XN (reference) in projects: dports - OpenGrok search results

Project(s)

Full Search
Definition
Symbol
File Path
History
Type

Searched refs:XN (Results 1 – 25 of 1761) sorted by relevance

12 3 4 5 6 7 8 9 10 >>...71

/dports/dns/libidn2/libidn2-2.3.2/fuzz/libidn2_to_unicode_8z8z_fuzzer.in/
H A D	ebead91a34c5d816418cadc44c41bd236a9cee90	`1 XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--.XN--…`
/dports/biology/bamutil/bamUtil-1.0.15/test/testFiles/
H A D	testStatsBaseQC.sam	11 R1 73 1 100 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAAAAAAAAAAAAAA I00?00III??IIII XN:Z:Reference all… 12 R2 73 1 100 3 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAAAAAAAAAAAAAA I00?00III??IIII XN:Z:Reference all… 13 R3 73 1 100 30 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAAAAAAAAAAAAAA I00?00III??IIII XN:Z:Reference al… 14 R1 75 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAT=ACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatch… 15 R1 74 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAT=ACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatch… 16 R1 133 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAT=ACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatc… 17 R1 135 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAT=ACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatc… 18 R1 134 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAT=ACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatc… 40 R1 73 1 10013 0 * = 10011 0 AA=GACTAGATAGGG I00I00III??IIII XN:Z:1 mismatch clipped from front 46 R2 73 1 10013 3 * = 10011 0 AA=GACTAGATAGGG I00I00III??IIII XN:Z:1 mismatch clipped from front [all …]
H A D	testStatsBaseQC255.sam	11 R1 73 1 100 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAAAAAAAAAAAAAA I00?00III??IIII XN:Z:Reference all… 12 R2 73 1 100 255 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAAAAAAAAAAAAAA I00?00III??IIII XN:Z:Reference a… 13 R3 73 1 100 30 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAAAAAAAAAAAAAA I00?00III??IIII XN:Z:Reference al… 14 R1 75 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAT=ACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatch… 15 R1 74 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAT=ACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatch… 16 R1 133 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAT=ACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatc… 17 R1 135 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAT=ACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatc… 18 R1 134 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAT=ACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatc… 40 R1 73 1 10013 0 * = 10011 0 AA=GACTAGATAGGG I00I00III??IIII XN:Z:1 mismatch clipped from front 46 R2 73 1 10013 255 * = 10011 0 AA=GACTAGATAGGG I00I00III??IIII XN:Z:1 mismatch clipped from front [all …]
H A D	testFilter.sam	8 … 73 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAT=ACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatches 9 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AA=GACTAGATAGGG I00I00III??IIII XN:Z:1 mismatch clipped… 10 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AA==GCTAGATAGGG I000?0III??IIII XN:Z:1 mismatch not cli… 14 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATTTCTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:mismatches from fr… 15 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATTTCATGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:mismatches from fr… 17 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATATCAAGTTAGGG I000000II!?IIII XN:Z:3 mismatches, no c… 18 … 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATTAGGGGAAAGGG I000000II!?IIII XN:Z:clip all but one 20 … 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAATTGATGTATGGG !!!!!!!!!!!!!!! XN:Z:clip entire read 21 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAGGGGTTGAAAGGG I000000II!?IIII XN:Z:clip from both end… 22 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 NNNNNNNNNNNNNNN I00?00III??IIII XN:Z:All N's - not a ma… [all …]
/dports/net-im/matterhorn/matterhorn-50200.13.0/_cabal_deps/hxt-9.3.1.18/src/Text/XML/HXT/Arrow/
H A D	XmlArrow.hs	`65 isText = isA XN.isText 69 isBlob = isA XN.isBlob 84 isCmt = isA XN.isCmt 94 isPi = isA XN.isPi 103 isElem = isA XN.isElem 108 isDTD = isA XN.isDTD 113 isAttr = isA XN.isAttr 354 …spi piName piCont = constA (XN.mkPi (mkName piName) [XN.mkAttr (mkName a_value) [XN.mkText piCon… 360 sqattr an av = constA (XN.mkAttr an [XN.mkText av]) 366 sattr an av = constA (XN.mkAttr (mkName an) [XN.mkText av]) [all …]`
/dports/biology/vt/vt-0.57721/lib/htslib/test/
H A D	ce#1000.sam	6 …DCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG… 7 …####???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG… 8 …BCCCA@CCCCACCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 9 …BADABDDDBDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 10 …DCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …ABADCACDCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 13 …DBCBCBD@CCDCCCCCCCDCCCCCCCCACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 14 …BACBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 15 …=AABDD@A@DC@CB=@BA?6@CCAAC@+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 16 …>CCDDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
/dports/biology/freebayes/freebayes-1.3.5/contrib/htslib/test/
