"$NM" (reference) in projects: dports - OpenGrok search results

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Searched refs:NM (Results 151 – 175 of 27471) sorted by relevance

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H A D	ch.f	`1 SUBROUTINE CH(NM,N,AR,AI,W,MATZ,ZR,ZI,FV1,FV2,FM1,IERR) argument 55 INTEGER I,J,N,NM,IERR,MATZ 56 REAL AR(NM,N),AI(NM,N),W(N),ZR(NM,N),ZI(NM,N) 60 IF (N .LE. NM) GO TO 10 64 10 CALL HTRIDI(NM,N,AR,AI,W,FV1,FV2,FM1) 79 CALL TQL2(NM,N,W,FV1,ZR,IERR) 81 CALL HTRIBK(NM,N,AR,AI,FM1,N,ZR,ZI)`
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H A D	md#1.sam	3 x 0 a 1 255 40M * 0 0 AAAAAAAAAACCCCCCCCYNNRGGGGGGGGTTTTTTTTTT * NM:i:2 MD:Z:19N0N19 4 x* 0 a 1 255 40M * 0 0 CAAAAAAAANNCCCCCCCYNNRGGGGGGGGTTTTTTTTTC * NM:i:6 MD:Z:0A8A0C8N0N18T0 5 …M2I10M2P3I2P10M1I * 0 0 NAAAAAAAAAAGCCCCCCCCCCAAGGGGGGGGGGCCCTTTTTTTTTTN * NM:i:12 MD:Z:18Y0N0N0R18 6 …M2I10M2P3I2P10M1I * 0 0 NCAAAAAAAAAGCCCCCCCCCCAAGGGGGGGGGACCCATTTTTTTTCN * NM:i:16 MD:Z:0A17Y0N0N0… 7 xD 0 a 1 255 9M1D8M2D7M3D6M * 0 0 AAAAAAAAACCCCCCYNNRGGGGGTTTTTT * NM:i:9 MD:Z:9^A6C0C0^YN0N6^GGG6 8 xD* 0 a 1 255 9M1D8M2D7M3D6M * 0 0 CAAAAAAANNCCCCCCTTGGGGGGTTTTTA * NM:i:13 MD:Z:0A7A0^A0C6C0^YN0N0… 9 xN 0 a 1 255 10M20N10M * 0 0 AAAAAAAAAATTTTTTTTTT * NM:i:0 MD:Z:20 10 xN* 0 a 1 255 10M20N10M * 0 0 CAAAAAAACCAATTTTTTTA * NM:i:6 MD:Z:0A7A0A0T0T7T0 11 xS 0 a 11 255 5H10S20M10S5H * 0 0 AAAAAAAAAACCCCCCCCYNNRGGGGGGGGTTTTTTTTTT * NM:i:2 MD:Z:9N0N9 12 xS* 0 a 11 255 5H10S20M10S5H * 0 0 CAAAATAAAACCCCCCCCYNNRGGGGGGGGTTTTATTTTC * NM:i:2 MD:Z:9N0N9
/dports/biology/kallisto/kallisto-0.46.1/ext/htslib/test/
H A D	md#1.sam	3 x 0 a 1 255 40M * 0 0 AAAAAAAAAACCCCCCCCYNNRGGGGGGGGTTTTTTTTTT * NM:i:2 MD:Z:19N0N19 4 x* 0 a 1 255 40M * 0 0 CAAAAAAAANNCCCCCCCYNNRGGGGGGGGTTTTTTTTTC * NM:i:6 MD:Z:0A8A0C8N0N18T0 5 …M2I10M2P3I2P10M1I * 0 0 NAAAAAAAAAAGCCCCCCCCCCAAGGGGGGGGGGCCCTTTTTTTTTTN * NM:i:12 MD:Z:18Y0N0N0R18 6 …M2I10M2P3I2P10M1I * 0 0 NCAAAAAAAAAGCCCCCCCCCCAAGGGGGGGGGACCCATTTTTTTTCN * NM:i:16 MD:Z:0A17Y0N0N0… 7 xD 0 a 1 255 9M1D8M2D7M3D6M * 0 0 AAAAAAAAACCCCCCYNNRGGGGGTTTTTT * NM:i:9 MD:Z:9^A6C0C0^YN0N6^GGG6 8 xD* 0 a 1 255 9M1D8M2D7M3D6M * 0 0 CAAAAAAANNCCCCCCTTGGGGGGTTTTTA * NM:i:13 MD:Z:0A7A0^A0C6C0^YN0N0… 9 xN 0 a 1 255 10M20N10M * 0 0 AAAAAAAAAATTTTTTTTTT * NM:i:0 MD:Z:20 10 xN* 0 a 1 255 10M20N10M * 0 0 CAAAAAAACCAATTTTTTTA * NM:i:6 MD:Z:0A7A0A0T0T7T0 11 xS 0 a 11 255 5H10S20M10S5H * 0 0 AAAAAAAAAACCCCCCCCYNNRGGGGGGGGTTTTTTTTTT * NM:i:2 MD:Z:9N0N9 12 xS* 0 a 11 255 5H10S20M10S5H * 0 0 CAAAATAAAACCCCCCCCYNNRGGGGGGGGTTTTATTTTC * NM:i:2 MD:Z:9N0N9
/dports/biology/freebayes/freebayes-1.3.5/contrib/htslib/test/
H A D	md#1.sam	3 x 0 a 1 255 40M * 0 0 AAAAAAAAAACCCCCCCCYNNRGGGGGGGGTTTTTTTTTT * NM:i:2 MD:Z:19N0N19 4 x* 0 a 1 255 40M * 0 0 CAAAAAAAANNCCCCCCCYNNRGGGGGGGGTTTTTTTTTC * NM:i:6 MD:Z:0A8A0C8N0N18T0 5 …M2I10M2P3I2P10M1I * 0 0 NAAAAAAAAAAGCCCCCCCCCCAAGGGGGGGGGGCCCTTTTTTTTTTN * NM:i:12 MD:Z:18Y0N0N0R18 6 …M2I10M2P3I2P10M1I * 0 0 NCAAAAAAAAAGCCCCCCCCCCAAGGGGGGGGGACCCATTTTTTTTCN * NM:i:16 MD:Z:0A17Y0N0N0… 7 xD 0 a 1 255 9M1D8M2D7M3D6M * 0 0 AAAAAAAAACCCCCCYNNRGGGGGTTTTTT * NM:i:9 