1Supplemental results for CODEML (seqf: algn treef: tree) 2 3 4TREE # 1 5 6Ancestral reconstruction by CODONML. 7 8((Hylobates_lar: 0.013782, (Gorilla_gorilla: 0.157436, Pan_troglodytes: 0.084266): 0.193136): 0.364226, Papio_cynocephalus: 0.073477); 9 10((2, (1, 3)), 4); 11 12 5..6 6..2 6..7 7..1 7..3 5..4 13 14tree with node labels for Rod Page's TreeView 15((2_Hylobates_lar, (1_Gorilla_gorilla, 3_Pan_troglodytes) 7 ) 6 , 4_Papio_cynocephalus) 5 ; 16 17Nodes 5 to 7 are ancestral 18 19(1) Marginal reconstruction of ancestral sequences 20(eqn. 4 in Yang et al. 1995 Genetics 141:1641-1650). 21 22Prob distribs at nodes, those with p < 0.001 not listed 23 24Prob distribution at node 5, by site 25 26 site Freq Data 27 28 1 2 ATG (M) ATG (M) ATG (M) ATG (M) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(1.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 29 2 2 GCC (A) GCC (A) GCC (A) GCC (A) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(1.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 30 3 5 AGG (R) AGG (R) AGG (R) AGG (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(1.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 31 4 3 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(1.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 32 5 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(1.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 33 6 2 TGC (C) TGC (C) TGC (C) TGC (C) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(1.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 34 7 1 TGT (C) TGC (C) TGT (C) TGC (C) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(1.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 35 8 3 CGC (R) CGC (R) CGC (R) CGC (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(1.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 36 9 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(1.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 37 10 4 CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(1.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 38 11 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(1.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 39 12 1 CGC (R) CGG (R) CGG (R) CGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(1.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 40 13 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(1.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 41 14 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(1.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 42 15 1 TGT (C) TGT (C) TGT (C) TGC (C) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(1.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 43 16 2 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAT (Y) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(1.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 44 17 4 CGG (R) CGC (R) CGG (R) CGC (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(1.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 45 18 4 CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(1.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 46 19 2 AGC (S) AGC (S) AGA (R) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(1.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 47 20 4 CGG (R) CGG (R) CGG (R) CGG (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(1.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 48 21 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(1.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 49 22 2 AGG (R) AGA (R) AGG (R) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(1.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 50 23 2 TGT (C) TGT (C) TGT (C) TGT (C) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(1.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) 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TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(1.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 53 26 2 CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) CAG (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(1.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) 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GGG(0.000) 55 28 2 CAA (Q) CAA (Q) CAA (Q) CAG (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(1.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 56 29 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(1.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 57 30 1 CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) CAA (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(1.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) 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TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(1.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 60 33 1 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.169) AGC(0.830) AGA(0.001) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 61 34 1 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.008) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.001) AGA(0.608) AGG(0.383) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 62 35 1 TGC (C) TGT (C) TGT (C) TGC (C) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(1.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 63 36 2 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAT (Y) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(1.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 64 37 4 CGG (R) CGC (R) CGG (R) CGC (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(1.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 65 38 4 CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(1.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 66 39 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(1.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 67 40 1 CAA (Q) CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(1.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 68 41 2 AGC (S) AGC (S) AGA (R) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(1.