H A D	ce#1000.sam	6 …DCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG… 7 …####???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG… 8 …BCCCA@CCCCACCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 9 …BADABDDDBDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 10 …DCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …ABADCACDCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 13 …DBCBCBD@CCDCCCCCCCDCCCCCCCCACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 14 …BACBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 15 …=AABDD@A@DC@CB=@BA?6@CCAAC@+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 16 …>CCDDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
H A D	index.sam	10 …DABBBCCADDDDDCBCBCCCDBDDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDBCCBDBCCBDDA@>DC?5@?@@??:><<>8>39<37 AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 12 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCDCCCCBDCDDBBDDBDBDD@BBB@DBABDB AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 13 …CCCCC;>====ACCCA@CCCBBCCBC;>@==>BBBBA?<;@<@######################## AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 14 …BCCDBBBBDDCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 15 …CCCCCCCCDCCCBC@CADCDDAABA=B?=A=B.>AA?AADA########################## AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 16 …CCCCCCCCCCCDCCCCDCDCCDCCBDCDDBDDBDD@BBBBBBACBBAB=AB>BBBAB>?BA@CAAA? AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 18 …CCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 19 …CDCCCDCCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 20 …CCCCCCCCCCCDCCCDCCCCCCCCDCABCBBC?==@BCBB@ABADDDBD=>B>B@<BB?A####### AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
H A D	index_dos.sam	10 …DABBBCCADDDDDCBCBCCCDBDDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDBCCBDBCCBDDA@>DC?5@?@@??:><<>8>39<37 AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 12 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCDCCCCBDCDDBBDDBDBDD@BBB@DBABDB AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 13 …CCCCC;>====ACCCA@CCCBBCCBC;>@==>BBBBA?<;@<@######################## AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 14 …BCCDBBBBDDCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 15 …CCCCCCCCDCCCBC@CADCDDAABA=B?=A=B.>AA?AADA########################## AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 16 …CCCCCCCCCCCDCCCCDCDCCDCCBDCDDBDDBDD@BBBBBBACBBAB=AB>BBBAB>?BA@CAAA? AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 18 …CCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 19 …CDCCCDCCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 20 …CCCCCCCCCCCDCCCDCCCCCCCCDCABCBBC?==@BCBB@ABADDDBD=>B>B@<BB?A####### AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
/dports/biology/htslib/htslib-1.14/test/
H A D	ce#1000.sam	6 …DCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG… 7 …####???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG… 8 …BCCCA@CCCCACCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 9 …BADABDDDBDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 10 …DCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …ABADCACDCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 13 …DBCBCBD@CCDCCCCCCCDCCCCCCCCACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 14 …BACBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 15 …=AABDD@A@DC@CB=@BA?6@CCAAC@+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 16 …>CCDDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
H A D	index.sam	10 …DABBBCCADDDDDCBCBCCCDBDDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDBCCBDBCCBDDA@>DC?5@?@@??:><<>8>39<37 AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 12 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCDCCCCBDCDDBBDDBDBDD@BBB@DBABDB AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 13 …CCCCC;>====ACCCA@CCCBBCCBC;>@==>BBBBA?<;@<@######################## AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 14 …BCCDBBBBDDCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 15 …CCCCCCCCDCCCBC@CADCDDAABA=B?=A=B.>AA?AADA########################## AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 16 …CCCCCCCCCCCDCCCCDCDCCDCCBDCDDBDDBDD@BBBBBBACBBAB=AB>BBBAB>?BA@CAAA? AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 18 …CCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 19 …CDCCCDCCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 20 …CCCCCCCCCCCDCCCDCCCCCCCCDCABCBBC?==@BCBB@ABADDDBD=>B>B@<BB?A####### AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
H A D	index_dos.sam	10 …DABBBCCADDDDDCBCBCCCDBDDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDBCCBDBCCBDDA@>DC?5@?@@??:><<>8>39<37 AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 12 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCDCCCCBDCDDBBDDBDBDD@BBB@DBABDB AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 13 …CCCCC;>====ACCCA@CCCBBCCBC;>@==>BBBBA?<;@<@######################## AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 14 …BCCDBBBBDDCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 15 …CCCCCCCCDCCCBC@CADCDDAABA=B?=A=B.>AA?AADA########################## AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 16 …CCCCCCCCCCCDCCCCDCDCCDCCBDCDDBDDBDD@BBBBBBACBBAB=AB>BBBAB>?BA@CAAA? AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 18 …CCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 19 …CDCCCDCCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 20 …CCCCCCCCCCCDCCCDCCCCCCCCDCABCBBC?==@BCBB@ABADDDBD=>B>B@<BB?A####### AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
/dports/biology/samtools/samtools-1.14/test/large_pos/
