1##fileformat=VCFv4.1 2##source=mason_variator 3##reference=/home/takifugu/sabrina7/Development/seqan-git2/seqan/apps/bs_tools/tests/hg18_chr21_3000.fa 4##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="End position of the variant described in this record"> 5##INFO=<ID=SVLEN,Number=.,Type=Integer,Description="Difference in length between REF and ALT alleles"> 6##INFO=<ID=SVTYPE,Number=1,Type=String,Description="Type of structural variant"> 7##INFO=<ID=TARGETPOS,Number=1,Type=String,Description="Target position for duplications."> 8##ALT=<ID=INV,Description="Inversion"> 9##ALT=<ID=DUP,Description="Duplication"> 10##contig=<ID=21,length=29940> 11#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT simulated 1221 24 . A T . . . . 0|1 1321 271 . A G . . . . 1|0 1421 363 . G A . . . . 0|1 1521 643 . C T . . . . 0|1 1621 992 . C A . . . . 0|1 1721 1015 . TA T . . . . 1|0 1821 1031 . T G . . . . 1|0 1921 1151 . T A . . . . 0|1 2021 1378 . T A . . . . 0|1 2121 1510 . A G . . . . 1|0 2221 1539 . 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A C . . . . 1|0 9321 8349 . G T . . . . 1|0 9421 8437 . A G . . . . 1|0 9521 8641 . AG A . . . . 0|1 9621 8670 . TCA T . . . . 0|1 9721 8726 . A C . . . . 0|1 9821 8734 . A T . . . . 1|0 9921 8768 . T C . . . . 0|1 10021 8904 . C G . . . . 0|1 10121 8964 . T A . . . . 1|0 10221 9010 . A T . . . . 1|0 10321 9048 . T G . . . . 1|0 10421 9151 . C A . . . . 1|0 10521 9169 . T A . . . . 1|0 10621 9246 . C CT . . . . 0|1 10721 9352 . T TGT . . . . 0|1 10821 9426 . C T . . . . 1|0 10921 9448 . A G . . . . 1|0 11021 9449 . A C . . . . 1|0 11121 9456 . C CCA . . . . 0|1 11221 9522 . T G . . . . 0|1 11321 9548 . A C . . . . 1|0 11421 9612 . A T . . . . 0|1 11521 9793 . A T . . . . 1|0 11621 9814 . A G . . . . 0|1 11721 9829 . A ATA . . . . 1|0 11821 9835 . TC T . . . . 1|0 11921 9854 . A C . . . . 0|1 12021 9982 . A G . . . . 0|1 12121 10051 . A G . . . . 0|1 12221 10115 . AA A . . . . 0|1 12321 10133 . T A . . . . 1|0 12421 10139 . C A . . . . 0|1 12521 10181 . G C . . . . 1|0 12621 10192 . 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A C . . . . 0|1 16021 12370 . T C . . . . 0|1 16121 12418 . T A . . . . 1|0 16221 12476 . G T . . . . 0|1 16321 12535 . A T . . . . 1|0 16421 12550 . C G . . . . 0|1 16521 12630 . T A . . . . 1|0 16621 12648 . T C . . . . 0|1 16721 12691 . TGG T . . . . 1|0 16821 12706 . AT A . . . . 0|1 16921 13053 . A T . . . . 1|0 17021 13168 . T TG . . . . 1|0 17121 13169 . T G . . . . 0|1 17221 13188 . G C . . . . 1|0 17321 13240 . T A . . . . 1|0 17421 13242 . C CCG . . . . 0|1 17521 13281 . T A . . . . 0|1 17621 13290 . C A . . . . 0|1 17721 13373 . T C . . . . 0|1 17821 13402 . AA A . . . . 1|0 17921 13469 . C G . . . . 1|0 18021 13474 . A T . . . . 1|0 18121 13577 . T TA . . . . 0|1 18221 13630 . A C . . . . 0|1 18321 13710 . A G . . . . 1|0 18421 13729 . T C . . . . 1|0 18521 13883 . CT C . . . . 1|0 18621 14032 . A C . . . . 1|0 18721 14067 . TT T . . . . 0|1 18821 14111 . G GA . . . . 1|0 18921 14178 . T C . . . . 0|1 19021 14448 . G C . . . . 0|1 19121 14556 . 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A AT . . . . 1|0 25821 20235 . T A . . . . 1|0 25921 20277 . C G . . . . 0|1 26021 20345 . T G . . . . 1|0 26121 20381 . A G . . . . 0|1 26221 20397 . AC A . . . . 0|1 26321 20443 . A AT . . . . 0|1 26421 20543 . G A . . . . 1|0 26521 20671 . A C . . . . 0|1 26621 20738 . A T . . . . 0|1 26721 20774 . A C . . . . 0|1 26821 20881 . C CGC . . . . 0|1 26921 20989 . A T . . . . 1|0 27021 21271 . A G . . . . 0|1 27121 21365 . G A . . . . 1|0 27221 21433 . A G . . . . 1|0 27321 21495 . T G . . . . 0|1 27421 21505 . A T . . . . 1|0 27521 21518 . T C . . . . 0|1 27621 21667 . A T . . . . 1|0 27721 21713 . T A . . . . 1|0 27821 21828 . C A . . . . 0|1 27921 21968 . T A . . . . 1|0 28021 22167 . G T . . . . 0|1 28121 22168 . A G . . . . 1|0 28221 22173 . C T . . . . 1|0 28321 22208 . C A . . . . 1|0 28421 22259 . CA C . . . . 1|0 28521 22471 . A ACA . . . . 0|1 28621 22533 . G C . . . . 1|0 28721 22737 . G A . . . . 1|0 28821 22890 . A C . . . . 0|1 28921 23094 . A G . . . . 0|1 29021 23164 . 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T A . . . . 1|0 32421 25729 . A C . . . . 1|0 32521 25967 . C G . . . . 1|0 32621 25986 . C A . . . . 0|1 32721 26114 . TAA T . . . . 0|1 32821 26159 . G C . . . . 1|0 32921 26176 . T G . . . . 1|0 33021 26346 . GCA G . . . . 1|0 33121 26487 . G T . . . . 0|1 33221 26543 . A C . . . . 1|0 33321 26603 . G T . . . . 1|0 33421 26649 . AC A . . . . 0|1 33521 26661 . T C . . . . 0|1 33621 27074 . A G . . . . 1|0 33721 27155 . G C . . . . 1|0 33821 27291 . G C . . . . 0|1 33921 27590 . G T . . . . 1|0 34021 27645 . A AT . . . . 0|1 34121 27720 . T G . . . . 1|0 34221 27890 . G GCG . . . . 1|0 34321 28033 . T A . . . . 0|1 34421 28155 . A T . . . . 1|0 34521 28684 . T G . . . . 1|0 34621 28696 . C T . . . . 1|0 34721 28884 . T C . . . . 0|1 34821 29099 . C T . . . . 1|0 34921 29241 . C T . . . . 1|0 35021 29330 . T G . . . . 1|0 35121 29511 . T A . . . . 1|0 35221 29596 . A AT . . . . 0|1 353