"$NM" (reference) in projects: dports - OpenGrok search results

Project(s)

Full Search
Definition
Symbol
File Path
History
Type

Searched refs:NM (Results 101 – 125 of 24911) sorted by relevance

1 2 3 456 7 8 9 10 >>...997

/dports/biology/samtools/samtools-1.14/test/reheader/
H A D	2_view1.sam.expected	42 ref1_grp1_p001 147 ref1 25 12 10M = 1 -34 TAGAGTCGAC ---------- MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 43 ref1_grp2_p001 147 ref1 27 13 10M = 3 -34 GAGTCGACCT .......... MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 44 ref1_grp1_p002 147 ref1 29 14 10M = 5 -34 GTCGACCTGC ////////// MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 45 ref1_grp2_p002 147 ref1 31 15 10M = 7 -34 CGACCTGCAG 0000000000 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 46 ref1_grp1_p003 147 ref1 33 16 10M = 9 -34 ACCTGCAGGC 1111111111 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 47 ref1_grp2_p003 147 ref1 35 17 10M = 11 -34 CTGCAGGCAT 2222222222 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 48 ref12_grp1_p001 97 ref1 36 50 10M ref2 2 0 TGCAGGCATG AAAAAAAAAA MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 49 ref1_grp1_p004 147 ref1 37 18 10M = 13 -34 GCAGGCATGC 3333333333 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 50 ref1_grp2_p004 147 ref1 39 19 10M = 15 -34 AGGCATGCAA 4444444444 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 51 ref1_grp1_p005 147 ref1 41 20 10M = 17 -34 GCATGCAAGC 5555555555 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 [all …]
H A D	3_view1.sam.expected	42 ref1_grp1_p001 147 ref1 25 12 10M = 1 -34 TAGAGTCGAC ---------- MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 43 ref1_grp2_p001 147 ref1 27 13 10M = 3 -34 GAGTCGACCT .......... MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 44 ref1_grp1_p002 147 ref1 29 14 10M = 5 -34 GTCGACCTGC ////////// MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 45 ref1_grp2_p002 147 ref1 31 15 10M = 7 -34 CGACCTGCAG 0000000000 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 46 ref1_grp1_p003 147 ref1 33 16 10M = 9 -34 ACCTGCAGGC 1111111111 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 47 ref1_grp2_p003 147 ref1 35 17 10M = 11 -34 CTGCAGGCAT 2222222222 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 48 ref12_grp1_p001 97 ref1 36 50 10M ref2 2 0 TGCAGGCATG AAAAAAAAAA MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 49 ref1_grp1_p004 147 ref1 37 18 10M = 13 -34 GCAGGCATGC 3333333333 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 50 ref1_grp2_p004 147 ref1 39 19 10M = 15 -34 AGGCATGCAA 4444444444 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 51 ref1_grp1_p005 147 ref1 41 20 10M = 17 -34 GCATGCAAGC 5555555555 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 [all …]
/dports/biology/samtools/samtools-1.14/test/split/
H A D	split.sam	41 ref1_grp1_p001 147 ref1 25 12 10M = 1 -34 TAGAGTCGAC ---------- RG:Z:grp1 NM:i:0 MD:Z:10 42 ref1_grp2_p001 147 ref1 27 13 10M = 3 -34 GAGTCGACCT .......... RG:Z:grp2 NM:i:0 MD:Z:10 43 ref1_grp1_p002 147 ref1 29 14 10M = 5 -34 GTCGACCTGC ////////// RG:Z:grp1 NM:i:0 MD:Z:10 44 ref1_grp2_p002 147 ref1 31 15 10M = 7 -34 CGACCTGCAG 0000000000 RG:Z:grp2 NM:i:0 MD:Z:10 45 ref1_grp1_p003 147 ref1 33 16 10M = 9 -34 ACCTGCAGGC 1111111111 RG:Z:grp1 NM:i:0 MD:Z:10 46 ref1_grp2_p003 147 ref1 35 17 10M = 11 -34 CTGCAGGCAT 2222222222 RG:Z:grp2 NM:i:0 MD:Z:10 47 ref12_grp1_p001 97 ref1 36 50 10M ref2 2 0 TGCAGGCATG AAAAAAAAAA RG:Z:grp1 NM:i:0 MD:Z:10 48 ref1_grp1_p004 147 ref1 37 18 10M = 13 -34 GCAGGCATGC 3333333333 RG:Z:grp1 NM:i:0 MD:Z:10 55 ref2_grp3_p001 83 ref2 1 99 15M = 31 45 ATTCTATAGTGTCAC ~~~~~~~~~~~~~~~ NM:i:0 MD:Z:15 58 ref2_grp3_p002 147 ref2 16 99 15M = 46 45 CTAAATAGCTTGGCG }}}}}}}}}}}}}}} NM:i:0 MD:Z:15 [all …]