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 69 42 4 CGG (R) CGG (R) CGG (R) CGG (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(1.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 70 43 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(1.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 71 44 2 AGG (R) AGA (R) AGG (R) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(1.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 72 45 2 TGT (C) TGT (C) TGT (C) TGT (C) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(1.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 73 46 3 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) 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ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 75 48 2 CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) CAG (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(1.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 76 49 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(1.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 77 50 2 CAA (Q) CAA (Q) CAA (Q) CAG (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(1.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 78 51 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(1.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) 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TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(1.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 81 54 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(1.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 82 55 1 CGT (R) CGA (R) CGA (R) CGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(1.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) 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CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.001) AGG(0.999) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 106 79 1 AGA (R) AGC (S) AGA (R) AGG (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.001) AGA(0.000) AGG(0.998) GTT(0.000) GTC(0.000) 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TAT(1.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 109 82 1 CAT (H) CAC (H) CAT (H) CAC (H) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(1.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 110 83 1 ATT (I) ATT (I) ATT (I) ATC (I) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(1.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 111 84 1 GTA (V) GTA (V) GTA (V) GTG (V) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(1.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 112 85 1 TCT (S) TCT (S) TCT (S) TCT (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(1.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 113 114Prob distribution at node 6, by site 115 116 site Freq Data 117 118 1 2 ATG (M) ATG (M) ATG (M) ATG (M) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(1.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 119 2 2 GCC (A) GCC (A) GCC (A) GCC (A) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(1.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 120 3 5 AGG (R) AGG (R) AGG (R) AGG (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(1.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 121 4 3 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(1.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 122 5 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(1.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) 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CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 125 8 3 CGC (R) CGC (R) CGC (R) CGC (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(1.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) 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TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(1.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 128 11 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) 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CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(1.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 160 43 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) 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TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.003) AGC(0.997) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 221 14 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.997) AGG(0.003) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 222 15 1 TGT (C) TGT (C) TGT (C) TGC (C) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(1.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 223 16 2 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAT (Y) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(1.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 224 17 4 CGG (R) CGC (R) CGG (R) CGC (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.001) CGC(0.013) CGA(0.008) CGG(0.978) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 225 18 4 CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(1.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 226 19 2 AGC (S) AGC (S) AGA (R) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.030) AGC(0.970) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 227 20 4 CGG (R) CGG (R) CGG (R) CGG (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.002) CGG(0.998) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 228 21 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) 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GGA(0.000) GGG(0.000) 230 23 2 TGT (C) TGT (C) TGT (C) TGT (C) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(1.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 231 24 1 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) AAC (N) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(1.