LINKDIR)/testhess 1100 ln -s $(BINDIR)/testpair $(LINKDIR)/testpair 1101 ln -s $(BINDIR)/testpol $(LINKDIR)/testpol 1102 ln -s $(BINDIR)/testrot $(LINKDIR)/testrot 1103 ln -s $(BINDIR)/testvir $(LINKDIR)/testvir 1104 ln -s $(BINDIR)/timer $(LINKDIR)/timer 1105 ln -s $(BINDIR)/timerot $(LINKDIR)/timerot 1106 ln -s $(BINDIR)/torsfit $(LINKDIR)/torsfit 1107 ln -s $(BINDIR)/valence $(LINKDIR)/valence 1108 ln -s $(BINDIR)/vibbig $(LINKDIR)/vibbig 1109 ln -s $(BINDIR)/vibrate $(LINKDIR)/vibrate 1110 ln -s $(BINDIR)/vibrot $(LINKDIR)/vibrot 1111 ln -s $(BINDIR)/xtalfit $(LINKDIR)/xtalfit 1112 ln -s $(BINDIR)/xtalmin $(LINKDIR)/xtalmin 1113 ln -s $(BINDIR)/xyzedit $(LINKDIR)/xyzedit 1114 ln -s $(BINDIR)/xyzint $(LINKDIR)/xyzint 1115 ln -s $(BINDIR)/xyzmol2 $(LINKDIR)/xyzmol2 1116 ln -s $(BINDIR)/xyzpdb $(LINKDIR)/xyzpdb 1117 1118libtinker.a: ${OBJS} 1119 ar ${LIBFLAGS} libtinker.a \ 1120 action.o \ 1121 active.o \ 1122 align.o \ 1123 alterchg.o \ 1124 analysis.o \ 1125 analyz.o \ 1126 angang.o \ 1127 angbnd.o \ 1128 angles.o \ 1129 angpot.o \ 1130 angtor.o \ 1131 argue.o \ 1132 ascii.o \ 1133 atmlst.o \ 1134 atomid.o \ 1135 atoms.o \ 1136 attach.o \ 1137 baoab.o \ 1138 basefile.o \ 1139 bath.o \ 1140 beeman.o \ 1141 bicubic.o \ 1142 bitor.o \ 1143 bitors.o \ 1144 bndpot.o \ 1145 bndstr.o \ 1146 bonds.o \ 1147 born.o \ 1148 bound.o \ 1149 bounds.o \ 1150 boxes.o \ 1151 bussi.o \ 1152 calendar.o \ 1153 cell.o \ 1154 center.o \ 1155 cflux.o \ 1156 charge.o \ 1157 chgpen.o \ 1158 chgpot.o \ 1159 chgtrn.o \ 1160 chkpole.o \ 1161 chkring.o \ 1162 chkxyz.o \ 1163 cholesky.o \ 1164 chrono.o \ 1165 chunks.o \ 1166 clock.o \ 1167 cluster.o \ 1168 column.o \ 1169 command.o \ 1170 connect.o \ 1171 connolly.o \ 1172 control.o \ 1173 couple.o \ 1174 cspline.o \ 1175 ctrpot.o \ 1176 cutoffs.o \ 1177 damping.o \ 1178 dcflux.o \ 1179 deflate.o \ 1180 delete.o \ 1181 deriv.o \ 1182 diagq.o \ 1183 diffeq.o \ 1184 dipole.o \ 1185 disgeo.o \ 1186 disp.o \ 1187 dma.o \ 1188 domega.o \ 1189 dsppot.o \ 1190 eangang.o \ 1191 eangang1.o \ 1192 eangang2.o \ 1193 eangang3.o \ 1194 eangle.o \ 1195 eangle1.o \ 1196 eangle2.o \ 1197 eangle3.o \ 1198 eangtor.o \ 1199 eangtor1.o \ 1200 eangtor2.o \ 1201 eangtor3.o \ 1202 ebond.o \ 1203 ebond1.o \ 1204 ebond2.o \ 1205 ebond3.o \ 1206 ebuck.o \ 1207 ebuck1.o \ 1208 ebuck2.o \ 1209 ebuck3.o \ 1210 echarge.o \ 1211 echarge1.o \ 1212 echarge2.o \ 1213 echarge3.o \ 1214 echgdpl.o \ 1215 echgdpl1.o \ 1216 echgdpl2.o \ 1217 echgdpl3.o \ 1218 echgtrn.o \ 1219 echgtrn1.o \ 1220 echgtrn2.o \ 1221 echgtrn3.o \ 1222 edipole.o \ 1223 edipole1.o \ 1224 edipole2.o \ 1225 edipole3.o \ 1226 edisp.o \ 1227 edisp1.o \ 1228 edisp2.o \ 1229 edisp3.o \ 1230 egauss.o \ 1231 egauss1.o \ 1232 egauss2.o \ 1233 egauss3.o \ 1234 egeom.o \ 1235 egeom1.o \ 1236 egeom2.o \ 1237 egeom3.o \ 1238 ehal.o \ 1239 ehal1.o \ 1240 ehal2.o \ 1241 ehal3.o \ 1242 eimprop.o \ 1243 eimprop1.o \ 1244 eimprop2.o \ 1245 eimprop3.o \ 1246 eimptor.o \ 1247 eimptor1.o \ 1248 eimptor2.o \ 1249 eimptor3.o \ 1250 elj.o \ 1251 elj1.o \ 1252 elj2.o \ 1253 elj3.o \ 1254 embed.o \ 1255 emetal.o \ 1256 emetal1.o \ 1257 emetal2.o \ 1258 emetal3.o \ 1259 emm3hb.o \ 1260 emm3hb1.o \ 1261 emm3hb2.o \ 1262 emm3hb3.o \ 1263 empole.o \ 1264 empole1.o \ 1265 empole2.o \ 1266 empole3.o \ 1267 energi.o \ 1268 energy.o \ 1269 eopbend.o \ 1270 eopbend1.o \ 1271 eopbend2.o \ 1272 eopbend3.o \ 1273 eopdist.o \ 1274 eopdist1.o \ 1275 eopdist2.o \ 1276 eopdist3.o \ 1277 epitors.o \ 1278 epitors1.o \ 1279 epitors2.o \ 1280 epitors3.o \ 1281 epolar.o \ 1282 epolar1.o \ 1283 epolar2.o \ 1284 epolar3.o \ 1285 erepel.o \ 1286 erepel1.o \ 1287 erepel2.o \ 1288 erepel3.o \ 1289 erf.o \ 1290 erxnfld.o \ 1291 erxnfld1.o \ 1292 erxnfld2.o \ 1293 erxnfld3.o \ 1294 esolv.o \ 1295 esolv1.o \ 1296 esolv2.o \ 1297 esolv3.o \ 1298 estrbnd.o \ 1299 estrbnd1.o \ 1300 estrbnd2.o \ 1301 estrbnd3.o \ 1302 estrtor.o \ 1303 estrtor1.o \ 1304 estrtor2.o \ 1305 estrtor3.o \ 1306 etors.o \ 1307 etors1.o \ 1308 etors2.o \ 1309 etors3.o \ 1310 etortor.o \ 1311 etortor1.o \ 1312 etortor2.o \ 1313 etortor3.o \ 1314 eurey.o \ 1315 eurey1.o \ 1316 eurey2.o \ 1317 eurey3.o \ 1318 evcorr.o \ 1319 ewald.o \ 1320 extra.o \ 1321 extra1.o \ 1322 extra2.o \ 1323 extra3.o \ 1324 faces.o \ 1325 fatal.o \ 1326 fft.o \ 1327 fft3d.o \ 1328 fftpack.o \ 1329 field.o \ 1330 fields.o \ 1331 files.o \ 1332 final.o \ 1333 flatten.o \ 1334 fracs.o \ 1335 freeunit.o \ 1336 freeze.o \ 1337 geometry.o \ 1338 getarc.o \ 1339 getint.o \ 1340 getkey.o \ 1341 getmol.o \ 1342 getmol2.o \ 1343 getnumb.o \ 1344 getpdb.o \ 1345 getprm.o \ 1346 getref.o \ 1347 getstring.o \ 1348 gettext.o \ 1349 getword.o \ 1350 getxyz.o \ 1351 ghmcstep.o \ 1352 gkstuf.o \ 1353 gradient.o \ 1354 gradrgd.o \ 1355 gradrot.o \ 1356 group.o \ 1357 groups.o \ 1358 grpline.o \ 1359 gyrate.o \ 1360 hescut.o \ 1361 hessian.o \ 1362 hessn.o \ 1363 hessrgd.o \ 1364 hessrot.o \ 1365 hpmf.o \ 1366 hybrid.o \ 1367 ielscf.o \ 1368 image.o \ 1369 impose.o \ 1370 improp.o \ 1371 imptor.o \ 1372 induce.o \ 1373 inertia.o \ 1374 inform.o \ 1375 initatom.o \ 1376 initial.o \ 1377 initprm.o \ 1378 initres.o \ 1379 initrot.o \ 1380 insert.o \ 1381 inter.o \ 1382 invbeta.o \ 1383 invert.o \ 1384 iounit.o \ 1385 jacobi.o \ 1386 kanang.o \ 1387 kangang.o \ 1388 kangle.o \ 1389 kangs.o \ 1390 kangtor.o \ 1391 kantor.o \ 1392 katom.o \ 1393 katoms.o \ 1394 kbond.o \ 1395 kbonds.o \ 1396 kcflux.o \ 1397 kcharge.o \ 1398 kchgflx.o \ 1399 kchgtrn.o \ 1400 kchrge.o \ 1401 kcpen.o \ 1402 kctrn.o \ 1403 kdipol.o \ 1404 kdipole.o \ 1405 kdisp.o \ 1406 kdsp.o \ 1407 kewald.o \ 1408 kextra.o \ 1409 keys.o \ 1410 kgeom.o \ 1411 khbond.o \ 1412 kimprop.o \ 1413 kimptor.o \ 1414 kinetic.o \ 1415 kiprop.o \ 1416 kitors.o \ 1417 kmetal.o \ 1418 kmpole.o \ 1419 kmulti.o \ 1420 kopbend.o \ 1421 kopbnd.o \ 1422 kopdist.o \ 1423 kopdst.o \ 1424 korbit.o \ 1425 korbs.o \ 1426 kpitor.o \ 1427 kpitors.o \ 1428 kpolar.o \ 1429 kpolr.o \ 1430 krepel.o \ 1431 krepl.o \ 1432 ksolut.o \ 1433 ksolv.o \ 1434 kstbnd.o \ 1435 kstrbnd.o \ 1436 kstrtor.o \ 1437 ksttor.o \ 1438 ktors.o \ 1439 ktorsn.o \ 1440 ktortor.o \ 1441 ktrtor.o \ 1442 kurey.o \ 1443 kurybr.o \ 1444 kvdw.o \ 1445 kvdwpr.o \ 1446 kvdws.o \ 1447 lattice.o \ 1448 lbfgs.o \ 1449 light.o \ 1450 lights.o \ 1451 limits.o \ 1452 linmin.o \ 1453 lusolve.o \ 1454 makeint.o \ 1455 makeref.o \ 1456 makexyz.o \ 1457 math.o \ 1458 maxwell.o \ 1459 mdinit.o \ 1460 mdrest.o \ 1461 mdsave.o \ 1462 mdstat.o \ 1463 mdstuf.o \ 1464 mechanic.o \ 1465 merck.o \ 1466 merge.o \ 1467 minima.o \ 1468 molcul.o \ 1469 moldyn.o \ 1470 molecule.o \ 1471 moment.o \ 1472 moments.o \ 1473 mplpot.o \ 1474 mpole.o \ 1475 mrecip.o \ 1476 mutant.o \ 1477 mutate.o \ 1478 nblist.o \ 1479 neigh.o \ 1480 nextarg.o \ 1481 nexttext.o \ 1482 nonpol.o \ 1483 nose.o \ 1484 nspline.o \ 1485 nucleo.o \ 1486 number.o \ 1487 numeral.o \ 1488 numgrad.o \ 1489 ocvm.o \ 1490 omega.o \ 1491 opbend.o \ 1492 opdist.o \ 1493 openend.o \ 1494 openmp.o \ 1495 optinit.o \ 1496 optsave.o \ 1497 orbital.o \ 1498 orbits.o \ 1499 orient.o \ 1500 orthog.o \ 1501 output.o \ 1502 overlap.o \ 1503 params.o \ 1504 paths.o \ 1505 pbstuf.o \ 1506 pdb.o \ 1507 phipsi.o \ 1508 picalc.o \ 1509 piorbs.o \ 1510 pistuf.o \ 1511 pitors.o \ 1512 pme.o \ 1513 pmestuf.o \ 1514 pmpb.o \ 1515 polar.o \ 1516 polgrp.o \ 1517 polopt.o \ 1518 polpcg.o \ 1519 polpot.o \ 1520 poltcg.o \ 1521 polymer.o \ 1522 potent.o \ 1523 potfit.o \ 1524 predict.o \ 1525 pressure.o \ 1526 prmkey.o \ 1527 promo.o \ 1528 prtdyn.o \ 1529 prterr.o \ 1530 prtint.o \ 1531 prtmol2.o \ 1532 prtpdb.o \ 1533 prtprm.o \ 1534 prtseq.o \ 1535 prtxyz.o \ 1536 ptable.o \ 1537 qmstuf.o \ 1538 qrsolve.o \ 1539 quatfit.o \ 1540 random.o \ 1541 rattle.o \ 1542 readdyn.o \ 1543 readgau.o \ 1544 readgdma.o \ 1545 readint.o \ 1546 readmol.o \ 1547 readmol2.o \ 1548 readpdb.o \ 1549 readprm.o \ 1550 readseq.o \ 1551 readxyz.o \ 1552 refer.o \ 1553 repel.o \ 1554 replica.o \ 1555 reppot.o \ 1556 resdue.o \ 1557 respa.o \ 1558 restrn.o \ 1559 rgddyn.o \ 1560 rgdstep.o \ 1561 rigid.o \ 1562 ring.o \ 1563 rings.o \ 1564 rmsfit.o \ 1565 rotbnd.o \ 1566 rotlist.o \ 1567 rotpole.o \ 1568 rxnfld.o \ 1569 rxnpot.o \ 1570 scales.o \ 1571 sdstep.o \ 1572 search.o \ 1573 sequen.o \ 1574 server.o \ 1575 shakeup.o \ 1576 shunt.o \ 1577 sigmoid.o \ 1578 simplex.o \ 1579 sizes.o \ 1580 sktstuf.o \ 1581 socket.o \ 1582 solpot.o \ 1583 solute.o \ 1584 sort.o \ 1585 square.o \ 1586 stodyn.o \ 1587 strbnd.o \ 1588 strtor.o \ 1589 suffix.o \ 1590 surface.o \ 1591 surfatom.o \ 1592 switch.o \ 1593 syntrn.o \ 1594 tarray.o \ 1595 tcgstuf.o \ 1596 temper.o \ 1597 titles.o \ 1598 tncg.o \ 1599 torphase.o \ 1600 torpot.o \ 1601 torque.o \ 1602 tors.o \ 1603 torsions.o \ 1604 tortor.o \ 1605 tree.o \ 1606 trimtext.o \ 1607 unitcell.o \ 1608 units.o \ 1609 uprior.o \ 1610 urey.o \ 1611 urypot.o \ 1612 usage.o \ 1613 valfit.o \ 1614 vdw.o \ 1615 vdwpot.o \ 1616 verlet.o \ 1617 version.o \ 1618 vibs.o \ 1619 virial.o \ 1620 volume.o \ 1621 warp.o \ 1622 xtals.o \ 1623 xyzatm.o \ 1624 zatom.o \ 1625 zclose.o \ 1626 zcoord.o 1627 ${RANLIB} libtinker.a 1628 1629############################################################### 1630## Next Section has Explicit Dependencies on Include Files ## 1631############################################################### 1632 1633action.o: 1634active.o: atoms.o inform.o iounit.o keys.o usage.o 1635alchemy.o: analyz.o atoms.o energi.o files.o inform.o iounit.o katoms.o mutant.o potent.o units.o usage.o 1636align.o: 1637alterchg.o: angbnd.o atmlst.o atoms.o bndstr.o bound.o cflux.o charge.o chgpen.o inform.o iounit.o math.o mplpot.o mpole.o sizes.o 1638analysis.o: analyz.o atoms.o energi.o group.o inter.o iounit.o limits.o potent.o vdwpot.o 1639analyz.o: 1640analyze.o: action.o analyz.o angang.o angbnd.o angpot.o angtor.o atomid.o atoms.o bath.o bitor.o bndstr.o bound.o boxes.o cflux.o charge.o chgpen.o chgpot.o chgtrn.o couple.o deriv.o dipole.o disp.o energi.o ewald.o fields.o files.o improp.o imptor.o inform.o inter.o iounit.o korbs.o ktrtor.o kvdws.o limits.o math.o molcul.o moment.o mplpot.o mpole.o opbend.o opdist.o output.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o repel.o solute.o strbnd.o strtor.o titles.o tors.o tortor.o units.o urey.o vdw.o vdwpot.o virial.o 1641angang.o: 1642angbnd.o: 1643angles.o: angbnd.o atmlst.o atoms.o couple.o iounit.o 1644angpot.o: 1645angtor.o: 1646anneal.o: atomid.o atoms.o bath.o bndstr.o bound.o inform.o iounit.o mdstuf.o potent.o solute.o usage.o warp.o 1647archive.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o files.o inform.o iounit.o titles.o usage.o 1648argue.o: 1649ascii.o: 1650atmlst.o: 1651atomid.o: sizes.o 1652atoms.o: sizes.o 1653attach.o: atoms.o couple.o iounit.o 1654baoab.o: atomid.o atoms.o bath.o freeze.o limits.o mdstuf.o moldyn.o potent.o stodyn.o units.o usage.o virial.o 1655bar.o: boxes.o files.o inform.o iounit.o keys.o titles.o units.o 1656basefile.o: ascii.o files.o 1657bath.o: 1658beeman.o: atomid.o atoms.o freeze.o ielscf.o mdstuf.o moldyn.o polar.o units.o usage.o 1659bicubic.o: 1660bitor.o: 1661bitors.o: angbnd.o atoms.o bitor.o couple.o iounit.o 1662bndpot.o: 1663bndstr.o: 1664bonds.o: atmlst.o atoms.o bndstr.o couple.o iounit.o 1665born.o: atomid.o atoms.o bath.o chgpot.o couple.o deriv.o inform.o iounit.o math.o pbstuf.o solpot.o solute.o virial.o 1666bound.o: 1667bounds.o: atomid.o atoms.o boxes.o math.o molcul.o 1668boxes.o: 1669bussi.o: atomid.o atoms.o bath.o boxes.o freeze.o ielscf.o mdstuf.o moldyn.o polar.o units.o usage.o 1670calendar.o: 1671cell.o: 1672center.o: align.o 1673cflux.o: 1674charge.o: 1675chgpot.o: 1676chgtrn.o: 1677chkpole.o: atoms.o mpole.o 1678chkring.o: couple.o 1679chkxyz.o: atoms.o iounit.o 1680cholesky.o: 1681chrono.o: 1682chunks.o: 1683clock.o: chrono.o 1684cluster.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o inform.o iounit.o keys.o limits.o molcul.o 1685column.o: 1686command.o: argue.o 1687connect.o: atoms.o couple.o zclose.o zcoord.o 1688connolly.o: atoms.o faces.o inform.o iounit.o math.o 1689control.o: argue.o inform.o keys.o output.o 1690correlate.o: ascii.o atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o 1691couple.o: sizes.o 1692critical.o: atoms.o files.o inform.o iounit.o keys.o minima.o output.o sizes.o usage.o 1693crystal.