H A D	merge.expected.sam	3 …DCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG… 4 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC@CCDDDBCCABB=DABBA?################ AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG… 5 …####???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG… 6 …BCCCA@CCCCACCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 7 …BADABDDDBDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 8 …DCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 9 …ABADCACDCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 10 …DBCBCBD@CCDCCCCCCCDCCCCCCCCACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …BACBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 12 …=AABDD@A@DC@CB=@BA?6@CCAAC@+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
H A D	longref.sam	3 …DCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG… 4 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC@CCDDDBCCABB=DABBA?################ AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG… 5 …####???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG… 6 …BCCCA@CCCCACCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 7 …BADABDDDBDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 8 …DCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 9 …ABADCACDCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 10 …DBCBCBD@CCDCCCCCCCDCCCCCCCCACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …BACBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 12 …=AABDD@A@DC@CB=@BA?6@CCAAC@+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
H A D	longref_name.sam	3 …####???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG… 4 …@@@B6ABA@BA<@BB5):5;*83736?;;;@@=;6B>??##################### AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 5 …CCCCCCCCCCACCCCBBCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 6 …BDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 9 …BCCCA@CCCCACCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 10 …BADABDDDBDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 12 …DCACD=ABCB@BCDDA@BA=BBB@C??@;:0A>?>B>?)?#################### AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 13 …ACCCCA@CC@@A7@@A?A9?BBA>>@BBB?A>CBBB<>>B@@4@?>>?0ABD@@###### AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 14 …BCCDCDDBDAD@BBD@DDD@BBB>BDBA>BB;ABDB>AAA;=>=0943@########### AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 15 …DCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
H A D	longref2.sam	3 …B>A?<@'<AA>>ADBABB>CAABBB>>B@B;BBB;BA?7>989?D?@?########## AS:i:-2 XS:i:-2 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG… 4 …A@CCC@ACB@C=CC;=BBBB>;AABA################################ AS:i:-2 XS:i:-2 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG… 5 …>BB;B@BAB;BB@BA>ABA>A4A################################### AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:4 XO:i:0 XG… 6 …ADABCBBBBBAABB>BA>B?@@B################################### AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG… 7 …CCC'AAA@CCCAC@DCDC@;BABB@>@B?A@4<?A@?=ABCB>;;8@??>:DBD?>:A AS:i:-2 XS:i:-2 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG… 8 …CDDCCBC?CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 9 …DDDCDBCDCCBBCBCCCCCDCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 10 …@A@>B;=;==<C<CC@CCCCCC>CCCCCC@CCCBCCBBC?CCCCBACCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …BB@@BDDBDCDA;BCCDCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 12 …DDBDBBBDCC@CCCDCB@CDACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
/dports/biology/freebayes/freebayes-1.3.5/contrib/htslib/test/longrefs/
H A D	longref.sam	2 …DCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG… 3 …####???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG… 4 …BCCCA@CCCCACCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 5 …BADABDDDBDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 6 …DCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 7 …ABADCACDCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 9 …DBCBCBD@CCDCCCCCCCDCCCCCCCCACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 10 …BACBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …=AABDD@A@DC@CB=@BA?6@CCAAC@+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 12 …>CCDDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
H A D	longref_multi.expected.sam	2 …DCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG… 3 …####???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG… 4 …BCCCA@CCCCACCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 5 …BADABDDDBDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 6 …DCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 7 …ABADCACDCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 9 …DBCBCBD@CCDCCCCCCCDCCCCCCCCACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 10 …BACBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …=AABDD@A@DC@CB=@BA?6@CCAAC@+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 12 …>CCDDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
/dports/biology/htslib/htslib-1.14/test/longrefs/
H A D	longref.sam	2 …DCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG… 3 …####???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG… 4 …BCCCA@CCCCACCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 5 …BADABDDDBDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 6 …DCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 7 …ABADCACDCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 9 …DBCBCBD@CCDCCCCCCCDCCCCCCCCACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 10 …BACBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …=AABDD@A@DC@CB=@BA?6@CCAAC@+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 12 …>CCDDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