MD:Z:9^A6C0C0^YN0N6^GGG6 8 xD* 0 a 1 255 9M1D8M2D7M3D6M * 0 0 CAAAAAAANNCCCCCCTTGGGGGGTTTTTA * NM:i:13 MD:Z:0A7A0^A0C6C0^YN0N0… 9 xN 0 a 1 255 10M20N10M * 0 0 AAAAAAAAAATTTTTTTTTT * NM:i:0 MD:Z:20 10 xN* 0 a 1 255 10M20N10M * 0 0 CAAAAAAACCAATTTTTTTA * NM:i:6 MD:Z:0A7A0A0T0T7T0 11 xS 0 a 11 255 5H10S20M10S5H * 0 0 AAAAAAAAAACCCCCCCCYNNRGGGGGGGGTTTTTTTTTT * NM:i:2 MD:Z:9N0N9 12 xS* 0 a 11 255 5H10S20M10S5H * 0 0 CAAAATAAAACCCCCCCCYNNRGGGGGGGGTTTTATTTTC * NM:i:2 MD:Z:9N0N9
H A D	xx#MD.sam	2 @CO All MD and NM should match the stored values 13 A1 0 zz 6 1 10M * 0 0 AAAAATTTTT * MD:Z:10 NM:i:0 co:Z:correct fields 14 A2 0 zz 6 1 10M * 0 0 AAAAGGTTTT * MD:Z:4A0T4 NM:i:2 15 A3 0 zz 6 1 10M * 0 0 GAAAATTTTG * MD:Z:0A8T0 NM:i:2 16 I1 0 zz 6 1 5M1I5M * 0 0 AAAAAGTTTTT * MD:Z:10 NM:i:1 17 I2 0 zz 6 1 5M3I5M * 0 0 AAAAAGGGTTTTT * MD:Z:10 NM:i:3 18 I3 0 zz 6 1 10M2I * 0 0 AAAAATTTTTCC * MD:Z:10 NM:i:2 19 I4 0 zz 6 1 10M2P2I * 0 0 AAAAATTTTTCC * MD:Z:10 NM:i:2 20 D1 0 zz 6 1 5M10D5M * 0 0 AAAAACCCCC * MD:Z:5^TTTTTTTTTT5 NM:i:10 21 D2 0 zz 6 1 5M10N5M * 0 0 AAAAACCCCC * MD:Z:10 NM:i:0 [all …]
/dports/biology/freebayes/freebayes-1.3.5/contrib/htslib/test/longrefs/
H A D	longref_multi.expected.sam	2 …CCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG:i:1 YT:Z:UU MD:Z:4A0G5G5G5G3^A73 NM:i:6 3 …BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:10G0C10G77 NM:i:3 4 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 5 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 6 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 7 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 9 …ACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 10 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 11 …+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 12 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 [all …]
/dports/biology/htslib/htslib-1.14/test/longrefs/
H A D	longref_multi.expected.sam	2 …CCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:-18 XS:i:-18 XN:i:0 XM:i:5 XO:i:1 XG:i:1 YT:Z:UU MD:Z:4A0G5G5G5G3^A73 NM:i:6 3 …BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 AS:i:-6 XS:i:-13 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:10G0C10G77 NM:i:3 4 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 5 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 6 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 7 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 9 …ACCCCCCCCCCBCCCCCCDCCCCCCCCCCCBCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 10 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 11 …+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 12 …CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 YT:Z:UU MD:Z:100 NM:i:0 [all …]
/dports/archivers/libunrar/unrar/
H A D	options.hpp	`68 char TempPath[NM]; 69 char SFXModule[NM]; 70 char ExtrPath[NM]; 71 wchar ExtrPathW[NM]; 72 char CommentFile[NM]; 75 char ArcPath[NM]; 76 wchar ArcPathW[NM]; 79 char LogName[NM]; 131 char EmailTo[NM]; 140 char CompressStdin[NM]; [all …]`
/dports/math/octave/octave-6.4.0/libinterp/corefcn/