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 232 25 4 CGG (R) CGC (R) CGG (R) CGC (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.001) CGC(0.013) CGA(0.008) CGG(0.978) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 233 26 2 CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) CAG (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.206) CAG(0.794) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 234 27 1 AGA (R) AGG (R) AGG (R) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.092) AGG(0.908) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 235 28 2 CAA (Q) CAA (Q) CAA (Q) CAG (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(1.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 236 29 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.003) AGC(0.997) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 237 30 1 CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) CAA (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.206) CAG(0.794) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 238 31 1 AGC (S) AGT (S) AGT (S) AGC (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.947) AGC(0.053) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 239 32 4 CGG (R) CGG (R) CGG (R) CGG (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.002) CGG(0.998) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) 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TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.997) AGG(0.003) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 242 35 1 TGC (C) TGT (C) TGT (C) TGC (C) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.979) TGC(0.021) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) 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CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 253 46 3 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(1.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 254 47 4 CGG (R) CGC (R) CGG (R) CGC (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.001) CGC(0.013) CGA(0.008) CGG(0.978) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 255 48 2 CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) CAG (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.206) CAG(0.794) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 256 49 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.997) AGG(0.003) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 257 50 2 CAA (Q) CAA (Q) CAA (Q) CAG (Q) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(1.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 258 51 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.997) AGG(0.003) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 259 52 1 AGT (S) AGT (S) AGT (S) AGT (S) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.999) AGC(0.001) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 260 53 1 CGC (R) CGG (R) CGC (R) CGT (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.005) CGC(0.981) CGA(0.002) CGG(0.012) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.000) AGG(0.000) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 261 54 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.000) CGA(0.000) CGG(0.000) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.997) AGG(0.003) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 262 55 1 CGT (R) CGA (R) CGA (R) CGA (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) 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ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.004) AGG(0.996) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) GGA(0.000) GGG(0.000) 264 57 1 CGG (R) AGG (R) CGA (R) AGG (R) : TTT(0.000) TTC(0.000) TTA(0.000) TTG(0.000) TCT(0.000) TCC(0.000) TCA(0.000) TCG(0.000) TAT(0.000) TAC(0.000) TGT(0.000) TGC(0.000) TGG(0.000) CTT(0.000) CTC(0.000) CTA(0.000) CTG(0.000) CCT(0.000) CCC(0.000) CCA(0.000) CCG(0.000) CAT(0.000) CAC(0.000) CAA(0.000) CAG(0.000) CGT(0.000) CGC(0.001) CGA(0.417) CGG(0.570) ATT(0.000) ATC(0.000) ATA(0.000) ATG(0.000) ACT(0.000) ACC(0.000) ACA(0.000) ACG(0.000) AAT(0.000) AAC(0.000) AAA(0.000) AAG(0.000) AGT(0.000) AGC(0.000) AGA(0.005) AGG(0.007) GTT(0.000) GTC(0.000) GTA(0.000) GTG(0.000) GCT(0.000) GCC(0.000) GCA(0.000) GCG(0.000) GAT(0.000) GAC(0.000) GAA(0.000) GAG(0.000) GGT(0.000) GGC(0.000) 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GGA(0.000) GGG(0.000) 293 294Prob of best state at each node, listed by site 295 296 site Freq Data: 297 298 1 2 ATG (M) ATG (M) ATG (M) ATG (M) : ATG M 1.000 (M 1.000) ATG M 1.000 (M 1.000) ATG M 1.000 (M 1.000) 299 2 2 GCC (A) GCC (A) GCC (A) GCC (A) : GCC A 1.000 (A 1.000) GCC A 1.000 (A 1.000) GCC A 1.000 (A 1.000) 300 3 5 AGG (R) AGG (R) AGG (R) AGG (R) : AGG R 1.000 (R 1.000) AGG R 1.000 (R 1.000) AGG R 0.996 (R 1.000) 301 4 3 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) : TAC Y 1.000 (Y 1.000) TAC Y 1.000 (Y 1.000) TAC Y 1.000 (Y 1.000) 302 5 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 0.997 (R 1.000) 303 6 2 TGC (C) TGC (C) TGC (C) TGC (C) : TGC C 1.000 (C 1.000) TGC C 1.000 (C 1.000) TGC C 1.000 (C 1.000) 304 7 1 TGT (C) TGC (C) TGT (C) TGC (C) : TGC C 1.000 (C 1.000) TGC C 1.000 (C 1.000) TGT C 0.990 (C 1.000) 305 8 3 CGC (R) CGC (R) CGC (R) CGC (R) : CGC R 1.000 (R 1.000) CGC R 1.000 (R 1.000) CGC R 0.998 (R 1.000) 306 9 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 0.997 (S 1.000) 307 10 4 CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) : CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 1.000 (Q 1.000) 308 11 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 0.997 (S 1.000) 309 12 1 CGC (R) CGG (R) CGG (R) CGA (R) : CGA R 1.000 (R 1.000) CGG R 1.000 (R 1.000) CGG R 0.959 (R 1.000) 310 13 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 0.997 (S 1.000) 311 14 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 0.997 (R 1.000) 312 15 1 TGT (C) TGT (C) TGT (C) TGC (C) : TGC C 1.000 (C 1.000) TGT C 1.000 (C 1.000) TGT C 1.000 (C 1.000) 313 16 2 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAT (Y) : TAT Y 1.000 (Y 1.000) TAC Y 1.000 (Y 1.000) TAC Y 1.000 (Y 1.000) 