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o files.o iounit.o math.o molcul.o 1694cspline.o: iounit.o 1695ctrpot.o: 1696cutoffs.o: atoms.o bound.o hescut.o keys.o limits.o neigh.o polpot.o tarray.o 1697damping.o: ewald.o math.o mplpot.o polar.o polpot.o 1698dcflux.o: angbnd.o atoms.o bndstr.o bound.o cflux.o sizes.o 1699deflate.o: iounit.o 1700delete.o: atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o 1701deriv.o: 1702diagq.o: 1703diffeq.o: atoms.o iounit.o math.o warp.o 1704diffuse.o: atomid.o atoms.o bound.o inform.o iounit.o molcul.o usage.o 1705dipole.o: 1706disgeo.o: 1707disp.o: 1708distgeom.o: angbnd.o atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o disgeo.o files.o inform.o iounit.o kvdws.o math.o refer.o restrn.o tors.o 1709dma.o: 1710document.o: iounit.o 1711domega.o: 1712dynamic.o: atoms.o bath.o bndstr.o bound.o inform.o iounit.o keys.o mdstuf.o potent.o stodyn.o usage.o 1713eangang.o: angang.o angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o energi.o group.o math.o usage.o 1714eangang1.o: angang.o angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o usage.o virial.o 1715eangang2.o: angang.o angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o 1716eangang3.o: action.o analyz.o angang.o angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o usage.o 1717eangle.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o energi.o group.o math.o usage.o 1718eangle1.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o usage.o virial.o 1719eangle2.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o 1720eangle3.o: action.o analyz.o angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o usage.o 1721eangtor.o: angbnd.o angtor.o atoms.o bound.o energi.o group.o math.o torpot.o tors.o usage.o 1722eangtor1.o: angbnd.o angtor.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o torpot.o tors.o usage.o virial.o 1723eangtor2.o: angbnd.o angtor.o atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o torpot.o tors.o 1724eangtor3.o: action.o analyz.o angbnd.o angtor.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o torpot.o tors.o usage.o 1725ebond.o: atoms.o bndpot.o bndstr.o bound.o energi.o group.o usage.o 1726ebond1.o: atoms.o bndpot.o bndstr.o bound.o deriv.o energi.o group.o usage.o virial.o 1727ebond2.o: atmlst.o atoms.o bndpot.o bndstr.o bound.o couple.o group.o hessn.o 1728ebond3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bndpot.o bndstr.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o usage.o 1729ebuck.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o iounit.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1730ebuck1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o iounit.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o warp.o 1731ebuck2.o: atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o group.o hessn.o iounit.o math.o shunt.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1732ebuck3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o math.o molcul.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1733echarge.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o group.o iounit.o light.o limits.o math.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o warp.o 1734echarge1.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o ewald.o group.o light.o limits.o math.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o virial.o warp.o 1735echarge2.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o ewald.o group.o hessn.o limits.o math.o neigh.o pme.o shunt.o warp.o 1736echarge3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o math.o molcul.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o warp.o 1737echgdpl.o: atoms.o bound.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o dipole.o energi.o group.o shunt.o units.o usage.o 1738echgdpl1.o: atoms.o bound.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o dipole.o energi.o group.o shunt.o units.o usage.o virial.o 1739echgdpl2.o: atoms.o bound.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o dipole.o group.o hessn.o shunt.o units.o 1740echgdpl3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o dipole.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o molcul.o shunt.o units.o usage.o 1741echgtrn.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o chgtrn.o couple.o ctrpot.o energi.o group.o light.o limits.o mplpot.o mpole.o neigh.o shunt.o usage.o 1742echgtrn1.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o chgtrn.o couple.o ctrpot.o deriv.o energi.o group.o limits.o mplpot.o mpole.o neigh.o shunt.o usage.o virial.o 1743echgtrn2.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o chgtrn.o couple.o ctrpot.o group.o hessn.o mplpot.o mpole.o shunt.o usage.o 1744echgtrn3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o chgtrn.o couple.o ctrpot.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o molcul.o mplpot.o mpole.o neigh.o shunt.o usage.o 1745edipole.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o dipole.o energi.o group.o shunt.o units.o usage.o 1746edipole1.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o deriv.o dipole.o energi.o group.o shunt.o units.o usage.o virial.o 1747edipole2.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o dipole.o group.o hessn.o shunt.o units.o 1748edipole3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o cell.o chgpot.o dipole.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o molcul.o shunt.o units.o usage.o 1749edisp.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o disp.o dsppot.o energi.o ewald.o group.o limits.o math.o mutant.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o 1750edisp1.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o disp.o dsppot.o energi.o ewald.o group.o limits.o math.o mutant.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o virial.o 1751edisp2.o: atoms.o bound.o cell.o couple.o disp.o dsppot.o group.o hessn.o shunt.o usage.o 1752edisp3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o disp.o dsppot.o energi.o ewald.o group.o inform.o inter.o iounit.o limits.o molcul.o mutant.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o 1753egauss.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1754egauss1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o warp.o 1755egauss2.o: atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o group.o hessn.o shunt.