/dports/biology/samtools/samtools-1.14/test/dat/
H A D	bam2fq.002.sam	30 ref1_grp1_p001 147 ref1 25 12 10M = 1 -34 TAGAGTCGAC ---------- MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 32 ref1_grp1_p002 147 ref1 29 14 10M = 5 -34 GTCGACCTGC ////////// MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 34 ref1_grp1_p003 147 ref1 33 16 10M = 9 -34 ACCTGCAGGC 1111111111 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 36 ref1_grp1_p004 147 ref1 37 18 10M = 13 -34 GCAGGCATGC 3333333333 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 38 ref1_grp1_p005 147 ref1 41 20 10M = 17 -34 GCATGCAAGC 5555555555 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 40 ref1_grp1_p006 147 ref1 45 22 10M = 21 -34 GCAAGCTTGA 7777777777 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 43 ref1_grp2_p001 147 ref1 27 13 10M = 3 -34 GAGTCGACCT .......... MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 46 ref1_grp2_p002 147 ref1 31 15 10M = 7 -34 CGACCTGCAG 0000000000 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 48 ref1_grp2_p003 147 ref1 35 17 10M = 11 -34 CTGCAGGCAT 2222222222 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 50 ref1_grp2_p004 147 ref1 39 19 10M = 15 -34 AGGCATGCAA 4444444444 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 [all …]
H A D	bam2fq.005.sam	30 ref1_grp1_p001 147 ref1 25 12 10M = 1 -34 TAGAGTCGAC ---------- MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 32 ref1_grp1_p002 147 ref1 29 14 10M = 5 -34 GTCGACCTGC ////////// MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 34 ref1_grp1_p003 147 ref1 33 16 10M = 9 -34 ACCTGCAGGC 1111111111 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 36 ref1_grp1_p004 147 ref1 37 18 10M = 13 -34 GCAGGCATGC 3333333333 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 38 ref1_grp1_p005 147 ref1 41 20 10M = 17 -34 GCATGCAAGC 5555555555 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 40 ref1_grp1_p006 147 ref1 45 22 10M = 21 -34 GCAAGCTTGA 7777777777 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 43 ref1_grp2_p001 147 ref1 27 13 10M = 3 -34 GAGTCGACCT .......... MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 46 ref1_grp2_p002 147 ref1 31 15 10M = 7 -34 CGACCTGCAG 0000000000 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 48 ref1_grp2_p003 147 ref1 35 17 10M = 11 -34 CTGCAGGCAT 2222222222 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 50 ref1_grp2_p004 147 ref1 39 19 10M = 15 -34 AGGCATGCAA 4444444444 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 [all …]
H A D	bam2fq.010.sam	30 ref1_grp1_p001 147 ref1 25 12 10M = 1 -34 TAGAGTCGAC ---------- MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 32 ref1_grp1_p002 147 ref1 29 14 10M = 5 -34 GTCGACCTGC ////////// MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 34 ref1_grp1_p003 147 ref1 33 16 10M = 9 -34 ACCTGCAGGC 1111111111 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 36 ref1_grp1_p004 147 ref1 37 18 10M = 13 -34 GCAGGCATGC 3333333333 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 38 ref1_grp1_p005 147 ref1 41 20 10M = 17 -34 GCATGCAAGC 5555555555 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 40 ref1_grp1_p006 147 ref1 45 22 10M = 21 -34 GCAAGCTTGA 7777777777 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp1 43 ref1_grp2_p001 147 ref1 27 13 10M = 3 -34 GAGTCGACCT .......... MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 46 ref1_grp2_p002 147 ref1 31 15 10M = 7 -34 CGACCTGCAG 0000000000 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 48 ref1_grp2_p003 147 ref1 35 17 10M = 11 -34 CTGCAGGCAT 2222222222 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 52 ref1_grp2_p005 147 ref1 43 21 10M = 19 -34 ATGCAAGCTT 6666666666 MD:Z:10 NM:i:0 RG:Z:grp2 [all …]