314 17 4 CGG (R) CGC (R) CGG (R) CGC (R) : CGC R 1.000 (R 1.000) CGC R 1.000 (R 1.000) CGG R 0.978 (R 1.000) 315 18 4 CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) : CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 1.000 (Q 1.000) 316 19 2 AGC (S) AGC (S) AGA (R) AGC (S) : AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 0.970 (S 1.000) 317 20 4 CGG (R) CGG (R) CGG (R) CGG (R) : CGG R 1.000 (R 1.000) CGG R 1.000 (R 1.000) CGG R 0.998 (R 1.000) 318 21 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 0.997 (S 1.000) 319 22 2 AGG (R) AGA (R) AGG (R) AGA (R) : AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 1.000 (R 1.000) AGG R 0.952 (R 1.000) 320 23 2 TGT (C) TGT (C) TGT (C) TGT (C) : TGT C 1.000 (C 1.000) TGT C 1.000 (C 1.000) TGT C 1.000 (C 1.000) 321 24 1 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) AAC (N) : TAC Y 0.999 (Y 0.999) TAC Y 1.000 (Y 1.000) TAC Y 1.000 (Y 1.000) 322 25 4 CGG (R) CGC (R) CGG (R) CGC (R) : CGC R 1.000 (R 1.000) CGC R 1.000 (R 1.000) CGG R 0.978 (R 1.000) 323 26 2 CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) CAG (Q) : CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 0.794 (Q 1.000) 324 27 1 AGA (R) AGG (R) AGG (R) AGA (R) : AGA R 0.999 (R 1.000) AGG R 1.000 (R 1.000) AGG R 0.908 (R 1.000) 325 28 2 CAA (Q) CAA (Q) CAA (Q) CAG (Q) : CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAA Q 1.000 (Q 1.000) CAA Q 1.000 (Q 1.000) 326 29 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 0.997 (S 1.000) 327 30 1 CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) CAA (Q) : CAA Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 0.794 (Q 1.000) 328 31 1 AGC (S) AGT (S) AGT (S) AGC (S) : AGC S 0.999 (S 1.000) AGT S 1.000 (S 1.000) AGT S 0.947 (S 1.000) 329 32 4 CGG (R) CGG (R) CGG (R) CGG (R) : CGG R 1.000 (R 1.000) CGG R 1.000 (R 1.000) CGG R 0.998 (R 1.000) 330 33 1 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGA (R) : AGC S 0.830 (S 0.999) AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 0.997 (S 1.000) 331 34 1 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGC (S) : AGA R 0.608 (R 0.999) AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 0.997 (R 1.000) 332 35 1 TGC (C) TGT (C) TGT (C) TGC (C) : TGC C 1.000 (C 1.000) TGT C 1.000 (C 1.000) TGT C 0.979 (C 1.000) 333 36 2 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAT (Y) : TAT Y 1.000 (Y 1.000) TAC Y 1.000 (Y 1.000) TAC Y 1.000 (Y 1.000) 334 37 4 CGG (R) CGC (R) CGG (R) CGC (R) : CGC R 1.000 (R 1.000) CGC R 1.000 (R 1.000) CGG R 0.978 (R 1.000) 335 38 4 CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) : CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 1.000 (Q 1.000) 336 39 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 0.997 (S 1.000) 337 40 1 CAA (Q) CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) : CAA Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 0.973 (Q 1.000) 338 41 2 AGC (S) AGC (S) AGA (R) AGC (S) : AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 0.970 (S 1.000) 339 42 4 CGG (R) CGG (R) CGG (R) CGG (R) : CGG R 1.000 (R 1.000) CGG R 1.000 (R 1.000) CGG R 0.998 (R 1.000) 340 43 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 0.997 (S 1.000) 341 44 2 AGG (R) AGA (R) AGG (R) AGA (R) : AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 1.000 (R 1.000) AGG R 0.952 (R 1.000) 342 45 2 TGT (C) TGT (C) TGT (C) TGT (C) : TGT C 1.000 (C 1.000) TGT C 1.000 (C 1.000) TGT C 1.000 (C 1.000) 343 46 3 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) : TAC Y 1.000 (Y 1.000) TAC Y 1.000 (Y 1.000) TAC Y 1.000 (Y 1.000) 344 47 4 CGG (R) CGC (R) CGG (R) CGC (R) : CGC R 1.000 (R 1.000) CGC R 1.000 (R 1.000) CGG R 0.978 (R 1.000) 345 48 2 CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) CAG (Q) : CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 0.794 (Q 1.000) 346 49 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 0.997 (R 1.000) 347 50 2 CAA (Q) CAA (Q) CAA (Q) CAG (Q) : CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAA Q 1.000 (Q 1.000) CAA Q 1.000 (Q 1.000) 348 51 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 0.997 (R 1.000) 349 52 1 AGT (S) AGT (S) AGT (S) AGT (S) : AGT S 1.000 (S 1.000) AGT S 1.000 (S 1.000) AGT S 0.999 (S 1.000) 350 53 1 CGC (R) CGG (R) CGC (R) CGT (R) : CGT R 1.000 (R 1.000) CGG R 1.000 (R 1.000) CGC R 0.981 (R 1.000) 351 54 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 0.997 (R 1.000) 352 55 1 CGT (R) CGA (R) CGA (R) CGA (R) : CGA R 1.000 (R 1.000) CGA R 1.000 (R 1.000) CGA R 0.966 (R 1.000) 353 56 5 AGG (R) AGG (R) AGG (R) AGG (R) : AGG R 1.000 (R 1.000) AGG R 1.000 (R 1.000) AGG R 0.996 (R 1.000) 354 57 1 CGG (R) AGG (R) CGA (R) AGG (R) : AGG R 1.000 (R 1.000) AGG R 1.000 (R 1.000) CGG R 0.570 (R 1.000) 355 58 1 AGG (R) CGG (R) CGG (R) CGA (R) : CGA R 1.000 (R 1.000) CGG R 1.000 (R 1.000) CGG R 0.972 (R 1.000) 356 59 1 AGC (S) AGC (S) AGC (S) CGC (R) : AGC S 0.999 (S 0.999) AGC S 1.000 (S 1.000) AGC S 0.997 (S 1.000) 357 60 2 TGC (C) TGC (C) TGC (C) TGC (C) : TGC C 1.000 (C 1.000) TGC C 1.000 (C 1.000) TGC C 1.000 (C 1.000) 358 61 4 CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) : CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 1.000 (Q 1.000) CAG Q 1.000 (Q 1.000) 359 62 1 ACA (T) ACA (T) ACA (T) ACA (T) : ACA T 1.000 (T 1.000) ACA T 1.000 (T 1.000) ACA T 1.000 (T 1.000) 360 63 4 CGG (R) CGG (R) CGG (R) CGG (R) : CGG R 1.000 (R 1.000) CGG R 1.000 (R 1.000) CGG R 0.998 (R 1.000) 361 64 5 AGG (R) AGG (R) AGG (R) AGG (R) : AGG R 1.000 (R 1.000) AGG R 1.000 (R 1.000) AGG R 0.996 (R 1.000) 362 65 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 0.997 (R 1.000) 363 66 2 GCC (A) GCC (A) GCC (A) GCC (A) : GCC A 1.000 (A 1.000) GCC A 1.000 (A 1.000) GCC A 1.000 (A 1.000) 364 67 2 ATG (M) ATG (M) ATG (M) ATG (M) : ATG M 1.000 (M 1.000) ATG M 1.000 (M 1.000) ATG M 1.000 (M 1.000) 365 68 5 AGG (R) AGG (R) AGG (R) AGG (R) : AGG R 1.000 (R 1.000) AGG R 1.000 (R 1.000) AGG R 0.996 (R 1.000) 366 69 1 TGC (C) TGT (C) TGC (C) TGC (C) : TGC C 1.000 (C 1.000) TGT C 