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1756egauss3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o math.o molcul.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1757egeom.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o energi.o group.o math.o molcul.o restrn.o usage.o 1758egeom1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o deriv.o energi.o group.o math.o molcul.o restrn.o usage.o virial.o 1759egeom2.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o deriv.o group.o hessn.o math.o molcul.o restrn.o 1760egeom3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o math.o molcul.o restrn.o usage.o 1761ehal.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o light.o limits.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o 1762ehal1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o light.o limits.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o 1763ehal2.o: atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o group.o hessn.o shunt.o vdw.o vdwpot.o 1764ehal3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o molcul.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o 1765eimprop.o: atoms.o bound.o energi.o group.o improp.o math.o torpot.o usage.o 1766eimprop1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o improp.o math.o torpot.o usage.o virial.o 1767eimprop2.o: atoms.o bound.o group.o hessn.o improp.o math.o torpot.o 1768eimprop3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o improp.o inform.o iounit.o math.o torpot.o usage.o 1769eimptor.o: atoms.o bound.o energi.o group.o imptor.o torpot.o usage.o 1770eimptor1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o imptor.o torpot.o usage.o virial.o 1771eimptor2.o: atoms.o bound.o group.o hessn.o imptor.o torpot.o 1772eimptor3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o imptor.o inform.o iounit.o math.o torpot.o usage.o 1773elj.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1774elj1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o warp.o 1775elj2.o: atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o group.o hessn.o math.o shunt.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1776elj3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o math.o molcul.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o 1777embed.o: angbnd.o atoms.o bndstr.o couple.o disgeo.o files.o inform.o iounit.o keys.o light.o math.o minima.o output.o refer.o restrn.o tors.o units.o 1778emetal.o: atomid.o atoms.o couple.o energi.o kchrge.o 1779emetal1.o: atomid.o atoms.o couple.o deriv.o energi.o kchrge.o 1780emetal2.o: 1781emetal3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o energi.o kchrge.o 1782emm3hb.o: atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o couple.o energi.o group.o light.o limits.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o 1783emm3hb1.o: atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o group.o light.o limits.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o 1784emm3hb2.o: atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o cell.o chgpot.o couple.o group.o hessn.o shunt.o vdw.o vdwpot.o 1785emm3hb3.o: action.o analyz.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o molcul.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o 1786empole.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o group.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o polpot.o potent.o shunt.o usage.o 1787empole1.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o ewald.o group.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o potent.o shunt.o usage.o virial.o 1788empole2.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o group.o hessn.o limits.o molcul.o mplpot.o mpole.o potent.o shunt.o usage.o 1789empole3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o group.o inform.o inter.o iounit.o limits.o math.o molcul.o mplpot.o mpole.o neigh.o pme.o potent.o shunt.o usage.o 1790energi.o: 1791energy.o: energi.o iounit.o limits.o potent.o rigid.o vdwpot.o 1792eopbend.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o energi.o fields.o group.o math.o opbend.o usage.o 1793eopbend1.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o opbend.o usage.o virial.o 1794eopbend2.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o opbend.o 1795eopbend3.o: action.o analyz.o angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o opbend.o usage.o 1796eopdist.o: angpot.o atoms.o bound.o energi.o group.o opdist.o usage.o 1797eopdist1.o: angpot.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o opdist.o usage.o virial.o 1798eopdist2.o: angpot.o atoms.o bound.o group.o hessn.o opdist.o usage.o 1799eopdist3.o: action.o analyz.o angpot.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o opdist.o usage.o 1800epitors.o: atoms.o bound.o energi.o group.o pitors.o torpot.o usage.o 1801epitors1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o pitors.o torpot.o usage.o virial.o 1802epitors2.o: angbnd.o atoms.o bound.o deriv.o group.o hessn.o pitors.o torpot.o usage.o 1803epitors3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o pitors.o torpot.o usage.o 1804epolar.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o 1805epolar1.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o ewald.o iounit.o limits.o math.o molcul.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpot.o poltcg.o potent.o shunt.o virial.o 1806epolar2.o: atoms.o bound.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o deriv.o hessn.o limits.o mplpot.o mpole.o polar.o polgrp.o polopt.o polpot.o poltcg.o potent.o shunt.o 1807epolar3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o inform.o inter.o iounit.o limits.o math.o molcul.o mplpot.o mpole.o neigh.o pme.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o units.o 1808erepel.o: atoms.o bound.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o limits.o mpole.o mutant.o neigh.o potent.o repel.o reppot.o shunt.o usage.o 1809erepel1.o: atoms.o bound.