/dports/biology/seqan-apps/seqan-seqan-v2.4.0/apps/mason2/tests/
H A D	simulator.out1.sam	4 …IIIFIIGBIFDGIIIFAFIIIGFIIHIIFAEIIGFEI6DIHIAI>EIIIII1IIIH@=ICIIHIIHCII<III> NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:1 … 5 …IGB@I=HBI>HDII?IIIIIICI?CHIIAIIIEAIICIHIGFGIIEHHFGIIGEIHIFGIGGIIGIHHIIHHIH NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:1 … 6 …HHIIIHFEIEIIIIDIFEIIIIIIIBI>AIIGIB=A?F>?H<II<@EIEBIIII<G8>6ICAIICIIIIHI9=< NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:1 … 7 …IHIGCIG;IBEC@IDIIIEHHGIIEIGIIBIIFICDDII?FIHIGIGHHIHIDIHGIIHIIIGHGHIHIIHHIH NM:i:1 MD:Z:18A81 oR:Z:… 8 …AIDHIICIIH@G@GIIGGIHIGIIIAIHIIIEIEIIIAEGIDIIIIIFFIFGFHHIIHIHIIHGGIIHIHIHIH NM:i:1 MD:Z:24G75 oR:Z:… 9 …IFIIIIGIFIEIFIIIEDAGIIIGFHEBHHIIGFDGGIIFBIFI>HIHIGF=ID?CIGIIIIB2BGAABI@<IB NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:1 … 10 …IICIIIGFIIIGGEFDDIH@EEIIIICEI?DIIII:IIGIAIFIAIIII<CIIIIB;DIEIIA?II>9DI@B?I NM:i:1 MD:Z:91A8 oR:Z:1… 11 …AII@IIG>?IIIDIIHIIIIGIFIIAIII@FIIIFIIBHFIHIFIIIIIIFIEFGHIIIHIHHGHGHHIHHHHI NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:1 … 12 …HIIII<IICDECIIIEF@IH>IBDICFHEHIEIIGII?IGIGIIECCIBIIIIIHIIIGIIGGIHGGIGIIIHI NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:1 … 14 …IIIIIFEIIGHHHIDBIIBI@GDIIIICFHIDIIDGIGI<HGHDFDIIIIII>IIIF@AGIAIFIHB49EIGIC NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:1 … [all …]
H A D	simulator.out4.sam	4 …IIIFIIGBIFDGIIIFAFIIIGFIIHIIFAEIIGFEI6DIHIAI>EIIIII1IIIH@=ICIIHIIHCII<III> NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:1 … 5 …HGIIEIDCIDHDEIIIEDIIFAHFDIICEIIIIH<IIHF<I@IGICIIEIIIGIHIAI=II7IFII?BGBB@II NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:1 … 6 …GDHGIGIGIIIEIIIEDICI@DHIIIIIIAHIBEF:FH>AHEEIID@BA;IBIFIHIII@IEIIIIIEIIIICA NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:1 … 7 …IIIHGIFIHIHIFDFBIGBFBGIIEIIIII=IG>IBFIIIIIIICIFIIIIIBBGICIIIIIII#I@IDAGIAD NM:i:1 MD:Z:90C9 oR:Z:1… 8 …?IDIIFIII?EIIIIGICCHHIEIIFDFGH>IHIBIIGIIIIDIIIGDBEFGIIGIIGIIIIHIIIHHHIIHIH NM:i:1 MD:Z:9C90 oR:Z:1… 9 …III;IIAIIIIIIIIIIDGIIAHIIIIGIIFII?IFIHHIIEIIIEGDFIFIGHGFGHIGGIIHFIHHIIIIII NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:1 … 10 …BACGGEIFABHGE@I=IFBBFDGIIGCHE@IIHIGIICIIFIIGGIIIIGIHIIIHEHHHIHHIIIHIHGIIHH NM:i:2 MD:Z:11G7G80 oR:… 11 …IDIIGIICFICCCIIFIFGIIFIEGHIIICDIABAI>BIDIIICII@IHI>AIIIIHEGIEHIFIEG9IBIIII NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:1 … 12 …HDIBHIIGIGICIBGIICB;IIDIIIEII@IIIBHIIGIIA>@FIIIBIIGI@IBII9DH8IG;>DIIIE6I;I NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:2 … 13 …HIAIIIAG?AEIFCIIHICHIIIADIEFBGGICIIGIIGICIHHIIFDIHIHFHIGIHHIHHIIIIHIHIIHIH NM:i:0 MD:Z:100 oR:Z:1 … [all …]
/dports/biology/seqan-apps/seqan-seqan-v2.4.0/apps/splazers/tests/