H A D	longref_multi.expected.sam	2 …DCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG… 3 …####???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG… 4 …BCCCA@CCCCACCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 5 …BADABDDDBDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 6 …DCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 7 …ABADCACDCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 9 …DBCBCBD@CCDCCCCCCCDCCCCCCCCACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 10 …BACBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 11 …=AABDD@A@DC@CB=@BA?6@CCAAC@+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… 12 …>CCDDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG… [all …]
/dports/biology/bamutil/bamUtil-1.0.15/test/expected/
H A D	seqBases.sam	8 … 73 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATAACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatches 9 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATGACTAGATAGGG I00I00III??IIII XN:Z:1 mismatch clipped… 10 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATAGCTAGATAGGG I000?0III??IIII XN:Z:1 mismatch not cli… 14 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATTTCTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:mismatches from fr… 15 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATTTCATGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:mismatches from fr… 17 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATATCAAGTTAGGG I000000II!?IIII XN:Z:3 mismatches, no c… 18 … 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATTAGGGGAAAGGG I000000II!?IIII XN:Z:clip all but one 20 … 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAATTGATGTATGGG !!!!!!!!!!!!!!! XN:Z:clip entire read 21 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAGGGGTTGAAAGGG I000000II!?IIII XN:Z:clip from both end… 22 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 NNNNNNNNNNNNNNN I00?00III??IIII XN:Z:All N's - not a ma… [all …]
H A D	filter.sam	8 … 73 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAT=ACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatches 9 …10015 0 3H4S1M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AA=GACTAGATAGGG I00I00III??IIII XN:Z:1 mismatch clipped… 11 1:1011:F:255+17M15D20M 77 1 10013 0 * = 10011 0 AATAG===GATAGGG I000I0III??IIII XN:Z:1 mismatch - f… 15 1:1011:F:255+17M15D20M 73 1 10021 0 3H8S1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATTTCATGATAGGG I00?00III??IIII XN… 16 1:1011:F:255+17M15D20M 77 1 10013 0 * = 10011 0 AATATCAAGTTAGGG I00?00III??IIII XN:Z:3 mismatches, … 17 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATATCAAGTTAGGG I000000II!?IIII XN:Z:3 mismatches, no c… 18 1:1011:F:255+17M15D20M 73 1 10013 0 3H2S1M12S = 10011 0 AATTAGGGGAAAGGG I000000II!?IIII XN:Z:clip a… 20 1:1011:F:255+17M15D20M 77 1 10013 0 * = 10011 0 AAATTGATGTATGGG !!!!!!!!!!!!!!! XN:Z:clip entire re… 21 1:1011:F:255+17M15D20M 73 1 10019 0 3H6S1M8S = 10011 0 AAGGGGTTGAAAGGG I000000II!?IIII XN:Z:clip fr… 22 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 NNNNNNNNNNNNNNN I00?00III??IIII XN:Z:All N's - not a ma… [all …]
H A D	seqOrig.sam	8 … 73 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAT=ACTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatches 9 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AA=GACTAGATAGGG I00I00III??IIII XN:Z:1 mismatch clipped… 10 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AA==GCTAGATAGGG I000?0III??IIII XN:Z:1 mismatch not cli… 14 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATTTCTAGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:mismatches from fr… 15 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATTTCATGATAGGG I00?00III??IIII XN:Z:mismatches from fr… 17 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATATCAAGTTAGGG I000000II!?IIII XN:Z:3 mismatches, no c… 18 … 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AATTAGGGGAAAGGG I000000II!?IIII XN:Z:clip all but one 20 … 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAATTGATGTATGGG !!!!!!!!!!!!!!! XN:Z:clip entire read 21 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAGGGGTTGAAAGGG I000000II!?IIII XN:Z:clip from both end… 22 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 NNNNNNNNNNNNNNN I00?00III??IIII XN:Z:All N's - not a ma… [all …]
H A D	seqEquals.sam	8 … 73 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AA======G===GGG I00?00III??IIII XN:Z:No Mismatches 9 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AA=G====G===GGG I00I00III??IIII XN:Z:1 mismatch clipped… 10 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AA==G===G===GGG I000?0III??IIII XN:Z:1 mismatch not cli… 14 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AA=TT===G===GGG I00?00III??IIII XN:Z:mismatches from fr… 15 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AA=TT=ATG===GGG I00?00III??IIII XN:Z:mismatches from fr… 17 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AA==T=A=GT==GGG I000000II!?IIII XN:Z:3 mismatches, no c… 18 … 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AA=T=GGGG=A=GGG I000000II!?IIII XN:Z:clip all but one 20 … 1 10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAATTGATGTATGGG !!!!!!!!!!!!!!! XN:Z:clip entire read 21 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 AAGGGG=TG=A=GGG I000000II!?IIII XN:Z:clip from both end… 22 …10013 0 3H2S3M2D3M1I1M3N1M1P1M3S = 10011 0 NNNNNNNNNNNNNNN I00?00III??IIII XN:Z:All N's - not a ma… [all …]
/dports/science/aircraft-datcom/aircraft-datcom-ed877bb/src/
H A D	ideal.f	`17 XN=32. 18 N=XN 22 1000 THMU(J)=XMUPI/XN 25 THNU(I)=XNUPI/XN 62 1050 S1=XN/SIN(THNU(I)) 68 ST1NU(N)=ST1NU(N)+XNA0 91 Y=XN/2.A0 111 1140 S4=XN/SIN(THNU(I))-2.((-1.)J-1.)/(XNSIN(THNU(I))* 143 DAI=.5/XN(T1+SUMAI) 148 DALO=-2./XN(T2+SUMAL) [all …]`

12 3 4 5 6 7 8 9 10 >>...71