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o inform.o limits.o mpole.o neigh.o potent.o repel.o reppot.o shunt.o usage.o virial.o 1810erepel2.o: atoms.o bound.o cell.o couple.o deriv.o group.o hessn.o mpole.o potent.o repel.o reppot.o shunt.o usage.o 1811erepel3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o limits.o molcul.o mpole.o mutant.o neigh.o potent.o repel.o reppot.o shunt.o usage.o 1812erf.o: iounit.o math.o 1813erxnfld.o: atoms.o chgpot.o energi.o mpole.o rxnfld.o rxnpot.o shunt.o usage.o 1814erxnfld1.o: atoms.o deriv.o energi.o 1815erxnfld2.o: 1816erxnfld3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o chgpot.o energi.o inform.o iounit.o mpole.o shunt.o usage.o 1817esolv.o: atomid.o atoms.o bound.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o gkstuf.o group.o hpmf.o kvdws.o limits.o math.o mpole.o neigh.o nonpol.o pbstuf.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o usage.o vdw.o warp.o 1818esolv1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o gkstuf.o group.o hpmf.o kvdws.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o neigh.o nonpol.o pbstuf.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o usage.o vdw.o virial.o warp.o 1819esolv2.o: atoms.o charge.o chgpot.o deriv.o hessn.o math.o mpole.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o warp.o 1820esolv3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o gkstuf.o group.o hpmf.o inform.o inter.o iounit.o kvdws.o limits.o math.o molcul.o mpole.o neigh.o nonpol.o pbstuf.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o usage.o vdw.o warp.o 1821estrbnd.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bndstr.o bound.o energi.o group.o math.o strbnd.o usage.o 1822estrbnd1.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bndstr.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o strbnd.o usage.o virial.o 1823estrbnd2.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bndstr.o bound.o group.o hessn.o math.o strbnd.o 1824estrbnd3.o: action.o analyz.o angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o strbnd.o usage.o 1825estrtor.o: atoms.o bndstr.o bound.o energi.o group.o strtor.o torpot.o tors.o usage.o 1826estrtor1.o: atoms.o bndstr.o bound.o deriv.o energi.o group.o strtor.o torpot.o tors.o usage.o virial.o 1827estrtor2.o: atoms.o bndstr.o bound.o group.o hessn.o strtor.o torpot.o tors.o 1828estrtor3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o strtor.o torpot.o tors.o usage.o 1829etors.o: atoms.o bound.o energi.o group.o math.o torpot.o tors.o usage.o warp.o 1830etors1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o torpot.o tors.o usage.o virial.o warp.o 1831etors2.o: atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o torpot.o tors.o warp.o 1832etors3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o torpot.o tors.o usage.o warp.o 1833etortor.o: atomid.o atoms.o bitor.o bound.o couple.o energi.o group.o ktrtor.o math.o torpot.o tortor.o usage.o 1834etortor1.o: atoms.o bitor.o bound.o deriv.o energi.o group.o ktrtor.o math.o torpot.o tortor.o usage.o virial.o 1835etortor2.o: atoms.o bitor.o bound.o group.o hessn.o ktrtor.o math.o torpot.o tortor.o units.o 1836etortor3.o: action.o analyz.o atoms.o bitor.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o ktrtor.o math.o torpot.o tortor.o usage.o 1837eurey.o: atoms.o bound.o energi.o group.o urey.o urypot.o usage.o 1838eurey1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o urey.o urypot.o usage.o virial.o 1839eurey2.o: atoms.o bound.o couple.o group.o hessn.o urey.o urypot.o 1840eurey3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o urey.o urypot.o usage.o 1841evcorr.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o kdsp.o limits.o math.o mutant.o potent.o shunt.o vdw.o vdwpot.o 1842ewald.o: 1843extra.o: energi.o 1844extra1.o: atoms.o deriv.o energi.o 1845extra2.o: atoms.o hessn.o 1846extra3.o: action.o analyz.o atoms.o energi.o 1847faces.o: 1848fatal.o: iounit.o 1849fft.o: 1850fft3d.o: fft.o openmp.o pme.o 1851fftpack.o: math.o 1852field.o: fields.o inform.o iounit.o keys.o potent.o sizes.o 1853fields.o: 1854files.o: 1855final.o: align.o analyz.o angang.o angbnd.o angtor.o atmlst.o bitor.o bndstr.o cell.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o chunks.o couple.o deriv.o dipole.o disgeo.o domega.o faces.o fft.o fields.o fracs.o freeze.o group.o hessn.o hpmf.o ielscf.o improp.o imptor.o inform.o iounit.o kanang.o katoms.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdsp.o korbs.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kvdws.o light.o limits.o merck.o molcul.o moldyn.o mpole.o mrecip.o mutant.o neigh.o nonpol.o omega.o opbend.o opdist.o orbits.o paths.o pbstuf.o pdb.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o poltcg.o potfit.o qmstuf.o refer.o repel.o restrn.o rgddyn.o rigid.o ring.o rotbnd.o socket.o solpot.o solute.o stodyn.o strbnd.o strtor.o syntrn.o tarray.o tors.o tortor.o uprior.o urey.o usage.o vdw.o vibs.o warp.o 1856flatten.o: atoms.o fields.o inform.o iounit.o keys.o warp.o 1857fracs.o: 1858freefix.o: iounit.o math.o units.o 1859freeunit.o: iounit.o 1860freeze.o: 1861gda.o: atoms.o files.o iounit.o minima.o potent.o vdwpot.o warp.o 1862geometry.o: atoms.o math.o 1863getarc.o: inform.o iounit.o output.o 1864getint.o: atoms.o inform.o iounit.o output.o 1865getkey.o: argue.o files.o iounit.o keys.o openmp.o 1866getmol.o: files.o inform.o iounit.o 1867getmol2.o: files.o inform.o iounit.o 1868getnumb.o: ascii.o 1869getpdb.o: inform.o iounit.o 1870getprm.o: files.o inform.o iounit.o keys.o params.o 1871getref.o: atomid.o atoms.o boxes.o couple.o files.o refer.o titles.o 1872getstring.o: ascii.o 1873gettext.o: ascii.o 1874getword.o: ascii.o 1875getxyz.o: inform.o iounit.o output.o 1876ghmcstep.o: atomid.o atoms.o bath.o freeze.o iounit.o mdstuf.o moldyn.o stodyn.o units.o usage.o virial.o 1877gkstuf.o: sizes.o 1878gradient.o: atoms.o couple.o deriv.o energi.o inter.o iounit.o limits.o potent.o rigid.o vdwpot.o virial.o 1879gradrgd.o: atoms.o group.o rigid.o 1880gradrot.o: atoms.o deriv.o domega.o omega.o potent.o rotbnd.o 1881group.o: 1882groups.o: group.o 1883grpline.o: atomid.o atoms.o group.o rgddyn.o 1884gyrate.o: atoms.o usage.o 1885hescut.o: 1886hessian.o: atoms.o couple.o hescut.o hessn.o inform.o iounit.o limits.o mpole.o potent.o rigid.o usage.o vdw.o vdwpot.o 1887hessn.o: 1888hessrgd.o: atoms.o group.o rigid.o 1889hessrot.o: math.o omega.o zcoord.o 1890hpmf.o: 1891hybrid.