1.000 (C 1.000) TGC C 0.975 (C 1.000) 367 70 3 CGC (R) CGC (R) CGC (R) CGC (R) : CGC R 1.000 (R 1.000) CGC R 1.000 (R 1.000) CGC R 0.998 (R 1.000) 368 71 3 CGC (R) CGC (R) CGC (R) CGC (R) : CGC R 1.000 (R 1.000) CGC R 1.000 (R 1.000) CGC R 0.998 (R 1.000) 369 72 5 AGG (R) AGG (R) AGG (R) AGG (R) : AGG R 1.000 (R 1.000) AGG R 1.000 (R 1.000) AGG R 0.996 (R 1.000) 370 73 3 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) : TAC Y 1.000 (Y 1.000) TAC Y 1.000 (Y 1.000) TAC Y 1.000 (Y 1.000) 371 74 1 AGA (R) AGG (R) AGA (R) AGG (R) : AGG R 1.000 (R 1.000) AGG R 1.000 (R 1.000) AGA R 0.962 (R 1.000) 372 75 1 CTG (L) CTG (L) CTG (L) CTG (L) : CTG L 1.000 (L 1.000) CTG L 1.000 (L 1.000) CTG L 1.000 (L 1.000) 373 76 1 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGG (R) : AGG R 0.999 (R 1.000) AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 0.997 (R 1.000) 374 77 1 CGT (R) CGT (R) CGT (R) CGT (R) : CGT R 1.000 (R 1.000) CGT R 1.000 (R 1.000) CGT R 0.999 (R 1.000) 375 78 1 AGA (R) AGA (R) AAA (K) AGG (R) : AGG R 0.999 (R 1.000) AGA R 1.000 (R 1.000) AGA R 0.998 (R 1.000) 376 79 1 AGA (R) AGC (S) AGA (R) AGG (R) : AGG R 0.998 (R 0.999) AGA R 0.603 (R 0.999) AGA R 0.982 (R 0.999) 377 80 1 CCC (P) TGT (C) TGT (C) CCC (P) : TGC C 0.874 (C 0.874) TGT C 0.875 (C 0.875) TGT C 0.841 (C 0.875) 378 81 1 TAT (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAT (Y) : TAT Y 1.000 (Y 1.000) TAC Y 1.000 (Y 1.000) TAC Y 0.983 (Y 1.000) 379 82 1 CAT (H) CAC (H) CAT (H) CAC (H) : CAC H 1.000 (H 1.000) CAC H 1.000 (H 1.000) CAT H 0.994 (H 1.000) 380 83 1 ATT (I) ATT (I) ATT (I) ATC (I) : ATC I 1.000 (I 1.000) ATT I 1.000 (I 1.000) ATT I 1.000 (I 1.000) 381 84 1 GTA (V) GTA (V) GTA (V) GTG (V) : GTG V 1.000 (V 1.000) GTA V 1.000 (V 1.000) GTA V 1.000 (V 1.000) 382 85 1 TCT (S) TCT (S) TCT (S) TCT (S) : TCT S 1.000 (S 1.000) TCT S 1.000 (S 1.000) TCT S 1.000 (S 1.000) 383 384Summary of changes along branches. 385Check root of tree for directions of change. 386 387Branch 1: 5..6 (n= 0.0 s=21.0) 388 389 12 CGA (R) 1.000 -> CGG (R) 1.000 390 15 TGC (C) 1.000 -> TGT (C) 1.000 391 16 TAT (Y) 1.000 -> TAC (Y) 1.000 392 27 AGA (R) 1.000 -> AGG (R) 1.000 393 28 CAG (Q) 1.000 -> CAA (Q) 1.000 394 30 CAA (Q) 1.000 -> CAG (Q) 1.000 395 31 AGC (S) 1.000 -> AGT (S) 1.000 396 35 TGC (C) 1.000 -> TGT (C) 1.000 397 36 TAT (Y) 1.000 -> TAC (Y) 1.000 398 40 CAA (Q) 1.000 -> CAG (Q) 1.000 399 50 CAG (Q) 1.000 -> CAA (Q) 1.000 400 53 CGT (R) 1.000 -> CGG (R) 1.000 401 58 CGA (R) 1.000 -> CGG (R) 1.000 402 69 TGC (C) 1.000 -> TGT (C) 1.000 403 76 AGG (R) 1.000 -> AGA (R) 1.000 404 78 AGG (R) 1.000 -> AGA (R) 1.000 405 79 AGG (R) 0.999 -> AGA (R) 0.999 406 80 TGC (C) 0.874 -> TGT (C) 0.875 407 81 TAT (Y) 1.000 -> TAC (Y) 1.000 408 83 ATC (I) 1.000 -> ATT (I) 1.000 409 84 GTG (V) 1.000 -> GTA (V) 1.000 410 411 412Branch 2: 6..2 (Hylobates_lar) (n= 1.0 s= 0.0) 413 414 79 AGA (R) 0.999 -> AGC (S) 415 416 417Branch 3: 6..7 (n= 0.0 s=12.0) 418 419 7 TGC (C) 1.000 -> TGT (C) 1.000 420 17 CGC (R) 1.000 -> CGG (R) 1.000 421 22 AGA (R) 1.000 -> AGG (R) 1.000 422 25 CGC (R) 1.000 -> CGG (R) 1.000 423 37 CGC (R) 1.000 -> CGG (R) 1.000 424 44 AGA (R) 1.000 -> AGG (R) 1.000 425 47 CGC (R) 1.000 -> CGG (R) 1.000 426 53 CGG (R) 1.000 -> CGC (R) 1.000 427 57 AGG (R) 1.000 -> CGG (R) 1.000 428 69 TGT (C) 1.000 -> TGC (C) 1.000 429 74 AGG (R) 1.000 -> AGA (R) 1.000 430 82 CAC (H) 1.000 -> CAT (H) 1.000 431 432 433Branch 4: 7..1 (Gorilla_gorilla) (n= 2.0 s= 9.0) 434 435 12 CGG (R) 1.000 -> CGC (R) 436 27 AGG (R) 1.000 -> AGA (R) 437 31 AGT (S) 1.000 -> AGC (S) 438 35 TGT (C) 1.000 -> TGC (C) 439 40 CAG (Q) 1.000 -> CAA (Q) 440 55 CGA (R) 1.000 -> CGT (R) 441 58 CGG (R) 1.000 -> AGG (R) 442 80 TGT (C) 0.875 -> CCC (P) 443 81 TAC (Y) 1.000 -> TAT (Y) 444 445 446Branch 5: 7..3 (Pan_troglodytes) (n= 3.0 s= 4.0) 447 448 19 AGC (S) 1.000 -> AGA (R) 449 26 CAG (Q) 1.000 -> CAA (Q) 450 30 CAG (Q) 1.000 -> CAA (Q) 451 41 AGC (S) 1.000 -> AGA (R) 452 48 CAG (Q) 1.000 -> CAA (Q) 453 57 CGG (R) 1.000 -> CGA (R) 454 78 AGA (R) 1.000 -> AAA (K) 455 456 457Branch 6: 5..4 (Papio_cynocephalus) (n= 6.0 s= 0.0) 458 459 24 TAC (Y) 0.999 -> AAC (N) 460 33 AGC (S) 0.999 -> AGA (R) 461 34 AGA (R) 0.999 -> AGC (S) 462 59 AGC (S) 0.999 -> CGC (R) 463 80 TGC (C) 0.874 -> CCC (P) 464 465 466 467 468List of extant and reconstructed sequences 469 470 7 255 471 472Gorilla_gorilla ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGT CGC AGC CAG AGC CGC AGC AGA TGT TAC CGG CAG AGC CGG AGC AGG TGT TAC CGG CAG AGA CAA AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGC TAC CGG CAG AGC CAA AGC CGG AGC AGG TGT TAC CGG CAG AGA CAA AGA AGT CGC AGA CGT AGG CGG AGG AGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGC CGC CGC AGG TAC AGA CTG AGA CGT AGA AGA CCC TAT CAT ATT GTA TCT 473Hylobates_lar ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGC CGC AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGG CAA AGC CAG AGT CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGA CAA AGA AGT CGG AGA CGA AGG AGG CGG AGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGT CGC CGC AGG TAC AGG CTG AGA CGT AGA AGC TGT TAC CAC ATT GTA TCT 474Pan_troglodytes ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGT CGC AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGG CAG AGA CGG AGC AGG TGT TAC CGG CAA AGG CAA AGC CAA AGT CGG AGC AGA TGT TAC CGG CAG AGC CAG AGA CGG AGC AGG TGT TAC CGG CAA AGA CAA AGA AGT CGC AGA CGA AGG CGA CGG AGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGC CGC CGC AGG TAC AGA CTG AGA CGT AAA AGA TGT TAC CAT ATT GTA TCT 475Papio_cynocephalus ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGC CGC AGC CAG AGC CGA AGC AGA TGC TAT CGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT AAC CGC CAG AGA CAG AGC CAA AGC CGG AGA AGC TGC TAT CGC CAG AGC CAA AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGA CAG AGA AGT CGT AGA CGA AGG AGG CGA CGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGC CGC CGC AGG TAC AGG CTG AGG CGT AGG AGG CCC TAT CAC ATC GTG TCT 476node #5 ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGC CGC AGC CAG AGC CGA AGC AGA TGC TAT CGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGA CAG AGC CAA AGC CGG AGC AGA TGC TAT CGC CAG AGC CAA AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGA CAG AGA AGT CGT AGA CGA AGG AGG CGA AGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGC CGC CGC AGG TAC AGG CTG AGG CGT AGG AGG TGC TAT CAC ATC GTG TCT 477node #6 ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGC CGC AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGG CAA AGC CAG AGT CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGA CAA AGA AGT CGG AGA CGA AGG AGG CGG AGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGT CGC CGC AGG TAC AGG CTG AGA CGT AGA AGA TGT TAC CAC ATT GTA TCT 478node #7 ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGT CGC AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGG CAG AGC CGG AGC AGG TGT TAC CGG CAG AGG CAA AGC CAG AGT CGG AGC AGA TGT TAC CGG CAG AGC CAG AGC CGG AGC AGG TGT TAC CGG CAG AGA CAA AGA AGT CGC AGA CGA AGG CGG CGG AGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGC CGC CGC AGG TAC AGA CTG AGA CGT AGA AGA TGT TAC CAT ATT GTA TCT 479 480 481Overall accuracy of the 3 ancestral sequences: 482 0.99172 0.99384 0.97688 483for a site. 484 485 0.43428 0.52657 0.11086 486for the sequence. 487 488 489Amino acid sequences inferred by codonml. 490 491Node #5 MARYRCCRSQ SRSRCYRQSR SRCYRQRQSQ SRSRCYRQSQ SRSRCYRQRQ RSRRRRRRSC QTRRRAMRCR RRYRLRRRRC YHIVS 492Node #6 MARYRCCRSQ SRSRCYRQSR SRCYRQRQSQ SRSRCYRQSQ SRSRCYRQRQ RSRRRRRRSC QTRRRAMRCR RRYRLRRRRC YHIVS 493Node #7 MARYRCCRSQ SRSRCYRQSR SRCYRQRQSQ SRSRCYRQSQ SRSRCYRQRQ RSRRRRRRSC QTRRRAMRCR RRYRLRRRRC YHIVS 494 495 496Counts of changes at sites, listed by site 497 498 1 (S N: 0.000 3.000 Sd Nd: 0.0 0.0) 499 2 (S N: 1.000 2.000 Sd Nd: 0.0 0.0) 500 3 (S N: 0.667 2.333 Sd Nd: 0.0 0.0) 501 4 (S N: 0.429 2.571 Sd Nd: 0.0 0.0) 502 5 (S N: 0.750 2.250 Sd Nd: 0.0 0.0) 503 6 (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 0.0 0.0) 504 7 TGC.TGT (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 1.0 0.0) 505 8 (S N: 1.000 2.000 Sd Nd: 0.0 0.0) 506 9 (S N: 0.333 2.667 Sd Nd: 0.0 0.0) 507 10 (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 0.0 0.0) 508 11 (S N: 0.333 2.667 Sd Nd: 0.0 0.0) 509 12 CGG.CGC CGA.CGG (S N: 1.347 1.653 Sd Nd: 2.0 0.0) 510 13 (S N: 0.333 2.667 Sd Nd: 0.0 0.0) 511 14 (S N: 0.750 2.250 Sd Nd: 0.0 0.0) 512 15 TGC.TGT (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 1.0 0.0) 513 16 TAT.TAC (S N: 0.429 2.571 Sd Nd: 1.0 0.0) 514 17 CGC.CGG (S N: 1.127 1.873 Sd Nd: 1.0 0.0) 515 18 (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 0.0 0.0) 516 19 AGC.AGA (S N: 0.351 2.649 Sd Nd: 0.0 1.0) 517 20 (S N: 1.333 1.667 Sd Nd: 0.0 0.0) 518 21 (S N: 0.333 2.667 Sd Nd: 0.0 0.0) 519 22 AGA.AGG (S N: 0.716 2.284 Sd Nd: 1.0 0.0) 520 23 (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 0.0 0.0) 521 24 TAC.AAC (S N: 0.424 2.576 Sd Nd: 0.0 1.0) 522 25 CGC.CGG (S N: 1.127 1.873 Sd Nd: 1.0 0.0) 523 26 CAG.CAA (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 1.0 0.0) 524 27 AGG.AGA AGA.AGG (S N: 0.696 2.304 Sd Nd: 2.0 0.0) 525 28 CAG.CAA (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 1.0 0.0) 526 29 (S N: 0.333 2.667 Sd Nd: 0.0 0.0) 527 30 CAG.CAA CAA.CAG (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 2.0 0.0) 528 31 AGT.AGC AGC.AGT (S N: 0.333 2.667 Sd Nd: 2.0 0.0) 529 32 (S N: 1.333 1.667 Sd Nd: 0.0 0.0) 530 33 AGC.AGA (S N: 0.349 2.651 Sd Nd: 0.0 1.0) 531 34 AGA.AGC (S N: 0.731 2.269 Sd Nd: 0.0 1.0) 532 35 TGT.TGC TGC.TGT (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 2.0 0.0) 533 36 TAT.TAC (S N: 0.429 2.571 Sd Nd: 1.0 0.0) 534 37 CGC.CGG (S N: 1.127 1.873 Sd Nd: 1.0 0.0) 535 38 (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 0.0 0.0) 536 39 (S N: 0.333 2.667 Sd Nd: 0.0 0.0) 537 40 CAG.CAA CAA.CAG (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 2.0 0.0) 538 41 AGC.AGA (S N: 0.351 2.649 Sd Nd: 0.0 1.0) 539 42 (S N: 1.333 1.667 Sd Nd: 0.0 0.0) 540 43 (S N: 0.333 2.667 Sd Nd: 0.0 0.0) 541 44 AGA.AGG (S N: 0.716 2.284 Sd Nd: 1.0 0.0) 542 45 (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 0.0 0.0) 543 46 (S N: 0.429 2.571 Sd Nd: 0.0 0.0) 544 47 CGC.CGG (S N: 1.127 1.873 Sd Nd: 1.0 0.0) 545 48 CAG.CAA (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 1.0 0.0) 546 49 (S N: 0.750 2.250 Sd Nd: 0.0 0.0) 547 50 CAG.CAA (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 1.0 0.0) 548 51 (S N: 0.750 2.250 Sd Nd: 0.0 0.0) 549 52 (S N: 0.333 2.667 Sd Nd: 0.0 0.0) 550 53 CGT.CGG CGG.CGC (S N: 1.110 1.890 Sd Nd: 2.0 0.0) 551 54 (S N: 0.750 2.250 Sd Nd: 0.0 0.0) 552 55 CGA.CGT (S N: 1.451 1.549 Sd Nd: 1.0 0.0) 553 56 (S N: 0.667 2.333 Sd Nd: 0.0 0.0) 554 57 CGG.CGA AGG.CGG (S N: 0.926 2.074 Sd Nd: 2.0 0.0) 555 58 CGG.AGG CGA.CGG (S N: 1.316 1.684 Sd Nd: 2.0 0.0) 556 59 AGC.CGC (S N: 0.361 2.639 Sd Nd: 0.0 1.0) 557 60 (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 0.0 0.0) 558 61 (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 0.0 0.0) 559 62 (S N: 1.000 2.000 Sd Nd: 0.0 0.0) 560 63 (S N: 1.333 1.667 Sd Nd: 0.0 0.0) 561 64 (S N: 0.667 2.333 Sd Nd: 0.0 0.0) 562 65 (S N: 0.750 2.250 Sd Nd: 0.0 0.0) 563 66 (S N: 1.000 2.000 Sd Nd: 0.0 0.0) 564 67 (S N: 0.000 3.000 Sd Nd: 0.0 0.0) 565 68 (S N: 0.667 2.333 Sd Nd: 0.0 0.0) 566 69 TGC.TGT TGT.TGC (S N: 0.375 2.625 Sd Nd: 2.0 0.0) 567 70 (S N: 1.000 2.000 Sd Nd: 0.0 0.0) 568 71 (S N: 1.000 2.000 Sd Nd: 0.0 0.0) 569 72 (S N: 0.667 2.333 Sd Nd: 0.0 0.0) 570 73 (S N: 0.429 2.571 Sd Nd: 0.0 0.0) 571 74 AGG.AGA (S N: 0.696 2.304 Sd Nd: 1.0 0.0) 572 75 (S N: 1.333 1.667 Sd Nd: 0.0 0.0) 573 76 AGG.AGA (S N: 0.724 2.276 Sd Nd: 1.0 0.0) 574 77 (S N: 1.000 2.000 Sd Nd: 0.0 0.0) 575 78 AGA.AAA AGG.AGA (S N: 0.707 2.293 Sd Nd: 1.0 1.0) 576 79 AGA.AGC AGG.AGA (S N: 0.720 2.280 Sd Nd: 1.0 1.0) 577 80 TGT.CCC TGC.CCC TGC.TGT (S N: 0.465 2.535 Sd Nd: 2.0 4.0) 578 81 TAC.TAT TAT.TAC (S N: 0.429 2.571 Sd Nd: 2.0 0.0) 579 82 CAC.CAT (S N: 0.333 2.667 Sd Nd: 1.0 0.0) 580 83 ATC.ATT (S N: 0.667 2.333 Sd Nd: 1.0 0.0) 581 84 GTG.GTA (S N: 1.000 2.000 Sd Nd: 1.0 0.0) 582 85 (S N: 1.000 2.000 Sd Nd: 0.0 0.0) 583 584 585(2) Joint reconstruction of ancestral sequences 586(eqn. 2 in Yang et al. 1995 Genetics 141:1641-1650), using the algorithm of Pupko et al. (2000 Mol Biol Evol 17:890-896), 587modified to generate sub-optimal reconstructions. 