H A D	adeno-reads-pe.sam	3 …CAATAAACCGGTTGATTCGTTTCAGTTGAACTTTGGTCTCCTGTCCTTCTTATCTTATCGGTTAC * XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 … 4 …CAGTACAAGTGAGTGTGGAAATTGAATGGGAGCTGCAGAAAGAAAACAGCAAGCGCTGGAATCCC * XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 … 5 …TCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCGGTGGGGCCTGCGGACCAAAGGTCCGCAGACGGCAGAGCT * XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 … 6 …CGCCCCATTGGCACCCGTTACCTTACCCGTCCCCTGTAATTACGTGTTAATCAATAAACCGGTTG * XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 … 7 …CTCTCGATCTGGTTGAGGAAGGCGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAACGTCCGGTAGAGCAGTCG * XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 … 11 …GGTAGGCCCCGCTCCGCCCGCGGACATTAAAACCAACCGCATCTACCGCATCCTGGAGCTGAACG * XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 … 12 …CCCTTCTACGGCTGCGTCAACTGGACCAATGAGAACTTTCCCTTCAATGATTGCGTCGACAAGAT * XT:A:U NM:i:3 SM:i:37 AM:i:37 … 13 …GTCACGTGAGTGCTTTTGCGACATTTTGCGACACCACGTGGCGATTTAGGGTATATATGGCCGAG * XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 … 18 …ACGACAACCACTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGATTTCAACAGATTCCACTGC * XT:A:U NM:i:4 SM:i:37 AM:i:37 … 22 …AACCACCTCTACAAGCAAATCTCCAGTGCTTCAACGCTGGGGGGCCAGCAACGACAACCACTACT * XT:A:M NM:i:5 SM:i:29 AM:i:29 … [all …]
/dports/biology/vt/vt-0.57721/lib/htslib/test/
H A D	ce#1000.sam	6 …CCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG:i:1 YT:Z:UU MD:Z:4A0G5G5G5G3^A73 NM:i:6 7 …BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:10G0C10G77 NM:i:3 8 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 9 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 10 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 11 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 13 …ACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 14 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 15 …+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 16 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 [all …]
/dports/biology/freebayes/freebayes-1.3.5/contrib/htslib/test/
H A D	ce#1000.sam	6 …CCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG:i:1 YT:Z:UU MD:Z:4A0G5G5G5G3^A73 NM:i:6 7 …BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:10G0C10G77 NM:i:3 8 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 9 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 10 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 11 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 13 …ACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 14 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 15 …+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 16 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 [all …]
/dports/biology/htslib/htslib-1.14/test/
H A D	ce#1000.sam	6 …CCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG:i:1 YT:Z:UU MD:Z:4A0G5G5G5G3^A73 NM:i:6 7 …BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:10G0C10G77 NM:i:3 8 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 9 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 10 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 11 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 13 …ACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 14 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 15 …+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 16 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 [all …]
/dports/math/cmlib/cmlib-3.0_8/src/eispack/
H A D	cg.f	`1 SUBROUTINE CG(NM,N,AR,AI,WR,WI,MATZ,ZR,ZI,FV1,FV2,FV3,IERR) argument 56 INTEGER N,NM,IS1,IS2,IERR,MATZ 57 REAL AR(NM,N),AI(NM,N),WR(N),WI(N),ZR(NM,N),ZI(NM,N) 61 IF (N .LE. NM) GO TO 10 65 10 CALL CBAL(NM,N,AR,AI,IS1,IS2,FV1) 66 CALL CORTH(NM,N,IS1,IS2,AR,AI,FV2,FV3) 69 CALL COMQR(NM,N,IS1,IS2,AR,AI,WR,WI,IERR) 72 20 CALL COMQR2(NM,N,IS1,IS2,FV2,FV3,AR,AI,WR,WI,ZR,ZI,IERR) 74 CALL CBABK2(NM,N,IS1,IS2,FV1,N,ZR,ZI)`
H A D	rsg.f	`1 SUBROUTINE RSG(NM,N,A,B,W,MATZ,Z,FV1,FV2,IERR) argument 55 INTEGER N,NM,IERR,MATZ 56 REAL A(NM,N),B(NM,N),W(N),Z(NM,N),FV1(N),FV2(N) 59 IF (N .LE. NM) GO TO 10 63 10 CALL REDUC(NM,N,A,B,FV2,IERR) 67 CALL TRED1(NM,N,A,W,FV1,FV2) 71 20 CALL TRED2(NM,N,A,W,FV1,Z) 72 CALL TQL2(NM,N,W,FV1,Z,IERR) 74 CALL REBAK(NM,N,B,FV2,N,Z)`