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o charge.o couple.o dipole.o imptor.o inform.o iounit.o kangs.o katoms.o kbonds.o kchrge.o kdipol.o kitors.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o kvdws.o math.o mutant.o strbnd.o strtor.o tors.o vdw.o vdwpot.o 1892ielscf.o: 1893image.o: boxes.o cell.o math.o 1894impose.o: align.o inform.o iounit.o 1895improp.o: 1896imptor.o: 1897induce.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o couple.o ewald.o gkstuf.o group.o ielscf.o inform.o iounit.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o neigh.o openmp.o pbstuf.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o polpot.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o tarray.o units.o uprior.o 1898inertia.o: atomid.o atoms.o iounit.o math.o 1899inform.o: 1900initatom.o: ptable.o 1901initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o 1902initprm.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o ctrpot.o dsppot.o fields.o ielscf.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o math.o merck.o mplpot.o polpot.o reppot.o rxnpot.o sizes.o solpot.o solute.o torpot.o units.o uprior.o urypot.o vdwpot.o 1903initres.o: resdue.o 1904initrot.o: atoms.o couple.o group.o inform.o iounit.o math.o omega.o potent.o restrn.o rotbnd.o usage.o zcoord.o 1905insert.o: atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o 1906intedit.o: atomid.o atoms.o files.o iounit.o katoms.o zcoord.o 1907inter.o: 1908intxyz.o: files.o iounit.o titles.o 1909invbeta.o: 1910invert.o: iounit.o 1911iounit.o: 1912jacobi.o: iounit.o 1913kanang.o: 1914kangang.o: angang.o angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o kanang.o keys.o potent.o tors.o 1915kangle.o: angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o fields.o inform.o iounit.o kangs.o keys.o merck.o potent.o ring.o usage.o 1916kangs.o: 1917kangtor.o: angtor.o atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o kantor.o keys.o potent.o tors.o 1918kantor.o: 1919katom.o: atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o katoms.o keys.o 1920katoms.o: 1921kbond.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o fields.o inform.o iounit.o kbonds.o keys.o merck.o potent.o tors.o usage.o 1922kbonds.o: 1923kcflux.o: 1924kcharge.o: atomid.o atoms.o charge.o chgpot.o couple.o fields.o inform.o iounit.o kchrge.o keys.o merck.o potent.o 1925kchgflx.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o cflux.o couple.o inform.o iounit.o kangs.o kbonds.o kcflux.o keys.o potent.o sizes.o usage.o 1926kchgtrn.o: atomid.o atoms.o chgpen.o chgtrn.o inform.o iounit.o kctrn.o keys.o mplpot.o mpole.o polar.o polpot.o potent.o sizes.o 1927kchrge.o: 1928kcpen.o: 1929kctrn.o: 1930kdipol.o: 1931kdipole.o: atmlst.o atoms.o bndstr.o couple.o dipole.o inform.o iounit.o kdipol.o keys.o potent.o 1932kdisp.o: atomid.o atoms.o disp.o dsppot.o inform.o iounit.o kdsp.o keys.o limits.o potent.o sizes.o 1933kdsp.o: 1934kewald.o: atoms.o bound.o boxes.o chunks.o ewald.o fft.o inform.o iounit.o keys.o limits.o openmp.o pme.o potent.o 1935kextra.o: 1936keys.o: 1937kgeom.o: atomid.o atoms.o bound.o couple.o group.o iounit.o keys.o molcul.o potent.o restrn.o 1938khbond.o: 1939kimprop.o: atomid.o atoms.o couple.o improp.o inform.o iounit.o keys.o kiprop.o potent.o tors.o 1940kimptor.o: atomid.o atoms.o couple.o imptor.o inform.o iounit.o keys.o kitors.o math.o potent.o tors.o 1941kinetic.o: atomid.o atoms.o bath.o group.o ielscf.o mdstuf.o moldyn.o rgddyn.o units.o usage.o 1942kiprop.o: 1943kitors.o: 1944kmetal.o: 1945kmpole.o: atomid.o atoms.o chgpen.o couple.o inform.o iounit.o kcpen.o keys.o kmulti.o math.o mplpot.o mpole.o polar.o polgrp.o potent.o units.o 1946kmulti.o: 1947kopbend.o: angbnd.o atomid.o atoms.o couple.o fields.o inform.o iounit.o keys.o kopbnd.o merck.o opbend.o potent.o usage.o 1948kopbnd.o: 1949kopdist.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o keys.o kopdst.o opdist.o potent.o 1950kopdst.o: 1951korbit.o: atomid.o atoms.o bndstr.o inform.o iounit.o keys.o korbs.o orbits.o piorbs.o pistuf.o tors.o units.o 1952korbs.o: 1953kpitor.o: 1954kpitors.o: atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o keys.o kpitor.o pitors.o potent.o tors.o 1955kpolar.o: atoms.o chgpen.o couple.o inform.o iounit.o keys.o kpolr.o mplpot.o mpole.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o polpot.o poltcg.o potent.o 1956kpolr.o: 1957krepel.o: atomid.o atoms.o inform.o iounit.o keys.o krepl.o mpole.o potent.o repel.o reppot.o sizes.o 1958krepl.o: 1959ksolut.o: 1960ksolv.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bath.o bndstr.o chgpot.o couple.o gkstuf.o hpmf.o inform.o iounit.o keys.o ksolut.o kvdws.o math.o nonpol.o pbstuf.o polar.o polopt.o polpot.o potent.o ptable.o solpot.o solute.o 1961kstbnd.o: 1962kstrbnd.o: angbnd.o angpot.o atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o fields.o inform.o iounit.o keys.o kstbnd.o merck.o potent.o ring.o strbnd.o 1963kstrtor.o: atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o keys.o ksttor.o potent.o strtor.o tors.o 1964ksttor.o: 1965ktors.o: atomid.o atoms.o couple.o fields.o inform.o iounit.o keys.o ktorsn.o math.o merck.o potent.o ring.o tors.o usage.o 1966ktorsn.o: 1967ktortor.o: atomid.o atoms.o bitor.o inform.o iounit.o keys.o ktrtor.o potent.o tortor.o 1968ktrtor.o: 1969kurey.o: angbnd.o atomid.o atoms.o inform.o iounit.o keys.o kurybr.o potent.o urey.o 1970kurybr.o: 1971kvdw.o: atomid.o atoms.o couple.o fields.o inform.o iounit.o keys.o khbond.o kvdwpr.o kvdws.o math.o merck.o potent.o vdw.o vdwpot.o 1972kvdwpr.o: 1973kvdws.o: 1974lattice.o: boxes.o cell.o inform.o iounit.o math.o 1975lbfgs.o: inform.o iounit.o keys.o linmin.o math.o minima.o output.o scales.o 1976light.o: 1977lights.o: bound.o boxes.o cell.o iounit.o light.o 1978limits.o: 1979linmin.o: 1980lusolve.o: iounit.o 1981makeint.o: atoms.o couple.o inform.o iounit.o math.o sizes.o zclose.o zcoord.o 1982makeref.o: atomid.o atoms.o boxes.o couple.o files.o refer.o titles.o 1983makexyz.o: atoms.o zcoord.o 1984math.o: 1985maxwell.o: units.o 1986mdinit.o: atomid.o atoms.o bath.o bound.o couple.o files.o freeze.o group.o inform.o iounit.o keys.o mdstuf.o molcul.o moldyn.o mpole.o output.o potent.o rgddyn.o rigid.o stodyn.o units.o usage.o 1987mdrest.