H A D	variables.h	103 #define SET_INTERNAL_VARIABLE(NM) \ argument 104 set_internal_variable (V ## NM, args, nargout, #NM) 106 #define SET_NONEMPTY_INTERNAL_STRING_VARIABLE(NM) \ argument 107 set_internal_variable (V ## NM, args, nargout, #NM, false) 109 #define SET_INTERNAL_VARIABLE_WITH_LIMITS(NM, MINVAL, MAXVAL) \ argument 110 set_internal_variable (V ## NM, args, nargout, #NM, MINVAL, MAXVAL) 113 #define SET_INTERNAL_VARIABLE_CHOICES(NM, CHOICES) \ argument 114 set_internal_variable (V ## NM, args, nargout, #NM, CHOICES)
/dports/biology/seqan-apps/seqan-seqan-v2.4.0/apps/sam2matrix/tests/
H A D	ehec.sam	4 …0)$)))000/-)-22225555522222-(---/-+++&++++/555/5/5555+&+++++'8888-'//+801117 NM:i:2 MD:Z:6G50T24 5 …55711122999///0'-'--046000--+,,$,,)'+,++$,443033//).0.1.--(,02++&+0(-- NM:i:4 MD:Z:3G33A15T22A7 6 …ATC //08-711+172=777====255555055505550-'-0555-1--05552-1-550222---1-201110101+/+/ NM:i:3 MD:Z:77 7 …CC 2222/221.0)%,,&1-,-/(33303--(55/(/-&//8828(88826326611142------/+,'556660005/7 NM:i:3 MD:Z:77A 8 …ACA 0)))&000+))/-2+++2+)++1--+++1-111-1-5++5//-1-55/111111//---+7-771/+//778808888= NM:i:4 MD:Z:76 9 …--(-(0/$,,0.0.0.3//,/'//'66/(/-844422-2226,++2----226(551050?7???7:2::????7?: NM:i:3 MD:Z:3T42A34 10 …TAC 34444444444488885457<<<<<<4===<;;@@@@@99;A<A@A2BB@@A(AAA@4BBBBBBB@BB@BBBBBB4BBB@ NM:i:0 MD:Z:80 11 …A :9969222&2::::::::6=6=@@<@@@<@@B>@@@@@@@(@=@996344444444%.).34411-1133133131---2 NM:i:1 MD:Z:77T3 12 …0++&,--+,,&222.-/-33+,'++,+,,---032360-/62-22221116211*770712-77:;;535;755 NM:i:3 MD:Z:19A10A6C45 13 …G /00(111+11,&,,12100033355331383<<=999====/==<=@BB>BB@AABB>BBB4B@<@@@@@@<===<@@== NM:i:1 MD:Z:3C77 [all …]
/dports/science/tfel/tfel-3.4.0/include/TFEL/Math/Kriging/
H A D	KrigingDefaultModel2D.hxx	`35 typename NM> 36 struct KrigingDefaultModel<2u,T,NM> 37 : public NM 75 typename NM> 76 const typename KrigingDefaultModel<2u,T,NM>::Drifts 77 KrigingDefaultModel<2u,T,NM>::drifts[3u] = {KrigingDefaultModel<2u,T,NM>::one, 78 KrigingDefaultModel<2u,T,NM>::x, 79 KrigingDefaultModel<2u,T,NM>::y};`
/dports/science/tfel-edf/tfel-3.2.1/include/TFEL/Math/Kriging/
H A D	KrigingDefaultModel2D.hxx	`35 typename NM> 36 struct KrigingDefaultModel<2u,T,NM> 37 : public NM 75 typename NM> 76 const typename KrigingDefaultModel<2u,T,NM>::Drifts 77 KrigingDefaultModel<2u,T,NM>::drifts[3u] = {KrigingDefaultModel<2u,T,NM>::one, 78 KrigingDefaultModel<2u,T,NM>::x, 79 KrigingDefaultModel<2u,T,NM>::y};`
/dports/sysutils/bulk_extractor/bulk_extractor-2.0.0-beta2/src/rar/
H A D	options.hpp	`78 char TempPath[NM]; 80 char ExtrPath[NM]; 81 wchar ExtrPathW[NM]; 82 char CommentFile[NM]; 83 wchar CommentFileW[NM]; 86 char ArcPath[NM]; 87 wchar ArcPathW[NM]; 90 char LogName[NM]; 143 char EmailTo[NM]; 152 char CompressStdin[NM]; [all …]`
/dports/deskutils/coolreader/coolreader-cr3.2.55/thirdparty_unman/unrar/
H A D	options.hpp	`77 char TempPath[NM]; 79 char ExtrPath[NM]; 80 wchar ExtrPathW[NM]; 81 char CommentFile[NM]; 82 wchar CommentFileW[NM]; 85 char ArcPath[NM]; 86 wchar ArcPathW[NM]; 89 char LogName[NM]; 142 char EmailTo[NM]; 151 char CompressStdin[NM]; [all …]`

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