H A D	rsgba.f	`1 SUBROUTINE RSGBA(NM,N,A,B,W,MATZ,Z,FV1,FV2,IERR) argument 55 INTEGER N,NM,IERR,MATZ 56 REAL A(NM,N),B(NM,N),W(N),Z(NM,N),FV1(N),FV2(N) 59 IF (N .LE. NM) GO TO 10 63 10 CALL REDUC2(NM,N,A,B,FV2,IERR) 67 CALL TRED1(NM,N,A,W,FV1,FV2) 71 20 CALL TRED2(NM,N,A,W,FV1,Z) 72 CALL TQL2(NM,N,W,FV1,Z,IERR) 74 CALL REBAKB(NM,N,B,FV2,N,Z)`
/dports/math/slatec/src/
H A D	rsg.f	`2 SUBROUTINE RSG (NM, N, A, B, W, MATZ, Z, FV1, FV2, IERR) argument 75 INTEGER N,NM,IERR,MATZ 76 REAL A(NM,),B(NM,),W(),Z(NM,),FV1(),FV2() 79 IF (N .LE. NM) GO TO 10 83 10 CALL REDUC(NM,N,A,B,FV2,IERR) 87 CALL TRED1(NM,N,A,W,FV1,FV2) 91 20 CALL TRED2(NM,N,A,W,FV1,Z) 92 CALL TQL2(NM,N,W,FV1,Z,IERR) 94 CALL REBAK(NM,N,B,FV2,N,Z)`
H A D	rsgba.f	`2 SUBROUTINE RSGBA (NM, N, A, B, W, MATZ, Z, FV1, FV2, IERR) argument 75 INTEGER N,NM,IERR,MATZ 76 REAL A(NM,),B(NM,),W(),Z(NM,),FV1(),FV2() 79 IF (N .LE. NM) GO TO 10 83 10 CALL REDUC2(NM,N,A,B,FV2,IERR) 87 CALL TRED1(NM,N,A,W,FV1,FV2) 91 20 CALL TRED2(NM,N,A,W,FV1,Z) 92 CALL TQL2(NM,N,W,FV1,Z,IERR) 94 CALL REBAKB(NM,N,B,FV2,N,Z)`
H A D	rsgab.f	`2 SUBROUTINE RSGAB (NM, N, A, B, W, MATZ, Z, FV1, FV2, IERR) argument 75 INTEGER N,NM,IERR,MATZ 76 REAL A(NM,),B(NM,),W(),Z(NM,),FV1(),FV2() 79 IF (N .LE. NM) GO TO 10 83 10 CALL REDUC2(NM,N,A,B,FV2,IERR) 87 CALL TRED1(NM,N,A,W,FV1,FV2) 91 20 CALL TRED2(NM,N,A,W,FV1,Z) 92 CALL TQL2(NM,N,W,FV1,Z,IERR) 94 CALL REBAK(NM,N,B,FV2,N,Z)`
/dports/biology/samtools/samtools-1.14/test/large_pos/
H A D	merge.expected.sam	3 …CCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG:i:1 YT:Z:UU MD:Z:4A0G5G5G5G3^A73 NM:i:6 4 …ABB=DABBA?################ AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:94G0C3A0 NM:i:3 5 …BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:10G0C10G77 NM:i:3 6 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 7 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 8 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 9 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 10 …ACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 11 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 12 …+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 [all …]
H A D	longref.sam	3 …CCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG:i:1 YT:Z:UU MD:Z:4A0G5G5G5G3^A73 NM:i:6 4 …ABB=DABBA?################ AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:94G0C3A0 NM:i:3 5 …BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:10G0C10G77 NM:i:3 6 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 7 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 8 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 9 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 10 …ACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 11 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 12 …+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 [all …]
H A D	longref_name.sam	3 …BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:10G0C10G77 NM:i:3 4 …;;;@@=;6B>??##################### AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 5 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 6 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 9 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 10 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 12 …@;:0A>?>B>?)?#################### AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 13 …BB?A>CBBB<>>B@@4@?>>?0ABD@@###### AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 14 …A>BB;ABDB>AAA;=>=0943@########### AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 15 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 [all …]