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o inform.o iounit.o mdstuf.o moldyn.o rgddyn.o units.o 1988mdsave.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o deriv.o files.o group.o inform.o iounit.o mdstuf.o moldyn.o mpole.o output.o polar.o potent.o rgddyn.o socket.o titles.o units.o 1989mdstat.o: atoms.o bath.o bound.o boxes.o inform.o iounit.o limits.o mdstuf.o molcul.o units.o usage.o warp.o 1990mdstuf.o: 1991mechanic.o: inform.o iounit.o limits.o potent.o vdwpot.o 1992merck.o: sizes.o 1993merge.o: atomid.o atoms.o couple.o iounit.o refer.o 1994minima.o: 1995minimize.o: atoms.o bound.o files.o freeze.o inform.o iounit.o scales.o usage.o 1996minirot.o: files.o inform.o iounit.o math.o omega.o scales.o zcoord.o 1997minrigid.o: files.o group.o inform.o iounit.o math.o output.o rigid.o 1998mol2xyz.o: files.o iounit.o titles.o 1999molcul.o: 2000moldyn.o: 2001molecule.o: atomid.o atoms.o couple.o molcul.o 2002molxyz.o: files.o iounit.o titles.o 2003moment.o: 2004moments.o: atomid.o atoms.o bound.o charge.o dipole.o limits.o moment.o mpole.o polar.o potent.o rigid.o solpot.o units.o usage.o 2005monte.o: atoms.o bound.o files.o inform.o iounit.o omega.o output.o potent.o units.o usage.o zcoord.o 2006mplpot.o: 2007mpole.o: 2008mrecip.o: 2009mutant.o: 2010mutate.o: angbnd.o atomid.o atoms.o bndstr.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o inform.o iounit.o katoms.o keys.o mplpot.o mpole.o mutant.o polar.o potent.o tors.o 2011nblist.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o disp.o iounit.o light.o limits.o mpole.o neigh.o potent.o vdw.o 2012neigh.o: 2013newton.o: atoms.o bound.o files.o inform.o iounit.o usage.o 2014newtrot.o: files.o hescut.o inform.o iounit.o math.o omega.o zcoord.o 2015nextarg.o: argue.o 2016nexttext.o: 2017nonpol.o: 2018nose.o: atomid.o atoms.o bath.o boxes.o freeze.o mdstuf.o moldyn.o units.o usage.o virial.o 2019nspline.o: 2020nucleic.o: atoms.o couple.o files.o group.o inform.o iounit.o katoms.o math.o molcul.o nucleo.o output.o potent.o resdue.o restrn.o rigid.o sequen.o titles.o usage.o 2021nucleo.o: sizes.o 2022number.o: inform.o iounit.o 2023numeral.o: 2024numgrad.o: atoms.o 2025ocvm.o: inform.o iounit.o keys.o linmin.o math.o minima.o output.o potent.o scales.o 2026omega.o: 2027opbend.o: 2028opdist.o: 2029openend.o: 2030openmp.o: 2031optimize.o: atoms.o bound.o files.o inform.o iounit.o scales.o usage.o 2032optinit.o: inform.o keys.o output.o potent.o 2033optirot.o: files.o inform.o iounit.o math.o omega.o scales.o zcoord.o 2034optrigid.o: files.o group.o inform.o iounit.o math.o output.o rigid.o 2035optsave.o: atomid.o atoms.o bound.o deriv.o files.o iounit.o math.o mpole.o omega.o output.o polar.o potent.o scales.o socket.o titles.o units.o usage.o zcoord.o 2036orbital.o: atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o iounit.o keys.o piorbs.o potent.o tors.o 2037orbits.o: 2038orient.o: atomid.o atoms.o group.o math.o rigid.o 2039orthog.o: 2040output.o: 2041overlap.o: units.o 2042params.o: 2043path.o: align.o atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o linmin.o minima.o output.o paths.o 2044paths.o: 2045pbstuf.o: 2046pdb.o: 2047pdbxyz.o: atomid.o atoms.o couple.o fields.o files.o inform.o iounit.o katoms.o pdb.o resdue.o sequen.o titles.o 2048phipsi.o: sizes.o 2049picalc.o: atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o orbits.o piorbs.o pistuf.o tors.o units.o 2050piorbs.o: 2051pistuf.o: 2052pitors.o: 2053pme.o: 2054pmestuf.o: atoms.o boxes.o charge.o chunks.o disp.o math.o mpole.o openmp.o pme.o potent.o 2055pmpb.o: iounit.o 2056polar.o: 2057polarize.o: atoms.o inform.o iounit.o molcul.o mpole.o polar.o polopt.o polpcg.o polpot.o potent.o units.o 2058poledit.o: atomid.o atoms.o bndstr.o chgpen.o couple.o fields.o files.o inform.o iounit.o keys.o kpolr.o mplpot.o mpole.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o ptable.o ring.o sizes.o units.o 2059polgrp.o: 2060polopt.o: 2061polpcg.o: 2062polpot.o: 2063poltcg.o: 2064polymer.o: atoms.o bndstr.o bound.o boxes.o iounit.o keys.o 2065potent.o: 2066potential.o: atomid.o atoms.o charge.o chgpen.o chgpot.o dipole.o files.o inform.o iounit.o katoms.o keys.o math.o moment.o mplpot.o mpole.o neigh.o polar.o potent.o potfit.o ptable.o refer.o titles.o units.o 2067potfit.o: sizes.o 2068predict.o: atomid.o atoms.o ielscf.o keys.o polar.o uprior.o 2069pressure.o: atomid.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o group.o math.o mdstuf.o molcul.o moldyn.o units.o usage.o virial.o 2070prmedit.o: angpot.o bndpot.o iounit.o math.o params.o sizes.o urypot.o vdwpot.o 2071prmkey.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o ctrpot.o dsppot.o fields.o mplpot.o polpot.o potent.o reppot.o rxnpot.o torpot.o urypot.o vdwpot.o 2072promo.o: iounit.o 2073protein.o: atomid.o atoms.o couple.o files.o group.o inform.o iounit.o katoms.o math.o molcul.o output.o phipsi.o potent.o resdue.o restrn.o rigid.o sequen.o titles.o usage.o 2074prtdyn.o: atoms.o boxes.o files.o group.o mdstuf.o moldyn.o rgddyn.o titles.o 2075prterr.o: files.o output.o 2076prtint.o: atomid.o atoms.o files.o inform.o titles.o zclose.o zcoord.o 2077prtmol2.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o files.o iounit.o ptable.o ring.o titles.o tors.o 2078prtpdb.o: bound.o boxes.o files.o pdb.o sequen.o titles.o 2079prtprm.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o fields.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolr.o krepl.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o mplpot.o polpot.o sizes.o urypot.o vdwpot.o 2080prtseq.o: files.o sequen.o 2081prtxyz.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o files.o inform.o titles.o 2082pss.o: atoms.o files.o hescut.o inform.o iounit.o math.o omega.o refer.o tree.o warp.o zcoord.o 2083pssrigid.o: atoms.o files.o group.o inform.o iounit.o math.o minima.o molcul.o refer.o rigid.o sizes.o warp.o 2084pssrot.o: atoms.o files.o inform.o iounit.o math.o minima.o omega.o refer.o warp.o zcoord.o 2085ptable.o: 2086qmstuf.o: 2087qrsolve.o: 2088quatfit.o: align.o 2089radial.o: argue.