588 589Reconstruction (prob.), listed by pattern (use the observed data to find the right site). 590 591Pattern Freq Data: 592 593 1 1 ACA (T) ACA (T) ACA (T) ACA (T) : ACA ACA ACA (1.000) ACA ACA ACG (0.000) ACG ACA ACA (0.000) ACA ACA ACC (0.000) ACC ACA ACA (0.000) ATA ACA ACA (0.000) (total 1.000) 594 2 1 AGA (R) AGA (R) AAA (K) AGG (R) : AGG AGA AGA (0.997) AGG AGA AGG (0.002) AGA AGA AGA (0.001) AAG AAA AAA (0.000) CGG AGA AGA (0.000) AGG AGA CGA (0.000) (total 1.000) 595 3 6 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGA (R) : AGA AGA AGA (0.997) AGA AGA AGG (0.003) AGG AGA AGA (0.000) AGA AGA CGA (0.000) CGA AGA AGA (0.000) AGA AGG AGA (0.000) (total 1.000) 596 4 1 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGC (S) : AGA AGA AGA (0.606) AGG AGA AGA (0.382) CGC AGA AGA (0.008) AGA AGA AGG (0.002) AGG AGA AGG (0.001) AGC AGA AGA (0.001) (total 1.000) 597 5 1 AGA (R) AGA (R) AGA (R) AGG (R) : AGG AGA AGA (0.996) AGG AGA AGG (0.003) AGA AGA AGA (0.001) CGG AGA AGA (0.000) AGG AGA CGA (0.000) AGG AGG AGA (0.000) (total 1.000) 598 6 1 AGA (R) AGC (S) AGA (R) AGG (R) : AGG AGA AGA (0.600) AGG AGG AGA (0.381) AGG AGG AGG (0.015) AGG AGA AGG (0.002) AGC AGC AGC (0.001) AGA AGA AGA (0.000) (total 0.999) 599 7 1 AGA (R) AGG (R) AGA (R) AGG (R) : AGG AGG AGA (0.962) AGG AGG AGG (0.038) AGA AGG AGA (0.000) CGG AGG AGA (0.000) AGG AGA AGA (0.000) AGG AGG CGA (0.000) (total 1.000) 600 8 1 AGA (R) AGG (R) AGG (R) AGA (R) : AGA AGG AGG (0.907) AGA AGG AGA (0.092) AGG AGG AGG (0.001) AGG AGG AGA (0.000) AGA AGG CGG (0.000) AGA AGA AGA (0.000) (total 1.000) 601 9 2 AGC (S) AGC (S) AGA (R) AGC (S) : AGC AGC AGC (0.970) AGC AGC AGT (0.030) AGT AGC AGC (0.000) AGA AGA AGA (0.000) AGG AGA AGA (0.000) AGG AGG AGA (0.000) (total 1.000) 602 10 1 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGA (R) : AGC AGC AGC (0.828) AGT AGC AGC (0.169) AGC AGC AGT (0.002) AGA AGC AGC (0.001) AGT AGC AGT (0.000) AGA AGA AGA (0.000) (total 1.000) 603 11 7 AGC (S) AGC (S) AGC (S) AGC (S) : AGC AGC AGC (0.997) AGC AGC AGT (0.003) AGT AGC AGC (0.000) AGC AGT AGC (0.000) AAC AGC AGC (0.000) AAC AAC AAC (0.000) (total 1.000) 604 12 1 AGC (S) AGC (S) AGC (S) CGC (R) : AGC AGC AGC (0.997) AGC AGC AGT (0.003) CGC AGC AGC (0.001) AGT AGC AGC (0.000) TGC AGC AGC (0.000) CGC CGC CGC (0.000) (total 1.000) 605 13 1 AGC (S) AGT (S) AGT (S) AGC (S) : AGC AGT AGT (0.946) AGC AGT AGC (0.053) AGT AGT AGT (0.001) AGT AGT AGC (0.000) AGC AGC AGC (0.000) AGC AGC AGT (0.000) (total 1.000) 606 14 2 AGG (R) AGA (R) AGG (R) AGA (R) : AGA AGA AGG (0.952) AGA AGA AGA (0.048) AGG AGA AGG (0.000) AGA AGA CGG (0.000) AGA AGG AGG (0.000) AGG AGA AGA (0.000) (total 1.000) 607 15 5 AGG (R) AGG (R) AGG (R) AGG (R) : AGG AGG AGG (0.996) AGG AGG AGA (0.004) AGA AGG AGG (0.000) AGG AGG CGG (0.000) CGG AGG AGG (0.000) CGC AGG AGG (0.000) (total 1.000) 608 16 1 AGG (R) CGG (R) CGG (R) CGA (R) : CGA CGG CGG (0.972) CGA CGG AGG (0.026) CGA CGG CGA (0.002) CGG CGG CGG (0.000) CGA CGG AGA (0.000) CGC CGG CGG (0.000) (total 1.000) 609 17 1 AGT (S) AGT (S) AGT (S) AGT (S) : AGT AGT AGT (0.998) AGT AGT AGC (0.001) AGC AGT AGT (0.000) AGT AGC AGT (0.000) AAT AGT AGT (0.000) AGG AGT AGT (0.000) (total 1.000) 610 18 2 ATG (M) ATG (M) ATG (M) ATG (M) : ATG ATG ATG (1.000) ACG ATG ATG (0.000) AGG ATG ATG (0.000) ATA ATG ATG (0.000) AAG ATG ATG (0.000) ATC ATG ATG (0.000) (total 1.000) 611 19 1 ATT (I) ATT (I) ATT (I) ATC (I) : ATC ATT ATT (1.000) ATT ATT ATT (0.000) ATA ATT ATT (0.000) ATC ATT ATC (0.000) ATC ATC ATT (0.000) AGC ATT ATT (0.000) (total 1.000) 612 20 2 CAA (Q) CAA (Q) CAA (Q) CAG (Q) : CAG CAA CAA (1.000) CAA CAA CAA (0.000) CAG CAA CAG (0.000) CAG CAG CAA (0.000) CGG CAA CAA (0.000) CAC CAA CAA (0.000) (total 1.000) 613 21 1 CAA (Q) CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) : CAA CAG CAG (0.973) CAA CAG CAA (0.027) CAG CAG CAG (0.000) CAA CAA CAA (0.000) CAG CAG CAA (0.000) CAA CAA CAG (0.000) (total 1.000) 614 22 1 CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) CAA (Q) : CAA CAG CAG (0.794) CAA CAG CAA (0.206) CAG CAG CAG (0.000) CAA CAA CAA (0.000) CAG CAG CAA (0.000) CAA CAA CAG (0.000) (total 1.000) 615 23 2 CAG (Q) CAG (Q) CAA (Q) CAG (Q) : CAG CAG CAG (0.794) CAG CAG CAA (0.206) CAA CAG CAG (0.000) CAG CAA CAA (0.000) CAA CAG CAA (0.000) CGG CAG CAG (0.000) (total 1.000) 616 24 4 CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) CAG (Q) : CAG CAG CAG (1.000) CAG CAG CAA (0.000) CAA CAG CAG (0.000) CGG CAG CAG (0.000) CAG CAA CAG (0.000) CAC CAG CAG (0.000) (total 1.000) 617 25 1 CAT (H) CAC (H) CAT (H) CAC (H) : CAC CAC CAT (0.994) CAC CAC CAC (0.006) CAC CAT CAT (0.000) CAT CAC CAT (0.000) CGC CAC CAT (0.000) TAC CAC CAT (0.000) (total 1.000) 618 26 1 CCC (P) TGT (C) TGT (C) CCC (P) : TGC TGT TGT (0.840) CGC CGT CGT (0.112) TGC TGT TGC (0.034) CGC CGT CGC (0.012) CGC TGT TGT (0.001) CCC CCT CCT (0.001) (total 1.000) 619 27 3 CGC (R) CGC (R) CGC (R) CGC (R) : CGC CGC CGC (0.998) CGC CGC CGT (0.001) CGC CGC CGG (0.000) CGC CGC CGA (0.000) CGT CGC CGC (0.000) CGG CGC CGC (0.000) (total 1.000) 620 28 1 CGC (R) CGG (R) CGC (R) CGT (R) : CGT CGG CGC (0.981) CGT CGG CGG (0.012) CGT CGG CGT (0.005) CGT CGG CGA (0.002) CGG CGG CGC (0.000) AGG CGG CGC (0.000) (total 1.000) 621 29 1 CGC (R) CGG (R) CGG (R) CGA (R) : CGA CGG CGG (0.958) CGA CGG CGC (0.029) CGA CGG CGA (0.011) CGA CGG CGT (0.002) CGG CGG CGG (0.000) CGC CGG CGG (0.000) (total 1.000) 622 30 1 CGG (R) AGG (R) CGA (R) AGG (R) : AGG AGG CGG (0.570) AGG AGG CGA (0.417) AGG AGG AGG (0.007) AGG AGG AGA (0.005) AGA AGG CGG (0.000) AGA AGG CGA (0.000) (total 0.999) 623 31 4 CGG (R) CGC (R) CGG (R) CGC (R) : CGC CGC CGG (0.978) CGC CGC CGC (0.013) CGC CGC CGA (0.008) CGC CGC