H A D	longref2.sam	3 …B;BBB;BA?7>989?D?@?########## AS:i:-2 XS:i:-2 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:48C51 NM:i:1 4 …############################# AS:i:-2 XS:i:-2 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:86T13 NM:i:1 5 …####################### AS:i:-8 XS:i:-8 XN:i:0 XM:i:4 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:10A0G73C7A6 NM:i:4 6 …########################## AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:90C5C2A0 NM:i:3 7 …A@4<?A@?=ABCB>;;8@??>:DBD?>:A AS:i:-2 XS:i:-2 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:45A54 NM:i:1 8 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 9 …CCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 10 …CC@CCCBCCBBC?CCCCBACCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 11 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 12 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 [all …]
/dports/biology/freebayes/freebayes-1.3.5/contrib/htslib/test/longrefs/
H A D	longref.sam	2 …CCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG:i:1 YT:Z:UU MD:Z:4A0G5G5G5G3^A73 NM:i:6 3 …BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:10G0C10G77 NM:i:3 4 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 5 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 6 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 7 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 9 …ACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 10 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 11 …+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 12 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 [all …]
/dports/biology/htslib/htslib-1.14/test/longrefs/
H A D	longref.sam	2 …CCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG:i:1 YT:Z:UU MD:Z:4A0G5G5G5G3^A73 NM:i:6 3 …BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:10G0C10G77 NM:i:3 4 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 5 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 6 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 7 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 9 …ACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 10 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 11 …+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 12 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 [all …]
/dports/biology/samtools/samtools-1.14/test/stat/
H A D	11_target.sam	32 r1 99 alpha 1 40 35M = 66 100 TGGGGTGTCATAGTAATCCGGTTGGGAGTCCGAGG * NM:i:0 RG:Z:s1_a_1 33 r1 147 alpha 66 40 35M = 1 -100 TATCCAGAACTTTGCAGCCATATCTCCAAGACATG * NM:i:0 RG:Z:s1_a_1 46 ref1_grp1_p001 147 ref1 25 12 10M = 1 -34 TAGAGTCGAC ---------- RG:Z:grp1 NM:i:0 MD:Z:10 47 ref1_grp2_p001 147 ref1 27 13 10M = 3 -34 GAGTCGACCT .......... RG:Z:grp2 NM:i:0 MD:Z:10 48 ref1_grp1_p002 147 ref1 29 14 10M = 5 -34 GTCGACCTGC ////////// RG:Z:grp1 NM:i:0 MD:Z:10 49 ref1_grp2_p002 147 ref1 31 15 10M = 7 -34 CGACCTGCAG 0000000000 RG:Z:grp2 NM:i:0 MD:Z:10 50 ref1_grp1_p003 147 ref1 33 16 10M = 9 -34 ACCTGCAGGC 1111111111 RG:Z:grp1 NM:i:0 MD:Z:10 51 ref1_grp2_p003 147 ref1 35 17 10M = 11 -34 CTGCAGGCAT 2222222222 RG:Z:grp2 NM:i:0 MD:Z:10 52 ref12_grp1_p001 97 ref1 36 50 10M ref2 2 0 TGCAGGCATG AAAAAAAAAA RG:Z:grp1 NM:i:0 MD:Z:10 53 ref1_grp1_p004 147 ref1 37 18 10M = 13 -34 GCAGGCATGC 3333333333 RG:Z:grp1 NM:i:0 MD:Z:10 [all …]

1 2 3 456 7 8 9 10 >>...997