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o files.o inform.o iounit.o limits.o math.o molcul.o potent.o 2090random.o: inform.o iounit.o keys.o math.o 2091rattle.o: atomid.o atoms.o freeze.o group.o inform.o iounit.o moldyn.o units.o usage.o virial.o 2092readdyn.o: atoms.o boxes.o files.o group.o iounit.o mdstuf.o moldyn.o rgddyn.o 2093readgau.o: ascii.o iounit.o qmstuf.o units.o 2094readgdma.o: atomid.o atoms.o dma.o files.o iounit.o mpole.o units.o 2095readint.o: atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o titles.o zclose.o zcoord.o 2096readmol.o: atomid.o atoms.o couple.o files.o iounit.o ptable.o titles.o 2097readmol2.o: atomid.o atoms.o couple.o files.o iounit.o ptable.o titles.o 2098readpdb.o: files.o inform.o iounit.o pdb.o resdue.o sequen.o titles.o 2099readprm.o: fields.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o merck.o params.o 2100readseq.o: files.o iounit.o resdue.o sequen.o 2101readxyz.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o files.o inform.o iounit.o titles.o 2102refer.o: sizes.o 2103repel.o: 2104replica.o: bound.o boxes.o cell.o inform.o iounit.o math.o 2105reppot.o: 2106resdue.o: 2107respa.o: atomid.o atoms.o freeze.o ielscf.o limits.o mdstuf.o moldyn.o polar.o potent.o units.o usage.o virial.o 2108restrn.o: 2109rgddyn.o: 2110rgdstep.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o iounit.o rgddyn.o units.o virial.o 2111rigid.o: 2112ring.o: 2113rings.o: angbnd.o atoms.o bitor.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o ring.o tors.o 2114rmsfit.o: align.o 2115rotbnd.o: 2116rotlist.o: atoms.o couple.o iounit.o molcul.o rotbnd.o zclose.o 2117rotpole.o: atoms.o math.o mpole.o 2118rxnfld.o: 2119rxnpot.o: 2120saddle.o: atoms.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o syntrn.o titles.o zcoord.o 2121scales.o: 2122scan.o: atoms.o files.o inform.o iounit.o math.o minima.o omega.o output.o potent.o scales.o zcoord.o 2123sdstep.o: atomid.o atoms.o bath.o couple.o freeze.o kvdws.o math.o mdstuf.o moldyn.o stodyn.o units.o usage.o virial.o 2124search.o: linmin.o math.o 2125sequen.o: sizes.o 2126server.o: 2127shakeup.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o couple.o freeze.o keys.o math.o molcul.o ring.o usage.o 2128shunt.o: 2129sigmoid.o: 2130simplex.o: inform.o iounit.o keys.o minima.o 2131sizes.o: 2132sktstuf.o: atomid.o atoms.o charge.o couple.o deriv.o fields.o files.o inform.o iounit.o keys.o moldyn.o mpole.o polar.o potent.o socket.o 2133sniffer.o: atoms.o files.o inform.o iounit.o linmin.o math.o minima.o output.o scales.o usage.o 2134socket.o: 2135solpot.o: 2136solute.o: 2137sort.o: 2138spacefill.o: atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o kvdws.o math.o ptable.o usage.o 2139spectrum.o: files.o iounit.o math.o units.o 2140square.o: inform.o iounit.o keys.o minima.o 2141stodyn.o: 2142strbnd.o: 2143strtor.o: 2144suffix.o: ascii.o 2145superpose.o: align.o atomid.o atoms.o bound.o files.o inform.o iounit.o titles.o 2146surface.o: atoms.o inform.o iounit.o math.o usage.o 2147surfatom.o: atoms.o iounit.o math.o 2148switch.o: limits.o nonpol.o shunt.o 2149syntrn.o: 2150tarray.o: 2151tcgstuf.o: atoms.o iounit.o limits.o mpole.o polar.o poltcg.o potent.o 2152temper.o: atomid.o atoms.o bath.o group.o ielscf.o mdstuf.o molcul.o moldyn.o rgddyn.o units.o usage.o 2153testgrad.o: atoms.o deriv.o energi.o files.o inform.o inter.o iounit.o solute.o usage.o 2154testhess.o: atoms.o files.o hescut.o inform.o iounit.o usage.o 2155testpair.o: atoms.o deriv.o energi.o inform.o iounit.o light.o limits.o neigh.o polpot.o potent.o tarray.o vdwpot.o 2156testpol.o: atoms.o bound.o inform.o iounit.o limits.o minima.o mpole.o polar.o polopt.o polpot.o poltcg.o potent.o rigid.o units.o usage.o 2157testrot.o: domega.o energi.o inform.o iounit.o math.o omega.o zcoord.o 2158testvir.o: atoms.o bath.o bound.o boxes.o inform.o iounit.o math.o units.o virial.o 2159timer.o: atoms.o hescut.o inform.o iounit.o limits.o 2160timerot.o: iounit.o limits.o omega.o 2161titles.o: 2162tncg.o: atoms.o hescut.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o math.o minima.o output.o piorbs.o potent.o 2163torphase.o: 2164torpot.o: 2165torque.o: atoms.o deriv.o mpole.o 2166tors.o: 2167torsfit.o: atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o keys.o ktorsn.o math.o output.o potent.o qmstuf.o restrn.o scales.o tors.o usage.o 2168torsions.o: atoms.o bndstr.o couple.o iounit.o tors.o 2169tortor.o: 2170tree.o: 2171trimtext.o: 2172unitcell.o: bound.o boxes.o keys.o math.o 2173units.o: 2174uprior.o: 2175urey.o: 2176urypot.o: 2177usage.o: 2178valence.o: angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bndpot.o bndstr.o couple.o files.o hescut.o inform.o iounit.o kangs.o kbonds.o keys.o kopbnd.o kstbnd.o ktorsn.o kurybr.o kvdws.o linmin.o math.o minima.o opbend.o output.o potent.o qmstuf.o scales.o strbnd.o torpot.o tors.o units.o urey.o urypot.o usage.o valfit.o vdwpot.o 2179valfit.o: 2180vdw.o: 2181vdwpot.o: 2182verlet.o: atomid.o atoms.o freeze.o ielscf.o moldyn.o polar.o units.o usage.o 2183version.o: iounit.o output.o 2184vibbig.o: atomid.o atoms.o bound.o couple.o files.o hescut.o hessn.o inform.o iounit.o keys.o limits.o mpole.o potent.o rigid.o units.o usage.o vdw.o vdwpot.o vibs.o 2185vibrate.o: atomid.o atoms.o files.o hescut.o iounit.o math.o units.o usage.o 2186vibrot.o: iounit.o omega.o 2187vibs.o: 2188virial.o: 2189volume.o: atoms.o iounit.o math.o sizes.o 2190warp.o: 2191xtalfit.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o charge.o dipole.o energi.o files.o fracs.o inform.o iounit.o kvdws.o limits.o math.o molcul.o mpole.o polar.o potent.o sizes.o vdw.o vdwpot.o xtals.o 2192xtalmin.o: atoms.o boxes.o files.o inform.o iounit.o keys.o math.o scales.o 2193xtals.o: 2194xyzatm.o: atoms.o inform.o iounit.o math.o 2195xyzedit.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o energi.o files.o inform.o iounit.o katoms.o limits.o linmin.o math.o minima.o molcul.o neigh.o output.o potent.o ptable.o refer.o repel.o scales.o titles.o units.o usage.o vdw.o vdwpot.o 2196xyzint.o: files.o iounit.o titles.o 2197xyzmol2.o: files.o iounit.o titles.o 2198xyzpdb.o: atomid.o atoms.o couple.o fields.o files.o inform.o molcul.o pdb.o resdue.o sequen.o 2199zatom.o: angbnd.o atomid.o atoms.o bndstr.o fields.o iounit.o kangs.o katoms.o kbonds.o sizes.o zclose.o zcoord.o 2200zclose.o: sizes.o 2201zcoord.o: sizes.o 2202