CGT (0.001) CGT CGC CGG (0.000) CGG CGC CGG (0.000) (total 1.000) 624 32 4 CGG (R) CGG (R) CGG (R) CGG (R) : CGG CGG CGG (0.998) CGG CGG CGA (0.002) CGG CGG CGC (0.000) CGG CGG AGG (0.000) AGG CGG CGG (0.000) CGA CGG CGG (0.000) (total 1.000) 625 33 1 CGT (R) CGA (R) CGA (R) CGA (R) : CGA CGA CGA (0.966) CGA CGA CGT (0.019) CGA CGA CGG (0.011) CGA CGA CGC (0.004) CGG CGA CGA (0.000) AGA CGA CGA (0.000) (total 1.000) 626 34 1 CGT (R) CGT (R) CGT (R) CGT (R) : CGT CGT CGT (0.999) CGT CGT CGC (0.001) CGT CGT CGG (0.000) CGC CGT CGT (0.000) CGT CGT CGA (0.000) CGG CGT CGT (0.000) (total 1.000) 627 35 1 CTG (L) CTG (L) CTG (L) CTG (L) : CTG CTG CTG (1.000) CTG CTG CTA (0.000) CTG CTG TTG (0.000) TTG CTG CTG (0.000) CTA CTG CTG (0.000) CTG CTG CTC (0.000) (total 1.000) 628 36 2 GCC (A) GCC (A) GCC (A) GCC (A) : GCC GCC GCC (1.000) ACC GCC GCC (0.000) GCT GCC GCC (0.000) GCC GCC GCT (0.000) GTC GCC GCC (0.000) GGC GCC GCC (0.000) (total 1.000) 629 37 1 GTA (V) GTA (V) GTA (V) GTG (V) : GTG GTA GTA (1.000) GTA GTA GTA (0.000) GTC GTA GTA (0.000) GTG GTG GTA (0.000) GTT GTA GTA (0.000) ATG GTA GTA (0.000) (total 1.000) 630 38 1 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) AAC (N) : TAC TAC TAC (0.999) AAC TAC TAC (0.001) CAC TAC TAC (0.000) TAC TAC TAT (0.000) GAC TAC TAC (0.000) TGC TAC TAC (0.000) (total 1.000) 631 39 3 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) : TAC TAC TAC (1.000) TAC TAC TAT (0.000) TAT TAC TAC (0.000) TGC TAC TAC (0.000) CAC TAC TAC (0.000) AAC TAC TAC (0.000) (total 1.000) 632 40 2 TAC (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAT (Y) : TAT TAC TAC (1.000) TAC TAC TAC (0.000) TAT TAC TAT (0.000) TAT TAT TAC (0.000) TGT TAC TAC (0.000) CAT TAC TAC (0.000) (total 1.000) 633 41 1 TAT (Y) TAC (Y) TAC (Y) TAT (Y) : TAT TAC TAC (0.982) TAT TAC TAT (0.017) TAC TAC TAC (0.000) TAT TAT TAT (0.000) TAC TAC TAT (0.000) TAT TAT TAC (0.000) (total 1.000) 634 42 1 TCT (S) TCT (S) TCT (S) TCT (S) : TCT TCT TCT (1.000) TCT TCT TCC (0.000) TCC TCT TCT (0.000) TCG TCT TCT (0.000) CCT TCT TCT (0.000) TCA TCT TCT (0.000) (total 1.000) 635 43 2 TGC (C) TGC (C) TGC (C) TGC (C) : TGC TGC TGC (1.000) TGC TGC TGT (0.000) TGT TGC TGC (0.000) CGC TGC TGC (0.000) TAC TGC TGC (0.000) AGC TGC TGC (0.000) (total 1.000) 636 44 1 TGC (C) TGT (C) TGC (C) TGC (C) : TGC TGT TGC (0.975) TGC TGT TGT (0.025) TGT TGT TGC (0.000) TGC TGC TGC (0.000) TGT TGT TGT (0.000) CGC TGT TGC (0.000) (total 1.000) 637 45 1 TGC (C) TGT (C) TGT (C) TGC (C) : TGC TGT TGT (0.979) TGC TGT TGC (0.021) TGT TGT TGT (0.000) TGT TGT TGC (0.000) TGC TGC TGC (0.000) TGC TGC TGT (0.000) (total 1.000) 638 46 1 TGT (C) TGC (C) TGT (C) TGC (C) : TGC TGC TGT (0.990) TGC TGC TGC (0.010) TGC TGT TGT (0.000) TGT TGC TGT (0.000) CGC TGC TGT (0.000) TAC TGC TGT (0.000) (total 1.000) 639 47 1 TGT (C) TGT (C) TGT (C) TGC (C) : TGC TGT TGT (1.000) TGT TGT TGT (0.000) TGC TGT TGC (0.000) TGC TGC TGT (0.000) CGC TGT TGT (0.000) TGG TGT TGT (0.000) (total 1.000) 640 48 2 TGT (C) TGT (C) TGT (C) TGT (C) : TGT TGT TGT (1.000) TGT TGT TGC (0.000) TGC TGT TGT (0.000) CGT TGT TGT (0.000) TGT TGC TGT (0.000) TAT TGT TGT (0.000) (total 1.000) 641 642 643 644List of extant and reconstructed sequences 645 646 7 255 647 648Gorilla_gorilla ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGT CGC AGC CAG AGC CGC AGC AGA TGT TAC CGG CAG AGC CGG AGC AGG TGT TAC CGG CAG AGA CAA AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGC TAC CGG CAG AGC CAA AGC CGG AGC AGG TGT TAC CGG CAG AGA CAA AGA AGT CGC AGA CGT AGG CGG AGG AGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGC CGC CGC AGG TAC AGA CTG AGA CGT AGA AGA CCC TAT CAT ATT GTA TCT 649Hylobates_lar ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGC CGC AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGG CAA AGC CAG AGT CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGA CAA AGA AGT CGG AGA CGA AGG AGG CGG AGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGT CGC CGC AGG TAC AGG CTG AGA CGT AGA AGC TGT TAC CAC ATT GTA TCT 650Pan_troglodytes ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGT CGC AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGG CAG AGA CGG AGC AGG TGT TAC CGG CAA AGG CAA AGC CAA AGT CGG AGC AGA TGT TAC CGG CAG AGC CAG AGA CGG AGC AGG TGT TAC CGG CAA AGA CAA AGA AGT CGC AGA CGA AGG CGA CGG AGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGC CGC CGC AGG TAC AGA CTG AGA CGT AAA AGA TGT TAC CAT ATT GTA TCT 651Papio_cynocephalus ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGC CGC AGC CAG AGC CGA AGC AGA TGC TAT CGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT AAC CGC CAG AGA CAG AGC CAA AGC CGG AGA AGC TGC TAT CGC CAG AGC CAA AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGA CAG AGA AGT CGT AGA CGA AGG AGG CGA CGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGC CGC CGC AGG TAC AGG CTG AGG CGT AGG AGG CCC TAT CAC ATC GTG TCT 652node #5 ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGC CGC AGC CAG AGC CGA AGC AGA TGC TAT CGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGA CAG AGC CAA AGC CGG AGC AGA TGC TAT CGC CAG AGC CAA AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGA CAG AGA AGT CGT AGA CGA AGG AGG CGA AGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGC CGC CGC AGG TAC AGG CTG AGG CGT AGG AGG TGC TAT CAC ATC GTG TCT 653node #6 ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGC CGC AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGG CAA AGC CAG AGT CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGC CAG AGA CAA AGA AGT CGG AGA CGA AGG AGG CGG AGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGT CGC CGC AGG TAC AGG CTG AGA CGT AGA AGA TGT TAC CAC ATT GTA TCT 654node #7 ATG GCC AGG TAC AGA TGC TGT CGC AGC CAG AGC CGG AGC AGA TGT TAC CGG CAG AGC CGG AGC AGG TGT TAC CGG CAG AGG CAA AGC CAG AGT CGG AGC AGA TGT TAC CGG CAG AGC CAG AGC CGG AGC AGG TGT TAC CGG CAG AGA CAA AGA AGT CGC AGA CGA AGG CGG CGG AGC TGC CAG ACA CGG AGG AGA GCC ATG AGG TGC CGC CGC AGG TAC AGA CTG AGA CGT AGA AGA TGT TAC CAT ATT GTA TCT 655 656 657